genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73098079--73098146	34	2.0	34	100	0	136	20	23	8	47	1.78
73103001--73103052	26	2.0	26	82	10	63	46	5	23	25	1.74
73104679--73104715	18	2.2	18	90	9	60	21	10	2	64	1.37
73112380--73112431	23	2.4	22	75	12	54	32	17	7	42	1.77
73119275--73119313	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
73121780--73121841	29	2.1	29	84	0	79	37	8	0	54	1.30
73123698--73123732	18	1.9	18	94	0	61	5	5	45	42	1.51
73127741--73127774	18	1.9	18	88	5	52	79	2	17	0	0.86
73128627--73128752	63	2.0	63	98	0	243	34	5	14	45	1.68
73128757--73128789	15	2.4	14	90	10	50	18	0	0	81	0.68
73129173--73129217	19	2.4	18	78	7	54	31	4	2	62	1.27
73129977--73130033	29	1.9	30	82	10	73	31	26	1	40	1.66
73132838--73133061	46	4.7	47	75	11	190	28	19	28	23	1.98
73132981--73133112	49	2.7	47	85	3	174	25	20	29	24	1.99
73132926--73133112	97	1.9	97	82	4	234	27	19	28	24	1.99
73135506--73135549	22	2.0	22	86	0	61	54	2	0	43	1.12
73136731--73136876	47	3.1	47	85	3	172	26	22	17	33	1.96
73136731--73136876	23	6.3	23	71	7	107	26	22	17	33	1.96
73137059--73137119	20	3.0	20	88	4	79	39	6	18	36	1.76
73137070--73137166	20	4.8	20	73	12	65	38	7	15	39	1.75
73143852--73144084	47	5.0	47	80	7	251	25	20	18	35	1.96
73143850--73144059	23	9.0	22	70	18	124	24	20	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73144223--73144262	20	2.0	20	95	0	71	42	0	22	35	1.54
73144226--73144269	20	2.2	20	87	0	61	40	2	20	36	1.65
73151296--73151322	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
73151307--73151335	9	3.3	9	90	9	51	55	10	0	34	1.34
73154761--73154809	23	2.3	21	82	10	55	51	30	2	16	1.56
73158392--73158421	15	1.9	16	93	6	53	36	26	3	33	1.73
73166923--73167020	46	2.1	48	84	3	128	26	22	15	35	1.94
73174057--73174184	42	3.1	42	82	3	134	40	17	24	17	1.91
73174091--73174160	21	3.3	21	71	15	63	41	17	22	18	1.90
73185702--73185830	46	2.8	45	83	12	174	25	19	30	24	1.98
73187357--73188000	126	5.1	126	87	1	864	29	17	15	38	1.90
73188084--73188213	34	3.7	35	79	8	158	44	14	0	40	1.45
73195226--73195442	114	1.9	113	86	0	308	29	28	19	23	1.98
73195333--73195627	141	2.1	139	82	5	360	35	22	16	25	1.95
73198246--73198277	12	2.6	13	90	9	50	50	21	6	21	1.71
73205328--73205359	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
73205819--73205977	44	3.7	43	75	12	139	29	25	18	27	1.98
73205814--73205970	86	1.8	85	82	4	199	28	26	19	25	1.98
73207709--73207825	22	5.3	22	80	0	90	33	22	28	16	1.95
73212848--73213062	50	4.3	50	77	5	211	29	12	19	39	1.87
73212848--73213056	99	2.1	100	83	5	262	29	11	18	40	1.86
73213523--73213586	22	3.0	22	70	20	55	29	1	20	48	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73220511--73220566	22	2.4	24	82	14	73	30	3	23	42	1.71
73221157--73221220	22	3.0	22	70	20	55	29	1	20	48	1.59
73221533--73221634	51	2.0	51	100	0	204	37	15	15	31	1.89
73223533--73223558	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
73235669--73235766	39	2.5	39	94	0	169	25	20	27	26	1.99
73235669--73235824	39	4.0	39	84	2	163	24	21	28	25	1.99
73235669--73235824	78	2.0	77	81	6	181	24	21	28	25	1.99
73238558--73238611	25	2.1	26	83	16	69	29	3	3	62	1.29
73242594--73242705	27	4.1	27	78	7	111	16	23	21	38	1.93
73252690--73252798	42	2.6	42	80	8	123	33	27	15	22	1.95
73254802--73254848	24	2.0	24	87	8	69	23	0	2	74	0.93
73257117--73257195	31	2.5	31	97	0	149	26	25	18	29	1.98
73257219--73257310	42	2.2	42	90	0	139	35	21	14	28	1.92
73257455--73257577	26	4.8	26	90	3	187	29	22	21	26	1.99
73258383--73258469	27	3.2	27	90	3	122	18	25	20	35	1.95
73258500--73258981	27	17.8	27	77	6	188	33	8	20	37	1.82
73258611--73258792	81	2.3	81	89	2	269	30	7	20	41	1.80
73258811--73258967	54	2.9	54	87	0	215	40	6	21	32	1.78
73258782--73259012	81	2.9	81	74	0	219	35	6	21	36	1.80
73272797--73272827	16	1.9	16	93	0	53	58	35	0	6	1.24
73273042--73273073	16	2.1	15	94	5	55	81	0	0	18	0.70
73273098--73273127	9	3.3	9	90	0	51	13	36	0	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73279403--73279497	49	1.9	49	93	0	163	23	7	14	54	1.65
73290353--73290683	48	6.9	47	83	5	303	24	28	17	29	1.97
73290402--73290673	144	1.9	143	82	6	345	23	28	17	30	1.97
73292611--73292865	55	4.8	53	80	9	256	36	16	24	21	1.94
73292618--73292818	108	1.8	110	89	4	318	35	17	24	22	1.95
73292934--73292978	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
73315148--73315480	48	6.9	48	78	5	264	24	27	18	29	1.98
73315196--73315473	96	2.9	95	79	7	294	24	27	19	29	1.98
73315198--73315471	144	1.9	144	83	5	358	24	27	18	29	1.98
73318613--73318752	50	2.8	51	83	4	185	25	18	27	29	1.98
73320287--73320326	20	2.0	21	85	5	55	45	7	17	30	1.76
73328136--73328214	26	3.0	26	68	3	70	20	17	26	35	1.95
73328255--73328297	22	2.0	22	85	0	59	9	2	46	41	1.48
73331954--73332013	27	2.2	27	87	0	84	21	20	23	35	1.96
73331969--73332022	27	2.0	27	88	0	81	18	24	24	33	1.97
73332008--73332078	26	2.7	26	82	4	81	12	21	26	39	1.89
73336667--73336842	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
73336664--73336834	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
73338445--73338508	26	2.5	26	84	5	85	26	21	14	37	1.92
73342133--73342186	27	2.0	27	82	7	65	31	16	18	33	1.93
73342253--73342327	26	2.9	27	86	4	91	20	21	21	37	1.95
73360274--73360324	18	2.8	17	77	16	50	41	17	3	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73360926--73361159	113	2.1	113	92	0	387	38	20	18	21	1.93
73361992--73362421	214	2.0	214	98	0	824	35	25	10	28	1.89
73364468--73364517	21	2.4	21	93	0	82	44	20	8	28	1.79
73366750--73366907	43	3.7	44	82	6	189	27	17	21	33	1.95
73370314--73370353	19	2.1	19	100	0	80	37	10	10	42	1.72
73385611--73385855	48	5.1	48	88	2	323	27	17	28	26	1.97
73385627--73385855	95	2.4	95	88	1	323	26	17	29	26	1.98
73385627--73385888	48	5.5	47	86	3	303	26	17	29	27	1.97
73392047--73392071	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
73395624--73395753	49	2.7	49	91	1	208	24	17	28	29	1.97
73399026--73399057	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
73409217--73409276	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
73421223--73421344	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
73421195--73421540	47	7.3	47	92	2	500	27	30	9	32	1.89
73424880--73425239	40	9.1	40	92	0	553	25	28	22	24	2.00
73424880--73425239	119	3.0	120	91	1	571	25	28	22	24	2.00
73425293--73425367	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
73427794--73428184	47	8.3	47	92	3	567	27	30	9	31	1.89
73427815--73428178	139	2.6	139	91	3	568	26	31	10	31	1.90
73434331--73434365	14	2.6	13	82	8	52	68	11	5	14	1.37
73435143--73435421	48	5.8	48	89	3	302	28	17	27	26	1.98
73437633--73437658	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73448743--73448837	25	3.8	25	91	0	154	26	24	25	24	2.00
73449043--73449229	54	3.5	54	86	2	232	26	20	17	35	1.95
73449043--73449229	81	2.3	81	81	9	213	26	20	17	35	1.95
73449043--73449230	27	7.0	27	80	7	193	26	20	17	36	1.94
73449222--73449427	27	7.7	27	85	0	216	30	10	19	39	1.85
73449220--73449441	81	2.8	81	81	3	243	30	9	21	38	1.86
73449310--73449806	81	6.2	80	81	3	295	38	7	21	32	1.81
73449364--73449842	108	4.5	108	86	2	520	39	7	21	31	1.81
73449420--73449842	27	15.8	27	84	2	503	40	7	21	30	1.81
73456437--73456480	22	2.0	23	90	4	72	40	0	4	54	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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