genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66666894--66666953	27	2.2	27	82	11	70	30	8	20	41	1.81
66666894--66666953	26	2.2	26	82	11	68	30	8	20	41	1.81
66668590--66668806	46	4.7	45	78	8	197	23	29	20	26	1.99
66668639--66668809	94	1.8	92	86	7	247	23	29	21	26	1.99
66669149--66669208	30	2.0	30	83	6	77	25	21	13	40	1.89
66672588--66672814	43	5.3	43	91	1	350	25	16	29	29	1.97
66672588--66672815	85	2.7	86	88	4	343	25	16	28	29	1.97
66675279--66675520	48	5.0	48	96	0	439	30	27	6	35	1.81
66680888--66681008	57	2.1	56	79	8	127	44	6	19	28	1.76
66689728--66689817	45	2.0	45	93	0	153	38	24	13	23	1.90
66695826--66695871	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
66695833--66695877	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
66700078--66700108	15	2.1	15	100	0	62	19	12	29	38	1.89
66710633--66710786	47	3.3	47	93	0	272	29	29	7	33	1.84
66712637--66712661	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
66716434--66716546	44	2.7	41	76	5	102	35	28	12	23	1.91
66717226--66717250	10	2.5	10	100	0	50	64	16	8	12	1.49
66727349--66727408	29	2.1	29	90	0	93	45	0	1	53	1.10
66727362--66727418	29	2.0	29	86	6	80	47	1	0	50	1.11
66729078--66729238	80	2.0	81	96	1	297	34	6	12	47	1.66
66737069--66737145	38	2.0	38	100	0	154	23	18	18	40	1.91
66740735--66740768	6	5.7	6	92	0	59	11	17	32	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66749046--66749080	9	3.9	9	88	0	52	25	8	22	42	1.82
66749044--66749086	18	2.3	18	92	4	68	30	11	20	37	1.89
66753555--66753711	43	3.7	43	78	4	158	28	25	17	28	1.98
66755807--66755911	43	2.4	43	98	0	201	37	16	14	32	1.88
66762271--66762464	43	4.5	43	84	1	219	31	25	13	28	1.94
66771433--66771459	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
66775602--66776331	47	15.4	47	93	2	1228	32	8	29	29	1.87
66775606--66776276	333	2.0	333	98	0	1297	32	8	28	30	1.86
66776450--66776528	37	2.1	37	86	4	106	26	17	30	25	1.97
66795267--66795313	20	2.3	20	92	0	76	25	10	17	46	1.79
66798141--66798175	18	1.9	18	88	0	52	45	0	54	0	0.99
66798137--66798162	12	2.2	12	100	0	52	46	0	53	0	1.00
66802069--66802240	93	1.8	93	93	0	299	27	30	22	20	1.98
66802062--66802237	46	3.8	46	78	12	198	28	30	21	19	1.98
66812439--66812479	22	1.9	21	95	5	73	39	0	17	43	1.49
66812421--66812698	151	1.8	152	88	3	427	36	1	15	45	1.57
66812700--66813265	126	4.5	126	89	0	821	37	17	16	28	1.92
66816811--66817035	40	5.6	41	84	7	277	24	27	21	25	1.99
66816811--66817035	120	1.9	120	86	5	321	24	27	21	25	1.99
66823777--66823952	46	3.8	46	76	12	198	21	19	28	30	1.98
66823774--66823944	93	1.8	93	93	0	297	21	20	28	29	1.98
66827943--66827980	18	2.1	18	90	0	58	42	10	23	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66828597--66828622	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
66829782--66829843	11	5.8	10	79	9	61	45	0	27	27	1.54
66829782--66829843	21	2.9	21	80	11	63	45	0	27	27	1.54
66830397--66830516	28	4.3	28	69	10	75	61	0	1	35	1.12
66830354--66830483	46	2.8	46	81	9	129	63	1	1	33	1.13
66830718--66830819	10	10.5	10	68	12	52	30	3	1	63	1.23
66830709--66830779	20	3.7	20	67	22	53	33	2	2	60	1.26
66830718--66830771	27	1.9	27	85	7	72	29	3	1	64	1.21
66830745--66830808	19	3.3	19	75	4	56	28	4	3	64	1.29
66837875--66837966	31	3.0	31	88	0	121	50	16	2	31	1.57
66838078--66838119	18	2.4	18	88	7	61	61	14	0	23	1.32
66843832--66843961	54	2.4	54	90	0	206	24	24	23	27	2.00
66845545--66845588	5	8.8	5	85	14	56	77	2	0	20	0.88
66857643--66857734	35	2.6	35	82	5	96	15	9	32	42	1.79
66858158--66858197	18	2.2	18	86	0	53	37	0	22	40	1.54
66862855--66863340	47	10.4	47	92	1	798	31	9	30	28	1.88
66863459--66863537	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
66868516--66868587	36	2.0	36	100	0	144	30	27	16	25	1.97
66868898--66869057	68	2.4	68	82	0	194	28	25	20	26	1.99
66869548--66869665	17	6.9	17	70	11	80	37	11	9	41	1.74
66871962--66871994	16	2.1	16	100	0	66	33	36	18	12	1.88
66875841--66876098	40	6.5	40	86	3	308	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66883991--66884242	39	6.5	39	86	8	311	25	28	23	23	1.99
66890058--66890091	6	5.8	6	93	6	52	73	0	0	26	0.83
66893617--66893656	13	3.1	13	88	0	62	15	32	32	20	1.93
66916935--66917017	43	1.9	43	80	4	96	26	12	24	37	1.90
66928213--66928474	40	6.6	40	95	1	438	24	21	27	25	1.99
66936865--66936901	10	3.5	11	85	10	51	16	8	24	51	1.71
66938770--66939051	50	5.8	50	72	11	219	29	20	27	22	1.98
66938881--66939006	49	2.6	49	78	6	121	32	23	25	19	1.97
66941128--66941387	40	6.6	40	85	4	280	26	28	20	25	1.99
67088950--67088981	17	1.9	16	93	6	55	53	0	40	6	1.26
67090368--67090417	24	2.0	25	84	3	66	52	4	8	36	1.50
67090535--67090582	25	1.9	25	87	8	71	60	0	2	37	1.09
67090534--67090588	24	2.2	24	81	9	67	61	0	1	36	1.06
67090994--67091053	30	2.0	30	83	0	75	58	6	10	25	1.55
67092334--67092875	220	2.4	220	90	1	823	28	21	17	32	1.96
67097180--67097214	18	2.0	17	88	5	52	31	31	11	25	1.91
67104127--67104176	21	2.4	21	93	0	82	36	0	20	44	1.52
67104872--67104943	23	3.0	23	74	11	65	54	2	5	37	1.39
67104998--67105060	21	3.0	20	78	21	67	60	3	4	31	1.33
67105039--67105096	13	4.4	14	73	18	61	62	0	1	36	1.06
67105040--67105088	27	1.9	26	88	12	75	61	0	2	36	1.08
67105073--67105106	16	2.0	18	88	11	54	67	0	2	29	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67105009--67105113	19	5.3	19	71	21	74	60	1	3	34	1.26
67105039--67105098	14	4.5	13	76	15	61	61	0	1	36	1.06
67105157--67105202	21	2.2	20	84	3	56	52	2	0	45	1.13
67105508--67105567	30	2.0	30	83	0	75	58	6	10	25	1.55
67111629--67111801	42	3.9	47	87	7	197	28	15	27	28	1.96
67117567--67117689	46	2.7	46	87	2	167	21	27	19	31	1.97
67118027--67118083	30	1.9	30	88	0	87	33	28	7	31	1.84
67120267--67120348	34	2.4	34	93	2	139	50	17	10	21	1.77
67120290--67120345	17	3.3	17	68	26	55	57	14	10	17	1.65
67122960--67123026	33	2.0	33	100	0	134	43	14	14	26	1.85
67123064--67123161	42	2.3	42	87	0	133	42	22	13	21	1.87
67123003--67123173	42	4.1	42	75	5	116	38	23	16	20	1.93
67133394--67133451	30	2.0	30	89	3	91	32	24	18	24	1.97
67140604--67140714	42	2.7	43	87	6	167	38	24	17	19	1.92
67152393--67152422	15	1.9	16	93	6	53	76	3	13	6	1.11
67154503--67154534	6	5.3	6	100	0	64	0	18	0	81	0.70
67156864--67156907	21	2.0	22	86	4	63	59	0	0	40	0.98
67158122--67158162	18	2.2	19	91	4	66	75	7	0	17	1.02
67160541--67160585	23	2.0	23	87	12	67	33	4	0	62	1.15
67168952--67169099	61	2.4	61	76	6	149	22	18	25	34	1.96
67170400--67170441	16	2.8	16	86	13	54	52	2	0	45	1.13
67177208--67177470	136	1.9	136	93	0	454	37	25	11	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67179074--67179152	25	3.0	24	81	13	86	22	2	2	72	1.09
67185805--67185886	30	2.7	30	92	0	137	26	34	25	13	1.93
67189484--67191213	863	2.0	863	99	0	3451	34	17	14	34	1.90
67192498--67192812	46	6.7	46	73	9	203	22	30	20	26	1.99
67192599--67192812	94	2.3	93	85	4	279	23	29	20	27	1.99
67200738--67200883	31	4.7	31	94	0	258	23	24	17	34	1.95
67201090--67201173	25	3.4	25	91	4	127	28	20	22	28	1.98
67201224--67201271	9	5.1	9	80	9	51	37	18	10	33	1.85
67201219--67201265	20	2.3	20	88	0	67	36	19	10	34	1.86
67208890--67209006	31	3.8	31	94	1	200	24	26	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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