genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67209260--67209306	9	5.0	9	82	10	58	34	19	10	36	1.86
67209254--67209300	20	2.3	20	96	0	85	31	19	12	36	1.89
67209254--67209300	9	4.6	11	75	20	57	31	19	12	36	1.89
67211105--67211213	40	2.7	40	80	8	116	34	19	32	13	1.91
67213368--67213807	35	12.6	35	85	2	571	39	28	14	18	1.89
67227635--67227689	22	2.6	21	82	2	65	18	34	30	16	1.93
67230790--67230830	22	1.9	21	85	5	55	12	43	24	19	1.85
67233893--67234002	52	2.1	52	82	5	130	41	27	12	18	1.86
67233893--67234002	26	4.1	26	80	3	112	41	27	12	18	1.86
67238114--67238159	22	2.1	22	88	4	67	41	0	10	47	1.38
67247061--67247115	28	1.9	29	85	3	76	20	45	18	16	1.86
67248061--67248241	50	3.7	48	82	6	204	26	31	17	24	1.97
67248159--67248328	46	3.7	45	81	7	150	24	31	18	25	1.98
67248116--67248340	46	4.8	46	75	12	149	24	31	16	27	1.96
67248061--67248340	98	2.9	95	79	10	247	25	31	17	26	1.97
67255449--67255529	42	1.9	42	97	0	153	34	6	16	43	1.72
67257594--67257780	40	4.6	40	87	2	250	32	26	17	24	1.96
67259609--67259787	38	4.7	38	85	2	216	31	26	21	20	1.98
67263932--67264042	57	1.9	58	85	1	152	30	29	17	22	1.96
67264196--67264460	43	6.2	43	87	1	379	31	32	23	12	1.92
67265848--67265937	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
67266043--67266107	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67267176--67267208	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
67273697--67273758	27	2.2	29	85	5	83	30	25	25	17	1.97
67273868--67273928	28	2.2	28	87	0	86	32	9	24	32	1.88
67274996--67275028	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
67276730--67276904	38	4.6	38	84	1	215	35	27	17	19	1.94
67298192--67298243	19	2.7	18	79	8	50	36	3	5	53	1.43
67303836--67303896	30	2.0	30	100	0	122	36	16	22	24	1.94
67314960--67315038	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
67315157--67315473	47	6.6	47	88	5	454	29	30	8	31	1.87
67315212--67315461	51	5.1	51	91	5	417	30	28	8	32	1.87
67315157--67315473	98	3.3	98	92	2	509	29	30	8	31	1.87
67320130--67320179	25	2.0	25	84	7	66	64	10	0	26	1.25
67322244--67322285	16	2.6	16	96	0	75	35	9	21	33	1.86
67327706--67327745	21	1.9	21	100	0	80	37	10	20	32	1.85
67328556--67328594	12	3.5	12	86	13	57	61	7	5	25	1.44
67330566--67330596	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
67330563--67330602	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
67330835--67330979	53	2.7	56	80	7	183	22	24	18	34	1.96
67333584--67333657	38	1.9	38	94	0	130	59	9	13	17	1.60
67341376--67341402	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
67346247--67346534	47	6.1	47	89	0	432	32	11	29	27	1.91
67346274--67346349	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67346246--67346534	141	2.0	141	94	0	506	32	11	29	27	1.91
67346269--67346576	94	3.2	93	86	4	377	33	11	28	26	1.91
67346739--67346940	37	5.5	37	95	0	341	23	20	34	22	1.97
67348549--67348731	77	2.3	81	84	8	243	25	27	22	24	2.00
67348530--67348731	40	5.1	40	84	8	245	25	27	22	24	2.00
67356498--67356683	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
67363509--67363571	28	2.2	28	97	2	117	39	28	3	28	1.72
67363895--67363939	20	2.2	20	88	7	65	33	2	4	60	1.29
67363903--67363950	20	2.4	19	80	13	51	43	0	4	52	1.20
67364761--67364810	19	2.6	20	81	15	61	32	0	0	68	0.90
67364775--67364823	24	2.1	25	85	11	68	30	2	0	67	1.02
67365959--67365999	11	3.5	11	81	18	55	68	0	0	31	0.90
67367399--67367454	28	2.0	28	100	0	112	46	17	25	10	1.80
67368238--67368306	34	2.0	34	100	0	138	27	11	37	23	1.89
67368661--67368701	20	2.2	19	83	12	50	58	21	17	2	1.50
67369874--67369900	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
67370004--67370074	29	2.5	29	86	2	99	59	7	5	28	1.47
67370004--67370082	29	2.8	29	81	9	83	59	6	6	27	1.46
67371716--67371803	45	2.0	45	88	4	133	30	21	15	31	1.95
67371466--67372336	177	4.9	175	88	2	1190	29	21	19	29	1.97
67383620--67383870	128	2.0	127	91	0	412	36	23	14	25	1.93
67386921--67387417	47	10.4	47	89	3	724	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67387536--67387614	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67389458--67389601	43	3.4	43	96	1	265	22	15	36	26	1.93
67389583--67389656	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
67389965--67390231	39	6.9	40	77	8	189	25	22	27	25	2.00
67390042--67390231	79	2.5	74	77	8	184	24	22	26	26	2.00
67393738--67394232	47	10.4	47	90	4	742	32	9	29	29	1.88
67394351--67394429	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67459192--67459334	43	3.3	44	97	2	265	26	34	14	24	1.94
67461181--67461259	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
67461378--67461756	47	8.1	47	94	0	625	28	30	9	31	1.88
67465345--67465527	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
67465836--67465904	27	2.8	24	84	13	86	27	37	14	20	1.91
67465830--67465904	24	3.0	24	77	19	91	29	37	13	20	1.90
67465841--67465930	27	3.5	24	80	9	63	28	34	13	23	1.92
67465889--67466030	43	3.3	43	99	1	277	27	34	14	23	1.94
67467868--67467946	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
67468065--67468444	47	8.1	47	95	0	607	28	30	9	32	1.88
67476380--67476604	76	3.0	75	85	2	279	24	20	21	33	1.97
67476366--67476578	36	5.7	36	65	12	115	23	19	22	34	1.96
67479425--67479490	27	2.4	27	77	5	71	63	0	1	34	1.04
67481199--67481224	12	2.2	12	100	0	52	15	7	0	76	0.99
67482615--67482880	56	4.8	56	84	0	334	33	22	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67482615--67482880	112	2.4	112	88	0	379	33	22	15	28	1.94
67484637--67484683	20	2.3	21	75	10	53	31	4	19	44	1.70
67485202--67485283	26	3.2	26	92	0	146	31	4	26	36	1.78
67492213--67492292	26	3.2	26	94	5	146	31	6	26	36	1.81
67493772--67493823	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
67501367--67501656	142	2.0	142	97	0	544	37	19	6	35	1.78
67509090--67509137	24	2.0	24	95	0	87	12	6	27	54	1.61
67522184--67522244	30	2.0	30	93	0	104	9	27	37	24	1.87
67523089--67523119	12	2.6	12	89	0	53	0	9	0	90	0.46
67523971--67524061	41	2.2	41	96	0	164	51	5	15	27	1.65
67524147--67524186	8	5.5	8	88	11	52	72	0	0	27	0.85
67524147--67524189	17	2.6	17	89	10	63	72	0	0	27	0.85
67524070--67524208	28	4.8	27	74	15	93	69	5	3	21	1.23
67524147--67524189	3	15.3	3	86	13	65	72	0	0	27	0.85
67524098--67524189	20	4.7	20	76	11	82	72	4	2	20	1.12
67524237--67524296	22	2.7	22	82	7	68	76	3	8	11	1.12
67524287--67524334	24	1.9	24	83	8	60	66	0	4	29	1.10
67524366--67524417	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
67529442--67529493	27	1.9	27	96	0	95	17	26	11	44	1.83
67531272--67531324	25	2.1	25	100	0	106	37	11	16	33	1.85
67531532--67531558	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
67536741--67536779	20	2.1	19	86	13	55	15	15	0	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67537558--67537618	32	1.9	32	89	0	95	37	11	9	40	1.75
67538075--67538135	32	1.9	32	89	0	95	37	11	9	40	1.75
67537452--67538488	517	2.0	517	99	0	2056	30	19	12	36	1.90
67545460--67545509	24	2.1	24	96	0	91	34	4	20	42	1.70
67551814--67551872	30	2.0	30	100	0	118	30	20	37	11	1.89
67565141--67565774	44	14.2	44	73	10	374	33	17	19	29	1.94
67566849--67566928	36	2.2	36	95	0	142	26	20	18	35	1.95
67568113--67568185	35	2.1	35	100	0	146	21	16	15	46	1.83
67568309--67568356	17	2.7	19	81	9	57	62	4	8	25	1.41
67568309--67568344	19	1.9	18	88	5	54	61	5	8	25	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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