genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71560326--71560362	16	2.3	16	90	0	56	32	18	2	45	1.64
71565101--71565136	16	2.2	17	90	5	56	25	5	0	69	1.10
71565752--71565797	18	2.6	18	82	6	58	58	10	0	30	1.32
71574629--71574900	39	7.0	39	92	0	445	23	28	25	22	1.99
71592443--71592481	19	2.1	18	85	4	51	76	0	2	20	0.90
71594567--71594780	40	5.4	39	90	3	313	26	26	21	25	2.00
71599142--71599198	28	2.0	28	96	0	105	24	8	31	35	1.86
71603871--71603951	40	2.0	40	92	0	135	44	6	11	38	1.65
71603871--71603931	18	3.0	22	64	26	60	45	4	11	37	1.62
71607463--71607585	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
71615667--71615789	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
71628516--71628592	25	3.1	25	85	5	86	29	16	20	32	1.95
71628529--71628617	25	3.6	25	89	0	124	25	21	24	28	1.99
71628821--71629065	27	9.1	27	92	2	341	24	20	20	34	1.96
71629090--71629229	27	5.2	27	89	0	174	32	9	17	40	1.82
71629090--71629244	54	2.9	52	83	6	202	32	9	18	38	1.84
71629222--71629487	27	9.9	27	85	0	289	41	6	21	31	1.77
71629223--71629487	54	4.9	54	86	0	332	41	6	20	31	1.77
71629221--71629487	81	3.3	81	84	0	345	41	5	20	31	1.77
71629221--71629528	81	3.8	81	81	0	337	39	6	20	33	1.78
71629467--71629634	27	6.3	26	75	9	133	29	9	19	41	1.83
71629464--71629639	79	2.2	81	89	3	266	30	9	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71631974--71632069	25	3.8	25	91	1	147	27	21	23	27	1.99
71632280--71632487	54	3.9	54	83	1	238	24	21	20	34	1.96
71632273--71632487	81	2.7	81	77	6	229	24	20	20	35	1.96
71632273--71632491	27	8.1	27	82	5	201	24	20	20	35	1.96
71632491--71632577	27	3.2	27	82	6	79	29	11	19	39	1.87
71632545--71632620	38	2.0	38	84	5	100	38	11	11	38	1.79
71632583--71632682	27	3.7	27	89	0	146	34	10	18	38	1.84
71632662--71632928	27	9.9	27	83	0	183	43	7	19	29	1.79
71632689--71632952	81	3.3	81	84	0	375	41	7	21	29	1.81
71632689--71632952	27	9.8	27	84	1	332	41	7	21	29	1.81
71632677--71632944	54	5.0	54	87	1	385	42	7	20	29	1.79
71632963--71633101	27	5.2	26	80	8	163	28	10	20	40	1.86
71632914--71633108	81	2.4	83	85	5	263	30	11	21	37	1.88
71632963--71633101	54	2.6	53	81	10	183	28	10	20	40	1.86
71636343--71636391	23	2.3	21	80	20	57	65	0	6	28	1.16
71636359--71636388	14	2.1	15	93	6	53	66	0	6	26	1.16
71636427--71636591	4	41.8	4	70	12	92	70	2	6	20	1.21
71636490--71636593	41	2.5	42	86	6	133	71	2	6	19	1.22
71639262--71639320	30	2.0	30	82	0	73	44	8	23	23	1.81
71651680--71651717	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
71656901--71656952	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
71658426--71658533	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71665493--71665601	26	4.2	26	90	0	164	35	22	6	35	1.80
71672085--71672145	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
71674411--71674461	19	2.8	18	77	13	59	60	0	0	39	0.97
71674812--71674857	20	2.5	20	82	10	53	32	2	4	60	1.28
71678657--71678682	11	2.4	11	100	0	52	50	11	7	30	1.67
71680610--71680940	159	2.1	159	90	2	522	27	25	21	25	1.99
71682337--71682418	43	1.9	43	92	0	137	34	29	15	20	1.94
71687466--71687632	43	3.9	42	81	11	187	22	19	26	31	1.98
71693307--71693336	10	3.0	10	90	0	51	56	3	0	40	1.16
71694484--71695225	371	2.0	371	98	0	1430	26	19	19	34	1.96
71701740--71701778	14	2.7	14	88	11	53	71	0	20	7	1.10
71701741--71701784	21	2.2	20	84	12	54	72	0	18	9	1.10
71701780--71701806	14	1.9	14	100	0	54	40	0	37	22	1.54
71709587--71709758	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.98
71709579--71709754	46	3.8	46	77	10	196	29	29	20	20	1.98
71714484--71714530	19	2.5	19	89	0	76	10	34	25	29	1.90
71715216--71715252	11	3.5	11	85	10	51	45	27	2	24	1.66
71716072--71716154	43	1.9	43	87	0	121	31	30	18	20	1.96
71721802--71721987	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
71721855--71722020	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
71729841--71730024	78	2.3	81	86	6	252	23	22	27	25	2.00
71729842--71730024	40	4.6	39	85	8	228	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71729894--71730057	79	2.1	77	86	5	222	25	21	27	25	1.99
71745442--71745547	25	4.3	25	69	7	90	31	17	29	21	1.97
71745436--71745620	74	2.5	73	89	3	273	33	17	26	22	1.96
71745617--71745699	25	3.4	25	80	14	75	33	18	25	22	1.96
71745626--71745702	25	3.0	27	78	17	85	32	15	27	24	1.95
71753293--71753338	23	2.0	23	82	4	56	54	4	2	39	1.32
71761590--71761647	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
71761859--71761890	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
71761985--71762226	50	4.7	50	86	4	297	27	24	28	19	1.99
71761985--71762234	100	2.4	103	88	6	364	26	24	28	20	1.99
71776671--71776736	21	3.1	21	65	16	55	21	13	36	28	1.91
71778889--71778928	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
71780363--71780456	38	2.5	37	81	3	109	25	7	25	41	1.81
71781382--71781476	46	2.1	46	100	0	190	42	13	8	35	1.75
71781711--71781751	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
71785314--71785363	26	1.9	26	95	0	91	18	18	24	40	1.91
71803280--71803487	49	4.4	49	75	15	154	25	28	19	26	1.98
71803268--71803584	46	6.7	47	74	13	192	23	29	19	27	1.98
71805059--71805110	27	1.9	27	88	0	77	32	5	9	51	1.58
71815691--71815833	45	3.2	45	73	12	136	37	21	13	27	1.91
71817841--71817870	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
71818082--71818357	50	5.5	50	80	4	297	31	26	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71818131--71818312	101	1.8	101	91	0	301	29	24	18	27	1.98
71818082--71818357	101	2.8	101	81	3	290	31	26	16	25	1.97
71819938--71820061	43	2.9	42	80	9	144	35	20	16	28	1.94
71821804--71821844	9	4.6	9	87	0	64	46	21	7	24	1.77
71821864--71821898	6	5.5	6	87	12	52	14	0	2	82	0.77
71823064--71823122	31	1.9	30	83	10	75	40	0	1	57	1.09
71846939--71846965	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
71847108--71847176	29	2.4	29	92	4	113	5	0	26	68	1.12
71847489--71847568	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
71847493--71847568	18	4.1	18	80	12	82	30	3	1	64	1.20
71847480--71847572	26	3.6	26	72	10	82	29	3	1	66	1.14
71847885--71847924	3	13.3	3	89	0	62	27	0	5	67	1.11
71847885--71847924	12	3.3	12	96	0	71	27	0	5	67	1.11
71859403--71859438	18	2.0	18	88	0	54	52	2	8	36	1.46
71860089--71860118	5	6.2	5	92	7	53	16	0	0	83	0.65
71863805--71863880	37	2.1	36	80	7	82	34	3	3	57	1.35
71868716--71868768	24	2.3	23	83	6	63	30	28	9	32	1.88
71871945--71871989	23	2.0	22	86	4	63	42	22	17	17	1.89
71875603--71875921	46	6.9	46	93	0	460	21	23	13	40	1.90
71878057--71878115	11	5.2	11	80	8	73	64	0	1	33	1.04
71878629--71878690	30	2.1	30	96	0	115	38	17	16	27	1.91
71879821--71879854	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71882407--71882460	20	2.6	20	82	11	56	25	0	7	66	1.17
71882425--71882456	17	1.9	17	93	6	57	31	0	3	65	1.08
71891025--71891081	19	3.1	19	80	17	66	61	0	1	36	1.07
71896583--71896641	28	2.1	28	90	0	91	6	30	5	57	1.46
71897194--71897225	16	2.1	16	88	11	50	50	6	21	21	1.71
71897482--71897568	45	1.9	45	88	4	131	50	20	5	22	1.69
71897483--71897578	45	2.1	45	84	7	124	48	23	4	22	1.68
71900375--71900421	20	2.3	22	75	20	57	65	8	4	21	1.37
71901995--71902208	48	4.5	48	79	5	220	29	19	28	22	1.98
71901995--71902166	48	3.6	48	81	3	222	31	19	27	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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