genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90998594--90998903	157	2.0	157	87	2	444	33	19	19	27	1.96
91001082--91001249	89	1.9	89	86	4	241	50	4	3	41	1.41
91001174--91001219	19	2.4	19	81	3	56	54	2	0	43	1.12
91001170--91001227	26	2.2	27	81	3	64	53	1	1	43	1.21
91009412--91009548	56	2.4	57	82	10	156	27	28	14	29	1.95
91013929--91013990	31	2.0	31	90	0	97	27	25	20	25	1.99
91015592--91015617	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
91022774--91022957	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
91022821--91022992	18	9.9	18	70	16	112	41	0	2	55	1.17
91022783--91022975	56	3.3	55	74	19	210	43	1	3	52	1.24
91022756--91023254	120	4.0	122	85	9	639	42	1	4	51	1.31
91022769--91022959	61	3.2	61	73	11	230	43	1	3	51	1.26
91022821--91023232	138	3.1	137	85	9	554	42	1	4	51	1.30
91023030--91023217	61	3.1	61	70	14	199	42	1	6	48	1.39
91023087--91023142	15	4.1	13	76	14	51	42	0	1	55	1.10
91023091--91023133	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
91023211--91023252	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
91023202--91023243	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
91023469--91023520	16	3.2	16	94	0	95	36	36	0	26	1.57
91036913--91036969	21	2.7	21	81	13	71	22	33	7	36	1.81
91038548--91038639	25	3.7	25	94	0	157	28	17	32	21	1.96
91041543--91041670	42	3.0	42	82	3	141	31	25	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91041818--91041904	31	2.8	31	87	6	131	25	28	19	26	1.99
91047765--91047803	17	2.3	17	100	0	78	33	17	10	38	1.84
91049342--91049381	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
91056117--91056180	32	1.9	35	87	9	98	50	12	7	29	1.68
91056246--91056369	60	2.1	60	92	0	203	33	20	12	33	1.89
91061863--91061908	24	1.9	24	86	8	67	26	2	2	69	1.11
91069090--91069218	50	2.5	51	87	5	190	35	16	22	25	1.94
91069194--91069342	31	4.8	31	93	0	244	25	20	28	26	1.99
91069361--91069482	47	2.6	47	87	2	167	27	15	27	29	1.96
91069454--91069567	42	2.7	43	86	4	160	30	14	26	28	1.95
91070701--91070764	25	2.8	21	78	19	74	45	0	3	51	1.17
91070717--91070766	25	2.0	25	96	0	91	46	0	4	50	1.20
91092604--91092681	25	3.2	25	87	5	99	17	24	17	39	1.91
91092624--91092700	22	3.4	22	85	5	91	18	23	18	40	1.91
91100743--91100792	25	2.0	25	96	0	91	40	14	12	34	1.82
91102854--91102891	19	2.1	18	90	5	58	60	0	0	39	0.97
91103197--91103253	19	2.8	20	79	15	62	24	1	3	70	1.13
91103222--91103259	19	2.1	18	90	9	60	26	0	0	73	0.83
91104600--91104626	14	1.9	14	100	0	54	51	18	0	29	1.46
91106075--91106125	26	2.0	26	88	0	75	33	13	7	45	1.73
91110462--91110501	20	2.0	20	100	0	80	35	35	0	30	1.58
91113694--91113737	22	2.0	22	82	8	54	38	6	4	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91114579--91114608	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
91116942--91116970	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
91120246--91120902	328	2.0	324	82	4	791	36	17	21	23	1.94
91129032--91129064	14	2.4	14	94	0	57	12	30	33	24	1.91
91137601--91137650	25	2.0	25	100	0	100	24	16	28	32	1.96
91143985--91144033	25	2.0	25	87	0	71	20	22	24	32	1.98
91147906--91147952	21	2.2	22	84	3	60	34	19	0	46	1.50
91165024--91165098	37	2.0	37	100	0	150	41	24	0	34	1.55
91168189--91168293	25	4.3	24	69	7	77	24	20	16	38	1.93
91168617--91168698	41	2.0	41	92	0	137	34	8	21	35	1.84
91169760--91169807	25	2.0	25	87	4	71	18	27	16	37	1.92
91174524--91174630	44	2.5	43	86	11	141	23	19	26	30	1.98
91174563--91174684	43	2.9	42	79	7	131	23	16	27	32	1.96
91175464--91175503	20	2.0	20	85	9	55	32	0	22	45	1.53
91186942--91187061	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
91188193--91188417	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
91188193--91188450	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
91194891--91195010	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
91196142--91196366	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
91196142--91196399	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	1.99
91204866--91204996	41	3.2	40	82	7	156	32	22	24	21	1.98
91205412--91205460	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91206043--91206081	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
91210774--91210807	15	2.3	15	94	0	59	14	11	20	52	1.73
91212048--91212153	53	2.0	54	90	1	169	21	15	29	33	1.94
91212650--91212711	29	2.2	29	94	2	108	19	12	37	30	1.89
91213662--91213724	26	2.4	26	91	0	99	30	12	14	42	1.82
91215528--91215569	21	2.0	21	100	0	84	33	14	14	38	1.86
91222501--91222608	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
91224096--91224148	26	2.0	25	82	13	63	39	22	11	26	1.88
91229074--91229259	49	3.8	49	80	5	230	26	19	26	27	1.99
91229059--91229254	100	2.0	100	92	3	331	25	19	27	27	1.99
91235265--91235363	50	2.0	49	94	2	171	22	23	33	21	1.97
91242113--91242142	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
91242529--91242672	54	2.7	54	95	2	254	17	25	23	34	1.96
91242532--91242690	27	5.9	27	83	11	193	18	25	22	33	1.96
91242532--91242690	81	2.0	80	85	8	216	18	25	22	33	1.96
91248063--91248136	37	2.0	37	82	15	91	25	8	24	41	1.82
91256175--91256242	35	1.9	35	81	0	82	25	26	19	29	1.98
91257672--91257755	42	2.0	42	95	0	150	25	16	26	32	1.96
91259236--91259287	24	2.2	24	100	0	104	26	7	11	53	1.63
91262948--91263152	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
91262949--91263152	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
91270891--91271095	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91270892--91271095	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
91283893--91283922	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
91293304--91293409	55	1.9	55	90	0	167	14	33	26	25	1.94
91297237--91297270	16	2.0	18	88	11	54	67	14	5	11	1.39
91303431--91303478	20	2.4	20	80	16	55	79	6	0	14	0.92
91307039--91307144	52	2.0	52	98	0	203	19	33	24	21	1.97
91313618--91313779	43	3.8	42	79	8	166	24	16	26	32	1.96
91314499--91314541	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
91338813--91338860	15	3.6	14	81	18	59	62	0	33	4	1.14
91338818--91338866	24	2.0	26	84	8	66	61	0	34	4	1.15
91339253--91339362	49	2.2	51	78	15	124	22	0	12	63	1.34
91340610--91340670	9	6.8	9	96	0	104	22	9	29	37	1.87
91343248--91343272	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
91343255--91343390	13	10.4	13	69	23	67	61	3	2	32	1.29
91343313--91343388	11	6.5	11	73	19	64	63	0	2	34	1.09
91343308--91343392	25	3.4	25	82	6	93	62	1	2	34	1.16
91343255--91343415	14	11.9	14	70	20	94	60	3	4	31	1.31
91343418--91343484	24	2.9	23	75	18	59	47	0	4	47	1.22
91343419--91343490	25	2.8	26	77	10	78	47	0	4	48	1.21
91344986--91345067	42	1.9	42	82	9	103	25	25	17	31	1.97
91345031--91345818	205	3.8	205	93	0	1319	29	21	18	30	1.97
91357976--91358000	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91358041--91358113	11	6.5	11	72	17	60	64	0	2	32	1.08
91358036--91358115	25	3.4	24	78	8	85	63	1	2	32	1.15
91358054--91358139	14	6.6	13	69	22	56	60	0	5	33	1.21
91358143--91358216	26	2.8	27	78	10	73	44	1	5	48	1.34
91362697--91362744	18	2.7	18	96	0	87	25	41	29	4	1.74
91362691--91362747	6	9.5	6	78	0	51	26	38	31	3	1.73
91362857--91362941	33	2.6	32	77	5	89	20	40	17	22	1.92
91365037--91365117	40	2.0	40	100	0	162	27	22	0	50	1.49
91370770--91371158	126	3.1	126	79	5	414	37	16	16	29	1.92
91374253--91374341	29	3.1	29	66	23	80	52	4	4	38	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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