genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28767301--28767352	26	2.0	26	92	0	86	28	9	17	44	1.80
28767552--28767638	37	2.3	37	80	7	95	50	1	2	45	1.21
28767648--28767709	15	4.1	14	78	14	52	75	4	12	6	1.15
28767648--28767709	30	2.0	31	84	3	81	75	4	12	6	1.15
28771490--28771532	20	2.2	20	100	0	86	23	13	16	46	1.83
28776181--28776245	32	2.0	32	96	0	121	38	23	6	32	1.79
28777694--28777766	31	2.4	31	81	6	78	72	4	17	5	1.20
28779003--28779114	27	4.1	27	82	10	131	36	23	24	16	1.94
28779003--28779117	54	2.1	54	87	3	160	36	23	24	15	1.94
28785634--28785700	26	2.9	24	81	16	72	67	8	0	23	1.19
28797163--28797207	19	2.3	20	88	3	65	62	2	0	35	1.08
28797125--28797554	189	2.3	185	92	2	718	44	8	7	39	1.64
28797956--28798032	36	2.2	36	95	2	138	33	14	20	31	1.93
28799269--28799419	40	3.7	40	84	5	196	23	15	26	34	1.94
28808201--28808235	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
28808376--28808418	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
28808619--28808648	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
28809428--28809506	26	3.0	26	90	7	115	5	3	18	72	1.19
28809823--28809920	40	2.5	40	80	6	103	13	13	37	35	1.83
28809901--28809944	23	1.9	23	90	0	70	13	2	52	31	1.53
28809990--28810057	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
28811601--28811630	10	2.8	11	90	10	53	16	6	0	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28812055--28812089	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
28813504--28813568	30	2.2	30	86	2	96	61	13	1	23	1.41
28825947--28825985	21	1.9	20	89	5	60	15	10	5	69	1.34
28827236--28827298	27	2.3	27	80	0	72	25	26	20	26	1.99
28833104--28833135	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
28833124--28833527	113	3.8	105	79	12	438	52	16	1	29	1.52
28833371--28833769	160	2.4	165	92	7	650	52	17	0	29	1.47
28834599--28834638	21	2.0	20	90	5	62	60	0	2	37	1.11
28836206--28836279	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
28837709--28837818	27	4.1	26	76	11	87	17	20	22	39	1.93
28837709--28837818	54	2.0	54	82	3	132	17	20	22	39	1.93
28844028--28844092	24	2.7	24	90	0	103	30	6	40	23	1.79
28845530--28845641	27	4.2	26	82	7	125	16	22	23	38	1.93
28847048--28847122	38	2.0	38	86	5	107	36	32	17	14	1.90
28854336--28854754	218	1.9	216	92	0	703	26	14	20	38	1.91
28860648--28860924	136	2.0	136	100	0	554	35	22	15	27	1.94
28860910--28860946	18	2.1	18	100	0	74	16	27	21	35	1.94
28861312--28861468	79	2.0	78	98	1	305	44	5	16	33	1.70
28862652--28862734	40	2.1	40	86	4	114	31	8	18	42	1.80
28862929--28863061	45	2.7	50	77	15	161	20	20	18	40	1.92
28862944--28863056	45	2.5	45	88	2	174	20	18	18	42	1.89
28865513--28865585	34	2.1	34	89	0	110	31	21	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28869783--28869919	60	2.3	60	85	8	172	26	24	20	29	1.99
28869782--28869883	28	3.5	27	71	21	80	25	26	20	27	1.99
28871358--28871422	14	5.0	12	82	17	69	78	1	16	3	0.96
28872590--28872622	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
28874173--28874222	25	2.0	25	88	0	73	36	28	2	34	1.69
28876395--28876571	47	3.8	46	77	14	184	21	20	27	30	1.98
28877426--28877547	61	2.0	61	100	0	244	37	9	11	40	1.75
28880323--28880374	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
28882293--28882344	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
28884263--28884314	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
28897271--28897316	23	2.0	24	83	12	60	36	2	8	52	1.45
28899462--28899493	6	5.3	6	96	0	55	62	0	0	37	0.95
28906881--28906922	17	2.5	17	81	11	50	47	2	0	50	1.14
28909469--28909537	32	2.2	31	82	10	79	49	10	0	40	1.37
28912839--28912901	33	1.9	33	90	0	99	20	19	31	28	1.97
28913943--28913988	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
28913950--28913994	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
28917305--28917392	42	2.1	42	100	0	176	48	4	12	34	1.61
28917442--28917474	2	16.5	2	93	0	57	54	0	45	0	0.99
28917756--28917851	47	2.0	47	93	0	165	30	19	22	27	1.98
28920365--28920488	39	3.2	39	88	0	176	21	20	29	29	1.98
28922370--28922430	28	2.2	28	100	0	122	54	9	6	29	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28929525--28929569	22	2.0	22	82	4	54	48	4	0	46	1.22
28929754--28929794	21	2.0	21	85	0	55	39	9	4	46	1.58
28929986--28930019	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28948109--28948163	28	2.0	28	82	7	67	45	7	3	43	1.49
28948901--28948930	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
28954182--28954221	21	1.9	21	85	10	55	47	0	2	50	1.14
28954810--28954865	25	2.3	25	81	9	71	35	3	7	53	1.46
28956247--28956280	11	3.1	11	86	0	50	14	8	11	64	1.49
28964505--28964551	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
28965971--28966083	27	4.2	26	82	8	127	16	23	22	37	1.94
28965971--28966083	55	2.1	54	85	5	147	16	23	22	37	1.94
28969236--28969266	8	3.9	8	95	0	53	38	25	9	25	1.86
28969404--28969553	40	3.7	40	83	6	169	29	17	24	29	1.97
28971285--28971338	19	2.8	20	78	16	60	40	9	12	37	1.76
28989937--28990108	46	3.7	46	80	6	172	23	30	19	26	1.98
28994206--28994243	19	2.0	19	94	0	67	39	15	15	28	1.89
29002963--29003028	23	2.6	26	79	13	66	9	19	0	71	1.12
29008342--29008366	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
29018127--29018192	25	2.6	24	79	9	60	57	1	7	33	1.36
29018126--29018192	26	2.6	26	81	9	66	56	1	7	34	1.36
29023474--29023513	19	2.0	20	90	4	64	37	7	17	37	1.78
29031678--29031721	21	2.1	21	83	4	54	43	2	0	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29033995--29034023	13	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
29035876--29035943	31	2.2	32	89	2	102	50	8	16	25	1.73
29042700--29042732	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
29042731--29042774	3	14.7	3	100	0	88	34	31	0	34	1.58
29051792--29052302	47	10.6	47	88	6	713	28	29	8	33	1.86
29052074--29052288	46	4.7	41	94	4	196	28	28	9	33	1.88
29051854--29052252	199	2.0	200	97	0	746	29	29	8	33	1.86
29052207--29052301	49	2.1	42	76	22	104	29	28	8	33	1.86
29055738--29056045	40	7.7	40	90	0	438	25	27	21	25	1.99
29055725--29056045	120	2.7	120	90	0	482	26	28	20	24	1.99
29056099--29056173	38	2.0	38	89	0	114	24	25	18	32	1.97
29058306--29058773	49	9.8	49	91	3	731	28	30	8	33	1.86
29058306--29058773	96	4.9	96	92	2	728	28	30	8	33	1.86
29058306--29058773	145	3.3	145	95	1	809	28	30	8	33	1.86
29058740--29058800	27	2.3	27	100	0	122	37	26	0	36	1.57
29058698--29058841	76	1.9	76	97	0	270	31	27	5	35	1.80
29064496--29064724	94	2.4	94	85	0	314	30	17	20	31	1.96
29064548--29065145	44	13.1	44	69	13	269	33	16	19	30	1.94
29064479--29064910	50	9.1	50	72	11	216	31	16	20	31	1.95
29064548--29064836	138	2.1	138	85	2	384	31	20	18	30	1.96
29064684--29064936	93	2.7	94	84	3	314	32	18	18	30	1.95
29064686--29064983	94	3.2	93	84	3	348	33	17	19	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29064800--29065037	94	2.5	93	82	4	246	34	14	21	29	1.93
29077232--29077463	43	5.4	43	93	1	369	12	24	33	29	1.92
29081174--29081262	39	2.3	39	94	2	151	37	20	5	37	1.76
29085046--29085074	11	2.7	11	94	5	51	44	0	0	55	0.99
29091352--29091380	14	2.1	14	93	6	51	0	20	0	79	0.74
29091424--29091477	27	2.1	26	83	10	67	40	3	1	53	1.29
29092544--29092584	3	14.0	3	89	5	66	2	34	0	63	1.08
29094335--29094424	3	31.0	3	74	8	71	31	3	3	62	1.28
29094316--29094392	31	2.5	30	85	12	102	27	6	1	64	1.25
29094621--29094660	20	2.0	20	90	0	62	37	2	5	55	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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