genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57793985--57794101	31	3.5	31	79	16	119	19	15	13	51	1.76
57794015--57794099	37	2.3	37	91	4	136	20	15	15	49	1.80
57797771--57797805	18	1.9	18	100	0	70	22	31	34	11	1.90
57801754--57801807	25	2.1	26	86	10	76	62	1	3	31	1.23
57805705--57805748	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
57813766--57813797	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
57813817--57813875	29	2.0	29	96	0	109	30	1	25	42	1.65
57826413--57826536	28	4.4	28	74	15	112	24	32	14	29	1.94
57826625--57826660	19	1.9	19	88	5	56	16	38	19	25	1.92
57826774--57826810	16	2.3	16	95	0	65	8	18	18	54	1.68
57840326--57840452	48	2.7	48	80	7	161	25	28	16	29	1.97
57841850--57841944	42	2.2	42	81	1	109	31	26	17	24	1.97
57849903--57850028	49	2.6	49	85	1	162	23	27	20	27	1.99
57851668--57851927	48	5.5	46	74	11	154	25	26	18	29	1.98
57851726--57851973	46	5.3	45	75	12	171	24	26	18	30	1.98
57851668--57851973	94	3.3	93	85	3	373	25	26	18	29	1.98
57851770--57851973	46	4.3	47	80	7	191	24	26	19	29	1.98
57851901--57851972	22	3.2	22	66	21	58	26	31	15	26	1.95
57854870--57854976	42	2.5	42	73	0	97	30	25	12	31	1.92
57858381--57858417	19	2.0	19	89	5	58	48	0	0	51	1.00
57862481--57862526	24	1.9	24	100	0	92	36	17	17	28	1.92
57865485--57865577	40	2.3	40	83	7	118	34	26	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57865987--57866052	29	2.3	29	82	7	73	31	25	3	39	1.71
57870067--57870127	30	2.0	30	87	0	86	32	21	8	37	1.83
57873522--57873577	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
57873511--57873577	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
57873627--57873792	24	7.0	24	84	4	212	29	18	21	30	1.97
57873628--57873771	47	3.1	47	93	0	234	29	18	20	31	1.96
57873984--57874033	24	2.1	24	92	0	82	32	20	26	22	1.98
57879439--57879788	47	7.4	47	93	1	583	31	8	30	29	1.88
57879905--57880006	37	2.8	37	95	0	177	24	18	30	26	1.98
57881916--57882173	40	6.5	39	84	5	304	23	22	27	25	2.00
57881916--57882173	80	3.2	80	90	1	376	23	22	27	25	2.00
57881916--57882173	120	2.2	120	86	3	351	23	22	27	25	2.00
57889929--57890185	40	6.5	40	89	3	351	22	22	28	26	1.99
57889930--57890185	79	3.2	80	86	3	340	23	22	28	26	1.99
57889929--57890185	119	2.2	119	87	4	358	22	22	28	26	1.99
57896778--57896833	11	5.5	11	71	16	57	37	12	19	30	1.89
57896767--57896833	20	3.3	20	89	0	107	35	11	20	31	1.89
57896884--57896979	47	2.1	47	94	2	167	28	21	20	29	1.98
57896883--57897000	23	5.0	24	89	5	170	27	22	22	27	1.99
57897192--57897256	31	2.1	31	91	5	105	38	16	23	21	1.93
57899252--57899276	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
57903031--57903102	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57903030--57903197	46	3.7	46	90	0	255	39	13	23	23	1.90
57904498--57904672	46	3.8	45	76	7	172	30	29	18	21	1.97
57904506--57904676	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.97
57904549--57904692	46	3.1	45	70	21	111	29	29	18	22	1.97
57906380--57906469	30	3.0	30	80	7	103	57	15	16	10	1.64
57906380--57906459	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
57906391--57906469	15	5.3	15	79	8	81	56	15	16	11	1.66
57909373--57909550	46	3.8	46	77	4	205	28	27	21	22	1.99
57909381--57909551	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
57910162--57910319	46	3.4	46	86	1	210	42	16	22	18	1.89
57915364--57915683	46	7.0	46	93	0	478	41	15	23	19	1.89
57929666--57929777	27	4.1	27	83	7	129	15	23	23	38	1.92
57929666--57929777	54	2.1	54	86	3	154	15	23	23	38	1.92
57937790--57937822	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
57938871--57938933	26	2.3	27	86	5	83	31	28	7	31	1.86
57939039--57939129	28	3.2	27	83	9	103	21	24	21	31	1.98
57939051--57939129	27	2.8	28	82	7	97	24	25	18	31	1.98
57940357--57940439	28	3.0	28	84	10	107	15	24	24	36	1.94
57950537--57950648	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
57950537--57950648	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
57951700--57951733	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
57958653--57958685	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57959753--57959817	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
57959923--57960012	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
57960476--57960514	19	2.1	19	85	0	51	15	7	5	71	1.26
57961265--57961376	27	4.1	27	81	12	122	16	23	22	38	1.93
57961265--57961376	54	2.1	54	84	3	145	16	23	22	38	1.93
57963473--57963523	21	2.6	18	71	28	50	37	27	7	27	1.84
57966872--57966903	10	3.1	10	95	4	55	0	18	3	78	0.89
57966872--57966917	21	2.2	21	81	14	51	4	17	4	73	1.15
57966963--57967015	20	2.6	21	82	8	65	52	0	1	45	1.11
57970459--57970629	39	4.3	39	89	3	236	25	28	22	23	2.00
57970459--57970629	79	2.2	79	88	4	247	25	28	22	23	2.00
57970459--57970682	79	2.8	79	82	7	242	25	26	23	25	2.00
57971811--57971930	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
57972541--57972573	12	2.8	12	100	0	66	15	24	36	24	1.93
57984832--57985009	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57984833--57984988	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57984829--57985009	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57993018--57993195	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57993019--57993174	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57993015--57993195	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
58002098--58002279	79	2.3	80	79	8	192	26	28	20	24	1.99
58002098--58002282	40	4.7	40	80	7	207	27	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58006707--58006742	19	2.0	17	89	10	54	27	16	38	16	1.90
58006816--58006930	29	4.0	29	77	5	117	30	14	28	26	1.95
58021417--58021467	25	2.0	25	96	0	93	23	13	3	58	1.52
58033901--58033959	29	2.0	29	90	3	91	35	8	25	30	1.86
58034386--58034558	46	3.7	46	75	10	181	23	20	26	30	1.98
58034383--58034553	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.99
58036536--58036580	24	1.9	23	81	4	54	40	6	20	33	1.78
58041937--58042110	47	3.7	47	77	6	201	22	21	27	28	1.99
58043583--58043634	7	8.1	7	72	20	51	17	13	0	69	1.19
58043596--58043634	20	2.0	19	95	5	69	15	12	0	71	1.14
58046153--58046186	18	1.9	17	94	5	59	52	0	8	38	1.33
58047965--58048020	24	2.3	25	78	12	62	55	5	1	37	1.33
58059676--58059709	15	2.3	14	90	10	50	11	0	2	85	0.71
58067354--58067431	39	2.0	39	94	0	138	32	32	8	26	1.87
58067395--58067463	29	2.4	29	92	0	111	33	28	10	27	1.89
58073195--58073455	40	6.6	40	88	3	368	27	22	26	22	1.99
58087443--58087502	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
58088394--58088794	27	14.9	27	78	5	168	38	20	7	32	1.82
58088520--58088807	81	3.5	80	78	7	260	40	21	7	30	1.82
58088534--58088684	53	2.8	53	79	4	160	44	18	7	29	1.77
58088805--58088856	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
58088910--58088997	27	3.3	27	85	3	106	36	19	25	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58088901--58089001	27	3.7	27	79	10	100	34	21	22	20	1.97
58089736--58089766	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
58089800--58089943	58	2.6	54	90	6	220	29	20	22	26	1.99
58089800--58089968	26	6.3	26	80	10	191	29	20	22	27	1.98
58090174--58090252	31	2.5	31	89	0	131	32	17	21	27	1.96
58093034--58093081	23	2.1	23	85	11	64	50	2	0	47	1.12
58093055--58093087	17	2.0	17	88	5	50	57	3	0	39	1.14
58097772--58097956	79	2.3	81	82	6	225	25	28	23	23	2.00
58097753--58097956	40	5.1	40	82	5	236	25	27	23	24	2.00
58100924--58101371	47	9.3	47	90	4	662	28	29	8	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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