genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77186375--77186428	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
77189762--77189797	18	2.1	18	89	5	56	27	16	11	44	1.82
77191030--77191123	28	3.3	28	81	8	93	24	28	12	34	1.92
77191104--77191143	21	1.9	21	89	0	62	32	30	10	27	1.89
77196468--77196501	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
77197755--77197828	28	2.6	28	82	0	94	22	33	17	25	1.96
77198038--77198069	16	2.0	16	93	0	55	15	25	15	43	1.86
77203106--77203142	18	2.1	19	90	10	60	10	27	43	18	1.83
77203563--77203637	34	2.2	34	92	2	125	29	21	21	28	1.98
77204653--77204698	22	2.0	24	87	8	69	23	15	32	28	1.95
77204731--77204859	26	4.8	26	81	2	132	27	20	25	27	1.99
77208720--77208950	29	8.0	29	69	9	148	25	15	21	38	1.92
77208720--77208950	87	2.7	87	78	5	216	25	15	21	38	1.92
77215364--77215413	25	2.0	25	100	0	100	44	20	12	24	1.85
77215365--77215419	25	2.2	25	93	3	92	47	16	12	23	1.81
77215633--77215704	24	3.0	24	80	13	78	38	4	5	51	1.45
77215633--77215691	19	3.1	20	78	9	61	35	5	5	54	1.45
77215668--77215702	18	1.9	18	88	0	52	42	0	5	51	1.25
77221268--77221463	66	3.0	66	86	5	261	28	18	28	25	1.98
77221268--77221488	66	3.3	66	83	4	230	27	18	28	26	1.98
77222246--77222292	18	2.6	18	89	0	67	42	14	21	21	1.88
77223834--77223870	17	2.1	18	90	5	58	16	5	35	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77226359--77226469	58	1.9	58	85	3	152	32	21	18	27	1.97
77230342--77231031	49	14.6	47	93	2	1100	32	8	29	29	1.87
77230342--77231031	333	2.1	331	95	1	1220	32	8	29	29	1.87
77233892--77233928	17	2.1	18	90	5	58	16	5	35	43	1.71
77236414--77236523	58	1.9	57	83	5	141	32	21	18	27	1.96
77240388--77241078	47	14.6	47	93	2	1150	32	8	29	29	1.87
77240388--77241078	96	7.3	96	92	4	1138	32	8	29	29	1.87
77240388--77241078	143	4.9	143	94	1	1176	32	8	29	29	1.87
77243299--77243691	39	10.1	40	91	2	570	24	21	28	24	1.99
77243299--77243691	79	5.0	80	90	3	579	24	21	28	24	1.99
77247066--77247759	47	14.6	47	92	1	1100	33	8	29	28	1.87
77247066--77247759	143	4.9	144	94	2	1134	33	8	29	28	1.87
77247066--77247759	192	3.6	190	93	1	1185	33	8	29	28	1.87
77258228--77258300	35	2.1	35	100	0	146	28	30	8	32	1.86
77260286--77260334	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
77260305--77260363	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
77260410--77260442	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
77262432--77262479	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
77262496--77262580	42	2.0	42	90	0	134	29	4	15	50	1.64
77267145--77267192	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
77267209--77267293	42	2.0	42	95	0	152	29	4	15	50	1.64
77276285--77276452	48	3.6	45	73	16	105	29	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77276279--77276453	90	1.9	90	82	4	219	29	27	17	25	1.97
77279580--77279673	46	2.0	46	100	0	188	20	14	19	45	1.85
77279987--77280045	30	2.0	30	86	0	82	30	0	11	57	1.35
77281650--77281686	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
77282825--77283285	131	3.5	133	76	4	419	33	18	19	28	1.95
77285863--77285903	18	2.2	19	86	4	57	21	0	2	75	0.92
77289461--77290233	393	2.0	393	96	0	1411	28	11	18	41	1.85
77296691--77296866	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
77296687--77296858	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
77301146--77301195	23	2.1	23	82	10	57	44	2	16	38	1.59
77302427--77302486	30	2.0	31	90	3	95	46	5	23	25	1.72
77311340--77311469	64	2.0	64	98	0	251	30	28	11	30	1.92
77312618--77312670	18	3.0	18	77	2	54	13	9	3	73	1.21
77312668--77312714	18	2.6	18	82	0	67	29	4	0	65	1.11
77312744--77312787	22	2.0	23	83	16	58	31	0	2	65	1.05
77312819--77312888	36	1.9	37	88	2	106	50	1	1	47	1.19
77312921--77312967	17	2.7	17	81	15	60	17	4	0	78	0.90
77313151--77313177	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
77313302--77313343	21	2.0	22	85	4	59	45	0	2	52	1.13
77313547--77313659	10	11.8	9	75	13	68	52	2	1	43	1.25
77313537--77313599	29	2.2	29	91	2	101	55	3	0	41	1.16
77313615--77313685	30	2.2	32	80	16	85	53	0	1	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77313541--77313694	49	3.2	47	76	12	127	51	1	1	44	1.20
77319863--77320300	47	9.6	47	90	5	675	33	7	29	29	1.85
77319863--77320249	131	2.9	135	89	8	546	33	7	28	30	1.85
77320172--77320250	25	3.3	25	69	16	85	34	3	29	32	1.75
77321381--77321473	30	3.1	30	84	3	116	27	29	19	23	1.98
77324468--77324512	18	2.3	20	85	11	58	42	0	0	57	0.98
77324775--77324837	26	2.4	27	81	10	76	46	1	3	49	1.27
77324988--77325029	21	2.0	20	90	4	66	54	0	0	45	0.99
77325016--77325060	18	2.3	20	85	11	58	42	0	0	57	0.98
77325305--77325370	21	3.2	20	81	10	71	54	1	0	43	1.09
77325298--77325377	21	3.8	20	73	23	58	56	1	0	42	1.07
77325374--77325425	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
77325468--77325509	9	4.8	9	83	16	61	80	2	7	9	0.97
77325469--77325508	8	4.8	8	82	11	53	80	2	7	10	1.00
77326518--77326583	34	1.9	34	85	11	91	54	3	0	42	1.15
77326537--77326589	22	2.2	24	87	9	74	49	3	0	47	1.19
77330427--77330452	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
77334290--77334451	43	3.8	42	82	8	184	29	25	16	28	1.97
77336208--77336423	40	5.4	40	85	3	242	23	22	27	26	1.99
77345306--77345364	13	4.1	15	72	18	54	59	3	0	37	1.14
77345295--77345361	35	1.9	35	81	6	82	59	2	0	37	1.13
77349447--77349495	15	3.1	16	80	11	57	34	12	6	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77350922--77350978	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
77351226--77351267	12	3.4	13	81	18	54	28	0	0	71	0.86
77355106--77355162	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
77355409--77355450	12	3.4	13	81	18	54	28	0	0	71	0.86
77362242--77362892	349	1.9	349	98	0	1257	30	12	18	38	1.88
77364699--77364876	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77364720--77364875	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77372636--77372813	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77372657--77372812	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77375026--77375053	11	2.5	11	100	0	56	42	0	7	50	1.30
77380035--77380061	14	1.9	14	100	0	54	14	3	7	74	1.18
77383450--77383525	9	8.2	9	68	20	50	25	3	1	69	1.13
77383457--77383499	22	2.0	22	90	0	68	25	2	2	69	1.12
77383454--77383577	51	2.5	49	78	15	121	25	5	1	67	1.21
77383641--77383743	23	4.4	22	74	18	75	17	4	3	73	1.16
77383641--77383688	12	4.0	12	76	17	55	16	4	0	79	0.89
77386392--77386602	94	2.3	90	81	10	232	27	18	28	26	1.98
77386484--77386602	46	2.7	43	83	7	139	24	20	30	25	1.99
77393504--77393673	46	3.7	46	77	7	173	27	19	30	22	1.98
77397176--77397244	11	5.9	11	70	18	50	75	1	18	4	1.05
77397153--77397243	31	2.8	31	77	12	87	75	3	15	5	1.11
77406139--77406171	13	2.6	13	95	4	59	45	12	0	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77408759--77408793	6	5.8	6	93	0	52	80	5	0	14	0.89
77414190--77414222	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
77418203--77418229	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
77432908--77433085	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77432929--77433084	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77440840--77441017	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77440861--77441016	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77449736--77449827	25	3.7	25	81	11	98	34	19	22	22	1.96
77451823--77451869	10	4.6	10	80	12	51	31	0	2	65	1.04
77452846--77452889	21	2.1	21	100	0	88	52	0	13	34	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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