genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13511534--13511564	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
13515762--13515800	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
13516527--13516571	11	3.9	11	80	11	54	35	0	4	60	1.17
13519095--13519271	47	3.8	46	79	12	209	29	28	19	21	1.98
13519103--13519273	94	1.8	93	93	1	297	29	28	20	21	1.98
13523975--13524014	21	2.0	20	85	5	53	52	15	12	20	1.74
13529572--13529891	46	7.0	46	90	2	410	20	24	15	39	1.91
13535905--13536039	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
13537594--13537624	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
13539086--13539136	19	2.7	19	82	11	61	54	5	0	39	1.24
13549434--13549485	23	2.3	23	83	12	63	48	3	0	48	1.20
13549472--13549542	28	2.6	28	78	10	69	46	0	2	50	1.16
13549487--13549542	25	2.2	24	78	9	58	44	0	1	53	1.11
13550501--13550552	24	2.2	24	92	0	86	57	9	0	32	1.31
13552472--13552523	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13562648--13562721	33	2.2	33	82	0	85	22	10	50	16	1.76
13565816--13565887	4	19.2	4	78	13	50	1	26	0	72	0.93
13565821--13565880	24	2.5	25	84	10	72	1	25	0	73	0.93
13566009--13566054	21	2.2	21	100	0	92	8	19	41	30	1.82
13566184--13566233	15	3.1	17	72	19	52	60	2	0	38	1.09
13579357--13579572	52	4.3	52	91	4	327	35	14	23	26	1.93
13579479--13579583	46	2.3	46	94	0	183	37	13	21	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13579547--13579655	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
13581229--13581354	25	5.1	25	76	4	85	31	21	26	20	1.98
13581261--13581365	25	4.2	25	80	4	104	32	17	28	21	1.96
13582718--13582827	46	2.4	46	83	7	143	35	23	16	24	1.95
13583590--13583618	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
13591760--13591800	22	1.9	22	90	5	66	46	4	9	39	1.58
13604602--13604655	26	2.1	25	86	3	72	62	3	0	33	1.12
13604628--13604664	9	3.9	10	86	6	51	62	0	0	37	0.96
13611171--13611213	23	1.9	23	86	13	63	37	2	2	58	1.24
13617897--13617944	21	2.4	19	80	13	51	64	4	2	29	1.23
13618581--13618623	21	2.0	21	86	8	61	53	2	0	44	1.13
13618680--13618738	27	2.1	28	84	9	77	49	0	1	49	1.11
13619007--13619275	20	13.4	20	73	11	178	43	13	5	37	1.69
13619007--13619276	60	4.5	60	77	7	219	42	13	5	37	1.69
13619007--13619278	40	6.8	40	78	7	207	42	13	5	37	1.69
13618968--13619319	20	17.6	20	72	10	123	40	13	6	39	1.70
13619378--13619441	20	3.2	20	79	0	74	45	14	3	37	1.60
13619539--13619614	40	1.9	40	94	0	134	36	10	6	46	1.65
13619539--13619624	40	2.2	40	89	0	127	36	11	6	45	1.68
13619745--13619775	16	1.9	16	93	0	53	41	3	19	35	1.67
13623269--13623304	11	3.2	11	88	7	54	41	19	0	38	1.52
13623311--13623360	25	1.9	26	84	8	66	32	10	6	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13623398--13623441	20	2.2	20	83	0	52	34	13	4	47	1.63
13623438--13623479	20	2.1	20	86	8	59	45	11	2	40	1.54
13623382--13623587	107	1.9	107	80	7	240	41	11	4	43	1.60
13623564--13623603	21	1.9	21	89	0	62	45	12	0	42	1.42
13631526--13631551	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
13632385--13632420	15	2.4	15	95	0	63	55	0	11	33	1.35
13648842--13648896	22	2.5	22	87	0	74	50	3	3	41	1.37
13650044--13650103	31	2.0	30	86	3	84	31	3	15	50	1.60
13650617--13650642	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
13664439--13664472	11	2.8	12	91	8	52	23	0	0	76	0.79
13669208--13669233	5	5.2	5	100	0	52	61	0	19	19	1.35
13684359--13684424	29	2.2	30	83	2	80	36	0	3	60	1.12
13686296--13686339	17	2.5	17	74	3	52	9	11	0	79	0.93
13686351--13686380	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
13686404--13686454	25	2.1	24	85	10	68	41	1	3	52	1.31
13686435--13686489	22	2.6	21	82	8	58	38	1	1	58	1.20
13686449--13686570	31	3.8	31	75	19	92	37	1	1	59	1.17
13686525--13686604	21	3.8	21	72	20	60	37	2	2	57	1.26
13686748--13686800	26	2.0	28	82	14	67	15	1	5	77	1.04
13686846--13686903	22	2.8	21	78	19	59	34	0	1	63	1.04
13686856--13686904	22	2.2	23	85	10	66	32	0	2	65	1.04
13686987--13687035	21	2.4	21	81	15	59	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13686985--13687028	9	4.4	9	81	18	52	31	0	0	68	0.90
13686992--13687035	20	2.1	21	84	12	56	36	0	0	63	0.95
13687017--13687049	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
13687259--13687314	22	2.6	23	80	11	64	60	1	3	33	1.24
13687368--13687400	10	3.7	9	88	11	50	75	0	3	21	0.93
13688800--13688829	7	4.3	7	100	0	60	30	43	0	26	1.55
13694235--13694278	23	2.0	23	82	8	56	45	2	0	52	1.13
13694353--13694618	137	1.9	138	89	2	410	46	4	4	45	1.42
13694357--13694576	67	3.2	68	65	18	161	45	3	4	46	1.41
13694363--13694799	137	3.1	136	80	12	380	46	5	3	44	1.44
13694477--13694804	156	2.1	156	95	0	584	46	6	3	42	1.48
13694657--13694705	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
13694657--13694711	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
13694917--13694969	16	3.2	16	92	5	88	37	35	0	26	1.57
13695257--13695325	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
13695257--13695325	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
13695306--13695396	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
13695544--13696011	120	3.9	120	98	0	884	47	6	2	43	1.42
13706885--13706925	22	1.9	21	85	5	55	24	0	36	39	1.56
13706884--13706930	21	2.2	21	77	7	51	27	0	31	40	1.57
13707131--13707201	28	2.5	28	81	4	81	49	7	14	29	1.69
13707166--13707537	126	3.0	125	87	1	541	37	15	16	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13708351--13708375	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
13709507--13709671	35	4.6	35	83	9	190	30	10	24	33	1.89
13709507--13709676	75	2.4	75	85	8	221	31	10	24	34	1.89
13712170--13712284	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
13712170--13712303	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
13719544--13719658	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
13719544--13719677	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
13726906--13727071	35	4.6	34	78	11	161	32	10	24	33	1.89
13726928--13727076	75	2.0	74	84	3	192	33	12	21	32	1.90
13729902--13729975	21	3.3	21	79	9	76	31	27	25	16	1.96
13730355--13730411	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
13734363--13734406	18	2.4	18	80	0	52	47	9	27	15	1.76
13734460--13734527	30	2.3	30	81	0	82	14	17	39	27	1.89
13736236--13736278	11	3.9	11	81	9	52	41	0	30	27	1.56
13739780--13739824	21	2.2	20	84	7	56	33	0	0	66	0.92
13739879--13739942	27	2.4	27	91	0	110	15	32	35	15	1.90
13741387--13741414	11	2.5	11	100	0	56	57	7	0	35	1.26
13742469--13742525	3	18.7	3	78	10	53	0	35	0	64	0.93
13742762--13742801	19	2.2	18	86	4	53	67	0	0	32	0.91
13743175--13743236	22	2.7	22	78	9	54	50	6	1	41	1.38
13759975--13760010	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
13759962--13760002	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13760125--13760259	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
13760499--13760537	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
13761854--13761910	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
13761853--13761908	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
13761855--13761910	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
13764957--13764986	10	3.0	10	95	0	51	86	13	0	0	0.57
13772412--13772437	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
13779254--13779320	23	3.0	23	74	14	68	62	0	0	37	0.95
13780890--13780940	18	2.8	18	79	5	50	56	1	0	41	1.10
13781001--13781089	44	2.1	44	83	10	114	31	4	3	60	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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