genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  199  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62352062--62352206	22	6.6	22	75	11	118	33	5	24	36	1.79
62351777--62353207	111	13.1	111	66	21	505	32	7	23	37	1.82
62352088--62352257	89	1.9	89	81	9	204	34	6	22	37	1.80
62352397--62352441	23	2.0	23	86	0	63	37	6	15	40	1.74
62352530--62352669	23	6.1	23	77	15	139	35	7	23	34	1.82
62352507--62352681	68	2.6	67	77	15	189	34	6	23	35	1.80
62352753--62352886	23	5.8	23	68	21	68	32	6	24	36	1.82
62352980--62353103	23	5.5	22	70	19	78	37	8	21	33	1.83
62353326--62353374	21	2.3	20	77	16	55	34	4	22	38	1.73
62353374--62353622	23	11.2	22	71	15	115	32	7	23	36	1.83
62353667--62353716	19	2.5	22	78	18	63	40	6	20	34	1.77
62353797--62353861	23	2.9	23	81	9	80	36	7	26	29	1.84
62354019--62354386	23	16.8	23	69	17	123	34	9	23	33	1.86
62354025--62354152	67	1.9	65	83	10	161	35	9	23	32	1.87
62354025--62354148	22	5.6	22	75	15	82	36	9	23	30	1.87
62354032--62354154	44	2.8	44	75	10	126	35	8	23	32	1.84
62353769--62354539	217	3.5	224	81	11	852	32	7	23	35	1.83
62354224--62354298	22	3.3	23	80	10	93	37	9	24	29	1.86
62354224--62354324	45	2.2	45	84	6	125	34	7	24	32	1.85
62354719--62354774	22	2.7	20	83	10	67	33	7	21	37	1.81
62356488--62356692	41	5.3	39	81	10	206	23	20	28	27	1.99
62356437--62356692	37	6.6	40	79	13	218	23	19	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62356496--62356692	80	2.5	77	81	11	231	23	19	28	28	1.98
62358168--62358969	23	35.0	23	74	10	455	32	6	23	37	1.81
62358157--62365854	206	37.3	206	80	9	2268	31	7	23	37	1.82
62359904--62365744	46	127.7	46	72	11	850	32	6	24	36	1.82
62361454--62362906	23	64.0	23	76	12	876	31	7	24	36	1.82
62361461--62365745	92	46.9	91	72	13	1684	31	6	24	36	1.82
62362964--62365347	23	104.0	23	73	13	1048	32	6	24	36	1.82
62359031--62361378	23	103.0	23	74	10	1488	32	7	23	36	1.82
62358172--62365773	229	33.3	225	83	7	4195	32	7	23	36	1.82
62362970--62365773	23	121.8	23	69	18	910	32	6	23	36	1.82
62369262--62379625	46	228.8	45	73	9	5971	32	7	23	36	1.82
62369262--62376196	137	50.3	138	70	13	840	32	7	23	36	1.82
62369262--62369598	23	14.7	23	77	9	314	33	6	24	35	1.82
62369677--62379627	23	436.2	23	71	13	3800	32	7	23	36	1.82
62369262--62379336	229	44.6	225	88	5	7548	32	7	23	36	1.82
62369703--62378641	206	43.6	204	73	12	2503	32	7	23	36	1.82
62372217--62372258	22	1.9	22	85	9	59	30	0	28	40	1.57
62372068--62375224	160	19.7	159	71	13	572	32	7	23	36	1.82
62377527--62378130	225	2.7	225	94	4	106	31	6	24	37	1.82
62381203--62381380	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62381204--62381359	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62381200--62381380	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62389376--62389553	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62389377--62389532	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62389373--62389553	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62391258--62391335	24	3.2	24	90	0	111	34	3	41	20	1.71
62392764--62392874	27	4.1	27	87	1	143	15	25	20	38	1.92
62397086--62397135	25	2.0	25	100	0	100	32	4	36	28	1.76
62399072--62399148	24	3.2	24	88	3	102	35	3	38	22	1.72
62400490--62400568	27	3.0	26	81	5	77	17	24	17	40	1.91
62404245--62404269	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
62406586--62406631	22	2.1	22	91	0	74	36	21	23	17	1.94
62406818--62406878	27	2.3	27	82	5	70	31	19	13	36	1.90
62423230--62423282	24	2.2	24	86	0	70	22	43	1	32	1.64
62429455--62429538	27	3.2	26	85	8	107	39	22	22	15	1.92
62430970--62431046	24	3.2	24	90	0	118	19	44	3	32	1.69
62434761--62434863	31	3.4	30	88	6	138	27	26	19	27	1.99
62434786--62434863	31	2.5	31	95	2	140	28	26	19	25	1.99
62434887--62434979	42	2.2	42	90	0	141	39	19	11	29	1.87
62435123--62435245	26	4.8	26	89	1	178	28	23	21	26	1.99
62435123--62435245	52	2.4	51	94	2	212	28	23	21	26	1.99
62435295--62435370	20	3.9	20	86	8	104	32	19	10	36	1.86
62435295--62435350	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89
62435397--62435444	25	1.9	25	100	0	96	31	20	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62436046--62436110	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
62436141--62436437	27	11.0	27	75	6	163	31	8	19	40	1.81
62436253--62436446	54	3.6	53	78	4	192	29	7	21	40	1.81
62436425--62436741	27	11.7	27	87	0	391	41	9	21	27	1.83
62448555--62448666	43	2.6	42	84	2	152	30	16	24	29	1.96
62455650--62455739	29	3.1	29	96	0	162	31	4	20	44	1.71
62459138--62459187	20	2.5	20	90	0	73	44	0	32	24	1.54
62466515--62466598	42	2.0	42	100	0	168	38	23	2	35	1.68
62472810--62472871	31	2.0	31	100	0	124	25	12	22	38	1.90
62479482--62479550	17	3.9	18	74	10	63	37	1	1	59	1.15
62479487--62479550	25	2.4	27	84	10	96	35	1	1	60	1.15
62479482--62479551	8	8.2	8	74	21	54	37	1	1	60	1.15
62486107--62486215	6	17.8	6	69	17	64	49	15	16	18	1.80
62486116--62486214	37	2.7	37	88	3	146	50	15	16	18	1.78
62486129--62486237	31	3.3	31	76	14	101	49	12	18	19	1.79
62486355--62486462	27	4.0	27	82	5	112	37	21	22	19	1.95
62486355--62486462	54	2.0	53	83	1	135	37	21	22	19	1.95
62486477--62486540	22	2.9	22	81	9	85	34	23	20	21	1.97
62486930--62487426	27	18.5	27	85	3	639	26	21	16	35	1.94
62487477--62487769	27	10.9	27	85	2	297	28	9	21	39	1.85
62489218--62489254	16	2.4	16	86	8	51	48	0	8	43	1.32
62489262--62489290	12	2.5	12	94	5	51	34	0	6	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62492358--62492587	40	5.8	40	89	1	311	24	21	27	26	1.99
62492358--62492613	40	6.4	39	87	4	295	25	21	26	25	2.00
62494818--62494865	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
62495263--62495346	31	2.7	31	88	1	134	32	15	26	26	1.96
62501661--62501708	24	2.1	22	81	14	53	41	18	0	39	1.51
62506151--62506259	49	2.3	47	91	4	173	33	6	30	30	1.83
62506376--62506454	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
62509234--62509456	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
62509213--62509456	40	6.1	40	84	6	291	25	27	22	24	2.00
62511695--62511768	29	2.6	29	91	4	114	27	16	31	25	1.96
62512158--62512434	40	6.9	40	87	1	340	25	20	27	26	1.99
62512117--62512434	80	4.0	80	83	3	345	25	21	26	26	1.99
62516084--62516241	49	3.2	48	94	2	264	30	8	31	30	1.86
62516358--62516436	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
62528149--62528198	11	4.8	11	80	11	61	34	18	12	36	1.87
62528149--62528186	20	1.9	20	100	0	76	34	18	10	36	1.85
62528235--62528281	24	1.9	25	86	4	69	31	14	19	34	1.92
62537153--62537237	41	2.1	41	93	0	143	52	10	25	10	1.68
62547862--62547894	16	2.0	17	88	5	50	33	6	3	57	1.38
62548801--62548878	40	2.0	40	92	0	129	30	29	17	21	1.97
62555000--62555029	11	2.6	12	94	5	53	16	6	0	76	0.99
62560039--62560140	35	2.9	35	82	0	132	25	8	21	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62563033--62563071	21	1.9	20	84	5	51	23	23	41	12	1.88
62563425--62563491	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
62563540--62563625	24	3.6	24	98	0	163	31	22	22	24	1.98
62563540--62563747	48	4.5	48	81	14	249	30	21	21	26	1.98
62563611--62563640	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
62563565--62563688	63	2.0	63	93	3	214	32	19	21	26	1.97
62563541--62563709	87	1.9	87	93	2	295	31	20	21	26	1.98
62563628--62563747	24	5.0	24	90	3	179	29	21	20	28	1.98
62564226--62564254	9	3.3	9	95	4	51	10	17	0	72	1.11
62571793--62571848	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325