genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62111429--62111696	54	5.0	54	84	1	304	23	23	15	37	1.93
62111653--62111877	47	4.8	46	75	8	177	22	24	18	34	1.96
62112504--62112564	30	2.0	30	87	0	86	32	21	8	37	1.83
62129055--62129174	43	2.8	41	75	7	123	29	23	15	31	1.95
62136159--62136319	43	3.7	44	77	14	165	31	27	18	22	1.97
62137440--62137502	29	2.2	29	100	0	126	55	6	3	34	1.41
62141147--62141324	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62141168--62141323	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62149319--62149496	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62149340--62149495	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62158623--62158667	6	7.5	6	84	0	63	15	6	0	77	0.96
62166838--62166902	27	2.4	27	89	5	96	15	24	24	35	1.94
62166857--62166949	27	3.5	25	77	15	80	18	23	19	38	1.93
62174204--62174234	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
62174629--62174738	27	4.1	26	78	10	105	18	24	20	36	1.95
62176302--62176419	55	2.1	55	98	0	227	24	33	24	16	1.96
62177846--62177941	29	3.3	29	89	1	149	29	31	14	25	1.95
62180030--62180247	47	4.6	48	76	11	168	24	27	17	29	1.97
62180075--62180247	94	1.8	94	86	2	249	23	28	19	28	1.98
62180075--62180207	46	2.8	48	81	6	173	21	30	19	28	1.98
62191203--62191283	40	2.0	40	100	0	162	30	9	22	37	1.87
62194320--62194492	46	3.7	45	82	7	204	22	30	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62202004--62202115	43	2.6	43	79	9	113	29	25	16	27	1.97
62208938--62209276	169	2.0	169	99	0	669	34	19	10	35	1.87
62209754--62209882	46	2.8	46	91	0	195	31	27	20	20	1.98
62212106--62212134	15	1.9	15	100	0	58	48	24	0	27	1.51
62218294--62218334	20	2.0	20	90	0	64	29	14	4	51	1.63
62224062--62224134	26	2.7	27	89	4	112	31	21	8	38	1.83
62224138--62224332	27	7.2	27	84	3	223	40	21	8	29	1.83
62224351--62224513	27	6.0	27	86	0	209	33	20	21	24	1.97
62224716--62224785	25	2.8	25	89	4	97	28	22	22	25	1.99
62227194--62227453	27	9.6	27	74	3	148	38	21	9	30	1.85
62227284--62227453	81	2.1	82	76	5	175	40	21	9	28	1.84
62227284--62227455	54	3.2	54	80	4	195	40	22	9	28	1.84
62230932--62231041	28	4.0	27	78	12	116	22	29	20	28	1.98
62230940--62231065	56	2.2	56	90	2	191	24	30	18	26	1.98
62230965--62231065	28	3.6	28	83	10	143	24	32	15	26	1.96
62237144--62237205	30	2.0	31	90	3	99	29	24	6	40	1.80
62248557--62248582	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
62248757--62248816	22	2.6	23	73	7	59	23	16	26	33	1.96
62249757--62249840	42	2.0	42	97	0	159	28	8	23	39	1.84
62256832--62256951	43	2.8	44	75	10	124	32	25	17	24	1.97
62257787--62257816	10	2.8	11	90	10	53	10	10	6	73	1.25
62260989--62261035	20	2.3	21	85	10	71	38	10	19	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62261108--62261190	25	3.4	25	86	6	125	28	20	20	30	1.98
62261399--62261485	38	2.6	31	76	22	102	36	17	24	21	1.94
62264070--62264242	46	3.7	46	77	10	172	23	19	27	30	1.98
62264067--62264236	93	1.8	93	88	0	259	22	19	28	29	1.98
62271613--62271785	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
62271610--62271780	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
62279429--62279477	20	2.5	20	93	6	82	36	10	18	34	1.85
62279440--62279477	11	3.6	11	79	13	53	36	10	18	34	1.85
62279429--62279489	20	3.0	20	83	9	63	37	11	16	34	1.85
62279523--62279617	25	3.9	24	87	4	104	25	22	22	30	1.99
62279839--62279902	31	2.1	31	87	0	92	37	17	21	23	1.94
62283661--62283806	48	3.0	47	76	11	143	31	28	19	20	1.97
62283798--62283827	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
62288525--62288553	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
62289665--62289763	45	2.3	41	83	8	117	23	19	27	30	1.98
62289665--62289788	41	2.9	44	82	9	139	22	19	28	29	1.98
62294727--62294828	27	3.8	27	89	0	150	25	16	17	40	1.90
62294813--62294857	15	3.1	15	87	3	65	6	31	15	46	1.72
62299406--62299830	27	15.8	26	79	6	226	36	19	14	28	1.92
62299428--62299665	81	3.0	81	83	4	295	38	20	10	31	1.86
62299622--62299869	81	3.1	81	82	2	302	36	16	19	27	1.93
62299649--62299898	27	9.3	27	84	0	293	35	17	20	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62300541--62300592	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
62300631--62300689	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
62303166--62303337	46	3.7	46	77	16	192	22	19	29	29	1.98
62303159--62303328	93	1.8	93	92	0	286	22	20	28	28	1.99
62304979--62305021	15	2.9	15	80	16	54	11	16	13	58	1.64
62307383--62307556	46	3.8	44	79	11	190	21	20	29	28	1.98
62307380--62307548	91	1.8	93	92	2	288	21	20	30	27	1.98
62310854--62310988	48	2.8	48	79	4	155	34	26	17	21	1.95
62316829--62317092	40	6.7	40	83	5	322	25	28	21	24	1.99
62316831--62317092	79	3.3	80	88	4	354	25	27	22	24	2.00
62316829--62317092	119	2.2	121	85	6	353	25	28	21	24	1.99
62322866--62323074	28	7.5	28	96	1	341	25	12	28	33	1.92
62331061--62331160	28	3.5	28	86	9	132	25	12	31	32	1.92
62345722--62345820	23	4.1	24	77	11	96	31	9	23	36	1.86
62345930--62346012	24	3.6	24	74	18	77	34	3	21	39	1.71
62346132--62346204	24	3.0	24	78	13	87	35	9	19	35	1.84
62346225--62346278	25	2.2	25	83	6	65	31	11	18	38	1.86
62346598--62346749	23	6.6	23	76	11	93	36	7	22	33	1.82
62346615--62346750	68	2.0	71	81	10	165	34	8	22	35	1.83
62346865--62346993	68	1.9	68	80	7	154	34	6	23	34	1.82
62347544--62347615	21	3.3	22	79	11	69	31	8	26	33	1.86
62347731--62347821	47	1.9	47	84	10	123	36	5	20	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62347761--62347893	24	5.6	23	71	21	89	34	7	22	35	1.83
62347764--62347897	72	1.9	70	83	14	175	34	6	22	36	1.81
62347761--62347899	23	5.9	23	76	12	131	34	7	22	35	1.82
62347728--62349191	225	6.8	220	71	20	812	32	8	22	36	1.84
62348210--62348349	45	3.1	45	81	8	167	37	8	22	32	1.84
62348005--62349191	22	52.9	23	65	18	264	32	8	22	37	1.83
62348451--62349191	23	33.5	23	66	16	209	32	8	22	37	1.84
62348631--62348674	21	2.0	21	91	4	70	36	6	27	29	1.83
62348233--62348899	195	3.3	198	81	11	653	31	8	23	36	1.85
62349055--62349186	68	1.9	69	86	7	189	35	7	21	35	1.82
62349541--62349666	63	2.0	65	84	10	170	34	8	19	37	1.82
62349764--62349877	23	5.0	22	84	6	129	35	7	21	35	1.82
62349753--62349897	45	3.3	45	78	11	142	36	8	21	33	1.83
62349982--62350121	73	2.0	70	80	12	160	32	7	22	37	1.82
62349982--62350923	23	41.9	23	66	19	220	32	7	23	36	1.83
62350208--62350342	21	6.2	22	73	16	86	34	6	21	37	1.80
62349514--62350369	435	2.0	421	84	10	1116	32	7	22	36	1.83
62350211--62350334	42	2.8	45	78	8	130	35	7	20	36	1.81
62350109--62350441	105	3.1	104	73	15	300	32	6	24	36	1.82
62350596--62350923	24	14.6	23	70	18	149	32	7	23	36	1.84
62350596--62350698	22	4.6	22	81	9	120	34	6	22	35	1.81
62349984--62350903	200	4.5	202	72	15	703	32	7	23	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62350593--62350926	45	7.4	44	68	14	128	32	7	23	36	1.84
62351069--62351134	22	3.0	22	80	10	82	34	6	18	40	1.75
62351031--62351320	22	13.5	21	67	18	66	33	7	22	36	1.83
62351221--62351349	43	3.0	43	78	13	142	35	8	20	34	1.84
62351222--62351349	20	6.0	20	75	18	100	35	8	21	35	1.84
62351222--62351344	63	1.9	64	82	11	155	36	8	20	34	1.84
62350590--62351624	218	4.7	217	78	16	871	31	8	23	37	1.84
62350590--62351652	225	4.8	215	77	16	811	31	8	23	37	1.84
62351691--62351751	23	2.7	22	82	7	68	32	9	22	34	1.87
62351875--62351942	22	3.0	23	79	12	86	36	11	20	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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