genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  220  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68988550--68988633	42	2.0	42	92	0	141	30	20	17	30	1.96
68996668--68996741	34	2.2	34	82	4	87	27	24	24	24	2.00
69011186--69011227	21	2.0	21	95	0	75	50	9	7	33	1.62
69015053--69015121	26	2.7	26	81	2	86	20	17	18	43	1.88
69018745--69018782	19	2.0	19	94	0	67	52	23	5	18	1.65
69020507--69020721	45	4.9	44	76	11	201	31	26	15	26	1.96
69021080--69021109	13	2.2	14	94	5	53	26	0	6	66	1.16
69023196--69023222	12	2.2	12	100	0	54	33	22	7	37	1.82
69024131--69024163	9	3.5	10	88	12	52	66	0	0	33	0.92
69024646--69026590	388	5.0	388	99	0	3845	40	11	14	32	1.83
69026965--69027129	76	2.2	76	87	2	242	50	15	4	29	1.62
69034115--69034222	42	2.6	42	75	0	126	31	14	24	29	1.95
69041253--69041331	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
69044684--69044730	12	3.6	13	80	8	51	23	0	2	74	0.93
69045838--69045888	25	2.0	26	85	14	70	66	3	15	13	1.39
69045857--69045900	19	2.3	20	81	18	58	68	6	15	9	1.38
69045858--69045899	20	2.2	19	83	12	50	71	4	14	9	1.28
69055889--69055973	44	1.9	44	85	0	116	29	29	18	22	1.98
69055943--69056056	45	2.5	45	78	5	124	34	29	14	21	1.93
69056250--69056288	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
69056289--69056327	20	2.0	20	84	0	51	23	15	7	53	1.67
69061988--69062095	40	2.7	40	86	5	155	24	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69075962--69076140	79	2.2	81	82	9	217	25	28	21	24	1.99
69075937--69076140	40	5.1	40	78	10	204	25	27	21	25	1.99
69077601--69077868	104	2.6	105	93	1	450	18	20	30	29	1.97
69085159--69085209	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
69085081--69085346	103	2.6	103	93	0	451	18	20	30	30	1.96
69089645--69089725	43	1.9	42	87	2	117	27	22	30	19	1.98
69099022--69099267	49	5.0	49	81	3	276	29	26	17	25	1.98
69099912--69099971	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
69103048--69103170	49	2.5	49	84	6	151	21	27	22	27	1.99
69103242--69103359	46	2.6	46	83	5	159	22	30	18	28	1.97
69116011--69116070	12	5.0	11	76	15	57	75	0	1	23	0.90
69116028--69116068	10	4.2	10	78	15	50	80	0	0	19	0.71
69116026--69116070	6	7.3	6	82	12	56	77	0	0	22	0.76
69121464--69121555	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
69121700--69121821	26	4.8	26	81	4	151	29	20	22	27	1.98
69121700--69121821	51	2.4	52	90	6	189	29	20	22	27	1.98
69122270--69122311	20	2.0	22	90	9	70	21	35	19	23	1.96
69122624--69122717	27	3.5	26	83	9	109	20	23	21	35	1.96
69122754--69123091	27	12.5	27	77	4	259	30	9	19	40	1.84
69122857--69123039	81	2.3	81	93	2	307	30	9	20	39	1.84
69123083--69123210	27	4.7	27	88	0	175	39	8	22	28	1.84
69130920--69130944	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69134365--69134529	47	3.5	47	88	1	233	32	7	31	28	1.86
69139637--69139762	55	2.3	54	78	5	135	26	33	23	16	1.96
69144771--69144833	31	2.0	31	100	0	126	52	6	6	34	1.52
69152911--69152984	38	1.9	38	94	0	130	27	16	28	28	1.97
69168835--69169197	48	7.6	48	89	0	496	27	31	15	24	1.96
69173069--69173292	40	5.6	40	86	3	288	24	23	26	25	2.00
69173073--69173291	83	2.7	80	87	5	282	24	23	26	25	2.00
69187293--69187368	38	2.0	38	97	0	143	30	7	14	47	1.73
69213056--69213126	22	3.1	21	77	20	56	28	1	4	66	1.19
69213074--69213122	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
69213077--69213134	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
69213847--69213881	17	2.0	18	88	5	54	37	0	28	34	1.58
69218081--69218136	28	1.9	30	85	7	80	28	14	8	48	1.74
69219646--69219687	17	2.5	17	96	0	75	42	11	0	45	1.41
69231176--69231346	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
69231180--69231351	46	3.7	46	79	13	208	21	22	28	27	1.99
69233048--69233215	47	3.6	47	98	0	320	22	32	18	27	1.97
69233256--69233479	48	4.8	48	83	10	259	23	30	18	27	1.98
69233404--69233527	47	2.7	45	79	12	135	25	27	16	30	1.97
69233261--69233527	92	2.8	92	81	9	240	23	29	18	27	1.98
69240550--69240867	48	6.7	47	76	10	193	24	29	18	27	1.98
69240547--69240869	98	3.4	97	78	11	269	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69247593--69247698	53	2.0	53	96	0	194	47	12	10	30	1.74
69250518--69250547	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
69250830--69250866	18	2.1	18	89	0	56	48	10	10	29	1.72
69251355--69251437	17	4.8	17	70	20	55	38	3	3	54	1.36
69251391--69251450	17	3.4	17	76	23	61	40	1	6	51	1.38
69255028--69255187	41	3.9	41	75	12	159	22	22	28	26	1.99
69257212--69257370	27	5.9	27	80	12	157	19	23	21	35	1.96
69257212--69257352	54	2.6	54	89	3	212	18	22	22	36	1.95
69264060--69264092	14	2.4	14	100	0	66	21	0	36	42	1.53
69265193--69265333	53	2.7	53	92	4	223	17	24	23	34	1.95
69265196--69265333	27	5.2	27	85	10	180	17	24	23	34	1.96
69265196--69265351	27	5.9	27	81	11	173	18	25	21	34	1.96
69265196--69265351	80	2.0	78	82	9	192	18	25	21	34	1.96
69266638--69266682	17	2.6	16	86	10	54	33	4	0	62	1.15
69269282--69269332	23	2.3	23	90	6	79	58	0	0	41	0.98
69270412--69270458	9	5.1	9	80	12	51	68	2	0	29	1.02
69270407--69270444	17	2.2	18	86	13	53	63	0	0	36	0.95
69270508--69270566	22	2.7	22	71	10	57	57	0	6	35	1.25
69270540--69270601	29	2.1	30	93	3	108	59	1	0	38	1.07
69270529--69270605	29	2.4	33	79	16	99	59	1	2	36	1.19
69271138--69271167	15	2.0	15	93	0	51	56	0	6	36	1.26
69273659--69273700	17	2.5	17	96	0	75	35	19	19	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69279254--69279299	8	5.8	8	84	7	58	60	0	2	36	1.09
69279253--69279298	23	2.0	24	91	4	76	58	0	2	39	1.10
69279291--69279324	16	2.2	15	89	5	50	76	0	11	11	1.02
69281847--69281878	10	3.2	10	90	0	55	53	28	0	18	1.45
69287655--69287705	24	2.1	24	85	0	66	21	25	15	37	1.93
69289103--69289127	12	2.1	12	100	0	50	16	28	32	24	1.96
69300536--69300579	22	1.9	22	86	9	61	34	18	2	45	1.62
69302095--69302169	26	2.9	26	85	0	87	26	29	8	36	1.85
69307372--69307405	16	2.1	17	88	5	52	11	0	11	76	1.02
69309847--69309946	49	2.0	49	96	0	182	33	16	18	33	1.92
69314180--69315170	333	3.0	333	97	0	1883	28	15	18	37	1.92
69316991--69317033	15	2.7	16	85	10	61	27	0	6	65	1.18
69318335--69318368	12	2.8	12	86	4	50	55	23	20	0	1.43
69326116--69326277	45	3.6	45	89	5	238	23	21	26	28	1.99
69328016--69328225	55	3.9	53	76	8	217	33	18	26	22	1.96
69328023--69328223	108	1.8	110	85	4	282	32	18	26	22	1.97
69335677--69335915	55	4.5	54	74	12	219	38	17	22	21	1.93
69335684--69335884	108	1.8	110	86	4	291	36	17	22	22	1.94
69338309--69338346	8	4.8	8	96	0	67	57	0	2	39	1.12
69346362--69346423	32	1.9	32	90	0	97	24	29	25	20	1.99
69359587--69359643	27	2.1	27	100	0	114	26	3	17	52	1.60
69367996--69368035	17	2.4	17	95	0	71	20	10	12	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69370162--69370193	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
69379559--69379926	48	7.7	48	88	2	467	19	17	27	35	1.95
69383237--69383414	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
69383237--69383414	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
69383258--69383413	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
69391506--69391683	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
69391506--69391683	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
69391527--69391682	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
69394242--69394291	21	2.4	21	83	3	57	20	2	8	70	1.23
69397251--69397301	26	2.0	26	84	3	68	62	3	1	31	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325