genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50113893--50113983	12	7.5	11	72	18	65	47	15	19	17	1.83
50114115--50114216	27	3.8	27	83	7	118	37	20	22	19	1.95
50114374--50114438	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
50114864--50115428	27	21.3	27	85	4	686	25	20	19	34	1.96
50115187--50115228	19	2.2	19	95	0	75	26	21	26	26	1.99
50115160--50115309	46	3.1	46	81	14	192	26	22	21	30	1.98
50115413--50115790	27	14.1	26	78	6	206	32	8	23	35	1.84
50115621--50115811	81	2.4	81	85	0	211	38	7	22	31	1.82
50117698--50117724	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
50118448--50118495	24	2.0	24	95	0	87	20	25	27	27	1.99
50119810--50119848	21	1.9	20	84	5	51	15	28	5	51	1.64
50121465--50121517	27	2.0	27	88	0	79	28	7	18	45	1.77
50130006--50130277	40	6.8	41	82	5	351	23	20	28	26	1.99
50130006--50130277	80	3.4	80	95	0	474	23	20	28	26	1.99
50137852--50138150	40	7.5	40	82	6	349	23	20	28	28	1.99
50137851--50138150	80	3.8	80	91	2	453	24	20	28	28	1.99
50141467--50141616	29	5.1	29	83	3	158	20	23	15	40	1.90
50142761--50142810	22	2.3	22	82	6	57	14	24	24	38	1.92
50146249--50146303	22	2.5	22	88	5	76	18	30	18	32	1.95
50147209--50147279	29	2.4	29	81	4	81	22	21	12	43	1.86
50171542--50171692	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
50179607--50179755	28	5.3	28	91	1	210	34	27	11	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50184949--50185016	33	2.0	34	85	2	93	32	25	22	20	1.98
50185117--50185211	26	3.6	26	78	7	93	36	17	22	23	1.95
50189440--50189487	6	8.0	6	86	6	62	43	18	2	35	1.62
50190662--50190699	11	3.1	12	85	14	51	57	0	0	42	0.98
50192444--50192563	60	2.0	60	95	0	213	30	13	10	45	1.78
50195773--50195906	43	2.9	46	79	8	139	22	18	29	29	1.97
50199265--50199577	46	6.6	46	75	8	188	28	18	29	23	1.98
50199265--50199579	96	3.3	95	75	13	308	28	19	29	23	1.98
50207709--50207890	40	4.6	40	82	6	219	25	28	21	24	1.99
50207711--50207890	79	2.3	80	82	7	215	25	28	21	24	1.99
50213740--50213922	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
50213719--50213922	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
50222641--50222908	46	5.7	47	74	15	166	26	18	29	25	1.98
50222726--50222907	48	3.7	50	75	10	153	25	18	29	26	1.98
50224548--50224725	27	6.6	27	82	6	198	29	28	15	26	1.96
50224569--50224724	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50237637--50237814	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50237658--50237813	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50245662--50245839	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50245683--50245838	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50253060--50253186	59	2.2	59	88	0	182	33	4	10	51	1.56
50253075--50253226	59	2.6	59	82	2	171	36	6	9	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50256156--50256224	25	2.8	25	88	2	95	21	23	2	52	1.61
50256322--50256620	126	2.4	125	85	1	413	30	18	13	38	1.88
50256514--50256568	28	2.0	28	82	7	67	38	18	3	40	1.68
50256841--50256908	28	2.4	28	85	0	82	39	23	0	36	1.55
50257507--50257562	23	2.4	24	75	3	60	16	7	7	69	1.33
50263409--50263584	43	4.1	43	89	1	257	29	33	23	13	1.93
50263556--50263639	38	2.2	38	89	0	132	32	27	20	20	1.97
50266843--50267171	48	6.9	48	96	0	568	34	6	27	31	1.84
50267312--50267414	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
50271500--50271527	11	2.5	11	100	0	56	0	7	0	92	0.37
50272258--50272291	16	2.1	16	89	10	52	0	2	8	88	0.62
50279134--50279184	8	5.9	8	80	15	57	56	3	0	39	1.18
50279132--50279206	19	4.0	19	76	13	66	56	4	2	37	1.32
50279469--50279548	28	2.9	28	78	12	74	31	5	2	61	1.31
50280393--50280435	21	2.0	21	86	0	59	30	13	9	46	1.75
50286472--50286533	31	2.0	31	90	0	97	41	3	19	35	1.67
50289289--50289569	144	2.0	144	95	0	508	38	17	12	31	1.87
50292330--50292367	17	2.2	18	85	4	51	39	0	0	60	0.97
50292579--50292603	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
50293978--50294097	17	6.8	17	70	17	59	26	5	3	64	1.32
50294129--50294171	19	2.3	19	87	0	59	37	0	4	58	1.19
50295194--50295242	18	3.1	15	78	21	55	79	2	0	18	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50295195--50295241	23	2.1	22	84	11	60	82	2	0	14	0.75
50297562--50297596	17	2.1	17	100	0	70	31	5	5	57	1.46
50298103--50298171	20	3.6	19	80	11	79	60	2	0	36	1.11
50298104--50298145	10	4.0	11	75	12	52	59	2	0	38	1.10
50298103--50298224	36	3.3	35	73	16	106	58	2	0	38	1.17
50298119--50298171	27	2.0	26	89	10	81	60	3	0	35	1.15
50298141--50298178	20	2.0	20	89	5	60	60	2	0	36	1.11
50298151--50298205	25	2.1	27	90	6	87	54	1	0	43	1.10
50298141--50298228	45	2.0	45	82	13	110	55	2	1	40	1.20
50300238--50300284	21	2.3	21	85	3	60	44	8	21	25	1.80
50305449--50305473	12	2.1	12	100	0	50	20	0	16	64	1.30
50315113--50315196	41	2.0	41	100	0	168	27	22	14	35	1.93
50316466--50316586	43	2.8	43	81	5	147	25	21	26	26	1.99
50316469--50316586	42	2.8	43	80	6	134	25	22	26	26	2.00
50319967--50320312	184	1.9	185	93	0	604	37	6	24	30	1.81
50328082--50328137	26	2.2	26	83	6	69	46	0	3	50	1.19
50332760--50332837	39	2.0	39	100	0	156	33	23	17	25	1.96
50335981--50336065	38	2.2	38	89	4	127	22	25	24	27	2.00
50336001--50336084	38	2.2	38	95	0	150	21	22	23	32	1.98
50336001--50336121	38	3.1	38	86	2	143	20	20	24	33	1.97
50346150--50346188	18	2.2	18	86	9	53	28	2	12	56	1.50
50347618--50347651	18	1.9	17	88	5	50	55	2	35	5	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50348454--50348704	90	2.8	90	84	7	307	32	19	17	29	1.95
50351849--50351899	26	2.0	26	92	0	84	54	0	13	31	1.39
50351854--50351924	26	2.6	25	78	12	70	56	0	12	30	1.37
50353478--50353521	23	1.9	23	81	9	54	9	15	18	56	1.65
50355283--50355311	13	2.2	13	100	0	58	27	13	0	58	1.36
50357359--50357402	9	4.4	9	81	18	52	38	0	0	61	0.96
50364805--50364858	27	2.0	27	92	0	90	37	22	14	25	1.93
50366296--50366320	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
50366723--50366760	20	1.9	20	88	0	58	44	2	10	42	1.52
50366701--50366825	52	2.4	49	75	13	126	41	4	8	45	1.54
50367040--50367100	31	2.0	30	87	3	86	32	0	14	52	1.42
50367114--50367156	22	2.0	21	86	4	59	46	0	6	46	1.30
50367241--50367266	6	4.3	6	100	0	52	46	0	53	0	1.00
50369267--50369380	42	2.7	41	90	2	165	28	26	14	30	1.95
50369351--50369474	47	2.7	46	83	2	158	29	26	16	28	1.97
50369499--50369647	31	4.8	31	88	0	208	26	28	18	26	1.98
50369623--50369751	50	2.5	51	85	5	181	26	23	15	34	1.94
50371894--50372215	42	7.7	41	82	5	358	26	18	22	32	1.97
50371896--50372257	84	4.3	83	81	3	377	26	18	22	31	1.97
50371894--50372265	126	2.9	125	81	4	426	26	18	23	31	1.98
50384984--50385016	15	2.1	16	88	5	50	30	9	12	48	1.71
50388099--50388184	27	3.2	26	83	6	100	38	20	11	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50388111--50388199	27	3.3	26	81	9	90	38	15	14	31	1.88
50388446--50388472	9	3.0	9	100	0	54	11	33	44	11	1.75
50388721--50388778	26	2.2	25	82	11	71	22	13	18	44	1.85
50389854--50390027	94	1.9	93	92	1	294	49	4	9	36	1.55
50391547--50391583	19	1.9	19	88	0	56	21	40	0	37	1.54
50393949--50393999	19	2.5	19	79	17	50	13	27	1	56	1.48
50394598--50394650	24	2.3	23	90	3	79	50	16	20	11	1.76
50394859--50394973	29	4.0	29	84	6	137	27	13	29	29	1.94
50394872--50394982	57	1.9	58	87	1	161	27	13	30	28	1.94
50398923--50399030	45	2.4	45	82	3	128	32	27	16	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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