genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75876818--75876873	21	2.6	21	81	10	69	67	0	0	32	0.91
75876818--75876879	22	2.9	20	79	13	70	67	0	0	32	0.91
75877365--75877438	21	3.5	21	64	0	58	27	0	24	48	1.51
75877488--75877578	34	2.7	34	85	8	114	40	0	15	43	1.46
75877870--75878310	126	3.5	126	91	1	681	38	17	15	28	1.91
75877653--75878310	252	2.6	256	85	5	844	38	16	16	28	1.90
75881355--75881433	24	3.3	24	98	0	149	31	21	7	39	1.81
75881355--75881443	24	3.8	22	92	4	99	34	19	6	39	1.78
75881912--75881949	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
75887149--75887203	28	2.0	28	88	0	83	32	23	7	36	1.82
75893309--75893728	47	9.0	47	96	1	740	31	9	30	28	1.88
75893847--75893924	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
75895769--75895870	42	2.4	43	98	1	197	22	15	35	26	1.94
75895852--75895925	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75896233--75896428	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
75896233--75896429	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
75899828--75900252	47	9.1	47	95	1	737	32	8	29	28	1.88
75900371--75900448	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
75902296--75902398	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
75902380--75902453	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75902766--75902961	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
75902766--75902962	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75906359--75906580	47	4.7	47	97	0	417	32	9	29	28	1.88
75908790--75908852	28	2.2	28	88	0	90	31	28	6	33	1.82
75909798--75909894	46	2.1	46	80	3	106	40	18	9	31	1.82
75925853--75925891	20	2.0	20	100	0	78	20	15	10	53	1.70
75935664--75935709	23	2.0	22	91	4	74	50	0	2	47	1.13
75938497--75938610	44	2.6	44	95	0	210	19	15	30	34	1.93
75938530--75938600	22	3.2	22	64	15	56	18	14	26	40	1.88
75942026--75942093	30	2.3	30	84	0	91	26	30	22	20	1.98
75942439--75942495	29	2.0	29	100	0	114	28	35	7	29	1.83
75943148--75943260	43	2.6	43	94	0	199	36	22	13	28	1.91
75947546--75947708	42	3.9	42	78	4	184	31	15	23	29	1.95
75950481--75950685	74	2.8	73	82	4	232	34	20	23	20	1.96
75950796--75950867	25	2.9	25	85	6	85	36	20	26	16	1.94
75953682--75953775	40	2.4	38	75	7	91	17	10	37	35	1.84
75971059--75971092	17	2.0	17	94	0	59	5	17	44	32	1.73
75971065--75971098	17	2.0	17	88	0	50	8	17	41	32	1.80
75973711--75973759	23	2.1	23	88	0	71	40	8	24	26	1.83
75984386--75984459	20	3.7	20	98	0	139	12	27	37	22	1.90
75988839--75988883	18	2.5	18	88	0	63	26	4	51	17	1.65
76013472--76013510	21	1.9	20	89	5	60	12	12	41	33	1.82
76015107--76015276	31	5.5	31	71	10	105	44	18	10	27	1.81
76015107--76015276	93	1.8	93	87	2	252	44	18	10	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76015083--76015220	62	2.2	62	80	3	161	45	16	11	26	1.81
76017479--76017505	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
76019826--76019868	20	2.2	20	100	0	86	34	16	11	37	1.85
76026110--76026216	28	4.0	28	82	9	134	18	2	31	46	1.64
76026168--76026228	23	2.7	23	100	0	122	16	4	32	45	1.68
76047200--76047462	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
76047239--76047497	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
76053281--76053429	35	4.3	34	82	5	163	36	10	21	32	1.87
76053279--76053432	70	2.2	70	85	0	200	35	10	21	32	1.87
76054434--76054484	23	2.2	24	82	3	59	17	9	7	64	1.46
76056756--76056928	40	4.3	40	77	6	154	16	20	27	35	1.94
76056782--76056929	40	3.7	41	80	4	167	16	20	27	35	1.94
76057760--76057799	21	1.9	21	89	0	62	30	17	35	17	1.93
76064560--76064862	151	2.0	151	95	1	545	32	26	13	27	1.94
76068691--76068781	40	2.3	40	98	0	173	50	0	17	31	1.46
76072181--76072319	40	3.5	39	80	3	143	17	18	28	35	1.94
76072165--76072327	80	2.1	79	88	1	236	17	17	29	36	1.92
76083336--76083602	70	3.8	69	80	3	250	32	20	19	26	1.97
76083336--76083595	140	1.9	140	83	1	342	31	21	20	26	1.98
76084744--76084841	19	5.2	19	90	7	155	37	11	16	34	1.84
76084734--76084841	36	2.9	35	75	20	103	37	11	15	35	1.83
76090483--76090532	1	50.0	1	83	0	64	92	0	4	4	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76090483--76090532	15	3.5	15	94	5	86	92	0	4	4	0.48
76091481--76091930	84	5.4	84	85	8	609	31	21	21	24	1.98
76091481--76091930	166	2.7	165	84	9	560	31	21	21	24	1.98
76091740--76091867	41	3.1	41	65	18	102	32	20	21	25	1.98
76092055--76092236	87	2.1	88	80	9	203	32	18	20	28	1.96
76092613--76092655	19	2.2	20	91	8	70	39	9	16	34	1.80
76092607--76092653	19	2.8	16	79	17	58	38	10	17	34	1.84
76112910--76112939	14	2.1	14	93	0	51	46	20	0	33	1.51
76113058--76113096	19	2.0	20	90	5	62	33	15	0	51	1.44
76113776--76113850	28	2.7	28	97	0	141	22	28	29	20	1.98
76113776--76113925	28	5.2	28	82	9	124	24	26	26	23	2.00
76113832--76113930	33	3.2	33	77	14	109	25	26	24	24	2.00
76113804--76113930	61	2.1	61	85	2	166	25	25	25	23	2.00
76114277--76114468	27	7.1	27	93	0	294	25	21	18	33	1.96
76116479--76116627	41	3.5	43	77	10	119	31	26	16	25	1.96
76116480--76116630	45	3.5	41	77	8	124	31	27	16	25	1.97
76116508--76116640	45	3.0	43	76	9	128	33	26	16	24	1.96
76127435--76127464	13	2.2	14	94	5	53	43	0	13	43	1.43
76130220--76130259	19	2.2	18	90	4	62	45	10	5	40	1.60
76131497--76131535	12	3.2	12	82	13	53	71	5	5	17	1.23
76131506--76131551	20	2.4	18	82	7	56	73	2	4	19	1.10
76131502--76131632	12	10.2	12	71	22	56	67	3	4	23	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76131572--76131708	3	45.3	3	72	7	107	62	2	6	28	1.35
76133159--76133659	89	5.5	89	70	12	322	26	22	20	30	1.98
76133172--76133659	45	10.8	45	71	10	154	26	21	20	30	1.98
76133134--76133475	183	1.9	183	86	0	495	26	22	21	29	1.99
76133537--76133659	45	2.7	45	92	0	192	26	22	19	31	1.98
76134193--76134217	12	2.1	12	100	0	50	24	16	28	32	1.96
76134513--76134552	3	13.7	3	84	5	55	5	25	0	70	1.08
76137817--76137866	24	2.1	24	85	7	66	8	28	16	48	1.74
76137830--76137866	12	3.0	13	76	15	51	8	29	13	48	1.71
76139900--76139961	17	3.6	17	72	8	54	67	6	3	22	1.28
76139950--76140004	4	14.0	4	74	11	51	72	3	5	18	1.18
76140024--76140146	3	40.0	3	74	4	93	64	4	4	26	1.32
76146326--76146370	15	2.9	15	83	6	63	48	8	0	42	1.34
76152213--76152477	46	5.6	46	77	12	227	29	17	29	23	1.97
76163578--76163615	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
76165673--76165763	44	2.1	44	100	0	182	25	16	19	38	1.92
76166624--76166736	27	4.2	27	82	2	129	23	25	14	36	1.93
76167281--76167341	22	2.9	20	70	15	52	57	3	0	39	1.15
76173233--76173278	24	1.9	24	82	8	58	30	28	15	26	1.96
76175234--76175259	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
76183155--76183228	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
76191297--76191370	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76204111--76204146	11	3.2	11	88	7	54	38	8	16	36	1.79
76211621--76212260	70	9.1	70	83	0	652	31	24	18	25	1.97
76211621--76212260	210	3.0	210	84	1	764	31	24	18	25	1.97
76212334--76212383	25	2.0	25	100	0	100	28	16	20	36	1.93
76215403--76215452	20	2.5	20	83	6	57	34	8	32	26	1.85
76218199--76218238	19	2.2	18	90	4	62	45	10	5	40	1.60
76219477--76219515	12	3.2	12	82	13	53	71	5	5	17	1.23
76219486--76219531	20	2.4	18	82	7	56	73	2	4	19	1.10
76219482--76219612	12	10.2	12	71	22	56	67	3	4	23	1.25
76219552--76219688	3	45.3	3	72	7	107	62	2	6	28	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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