genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  202  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63129213--63129256	12	3.5	13	84	9	56	27	6	0	65	1.17
63129212--63129264	24	2.2	24	80	6	63	30	5	0	64	1.17
63129624--63129658	19	1.9	17	88	11	52	45	11	22	20	1.82
63132570--63132657	27	3.3	27	80	3	97	30	23	11	34	1.90
63133886--63133966	39	2.1	39	97	0	153	38	13	14	33	1.86
63134801--63134860	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
63134815--63134886	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
63139844--63140055	28	7.5	28	69	7	140	28	35	19	16	1.93
63139814--63140057	57	4.2	57	90	1	371	28	35	18	17	1.93
63139869--63140023	29	5.4	29	72	6	154	28	38	18	15	1.91
63141966--63142025	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
63141980--63142041	28	2.2	28	91	0	97	29	29	11	30	1.91
63153444--63153608	42	3.9	41	81	10	172	32	16	23	27	1.96
63157164--63157341	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
63157164--63157341	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
63157185--63157340	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
63159263--63159313	24	2.1	24	85	0	66	41	1	1	54	1.22
63165831--63166020	41	4.7	40	81	2	218	34	16	28	21	1.95
63165820--63166020	82	2.5	82	86	3	280	34	16	27	21	1.95
63166728--63166756	15	1.9	15	100	0	58	0	17	0	82	0.66
63167316--63167356	21	2.0	21	100	0	82	36	14	24	24	1.93
63170890--63170938	23	2.1	23	96	0	89	38	16	24	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63171978--63172186	104	2.0	104	98	0	400	44	8	18	28	1.79
63172672--63172737	25	2.6	25	95	0	114	31	10	24	33	1.89
63177998--63178115	43	2.7	43	94	0	200	25	33	16	24	1.95
63182720--63182855	47	2.9	48	87	2	184	26	20	25	27	1.99
63201807--63201850	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
63203776--63203853	38	2.1	37	85	2	102	17	21	23	37	1.94
63203825--63203878	24	2.2	24	90	3	81	14	25	22	37	1.93
63203790--63203916	62	2.0	63	86	1	175	18	23	23	34	1.96
63203852--63203956	38	2.8	38	94	0	174	21	20	23	34	1.97
63208657--63208712	24	2.3	24	96	0	103	14	23	39	23	1.91
63208944--63208978	18	1.9	18	88	0	52	51	31	0	17	1.45
63210552--63210684	56	2.4	56	97	0	248	36	25	12	25	1.90
63212875--63212915	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
63214561--63214716	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
63223150--63223258	52	2.1	52	100	0	218	16	19	12	51	1.76
63227988--63228060	18	4.1	18	85	0	101	42	12	20	24	1.86
63228403--63228583	27	6.7	27	81	5	186	36	18	13	31	1.90
63228403--63228583	54	3.4	53	82	4	220	36	18	13	31	1.90
63228383--63228583	81	2.5	81	83	4	262	37	17	13	30	1.89
63231908--63232101	27	7.2	27	84	4	230	37	19	13	29	1.90
63231904--63232101	81	2.4	81	87	3	308	37	19	13	29	1.90
63236318--63236359	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63237672--63237803	40	3.3	39	93	4	219	29	18	21	31	1.97
63238804--63239000	27	7.3	27	78	4	191	37	18	15	29	1.91
63238802--63239000	54	3.7	54	78	1	211	37	18	15	29	1.91
63238800--63239001	81	2.5	81	84	1	262	37	18	14	29	1.91
63240838--63241012	77	2.3	77	90	2	280	33	28	17	21	1.96
63247108--63247225	44	2.8	42	77	8	112	30	22	18	27	1.98
63248932--63248961	12	2.5	12	94	0	51	33	40	20	6	1.78
63249702--63249784	40	2.1	40	100	0	166	24	16	10	48	1.78
63252093--63252119	13	2.1	13	100	0	54	37	0	29	33	1.58
63256153--63256227	29	2.6	29	93	0	123	38	16	21	24	1.92
63264158--63264691	266	2.0	266	98	0	1032	32	6	20	40	1.79
63269763--63269800	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
63269777--63269801	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
63269902--63269942	18	2.3	18	82	0	55	29	4	17	48	1.67
63269866--63269933	27	2.5	27	79	9	75	29	7	19	44	1.77
63273898--63273995	28	3.6	27	93	4	160	31	29	13	25	1.93
63273897--63274020	28	4.4	28	87	4	144	32	29	12	25	1.93
63278213--63278264	27	2.0	26	84	3	68	32	21	26	19	1.97
63285677--63285728	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
63291177--63291219	19	2.3	19	100	0	86	44	4	16	34	1.68
63291897--63291942	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
63291979--63292026	25	1.9	25	87	8	71	29	12	20	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63295462--63295576	40	2.9	39	82	1	140	36	16	26	20	1.93
63297538--63297562	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
63298623--63298750	40	3.2	40	85	2	177	24	19	27	28	1.98
63298647--63298797	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
63303055--63303184	50	2.6	49	88	1	179	30	28	16	23	1.97
63303055--63303236	101	1.8	98	82	4	231	30	27	17	24	1.97
63304154--63304186	11	3.0	11	100	0	66	63	0	0	36	0.95
63304874--63304920	15	3.1	15	75	22	53	59	19	12	8	1.58
63307904--63308099	49	3.9	49	81	3	221	29	26	18	26	1.98
63307917--63308100	101	1.8	99	87	2	269	29	26	17	26	1.98
63313062--63313147	41	2.0	46	82	13	112	52	3	5	38	1.43
63313151--63313189	20	2.0	20	85	5	53	58	5	7	28	1.47
63313461--63313501	19	2.2	18	91	4	64	56	4	2	36	1.34
63313870--63313934	22	2.8	22	79	11	69	60	3	0	36	1.13
63313990--63314031	15	2.6	16	77	11	50	64	2	9	23	1.35
63315746--63315957	89	2.4	86	84	8	261	35	18	16	28	1.93
63315892--63316036	75	1.9	75	97	2	274	28	21	17	31	1.96
63315892--63316053	75	2.2	75	92	5	265	32	20	16	30	1.95
63324919--63325111	43	4.5	43	81	5	219	32	23	16	27	1.96
63324943--63325103	87	1.9	86	93	1	277	32	22	16	27	1.96
63325953--63325990	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
63326102--63326202	41	2.5	41	83	0	121	36	20	20	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63326197--63326386	41	4.6	41	91	0	290	22	20	30	27	1.98
63326692--63326740	18	2.8	18	84	9	66	44	4	2	48	1.33
63327163--63327194	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
63327166--63327233	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
63331419--63332698	372	3.4	371	99	0	2506	35	14	10	38	1.81
63332790--63332857	24	2.8	24	89	8	111	27	20	7	44	1.78
63333034--63333089	15	3.8	15	80	20	73	48	0	0	51	1.00
63333194--63333410	9	24.6	9	75	8	133	48	12	0	37	1.48
63333194--63333410	18	12.3	18	75	8	169	48	12	0	37	1.48
63333203--63333434	114	2.0	114	83	3	288	48	12	0	37	1.48
63338247--63338275	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
63338693--63338748	21	2.7	21	91	0	85	30	14	53	1	1.51
63339122--63339672	43	12.9	43	88	2	781	21	26	21	30	1.98
63339122--63339672	85	6.5	85	86	2	775	21	26	21	30	1.98
63339122--63339672	128	4.3	128	90	1	845	21	26	21	30	1.98
63345067--63345217	6	24.8	6	75	17	134	49	13	17	19	1.80
63345090--63345217	55	2.3	55	94	2	222	47	14	17	20	1.82
63345342--63345400	27	2.2	27	81	6	66	37	18	23	20	1.94
63345354--63345406	27	2.0	27	85	7	72	35	16	26	20	1.94
63345359--63345416	27	2.1	27	81	6	64	36	25	20	17	1.94
63345573--63345631	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
63345719--63345801	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63345964--63346133	27	6.3	27	86	0	223	25	19	19	35	1.95
63346146--63346743	27	22.1	27	82	3	686	41	10	21	27	1.85
63346146--63346741	108	5.5	108	86	2	761	41	9	21	27	1.84
63348709--63348828	55	2.2	55	92	3	197	49	13	18	19	1.80
63348679--63348810	6	21.8	6	78	18	132	50	12	17	18	1.77
63348953--63349011	27	2.2	26	85	5	82	37	23	23	15	1.93
63348971--63349026	27	2.1	27	83	6	69	37	21	23	17	1.94
63349191--63349249	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
63349337--63349419	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
63349617--63349785	27	6.3	27	84	1	178	27	18	17	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325