genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87465170--87465353	79	2.3	81	79	7	198	26	22	26	25	2.00
87465169--87465353	40	4.7	40	81	6	198	25	22	26	25	2.00
87473205--87473425	47	4.7	47	81	7	268	29	16	23	29	1.96
87473300--87473470	47	4.0	38	71	23	135	29	16	25	28	1.97
87473205--87473463	94	2.8	92	87	7	352	30	16	24	29	1.96
87478026--87478232	53	3.8	53	74	5	173	37	16	24	21	1.93
87489076--87489188	27	4.2	26	84	8	136	17	23	22	36	1.95
87489076--87489197	55	2.2	54	84	4	156	18	25	22	34	1.96
87495766--87495829	31	2.1	31	87	0	92	23	20	15	40	1.90
87496038--87496120	25	3.4	25	83	11	109	33	21	15	28	1.94
87496060--87496145	25	3.4	25	82	9	104	31	22	18	27	1.97
87503823--87503929	38	2.8	38	94	0	178	24	21	14	39	1.91
87503887--87503946	31	1.9	31	86	0	84	26	20	15	38	1.91
87504155--87504261	25	4.4	24	85	10	137	28	22	21	28	1.99
87504309--87504355	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
87506266--87506301	18	2.0	18	100	0	72	33	22	22	22	1.97
87511355--87511384	13	2.3	13	100	0	60	16	30	20	33	1.94
87512109--87512147	16	2.4	16	87	8	53	48	2	0	48	1.15
87525415--87525461	18	2.6	18	86	3	58	42	4	31	21	1.72
87528355--87528423	21	3.3	21	71	18	63	40	0	10	49	1.37
87528364--87528432	20	3.2	23	73	21	69	44	0	10	44	1.37
87531335--87531394	23	2.6	23	100	0	120	13	33	33	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87533269--87533420	43	3.6	41	73	10	128	32	25	19	23	1.97
87547805--87547829	7	3.6	7	100	0	50	64	0	0	36	0.94
87552091--87552131	16	2.6	16	96	0	73	29	2	48	19	1.61
87557609--87557653	21	2.1	21	91	0	72	15	24	20	40	1.91
87557616--87557661	21	2.2	21	88	0	65	17	26	19	36	1.94
87558940--87558969	13	2.3	13	100	0	60	60	6	6	26	1.47
87563716--87563769	25	2.2	25	83	6	65	16	24	44	14	1.85
87567057--87567280	48	4.8	48	76	11	239	26	20	25	27	1.99
87567057--87567280	96	2.4	94	85	6	278	26	20	25	27	1.99
87572556--87572634	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
87572752--87572920	49	3.5	49	96	2	306	30	30	8	30	1.87
87572893--87572948	28	2.0	28	100	0	112	28	32	7	32	1.84
87572846--87572995	75	2.0	75	100	0	300	29	30	8	32	1.86
87572921--87573239	47	6.8	47	99	0	620	30	29	8	31	1.87
87573074--87573154	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
87584866--87584890	13	1.9	13	100	0	50	64	12	8	16	1.49
87604723--87604796	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
87607313--87607359	20	2.4	20	85	3	60	6	29	23	40	1.79
87609513--87609692	97	1.9	96	87	3	263	23	22	30	23	1.99
87609513--87609644	49	2.7	49	84	3	178	25	23	29	21	1.99
87609380--87609686	141	2.2	142	79	8	324	25	21	28	24	1.99
87609515--87609682	48	3.5	46	78	10	167	25	22	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87611689--87611729	18	2.3	19	91	8	68	17	46	26	9	1.79
87613941--87613966	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
87631418--87631443	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
87634722--87634768	24	2.0	24	95	0	85	31	14	0	53	1.42
87637311--87637463	40	3.9	40	85	3	186	20	28	13	38	1.90
87640165--87640195	16	1.9	16	93	0	53	51	12	0	35	1.40
87642729--87642774	24	1.9	24	86	8	67	30	2	17	50	1.58
87642723--87642784	24	2.5	24	75	17	65	29	1	20	48	1.59
87650695--87650733	20	2.0	20	90	5	62	25	17	0	56	1.41
87650867--87650927	30	2.0	31	93	3	106	19	34	0	45	1.51
87650867--87650914	14	3.3	14	72	11	51	20	31	0	47	1.50
87652449--87652484	5	7.2	5	90	0	54	38	19	16	25	1.92
87656027--87656129	48	2.2	48	84	6	131	34	15	25	24	1.94
87659425--87659460	15	2.5	14	86	8	54	47	0	0	52	1.00
87659576--87659979	204	2.0	204	98	0	781	31	18	13	36	1.90
87659957--87660224	4	67.5	4	91	1	288	40	0	58	0	1.04
87660222--87660265	6	7.8	6	78	21	51	20	0	79	0	0.73
87660224--87660271	10	4.8	10	87	10	71	20	0	79	0	0.74
87660222--87660283	16	3.8	16	79	14	56	24	0	74	1	0.91
87660079--87660285	21	9.5	21	71	20	106	32	0	65	0	1.03
87659957--87660287	12	29.5	11	82	11	218	37	0	61	0	1.03
87661356--87661380	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87670983--87671014	12	2.7	12	90	0	55	34	34	21	9	1.86
87682216--87682386	45	3.7	45	88	3	227	25	15	30	28	1.95
87683857--87683898	17	2.5	17	100	0	84	16	7	28	47	1.73
87688156--87688214	30	2.0	30	82	0	73	33	8	25	32	1.86
87690293--87690378	43	2.0	43	86	4	120	24	31	20	23	1.98
87700290--87700328	17	2.3	17	95	0	69	20	7	12	58	1.58
87707516--87707571	27	2.1	27	89	0	85	37	21	10	30	1.87
87707526--87707665	27	5.2	27	85	1	156	37	18	17	27	1.93
87707561--87707694	54	2.5	54	83	2	153	35	17	20	26	1.95
87709179--87709362	67	2.8	64	75	10	178	29	17	29	23	1.97
87712217--87712343	45	2.9	44	88	4	184	26	29	22	22	1.99
87727737--87727804	34	2.0	34	100	0	136	32	8	26	32	1.87
87733336--87733395	23	2.4	25	75	13	70	73	0	1	25	0.93
87733671--87733894	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
87734223--87734286	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
87734230--87734286	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
87736214--87736279	32	2.1	32	100	0	132	34	18	6	40	1.75
87736523--87736814	148	2.0	148	93	1	505	38	18	12	29	1.88
87737465--87737751	50	5.8	50	85	7	336	27	18	30	24	1.98
87737465--87737751	99	2.9	97	86	6	346	27	18	30	24	1.98
87740522--87740560	20	1.9	21	89	5	62	30	17	7	43	1.77
87741260--87741320	24	2.7	23	79	5	70	16	31	3	49	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87743305--87743381	13	5.8	13	75	11	59	44	2	19	33	1.65
87743330--87743383	27	2.0	27	85	7	74	42	1	24	31	1.65
87747542--87747601	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
87757737--87757814	3	26.0	3	97	0	147	33	1	0	65	1.01
87759774--87759851	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
87759969--87760144	47	3.7	47	88	1	237	27	31	9	31	1.88
87764103--87764285	40	4.6	40	79	4	165	24	26	22	26	2.00
87764090--87764247	80	2.0	80	82	2	192	25	25	20	27	1.99
87764589--87764667	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
87764649--87764794	43	3.4	43	100	0	292	26	35	15	22	1.94
87766655--87766733	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
87766852--87767072	47	4.7	47	92	1	338	28	31	8	31	1.87
87771192--87771227	17	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
87771376--87771446	16	4.8	15	72	13	58	28	1	14	56	1.47
87771375--87771462	43	2.0	43	100	0	176	30	2	13	53	1.52
87771599--87771658	30	2.0	31	86	3	86	50	3	5	41	1.41
87771971--87771996	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
87781066--87781120	20	2.8	20	82	17	62	72	0	23	3	1.00
87781077--87781120	19	2.2	19	88	8	61	75	0	20	4	0.98
87781075--87781122	21	2.3	22	75	17	57	77	0	18	4	0.93
87783854--87783918	24	2.9	22	78	17	71	61	1	15	21	1.42
87785182--87785224	19	2.3	19	88	11	63	13	2	9	74	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87788023--87788188	52	3.3	50	83	11	205	61	2	13	22	1.44
87788092--87788182	27	3.4	27	65	17	73	58	2	14	25	1.48
87788060--87788188	52	2.5	51	92	3	215	59	3	13	23	1.49
87788070--87788149	25	3.1	25	68	18	74	66	2	11	20	1.35
87788068--87788158	24	3.6	24	69	17	76	62	2	13	21	1.41
87789740--87789803	15	4.1	16	78	8	51	32	1	9	56	1.41
87789932--87789969	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
87797874--87798105	49	4.7	49	81	3	266	29	26	18	25	1.98
87797874--87798105	100	2.3	98	82	2	284	29	26	18	25	1.98
87802411--87802472	31	2.0	32	84	9	83	33	3	3	59	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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