genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86613890--86614030	54	2.6	53	90	2	210	17	23	22	36	1.94
86615014--86615043	16	1.9	16	93	6	53	60	10	3	26	1.45
86617606--86617645	19	2.0	19	85	9	53	27	12	27	32	1.93
86619295--86619400	25	4.2	26	93	3	189	31	6	25	36	1.82
86619295--86619400	51	2.1	51	98	0	203	31	6	25	36	1.82
86620845--86620906	26	2.3	26	86	5	79	30	25	14	29	1.95
86621011--86621169	54	3.0	53	87	2	221	18	23	22	35	1.95
86621011--86621151	27	5.2	27	85	6	180	17	22	24	36	1.95
86621011--86621169	27	5.9	27	79	16	145	18	23	22	35	1.95
86623131--86623458	163	2.0	163	97	0	620	39	24	15	19	1.91
86623551--86623661	27	4.1	27	89	5	163	36	22	24	16	1.94
86625070--86625146	24	3.2	24	96	0	136	20	41	3	33	1.71
86625793--86625821	15	2.0	15	93	6	51	6	13	20	58	1.58
86632405--86632437	15	2.2	15	100	0	66	30	24	18	27	1.98
86639914--86639946	10	3.4	10	91	4	50	21	21	21	36	1.95
86640035--86640114	29	2.9	27	80	9	97	55	3	10	31	1.51
86640427--86640460	15	2.2	16	89	5	52	61	2	5	29	1.34
86644497--86644758	27	9.7	27	81	1	310	39	20	8	30	1.83
86644462--86644771	54	5.7	52	80	6	253	39	19	10	30	1.86
86644740--86644881	27	5.3	27	81	0	167	33	19	20	26	1.96
86644682--86644853	54	3.2	55	80	4	156	37	18	16	27	1.93
86644711--86644882	81	2.1	81	79	4	204	35	19	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86645086--86645157	25	2.9	24	85	4	81	30	22	20	26	1.98
86649615--86649663	25	2.0	25	100	0	98	28	16	24	30	1.96
86649611--86649676	25	2.6	25	88	4	89	25	22	21	30	1.99
86649656--86649713	25	2.3	25	82	5	73	31	27	18	22	1.97
86652678--86652856	39	4.5	39	86	4	218	31	28	21	18	1.97
86653191--86653410	110	2.0	110	97	0	413	24	21	7	46	1.77
86655241--86655412	40	4.3	40	83	5	224	23	21	27	27	1.99
86655640--86655681	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
86660840--86661276	54	8.1	54	82	9	439	38	19	9	31	1.84
86660846--86661278	81	5.3	81	81	7	443	38	19	9	32	1.84
86660874--86661277	27	15.0	26	81	10	359	39	19	9	32	1.83
86660840--86661289	27	16.7	27	80	10	318	38	19	10	31	1.85
86661683--86661771	27	3.3	27	75	6	72	20	20	17	41	1.90
86662067--86662126	27	2.2	27	79	5	68	21	20	26	31	1.98
86665201--86665337	60	2.3	60	81	6	143	26	23	18	31	1.98
86665330--86665375	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
86666369--86666468	36	2.7	37	96	1	184	25	31	19	25	1.98
86666587--86667336	47	15.7	47	92	2	1203	29	28	8	33	1.86
86673700--86673757	25	2.3	25	88	5	82	18	18	29	32	1.96
86688226--86688264	20	1.9	20	84	5	51	56	17	0	25	1.41
86688229--86688262	14	2.4	14	85	0	50	58	17	0	23	1.38
86697781--86698017	50	4.7	50	85	1	330	31	27	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86697781--86698007	101	2.3	100	87	2	321	31	26	16	25	1.97
86700789--86700816	9	3.1	9	100	0	56	57	0	10	32	1.33
86703764--86704401	325	2.0	325	96	0	1168	34	21	12	31	1.90
86704855--86704909	15	3.7	14	78	9	56	60	18	7	14	1.57
86706156--86706263	38	2.8	38	81	0	117	29	25	21	24	1.99
86718287--86718440	74	2.1	74	88	1	238	29	25	21	22	1.99
86718388--86718519	50	2.6	50	80	4	149	33	27	15	23	1.95
86721992--86722272	48	5.8	48	82	1	303	27	27	17	27	1.97
86722004--86722272	96	2.8	95	86	1	340	27	27	17	27	1.98
86722004--86722272	144	1.9	145	84	0	369	27	27	17	27	1.98
86744590--86744696	52	2.1	52	100	0	214	47	19	11	21	1.80
86750161--86750267	45	2.2	50	75	14	116	42	0	2	55	1.14
86752222--86752444	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
86752297--86752479	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
86760095--86760316	40	5.6	39	84	4	239	24	20	27	26	1.99
86760170--86760351	78	2.3	79	82	4	217	25	20	28	25	1.99
86766487--86766556	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
86766487--86766584	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
86767033--86767060	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
86772516--86772688	50	3.6	48	75	15	171	25	30	17	26	1.98
86776708--86776951	55	4.5	53	83	4	265	22	23	18	35	1.95
86776708--86776959	110	2.3	106	81	7	292	22	23	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86776938--86777071	47	2.8	47	93	2	214	26	26	14	33	1.94
86776922--86777184	47	5.6	45	74	10	131	24	25	16	33	1.96
86788590--86788855	46	5.7	46	74	14	242	21	19	28	30	1.97
86788582--86788850	93	2.9	93	92	1	432	22	18	28	29	1.98
86795460--86795558	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
86803641--86803791	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
86806733--86806831	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
86827328--86829237	978	2.0	978	99	0	3811	39	21	12	27	1.89
86830176--86830205	11	2.7	11	89	0	51	26	0	6	66	1.16
86830557--86830605	22	2.2	22	96	0	89	26	28	14	30	1.95
86835984--86836428	207	2.1	207	87	0	649	43	5	10	40	1.62
86836856--86836976	61	2.0	61	93	0	206	20	4	25	49	1.67
86837471--86837544	34	2.1	35	90	7	116	52	6	13	27	1.65
86838063--86838103	15	2.7	15	85	10	57	46	0	2	51	1.14
86838071--86838112	16	2.4	18	84	11	61	57	0	0	42	0.99
86838398--86838453	15	3.7	15	85	0	76	60	3	8	26	1.43
86844495--86844657	42	3.8	43	78	5	161	27	17	24	30	1.97
86848691--86848733	21	2.0	21	100	0	86	46	9	4	39	1.57
86849841--86849889	24	2.0	25	88	11	75	44	6	16	32	1.72
86854858--86855086	50	4.7	46	76	12	174	31	27	17	24	1.97
86860070--86860251	68	2.7	68	79	5	179	39	13	19	26	1.89
86864354--86864440	11	8.3	11	68	24	55	64	2	1	32	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86864359--86864400	13	3.5	12	81	18	52	66	2	0	30	1.04
86864219--86864474	19	12.9	19	64	26	65	60	1	4	32	1.28
86864361--86864474	30	3.7	30	71	20	83	64	1	1	32	1.14
86872389--86872491	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
86876715--86876817	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
86881292--86881516	40	5.7	40	85	5	262	25	21	27	25	1.99
86881292--86881516	79	2.8	80	80	7	269	25	21	27	25	1.99
86881295--86881516	119	1.9	120	83	8	292	26	20	27	25	1.99
86881299--86881549	79	3.2	78	78	10	233	27	20	26	25	1.99
86889961--86889993	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
86895600--86895649	23	2.3	22	86	6	66	58	26	2	14	1.47
86896340--86896487	42	3.5	41	80	6	152	31	25	16	25	1.97
86896340--86896500	43	3.8	42	75	17	161	32	24	16	26	1.96
86901106--86901164	26	2.3	26	85	8	77	64	1	13	20	1.37
86902367--86902404	20	2.0	20	89	5	60	34	0	63	2	1.09
86907799--86907877	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
86908040--86908646	47	13.1	47	93	4	914	28	30	10	31	1.90
86912064--86912188	38	3.3	39	83	5	139	24	27	24	23	2.00
86912504--86912582	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
86912564--86912665	43	2.4	43	95	1	179	26	33	16	23	1.96
86914467--86914544	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
86914659--86915057	46	8.9	46	85	9	488	28	30	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86914711--86915062	131	2.6	134	88	6	522	29	29	9	31	1.88
87018438--87018962	47	11.2	47	89	5	730	32	10	30	26	1.90
87021515--87021778	40	6.6	40	91	0	402	23	21	28	25	1.99
87025267--87025802	47	11.3	47	91	3	785	33	9	30	26	1.89
87025344--87025421	25	3.2	25	65	17	65	29	6	30	33	1.83
87025268--87025781	190	2.7	190	96	1	917	32	10	30	26	1.90
87030661--87030884	40	5.6	39	87	4	272	25	27	21	25	2.00
87030661--87030884	79	2.8	79	83	8	267	25	27	21	25	2.00
87037233--87037271	19	2.1	19	100	0	78	51	20	5	23	1.67
87046264--87046307	5	9.0	5	83	14	56	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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