genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73683634--73683766	67	2.0	67	95	0	239	34	6	16	42	1.75
73687610--73687665	28	2.0	28	100	0	112	42	10	0	46	1.38
73687725--73687779	29	1.9	28	82	10	67	45	0	7	47	1.30
73689725--73689776	25	2.1	25	85	7	70	44	1	5	48	1.38
73689828--73689911	12	7.6	11	72	25	63	52	0	0	47	1.00
73689844--73689902	22	2.7	21	85	15	75	49	0	0	50	1.00
73689840--73689911	34	2.1	35	89	7	112	50	0	0	50	1.00
73689840--73689909	22	3.0	24	75	23	69	48	0	0	51	1.00
73698091--73698189	13	7.5	13	70	17	62	46	2	19	32	1.61
73698101--73698189	40	2.2	40	89	0	142	43	2	20	33	1.64
73698111--73698172	26	2.3	26	84	13	74	40	3	20	35	1.69
73699111--73699173	30	2.1	30	93	0	108	20	23	25	30	1.99
73700019--73700056	14	2.5	16	91	8	62	47	0	18	34	1.49
73700827--73700858	11	2.9	11	95	0	55	12	0	0	87	0.54
73714006--73714035	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
73714008--73714050	15	2.8	16	86	10	54	34	13	2	48	1.56
73716222--73716418	74	2.7	74	78	3	216	41	16	13	28	1.86
73716377--73716502	63	2.0	63	93	0	216	41	15	12	30	1.85
73719450--73719516	28	2.2	30	80	17	77	50	2	0	46	1.16
73722740--73722940	99	2.0	99	93	0	339	28	26	5	38	1.80
73722997--73723086	38	2.3	39	86	7	119	41	25	0	33	1.56
73725349--73725462	56	2.0	56	96	0	210	30	17	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73726782--73726876	40	2.4	39	75	11	104	36	34	11	16	1.85
73736190--73736349	78	2.0	81	86	6	229	17	9	15	57	1.64
73741117--73741192	27	2.9	27	88	2	109	28	13	18	39	1.88
73743703--73743869	46	3.6	45	77	10	133	28	19	29	23	1.98
73743800--73743916	46	2.6	45	85	6	148	25	17	29	26	1.98
73743942--73744067	47	2.6	48	82	6	148	23	19	31	25	1.98
73745823--73745899	35	2.2	35	83	4	93	35	19	11	33	1.88
73749604--73749779	46	3.8	46	77	7	194	21	21	29	28	1.98
73749600--73749772	93	1.9	93	93	0	301	21	21	30	27	1.98
73751925--73751954	12	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99
73757460--73757557	34	2.9	34	85	10	114	26	22	24	26	2.00
73762400--73762509	44	2.5	42	80	7	123	36	26	12	24	1.91
73762332--73762506	86	2.0	85	81	3	199	34	26	14	24	1.94
73766752--73766879	65	2.0	65	90	0	202	42	15	15	26	1.87
73766882--73766938	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
73776520--73776679	86	1.9	86	86	2	232	28	27	18	25	1.98
73776520--73776690	43	4.0	42	80	10	175	29	27	17	25	1.97
73777955--73778010	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
73783566--73783738	43	4.0	42	79	11	163	30	25	18	26	1.98
73784865--73784893	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
73788134--73788185	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73796276--73796406	27	4.9	26	81	12	142	33	21	24	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73796302--73796409	53	2.0	54	94	3	193	33	22	25	19	1.97
73798639--73798698	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
73804801--73804861	29	2.1	29	100	0	122	54	3	19	22	1.59
73809801--73809919	44	2.6	46	78	6	127	22	29	20	27	1.98
73809753--73810015	47	5.6	45	73	14	178	22	30	19	28	1.98
73809754--73810028	94	2.9	93	75	13	271	23	30	19	27	1.98
73811413--73811451	20	1.9	21	89	5	62	58	0	0	41	0.98
73811893--73811928	19	1.9	18	88	5	54	41	11	0	47	1.39
73812879--73812905	14	1.9	14	100	0	54	18	22	14	44	1.86
73826315--73826417	52	2.0	52	100	0	206	19	17	25	37	1.93
73843642--73843886	40	6.2	40	94	2	404	27	26	22	23	2.00
73845262--73845287	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
73849143--73849311	48	3.6	48	81	9	202	28	20	28	21	1.98
73849143--73849502	48	7.6	49	74	9	146	26	18	29	25	1.98
73850939--73850971	15	2.2	15	100	0	66	42	6	12	39	1.67
73853579--73853631	28	1.9	27	82	17	65	47	16	1	33	1.58
73854631--73854659	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
73854979--73855056	37	2.1	37	90	0	120	39	3	8	47	1.53
73855765--73855819	20	2.7	21	75	8	60	38	7	1	52	1.40
73863839--73863872	13	2.6	13	86	13	52	23	0	5	70	1.09
73864420--73864454	17	2.2	16	90	10	54	60	5	14	20	1.54
73867613--73867657	14	3.1	14	87	3	54	35	11	17	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73867619--73867661	14	3.0	14	89	3	59	39	11	13	34	1.82
73871382--73871489	48	2.2	48	86	0	144	27	27	16	27	1.97
73876266--73876344	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
73876462--73876570	49	2.3	47	93	4	182	30	31	7	31	1.85
73879484--73879521	19	2.0	20	84	5	51	65	10	10	13	1.47
73889840--73889881	21	2.0	21	85	0	57	19	40	16	23	1.91
73895121--73895180	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
73897459--73897495	18	2.1	18	94	0	65	40	13	21	24	1.89
73906476--73906500	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
73909999--73910182	50	3.7	50	77	3	174	23	17	28	29	1.97
73910051--73910131	26	3.2	26	63	19	62	24	11	30	33	1.90
73929894--73930064	48	3.5	48	76	4	173	27	19	29	23	1.98
73938966--73939256	120	2.4	122	89	4	462	43	2	4	49	1.35
73938973--73939256	59	4.7	58	67	18	150	43	2	4	49	1.36
73939200--73939236	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
73939401--73939491	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
73939472--73939540	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
73939472--73939540	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
73943242--73943709	48	9.8	48	88	0	623	27	28	18	25	1.98
73960190--73960314	45	2.8	45	87	2	180	31	26	16	25	1.97
73965497--73965541	20	2.2	20	84	0	54	35	13	4	46	1.63
73990505--73990676	87	2.0	87	89	0	263	21	33	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73995556--73995605	20	2.5	20	86	3	64	36	12	2	50	1.51
73997213--73997246	15	2.1	16	89	10	52	29	0	2	67	1.05
73999184--73999210	13	2.1	13	100	0	54	14	7	0	77	0.97
74002698--74002798	41	2.5	41	98	0	193	22	24	27	24	2.00
74003586--74003618	17	2.1	17	88	11	52	18	0	36	45	1.49
74005044--74005102	23	2.5	24	76	21	61	49	16	0	33	1.47
74005867--74005897	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
74008730--74008781	10	5.1	10	84	11	52	34	0	5	59	1.21
74008729--74008772	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
74012430--74012533	43	2.5	43	82	3	131	30	15	23	30	1.95
74012430--74012552	43	3.0	40	80	3	111	30	15	24	30	1.96
74023353--74023401	20	2.4	20	86	3	62	20	26	22	30	1.98
74051961--74052004	15	2.9	15	89	3	70	40	29	0	29	1.57
74052178--74052341	42	3.9	42	84	6	197	28	24	15	31	1.96
74066611--74066645	11	3.2	11	91	0	52	34	0	11	54	1.37
74072143--74072178	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
74078416--74078461	23	2.0	23	100	0	92	52	8	8	30	1.62
74085518--74085782	47	5.6	47	70	12	170	23	28	19	28	1.98
74088338--74088522	40	4.7	39	82	9	214	24	22	27	25	2.00
74088339--74088522	79	2.3	81	83	7	225	24	22	27	25	2.00
74088391--74088555	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	2.00
74091428--74091549	27	4.5	27	88	0	172	28	17	9	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74091428--74091549	54	2.3	54	89	0	190	28	17	9	45	1.78
74091527--74091801	27	10.2	27	77	7	229	41	21	8	29	1.81
74091527--74091858	54	6.1	54	74	8	217	40	20	8	30	1.82
74091541--74091775	81	2.9	80	86	4	312	42	20	7	29	1.80
74091541--74091803	81	3.3	81	83	7	288	41	20	8	29	1.81
74091918--74092009	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96
74092799--74092936	54	2.7	51	91	7	210	28	21	23	26	1.99
74092799--74092936	26	5.3	26	85	6	176	28	21	23	26	1.99
74099367--74099430	31	2.1	31	96	0	119	14	28	18	39	1.90
74102262--74102292	14	2.2	14	94	0	53	25	45	0	29	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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