Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  53  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19123913--19123966
27
2.0
27
100
0
108
33
22
11
33
1.89
19124330--19124385
26
2.1
27
83
3
69
35
1
1
60
1.17
19124393--19124497
9
12.0
8
69
22
61
34
0
3
60
1.21
19124362--19124432
19
3.7
19
71
19
58
35
1
5
57
1.31
19124428--19124478
19
2.7
20
82
14
63
27
0
3
68
1.07
19124402--19124485
18
4.8
17
74
14
73
32
0
3
64
1.11
19124537--19124642
18
5.8
18
73
16
67
34
0
5
59
1.21
19124552--19124609
29
2.0
29
86
6
82
31
0
6
62
1.22
19124322--19124633
10
33.7
9
67
17
124
34
1
4
59
1.27
19124536--19124611
19
3.9
19
80
10
75
34
0
5
60
1.19
19129272--19129310
2
19.5
2
100
0
78
0
48
0
51
1.00
19142788--19142818
2
15.5
2
100
0
62
0
51
0
48
1.00
19147622--19147655
5
6.8
5
96
0
59
41
2
20
35
1.68
19168574--19168623
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
19173213--19173262
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
19180139--19180228
45
2.0
45
93
0
153
56
6
1
35
1.33
19201935--19201968
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
19206573--19206606
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
19208142--19208171
4
7.5
4
100
0
60
23
0
26
50
1.50
19210188--19210216
5
5.8
5
100
0
58
82
0
0
17
0.66
19213067--19213155
12
7.4
12
74
13
76
42
1
1
55
1.14
19213068--19213154
5
17.0
5
72
21
65
41
1
1
56
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19213067--19213155
7
12.7
7
70
27
57
42
1
1
55
1.14
19213068--19213156
37
2.3
39
81
13
112
42
1
1
55
1.14
19214277--19214332
30
1.9
30
89
7
89
21
17
16
44
1.86
19214310--19214370
20
2.8
22
78
12
72
18
22
19
39
1.92
19230230--19230447
46
4.7
46
95
1
357
22
25
14
37
1.92
19234695--19234744
18
2.6
19
84
9
66
44
2
0
54
1.11
19234695--19234740
23
2.0
23
83
8
58
43
2
0
54
1.12
19234659--19234746
39
2.2
40
80
13
103
45
1
1
52
1.15
19235891--19235947
29
1.9
30
92
3
98
21
19
15
43
1.87
19235935--19235991
22
2.6
22
83
8
80
15
22
19
42
1.89
19238766--19238797
17
1.9
16
93
6
55
87
0
0
12
0.54
19240694--19240725
10
3.2
10
95
0
55
31
0
0
68
0.90
19241785--19241826
22
1.9
22
95
0
75
52
2
4
40
1.35
19243969--19243994
3
8.7
3
100
0
52
69
0
30
0
0.89
19245827--19245955
56
2.3
56
89
0
195
23
26
26
24
2.00
19247250--19247310
19
3.2
19
80
0
77
21
4
32
40
1.74
19251302--19251339
18
2.2
17
90
4
58
47
0
0
52
1.00
19251492--19251518
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
19253786--19253825
18
2.2
18
90
4
62
22
25
0
52
1.47
19260840--19260902
30
2.1
30
82
2
74
46
4
4
44
1.45
19262837--19262892
29
2.0
28
86
6
78
51
8
8
30
1.64
19264281--19264317
3
12.7
3
94
5
67
32
0
0
67
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19277773--19278093
46
7.0
46
90
0
417
20
24
15
39
1.92
19280251--19280287
20
1.9
20
88
5
58
51
8
0
40
1.32
19282037--19282208
93
1.8
93
89
0
272
22
21
29
26
1.99
19282042--19282216
46
3.8
46
76
7
174
22
21
28
27
1.99
19302489--19302531
21
2.0
21
95
0
77
32
0
2
65
1.06
19321962--19321998
19
1.9
19
88
0
56
56
27
0
16
1.40
19325030--19325071
16
2.8
15
82
10
59
59
2
0
38
1.10
19327367--19327402
18
2.0
18
88
0
54
66
8
0
25
1.19
19329245--19329271
6
4.5
6
100
0
54
33
37
14
14
1.88
19336438--19336606
89
1.9
89
87
2
250
30
18
12
38
1.88
19338653--19338798
52
3.0
48
77
10
145
24
17
29
28
1.98
19340773--19340805
14
2.5
14
90
9
52
63
3
0
33
1.10
19340766--19340817
10
4.6
11
80
15
54
57
1
0
40
1.10
19364441--19364475
13
2.8
13
86
4
54
60
0
0
40
0.97
19368167--19368227
32
1.9
32
83
6
79
44
22
21
11
1.84
19368207--19368267
21
2.9
21
64
9
52
47
19
21
11
1.81
19382281--19382322
22
2.0
22
90
4
68
61
0
0
38
0.96
19383055--19383091
19
2.0
20
84
10
51
64
10
0
24
1.25
19385805--19385858
20
2.6
21
82
11
67
35
0
7
57
1.27
19385848--19385875
11
2.5
11
100
0
56
28
0
0
71
0.86
19387583--19387657
25
3.2
25
63
33
65
28
4
25
42
1.73
19387572--19387664
46
2.0
46
100
0
186
27
4
25
41
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19388044--19388225
46
4.0
46
87
1
240
41
14
23
21
1.89
19388924--19388959
17
2.1
17
100
0
72
19
19
22
38
1.93
19389569--19389743
46
3.8
45
76
13
185
21
20
28
29
1.98
19389566--19389736
93
1.8
93
91
0
279
21
21
28
28
1.98
19398328--19398360
17
1.9
17
93
0
57
33
0
0
66
0.92
19401221--19401256
18
1.9
19
88
5
56
55
5
0
38
1.23
19401221--19401259
19
2.1
19
85
9
53
53
5
0
41
1.23
19401770--19401830
29
2.1
29
84
6
79
36
1
3
59
1.24
19402534--19402568
17
2.1
16
89
10
52
51
0
0
48
1.00
19402778--19402821
15
2.9
15
89
3
61
52
0
0
47
1.00
19402886--19402927
15
2.8
15
88
0
57
40
16
2
40
1.62
19430121--19430201
38
2.0
41
83
6
105
60
7
2
29
1.37
19431870--19431982
56
2.0
56
98
0
217
29
16
0
53
1.50
19450619--19450692
27
2.7
27
85
0
94
20
24
44
10
1.83
19450690--19450718
13
2.1
14
93
6
51
65
0
34
0
0.93
19451414--19451438
6
4.2
6
100
0
50
16
0
0
84
0.63
19451404--19451446
20
2.2
20
82
0
50
20
0
2
76
0.89
19452024--19452069
24
1.9
24
86
8
67
41
2
0
56
1.11
19452055--19452081
6
4.5
6
100
0
54
48
0
0
51
1.00
19452055--19452092
18
2.1
19
85
5
51
55
0
0
44
0.99
19463976--19464029
21
2.6
19
81
18
63
62
18
5
12
1.48
19466344--19466386
2
22.5
2
81
9
54
48
0
48
2
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19476109--19476147
15
2.6
15
83
0
51
53
0
0
46
1.00
19484298--19484396
52
1.9
50
83
4
126
40
15
18
26
1.89
19485369--19485409
21
1.9
21
90
5
64
34
4
2
58
1.32
19485382--19485459
39
2.0
39
84
2
102
43
2
2
51
1.29
19485399--19485488
20
4.6
19
76
12
83
47
1
1
50
1.15
19485449--19485488
9
4.2
9
81
12
53
52
0
0
47
1.00
19500753--19500838
43
2.0
43
97
0
163
26
18
5
48
1.70
19501136--19501196
15
3.8
16
78
10
63
63
1
0
34
1.04
19501147--19501192
16
3.1
14
81
12
56
65
2
0
32
1.05
19501155--19501213
21
2.7
22
78
7
66
62
3
0
33
1.12
19501182--19501243
23
2.7
23
77
20
67
58
4
0
37
1.20
19508814--19508852
21
2.0
20
85
10
53
33
10
5
51
1.58
19518465--19518491
13
2.1
13
100
0
54
14
7
22
55
1.64
19530812--19530854
19
2.3
18
80
4
50
25
4
2
67
1.22
19540594--19540632
20
2.0
20
94
0
69
15
41
25
17
1.89
19542464--19542627
42
3.7
42
85
8
195
28
26
14
29
1.95
19542534--19542670
49
2.9
48
86
4
179
29
26
13
29
1.94
19542739--19542887
31
4.8
31
84
0
190
24
26
20
28
1.99
19542865--19543039
50
3.5
50
92
0
287
25
21
15
37
1.93
19543550--19543576
6
4.5
6
100
0
54
18
0
14
66
1.25
19544149--19544189
23
1.9
21
85
14
57
53
0
21
24
1.46
19544519--19544568
15
3.3
15
82
0
73
36
2
12
50
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19545063--19545149
23
3.5
23
80
17
111
8
3
41
47
1.50
19545068--19545149
29
3.0
29
86
10
113
8
3
40
47
1.52
19545254--19545294
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
19553707--19553793
40
2.2
40
83
4
104
39
18
9
33
1.82
19554571--19554622
13
3.9
13
80
9
52
13
7
3
75
1.17
19554626--19554678
19
2.8
19
81
10
65
52
3
0
43
1.19
19554893--19554953
20
3.0
20
79
13
61
55
1
3
39
1.26
19555072--19555133
30
2.1
27
85
11
79
45
1
1
51
1.20
19555103--19555157
23
2.3
23
81
9
58
49
1
0
49
1.11
19555191--19555258
16
4.2
16
90
0
100
30
0
30
38
1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325