genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9434457--9434487	16	1.9	16	100	0	62	70	0	0	29	0.87
9435565--9435638	38	1.9	38	88	0	112	32	22	8	36	1.84
9446216--9446256	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
9452221--9452267	14	3.3	15	82	11	53	51	2	4	42	1.33
9499785--9499818	17	2.0	17	88	11	52	23	26	14	35	1.94
9501331--9501452	60	2.0	60	88	0	181	31	29	12	26	1.92
9501456--9501907	240	1.9	243	89	1	712	38	11	10	39	1.77
9508966--9508996	13	2.4	13	94	0	53	38	9	3	48	1.52
9512365--9512556	46	4.0	47	83	6	217	22	17	29	30	1.97
9512404--9512574	92	1.8	90	85	8	227	23	16	28	30	1.97
9515771--9515839	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
9515762--9515858	30	3.2	30	81	10	99	10	17	14	57	1.64
9518347--9518506	52	3.2	48	78	11	164	25	15	28	30	1.95
9518346--9518506	46	3.3	47	79	9	162	26	14	28	30	1.95
9518338--9518523	98	1.9	98	83	8	247	26	16	27	29	1.97
9521043--9521135	18	5.2	18	81	0	105	27	20	15	36	1.92
9521046--9521135	36	2.5	37	87	3	130	27	20	15	36	1.93
9522927--9523030	42	2.5	42	82	0	145	35	25	22	16	1.94
9522927--9523020	21	4.5	21	87	0	125	36	26	22	14	1.93
9524468--9524503	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
9530024--9530604	250	2.4	244	85	7	734	44	11	7	37	1.67
9534357--9534396	21	2.0	20	85	14	55	50	32	0	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9558426--9558650	107	2.1	106	94	0	396	54	5	5	35	1.46
9577886--9577955	23	3.2	23	60	15	58	27	7	17	48	1.72
9577877--9577963	42	2.1	42	100	0	174	28	6	16	48	1.71
9580613--9580731	41	3.0	39	74	9	116	26	15	23	34	1.94
9580616--9580731	37	2.9	40	74	10	112	26	15	23	34	1.95
9580666--9580755	40	2.3	38	79	5	92	26	16	24	32	1.96
9588041--9588150	26	4.2	26	95	0	175	34	5	23	36	1.78
9591296--9591380	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
9591443--9591650	47	4.5	44	85	8	222	26	28	9	35	1.87
9605976--9606253	149	1.9	149	93	1	477	24	19	24	31	1.98
9607574--9607602	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
9619500--9619543	1	44.0	1	86	0	61	0	6	0	93	0.36
9619497--9619543	16	3.1	16	93	6	80	0	8	0	91	0.42
9619497--9619543	22	2.1	22	92	4	76	0	8	0	91	0.42
9627164--9627193	12	2.5	12	94	0	51	16	30	20	33	1.94
9629798--9629855	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
9629799--9629856	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
9629801--9629856	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
9631171--9631209	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
9631449--9631583	39	3.4	39	72	6	103	22	20	28	28	1.98
9631706--9631746	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
9635377--9635456	38	2.1	39	83	6	101	50	12	6	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9635984--9636409	114	3.7	114	78	4	457	30	19	23	26	1.98
9636200--9636602	188	2.1	188	93	0	689	32	18	22	27	1.97
9636382--9636732	113	3.1	112	78	8	397	31	19	23	26	1.98
9636754--9636803	17	3.0	17	94	2	84	34	0	16	50	1.45
9636843--9636919	7	11.0	7	73	5	57	18	1	35	45	1.58
9638845--9638884	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
9640227--9640525	17	16.6	17	70	24	161	43	11	1	42	1.51
9640244--9640407	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
9640218--9640367	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
9640247--9640558	97	3.2	97	93	4	518	42	10	2	44	1.52
9640344--9640468	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
9640239--9640541	101	3.0	100	93	5	533	42	10	1	44	1.50
9640393--9640508	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
9640437--9640558	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52
9640530--9640600	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
9640530--9640601	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
9640747--9640896	73	2.1	73	100	0	300	50	1	6	41	1.37
9640748--9640864	38	3.2	38	67	16	118	53	1	7	36	1.40
9640937--9641163	19	12.5	19	68	23	100	46	19	0	32	1.56
9640952--9641073	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
9640933--9641338	26	16.1	26	87	7	579	46	20	0	32	1.56
9641110--9641240	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9641057--9641338	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
9641330--9641383	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
9641304--9641369	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
9641219--9641383	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
9642530--9642600	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
9642823--9642856	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
9642925--9643298	42	8.9	41	86	4	392	27	20	20	30	1.98
9642910--9643297	84	4.6	82	83	5	434	27	20	21	31	1.98
9643009--9643298	126	2.3	125	90	2	438	25	21	21	32	1.98
9643012--9643298	84	3.4	84	89	2	443	24	21	21	32	1.98
9644373--9644411	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
9644441--9644473	16	2.1	16	94	0	57	45	0	3	51	1.16
9645637--9645709	33	2.2	33	92	0	119	32	8	5	53	1.54
9651395--9651446	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
9651404--9651458	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
9651440--9651477	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
9656766--9656832	18	3.6	17	88	10	71	49	7	7	35	1.59
9656780--9656834	18	3.1	18	92	5	85	45	9	7	38	1.64
9657764--9657807	16	2.5	19	75	17	51	59	2	2	36	1.23
9663628--9663673	16	2.9	16	81	12	51	60	2	0	36	1.09
9663628--9663660	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
9668617--9668655	8	4.9	8	83	0	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9669575--9669632	29	2.0	29	100	0	116	31	13	0	55	1.39
9669764--9669963	72	2.7	72	89	3	285	25	19	9	46	1.80
9672437--9673892	366	4.0	367	86	1	2013	36	16	15	31	1.90
9676417--9680076	367	10.0	366	88	1	5046	36	16	14	31	1.89
9680608--9680671	32	2.0	32	84	6	85	39	9	7	43	1.66
9685828--9685863	18	2.0	18	94	0	63	36	11	22	30	1.89
9685829--9685870	18	2.3	18	87	0	57	38	14	16	30	1.89
9687372--9687415	23	1.9	23	81	9	54	31	13	11	43	1.80
9687455--9687483	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
9696798--9696891	43	2.2	43	90	3	145	53	12	6	27	1.63
9696913--9696952	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
9701539--9701631	43	2.2	44	90	3	145	50	13	7	27	1.69
9701653--9701692	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
9703969--9704249	141	2.0	143	88	4	426	32	18	17	31	1.94
9704884--9704950	15	4.2	15	73	16	55	65	1	2	29	1.16
9711875--9711900	13	2.0	13	100	0	52	0	92	0	7	0.39
9722436--9722482	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
9729837--9729862	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
9733246--9733278	6	5.5	6	100	0	66	36	0	0	63	0.95
9739355--9739409	17	3.2	18	79	7	69	47	9	10	32	1.70
9739936--9739989	26	2.0	27	82	10	67	64	3	5	25	1.32
9739998--9740051	18	3.1	17	79	12	56	57	1	3	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9740072--9740153	30	2.7	31	75	16	82	59	1	8	30	1.35
9740109--9740159	3	17.0	3	76	8	50	62	1	3	31	1.24
9740438--9740494	30	1.9	30	85	3	80	59	5	8	26	1.48
9748963--9748991	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
9750046--9750089	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
9750603--9750643	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
9753709--9753765	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
9754137--9754219	21	3.8	23	81	9	84	14	22	25	37	1.92
9754149--9754209	21	2.8	21	90	5	86	13	24	27	34	1.93
9754385--9754425	19	2.2	19	87	12	59	46	0	21	31	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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