genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86190961--86191010	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
86190928--86191191	104	2.6	102	89	3	395	29	29	20	20	1.97
86195608--86195667	29	2.0	30	96	3	113	30	0	11	58	1.34
86197046--86197241	50	3.9	49	78	6	175	24	18	27	29	1.98
86199963--86200001	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
86202495--86202575	26	3.2	26	63	25	64	25	13	28	32	1.94
86202435--86202627	50	3.9	50	79	1	181	24	18	26	30	1.98
86207007--86207057	25	2.0	25	100	0	102	47	25	7	19	1.76
86207597--86207670	29	2.6	29	91	0	121	31	29	20	18	1.97
86208502--86208534	7	4.7	7	88	11	50	87	0	0	12	0.53
86224666--86224778	42	2.7	43	76	6	106	28	13	23	34	1.93
86228232--86228371	27	5.2	27	83	4	149	37	20	21	21	1.95
86228232--86228372	55	2.6	55	84	4	171	37	19	21	21	1.94
86232246--86232349	27	3.8	27	84	5	129	35	20	23	21	1.96
86232245--86232354	55	2.0	55	84	5	143	37	19	22	20	1.94
86234480--86234631	42	3.5	42	75	9	130	26	24	19	28	1.99
86237694--86237779	27	3.2	26	86	8	109	16	23	24	36	1.94
86245493--86245597	27	3.9	26	82	7	120	19	24	20	36	1.95
86245493--86245597	54	1.9	54	88	3	158	19	24	20	36	1.95
86259517--86259665	24	5.9	24	78	12	163	38	15	22	23	1.92
86259506--86259680	52	3.4	52	90	1	262	36	14	25	24	1.93
86259707--86259902	51	3.8	51	89	1	295	32	13	23	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86266860--86267031	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
86266854--86267028	46	3.8	46	80	13	207	30	28	20	20	1.98
86271384--86271572	50	3.8	49	80	6	202	25	19	26	28	1.98
86273885--86273955	34	2.1	34	100	0	142	32	11	26	29	1.91
86293558--86293590	16	2.1	16	94	0	57	27	9	33	30	1.88
86305031--86305076	21	2.2	21	88	0	65	10	2	36	50	1.50
86305996--86306109	37	3.1	36	77	9	122	14	42	14	28	1.85
86307686--86307722	14	2.5	15	91	8	67	54	0	10	35	1.36
86309313--86309623	9	35.8	9	70	20	125	45	14	2	36	1.58
86309321--86309730	16	25.7	16	68	18	171	46	15	2	36	1.58
86309403--86309720	46	6.7	46	85	8	440	45	15	2	36	1.59
86309429--86309721	97	3.0	97	94	0	516	46	14	2	36	1.59
86309688--86309730	9	5.0	9	83	11	63	46	18	0	34	1.50
86312735--86312954	40	5.6	40	91	3	349	23	22	26	27	1.99
86320299--86320374	40	1.9	40	97	0	143	22	28	22	26	1.99
86323782--86323961	40	4.6	39	88	5	256	23	22	26	27	1.99
86323782--86323961	79	2.3	79	92	3	292	23	22	26	27	1.99
86329838--86330011	40	4.4	40	91	2	271	23	22	26	27	1.99
86334277--86334345	36	1.9	36	100	0	138	26	14	8	50	1.71
86337983--86338096	29	4.0	28	78	8	122	28	28	14	27	1.96
86337974--86338084	58	1.9	57	87	1	159	27	29	15	27	1.96
86338316--86338382	24	2.8	24	93	0	107	13	20	17	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86338316--86338378	8	7.9	8	70	0	54	14	22	19	44	1.86
86364728--86364874	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
86364774--86364954	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
86364771--86364954	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
86374662--86374710	12	4.1	12	79	7	55	32	8	2	57	1.40
86380717--86380831	42	2.7	42	84	1	149	28	24	15	31	1.96
86380711--86380872	43	3.8	42	81	3	173	29	24	15	30	1.96
86380711--86380872	85	1.9	85	81	7	195	29	24	15	30	1.96
86382483--86382577	20	4.8	20	86	0	118	41	21	5	32	1.75
86382483--86382577	40	2.4	40	87	0	136	41	21	5	32	1.75
86382452--86382577	60	2.1	58	82	5	146	42	19	5	32	1.74
86382754--86382837	24	3.5	23	76	11	71	38	19	19	23	1.93
86388771--86388872	6	16.8	6	77	17	104	49	14	16	19	1.80
86388750--86388872	30	4.1	29	83	9	140	48	14	17	19	1.81
86389228--86389286	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
86389374--86389456	27	3.1	26	84	5	103	38	20	21	19	1.93
86389655--86389850	27	7.3	27	84	1	232	27	18	18	35	1.94
86389871--86390128	27	9.6	27	83	6	281	39	9	21	29	1.85
86389855--86390128	81	3.4	81	84	3	365	40	9	21	28	1.85
86389855--86390159	81	3.8	80	80	8	323	38	9	22	28	1.86
86396426--86396460	13	2.7	13	83	16	54	17	5	8	68	1.35
86399836--86400060	40	5.7	40	80	6	215	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86399992--86400069	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
86410449--86410685	126	1.9	125	92	2	395	18	30	21	29	1.97
86418286--86418317	6	5.2	6	92	7	55	21	15	15	46	1.83
86422937--86422961	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
86425939--86426002	32	2.0	33	84	9	87	26	17	25	31	1.97
86426848--86427201	47	7.5	46	73	14	210	29	19	28	22	1.98
86426847--86427195	94	3.7	94	77	9	295	30	18	28	22	1.98
86430252--86430305	28	1.9	28	96	0	99	24	24	20	31	1.98
86430252--86430330	28	2.9	28	84	3	81	22	24	21	31	1.98
86430693--86430767	36	2.1	36	100	0	150	21	22	21	34	1.97
86443034--86443058	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
86449731--86449785	23	2.5	22	82	8	67	27	7	0	65	1.19
86449737--86449785	21	2.2	23	85	7	66	26	8	0	65	1.20
86458372--86458442	15	4.7	15	73	18	67	11	16	12	59	1.61
86466887--86467054	40	4.2	40	90	2	250	25	27	23	23	2.00
86466887--86467093	40	5.2	40	86	5	235	24	28	23	23	2.00
86473165--86473271	28	3.8	28	87	0	133	29	25	9	35	1.87
86474691--86474797	52	2.0	53	96	1	198	24	26	24	25	2.00
86484310--86484566	55	4.8	54	77	7	224	35	15	24	24	1.94
86484317--86484519	108	1.9	110	84	4	277	33	16	24	25	1.96
86484473--86484566	49	1.9	49	84	0	125	39	13	24	22	1.90
86489229--86489656	47	9.0	48	79	9	321	34	10	28	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86489256--86489331	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
86489346--86489666	48	6.7	47	80	9	310	34	9	27	27	1.88
86489293--86489648	193	1.8	195	84	4	488	34	9	27	28	1.89
86489229--86489656	143	3.0	140	78	9	447	34	10	28	27	1.89
86489252--86489713	240	1.9	238	87	4	669	33	10	28	27	1.90
86489819--86489963	37	3.9	37	91	0	227	22	19	32	25	1.97
86496415--86496537	28	4.4	28	92	2	185	26	12	27	33	1.92
86496440--86496550	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
86498408--86498640	49	4.7	50	81	2	263	23	18	27	29	1.98
86498513--86498596	28	3.2	28	65	25	83	22	16	29	30	1.96
86498411--86498640	100	2.3	98	87	3	309	23	19	27	30	1.98
86504195--86504431	49	4.8	49	80	5	269	24	18	27	30	1.97
86504191--86504431	101	2.4	98	85	4	322	24	18	26	30	1.98
86513734--86513798	32	2.0	32	100	0	130	53	15	9	21	1.69
86524668--86524823	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	27	1.97
86524673--86524824	54	2.8	55	80	4	182	26	28	16	28	1.97
86558035--86558206	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
86557982--86558204	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
86558062--86558239	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
86566025--86566070	23	2.0	23	82	4	56	45	15	2	36	1.58
86569402--86569606	53	3.8	54	79	1	196	23	24	16	35	1.95
86569413--86569601	55	3.5	53	78	5	191	22	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86569634--86569797	45	3.5	47	75	10	131	23	25	18	33	1.97
86575605--86575763	53	3.0	53	83	6	205	20	24	18	36	1.95
86594792--86595050	68	3.9	64	76	9	220	30	15	28	25	1.96
86609670--86609712	17	2.5	18	81	11	54	41	11	18	27	1.85
86610800--86610928	33	3.9	33	89	0	168	32	11	21	34	1.90
86610794--86610938	33	4.4	33	86	0	157	33	12	22	31	1.91
86612161--86612260	26	3.8	26	95	0	182	32	4	27	37	1.75
86612257--86612303	24	2.0	24	100	0	94	29	6	12	51	1.65
86613711--86613785	26	2.8	27	80	11	75	34	18	12	34	1.88
86613890--86614030	27	5.2	26	84	8	167	17	23	22	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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