genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77460098--77460181	25	3.4	25	85	4	91	32	21	21	25	1.98
77460111--77460188	25	3.2	25	85	1	95	34	19	23	23	1.96
77464138--77464207	34	2.1	34	100	0	140	37	14	2	45	1.59
77464143--77464201	20	3.2	20	65	34	60	38	13	3	44	1.61
77465690--77465759	31	2.3	31	85	5	88	35	11	0	52	1.37
77471997--77472053	30	1.9	30	96	0	105	19	33	31	15	1.93
77476221--77476279	30	2.0	30	83	6	75	25	27	30	16	1.97
77476402--77476451	26	1.9	26	88	8	75	24	0	2	74	0.93
77476492--77476554	17	3.8	18	80	14	57	22	3	0	74	0.96
77476503--77476554	15	3.3	15	80	17	61	21	1	0	76	0.87
77476535--77476574	6	6.3	6	83	11	53	15	5	2	77	1.04
77476550--77476599	22	2.3	22	79	6	57	10	10	4	76	1.15
77476646--77476687	3	14.3	3	85	5	59	26	0	0	73	0.83
77476645--77476687	9	4.9	9	88	5	70	25	0	0	74	0.82
77476645--77476687	17	2.4	18	92	3	70	25	0	0	74	0.82
77478536--77478593	30	1.9	30	92	0	98	24	39	24	12	1.89
77491985--77492095	43	2.6	43	84	7	138	30	26	19	23	1.98
77491985--77492105	42	2.8	43	79	9	140	31	26	19	23	1.98
77497436--77497473	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
77504203--77504349	72	2.1	71	92	1	240	27	14	17	40	1.88
77510029--77510077	24	2.0	26	84	15	68	34	18	2	44	1.61
77510216--77510265	21	2.4	21	90	3	75	36	26	16	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77511185--77511218	16	2.1	16	94	0	59	0	26	0	73	0.83
77511276--77511305	9	3.3	9	100	0	60	10	10	10	70	1.36
77512672--77512730	26	2.4	24	75	10	64	35	22	23	18	1.96
77513212--77513253	21	2.0	21	85	0	57	40	21	0	38	1.53
77525879--77525937	26	2.3	26	82	2	75	66	3	0	30	1.08
77525911--77525969	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
77526016--77526048	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
77528687--77528739	21	2.5	21	90	0	88	26	7	35	30	1.84
77531410--77531461	14	3.6	15	71	10	54	46	0	5	48	1.26
77558286--77558331	24	1.9	24	100	0	92	41	34	4	19	1.71
77562444--77562494	25	2.0	25	100	0	102	27	11	23	37	1.90
77564215--77564525	46	6.6	49	78	10	251	23	28	19	28	1.98
77564261--77564527	94	2.8	93	79	10	303	23	29	19	27	1.98
77565237--77565261	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
77566156--77566202	21	2.1	22	84	7	60	48	2	4	44	1.34
77566181--77566239	31	1.9	32	83	13	79	49	0	5	45	1.24
77566344--77566368	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
77568309--77568360	23	2.2	23	82	3	59	13	28	25	32	1.93
77568819--77569089	46	5.9	46	91	0	364	41	14	22	21	1.89
77570004--77570033	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
77583690--77583820	49	2.7	49	80	5	151	29	28	16	25	1.97
77583841--77583952	45	2.6	43	87	9	149	25	29	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77589430--77589494	32	2.0	32	96	0	121	38	16	9	35	1.81
77594604--77594776	43	4.0	43	75	14	142	31	26	17	24	1.97
77602149--77602259	27	4.1	26	88	5	141	36	23	23	17	1.95
77602149--77602259	54	2.1	54	87	3	161	36	23	23	17	1.95
77603882--77603991	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
77605385--77605555	43	4.0	43	78	13	165	32	23	17	26	1.97
77617791--77617835	21	2.1	21	100	0	90	37	4	13	44	1.64
77618435--77618506	31	2.4	30	92	2	117	37	1	4	56	1.27
77618460--77618506	15	3.1	15	78	0	58	36	0	2	61	1.08
77618416--77618509	31	2.8	34	79	14	113	39	1	5	54	1.30
77636147--77636191	22	2.0	22	100	0	90	28	13	13	44	1.81
77636343--77636593	54	4.6	54	81	3	227	27	17	13	40	1.88
77636394--77636653	108	2.4	108	84	1	324	29	17	13	40	1.87
77636397--77636631	54	4.4	54	82	1	274	28	18	14	39	1.89
77636445--77636655	54	3.9	54	78	7	187	28	18	12	40	1.87
77636343--77636709	108	3.4	108	80	3	285	29	18	13	38	1.89
77637048--77637271	24	9.4	23	73	4	133	26	18	12	43	1.85
77636998--77637163	48	3.4	48	83	0	188	26	16	14	42	1.86
77637047--77637296	119	2.1	120	82	3	315	25	16	13	44	1.84
77637095--77637268	71	2.4	72	81	1	206	25	18	13	42	1.86
77637167--77637321	48	3.2	48	79	1	168	26	18	12	43	1.85
77638023--77638056	12	2.8	12	91	8	52	58	0	14	26	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77638936--77638967	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
77638955--77638998	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
77638993--77639022	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
77640466--77640561	39	2.5	38	82	1	120	38	5	8	47	1.56
77641801--77641882	38	2.1	39	86	2	112	31	13	6	48	1.67
77643880--77644086	41	5.1	38	84	6	216	37	21	20	20	1.94
77643880--77644086	82	2.6	81	86	7	262	37	21	20	20	1.94
77644244--77644288	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
77644255--77644339	21	3.7	21	71	19	71	28	2	27	42	1.68
77644259--77644354	49	2.0	46	90	6	147	30	3	25	41	1.70
77644377--77644405	14	2.0	15	93	6	51	27	0	27	44	1.54
77645254--77645297	16	2.8	16	89	0	61	63	0	0	36	0.95
77649524--77649566	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
77649586--77649702	43	2.7	43	86	0	162	23	15	25	35	1.94
77655280--77655333	25	2.1	27	83	13	69	44	0	0	55	0.99
77655240--77655331	38	2.4	40	80	10	113	44	1	1	53	1.15
77655340--77655376	16	2.2	17	90	4	58	62	0	0	37	0.96
77672200--77672364	9	17.2	9	67	19	68	63	2	3	30	1.24
77672398--77672430	17	2.0	17	88	5	50	27	3	0	69	1.03
77672534--77672617	29	2.9	29	81	10	100	38	1	0	60	1.04
77672535--77672640	9	11.4	9	67	20	58	33	0	0	64	1.07
77685047--77685140	47	2.0	47	91	4	154	31	27	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77685192--77685244	24	2.1	26	86	6	74	41	28	18	11	1.85
77690378--77690409	14	2.3	14	94	0	55	3	15	50	31	1.60
77695445--77695476	14	2.3	14	94	0	55	3	15	50	31	1.60
77702107--77702247	40	3.6	39	75	10	119	31	24	17	26	1.97
77704298--77704339	19	2.0	22	86	13	63	52	16	2	28	1.56
77708650--77708699	25	2.0	25	96	0	91	42	8	6	44	1.58
77711234--77711412	39	4.5	39	88	4	245	31	28	21	18	1.97
77715643--77715678	17	2.1	17	94	0	63	50	5	0	44	1.25
77715987--77716029	21	2.0	22	86	4	61	41	0	6	51	1.29
77726582--77726629	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
77727340--77727428	44	2.0	44	100	0	178	46	13	13	26	1.80
77731635--77731677	6	7.2	6	83	0	50	46	2	48	2	1.27
77731875--77731916	13	3.0	14	89	6	59	23	2	0	73	0.94
77731909--77731957	19	2.5	20	83	6	66	26	2	2	69	1.10
77731891--77731957	19	3.3	19	74	22	57	23	2	1	71	1.08
77732370--77732405	15	2.4	15	90	0	54	50	25	0	25	1.50
77732415--77732525	41	2.7	41	91	1	179	19	25	23	31	1.98
77734281--77734631	116	3.0	116	80	2	380	40	13	12	33	1.82
77734308--77734632	58	5.6	58	78	3	285	40	13	12	33	1.81
77734640--77735423	70	11.2	70	77	5	634	30	16	21	31	1.95
77748408--77748439	15	2.1	15	94	0	55	40	9	12	37	1.75
77750625--77750667	9	4.8	9	80	11	52	23	34	0	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77752460--77752687	50	4.6	50	81	6	223	29	21	27	21	1.98
77752454--77752639	100	1.9	100	89	2	293	31	20	26	21	1.98
77753047--77753134	44	2.0	44	91	4	142	50	10	22	17	1.76
77756716--77756800	44	1.9	44	90	4	136	56	7	20	16	1.63
77760222--77760273	24	2.2	24	82	0	59	44	7	34	13	1.72
77762344--77763114	405	1.9	405	82	3	978	29	18	18	34	1.94
77768068--77768126	29	2.0	29	96	0	109	42	13	11	32	1.81
77777205--77777375	46	3.7	45	76	13	177	29	20	28	21	1.98
77778907--77778964	28	2.0	30	90	6	93	39	5	25	29	1.77
77789475--77789525	4	12.8	4	100	0	102	50	0	23	25	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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