genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27092157--27092212	18	3.4	18	68	27	61	25	46	7	21	1.76
27092146--27092232	30	2.9	30	92	0	147	26	48	5	19	1.71
27092785--27092855	25	2.8	26	79	8	85	35	7	2	54	1.42
27092799--27092858	14	4.1	15	77	14	54	33	5	1	60	1.29
27092868--27092934	25	2.9	22	78	10	71	29	5	5	58	1.46
27092874--27092960	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
27092929--27092977	23	2.1	23	85	7	64	30	8	4	57	1.47
27093090--27093137	16	3.1	15	87	6	60	31	4	2	62	1.26
27093090--27093141	8	6.5	8	78	8	52	30	3	1	63	1.23
27094238--27094302	32	2.0	32	100	0	130	43	12	6	38	1.67
27096798--27096843	22	2.1	22	84	8	58	47	8	2	41	1.46
27097744--27097792	23	2.1	23	96	0	89	30	16	10	42	1.81
27099250--27099317	20	3.4	20	75	0	64	30	19	33	16	1.93
27099274--27099334	20	3.0	20	77	13	63	22	16	39	21	1.92
27099329--27099444	40	2.9	40	85	0	133	36	12	28	22	1.91
27099438--27099480	20	2.2	20	87	8	61	39	23	27	9	1.85
27105716--27105891	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
27105713--27105884	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
27107795--27107825	12	2.6	12	94	0	53	32	0	3	64	1.09
27107841--27107877	13	2.9	13	88	11	51	29	8	5	56	1.51
27112412--27112452	7	6.0	7	81	16	50	60	2	0	36	1.10
27112525--27112566	17	2.4	18	80	4	50	42	2	2	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27118783--27118819	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
27125576--27125805	115	2.0	115	100	0	460	46	14	20	18	1.83
27128824--27128890	31	2.2	30	89	5	100	32	10	13	43	1.78
27128824--27128903	31	2.7	29	86	5	88	33	8	12	45	1.73
27129045--27129133	31	3.0	30	81	4	108	40	15	11	32	1.83
27129086--27129155	29	2.3	29	85	4	86	41	14	8	35	1.76
27130042--27130129	44	2.0	43	95	2	158	39	11	6	42	1.68
27138708--27139020	46	6.8	46	92	0	430	39	13	24	21	1.90
27139008--27139037	15	2.0	15	100	0	60	46	6	20	26	1.75
27140236--27140264	13	2.2	13	100	0	58	44	6	10	37	1.65
27152474--27152588	57	2.0	57	89	0	176	36	13	18	32	1.89
27154034--27154093	31	1.9	31	93	0	102	33	13	11	41	1.80
27154096--27154127	16	2.0	16	93	0	55	18	15	12	53	1.73
27155034--27155117	35	2.4	35	95	0	150	44	11	7	36	1.69
27168010--27168095	42	2.0	42	100	0	172	31	11	22	34	1.90
27175317--27175393	34	2.3	34	79	4	93	31	19	19	29	1.96
27179199--27179239	16	2.4	18	80	12	50	31	0	2	65	1.05
27184143--27184172	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
27186237--27186274	17	2.2	18	90	4	60	57	2	2	36	1.26
27188235--27188300	9	7.4	9	70	16	57	31	3	3	62	1.26
27191748--27191844	43	2.3	43	89	3	142	30	25	21	21	1.98
27192137--27192184	21	2.3	21	88	0	69	4	58	16	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27197740--27197867	9	13.6	9	74	12	105	32	0	19	46	1.55
27197773--27197850	39	2.0	39	94	0	138	33	0	20	46	1.51
27197765--27197856	48	1.9	48	88	0	139	33	0	20	45	1.52
27197740--27197867	57	2.2	57	85	0	175	32	0	19	46	1.55
27198553--27198581	10	2.9	10	100	0	58	31	20	0	48	1.50
27198771--27199101	183	1.8	182	95	0	608	42	14	15	27	1.85
27200112--27200408	148	2.0	148	99	0	585	35	16	14	33	1.90
27203587--27203629	14	2.9	15	79	6	61	46	27	0	25	1.53
27203587--27203634	14	3.4	14	82	2	60	47	25	0	27	1.52
27203791--27203958	41	4.1	40	80	6	167	20	22	20	37	1.94
27216422--27216470	14	3.6	13	78	8	53	38	30	4	26	1.75
27219042--27219102	26	2.3	27	81	13	74	37	3	1	57	1.25
27219350--27219393	16	2.8	16	78	0	52	72	2	0	25	0.96
27221455--27221534	31	2.6	30	84	5	106	22	16	15	46	1.84
27223284--27223341	26	2.3	25	80	11	64	37	12	3	46	1.58
27226036--27226065	12	2.5	12	94	0	51	30	43	20	6	1.77
27230012--27230042	14	2.2	14	94	0	53	64	0	9	25	1.24
27230047--27230086	14	2.9	14	88	0	62	72	0	2	25	0.97
27230090--27230148	30	1.9	30	82	6	73	55	5	0	38	1.22
27230373--27230422	15	3.4	16	76	18	63	64	0	6	30	1.18
27230402--27230451	23	2.2	23	82	7	57	68	2	8	22	1.26
27231648--27232136	135	3.6	134	89	2	705	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27235169--27235255	33	2.6	33	83	7	97	19	43	10	26	1.83
27236765--27236833	18	3.8	18	78	0	75	40	13	8	37	1.75
27236765--27236853	36	2.4	37	83	1	117	40	13	8	37	1.76
27236978--27237084	47	2.3	47	90	0	160	41	21	19	17	1.91
27236971--27237090	47	2.4	49	79	10	145	41	20	19	18	1.90
27237272--27237308	20	1.9	20	94	5	67	37	2	0	59	1.12
27237269--27237317	20	2.5	20	80	6	64	32	4	0	63	1.13
27237831--27237862	15	2.0	17	88	11	50	50	3	3	43	1.33
27238334--27238380	22	2.0	24	88	8	71	38	14	4	42	1.66
27246527--27246693	9	17.6	9	76	10	154	46	21	0	31	1.56
27246544--27246660	39	3.0	39	98	0	225	46	22	0	31	1.52
27246538--27246693	48	3.3	47	80	3	186	45	22	0	31	1.57
27246527--27246691	57	2.9	57	83	7	192	46	21	0	30	1.56
27246527--27246678	39	4.1	37	90	6	202	46	21	0	30	1.56
27252555--27252778	43	5.3	43	82	4	283	24	20	22	33	1.97
27252555--27252777	85	2.6	85	83	3	288	24	20	22	32	1.98
27253640--27253696	27	2.1	27	86	0	78	28	22	28	21	1.99
27260920--27261083	35	4.5	35	83	8	195	31	10	25	33	1.89
27260920--27261083	75	2.3	71	84	9	215	31	10	25	33	1.89
27265073--27265131	25	2.4	25	85	5	75	25	20	3	50	1.63
27267423--27267514	36	2.6	36	94	0	157	25	17	29	28	1.97
27267679--27268117	139	3.2	138	88	3	614	41	15	23	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27267665--27268117	185	2.4	185	90	2	669	41	14	23	20	1.89
27267678--27268117	46	9.5	47	87	4	538	41	15	23	19	1.89
27274733--27274810	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
27274744--27274811	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
27275006--27275031	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
27282124--27282201	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
27282135--27282202	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
27282408--27282433	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
27283091--27283149	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
27283148--27283181	3	11.3	3	100	0	68	32	0	32	35	1.58
27284938--27284973	11	3.4	10	88	11	54	77	0	0	22	0.76
27285973--27286016	12	3.2	15	75	18	51	31	4	2	61	1.28
27286097--27286166	28	2.4	29	79	15	81	30	8	5	55	1.53
27286244--27286306	33	1.9	32	87	3	90	34	6	0	58	1.23
27291369--27291394	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
27295089--27295147	7	8.4	7	76	14	50	37	0	0	62	0.95
27295112--27295170	15	3.7	15	73	10	55	42	0	1	55	1.09
27295123--27295170	17	2.9	17	75	12	55	41	0	2	56	1.11
27295088--27295150	21	3.0	21	72	17	60	39	0	0	60	0.97
27295840--27295901	25	2.3	28	75	8	67	61	3	3	32	1.28
27295832--27295963	46	2.8	49	77	13	143	59	2	3	34	1.25
27295853--27295959	19	5.7	19	67	17	62	58	1	2	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27295853--27295989	48	2.9	47	81	11	140	57	1	3	37	1.25
27295994--27296043	25	2.0	26	84	4	66	64	4	0	32	1.12
27298869--27298920	25	2.1	25	85	7	70	0	28	3	67	1.08
27301926--27302146	80	2.8	80	80	7	211	27	27	20	23	1.99
27301966--27302146	80	2.3	80	84	9	228	28	27	20	23	1.99
27301963--27302146	40	4.6	40	82	7	205	28	27	20	23	1.99
27306921--27306987	29	2.3	30	78	2	82	38	8	11	40	1.74
27307794--27307868	30	2.5	30	85	6	107	36	18	5	40	1.74
27309148--27309179	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
27319940--27319978	15	2.6	15	87	0	51	35	2	30	30	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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