genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78855373--78855487	54	2.1	53	82	3	131	35	20	22	20	1.96
78856573--78856605	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
78875743--78875926	48	3.9	49	74	12	168	27	26	18	27	1.98
78875853--78875947	48	2.0	48	80	0	109	27	25	18	28	1.98
78891755--78891878	66	1.9	66	89	0	194	28	20	23	27	1.99
78900732--78900795	25	2.5	26	94	5	121	34	10	15	39	1.83
78903040--78903135	36	2.7	35	82	6	122	23	17	16	41	1.89
78904484--78904530	21	2.2	21	84	3	58	21	34	17	27	1.95
78911033--78911080	19	2.6	19	83	3	62	33	2	14	50	1.55
78911094--78911186	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
78915758--78915805	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
78915819--78915911	43	2.2	43	90	3	143	27	5	15	51	1.64
78919616--78919694	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
78924470--78924533	23	2.8	23	83	4	76	20	26	20	32	1.97
78926964--78927119	48	3.2	48	87	0	213	23	18	30	28	1.98
78927100--78927136	17	2.2	17	90	0	56	21	18	27	32	1.97
78927052--78927177	65	1.9	65	91	0	207	24	19	28	27	1.98
78935060--78935108	20	2.5	20	77	9	55	20	26	0	53	1.46
78935879--78935913	7	5.0	7	100	0	70	14	0	0	85	0.59
78935879--78935924	14	3.4	14	88	8	60	17	0	0	82	0.67
78935879--78935924	21	2.3	21	88	7	69	17	0	0	82	0.67
78937001--78937054	27	2.0	27	85	0	72	42	5	12	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78937307--78937531	49	4.5	50	76	8	226	26	18	24	31	1.97
78939489--78939523	18	1.9	18	88	0	52	14	11	8	65	1.46
78940822--78940851	15	2.0	15	93	0	51	40	30	13	16	1.87
78947652--78947708	27	2.1	27	84	12	73	40	28	0	31	1.57
78948396--78948448	16	3.3	15	74	10	52	33	7	24	33	1.84
78949715--78949816	42	2.4	43	80	6	118	27	22	19	30	1.98
78950132--78950170	8	4.8	8	84	6	51	35	25	0	38	1.56
78952342--78952392	22	2.3	23	74	19	54	23	11	11	52	1.70
78967856--78968073	40	5.5	40	90	2	314	27	27	21	23	1.99
78975958--78976123	40	4.2	40	89	0	253	27	26	22	23	1.99
78978308--78978525	110	2.0	110	90	0	346	38	10	23	27	1.88
78980304--78980345	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
78980892--78980916	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
78980947--78981018	36	2.0	36	100	0	144	27	8	5	58	1.50
78984733--78984763	6	5.2	6	100	0	62	16	0	67	16	1.23
78987166--78987190	6	4.2	6	100	0	50	48	16	0	36	1.46
78990140--78990166	12	2.2	12	100	0	54	40	25	7	25	1.82
78993255--78993989	47	15.6	47	92	2	1204	29	29	8	32	1.86
78993255--78993989	190	3.9	190	95	0	1289	29	29	8	32	1.86
78993255--78993991	237	3.1	236	92	3	1229	29	29	8	32	1.86
79007081--79007118	17	2.2	17	100	0	76	63	10	5	21	1.46
79014100--79014132	13	2.5	13	95	0	57	24	48	21	6	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79014223--79014261	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
79014612--79014706	44	2.2	44	88	3	138	14	34	20	30	1.92
79014700--79014743	16	2.8	16	78	0	52	22	25	22	29	1.99
79017686--79017801	39	3.0	39	96	0	205	21	20	30	27	1.98
79017686--79017838	39	3.9	39	89	1	155	20	21	30	26	1.98
79017686--79017829	78	1.8	78	83	2	191	21	21	29	27	1.99
79017686--79017849	78	2.1	78	82	5	190	21	21	29	27	1.98
79024308--79024433	39	3.2	39	88	0	180	22	19	29	29	1.98
79024308--79024451	78	1.8	78	82	2	182	22	20	29	27	1.99
79024308--79024451	39	3.7	39	85	3	139	22	20	29	27	1.99
79024417--79024491	39	1.9	39	81	5	89	22	24	26	26	2.00
79028313--79028358	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
79041626--79041703	31	2.5	31	93	0	129	20	15	11	52	1.73
79050681--79050747	3	22.7	3	87	3	100	0	26	0	73	0.84
79051030--79051078	25	2.0	25	100	0	98	51	24	0	24	1.49
79055257--79055344	39	2.3	38	82	2	104	57	2	6	32	1.37
79055859--79055918	23	2.6	24	79	12	72	48	1	1	48	1.21
79056426--79056465	18	2.2	19	86	4	55	65	0	10	25	1.24
79066843--79066924	42	2.0	42	85	0	110	35	23	13	28	1.92
79067607--79067700	46	2.0	46	100	0	188	23	26	17	32	1.96
79070168--79070249	42	2.0	42	87	0	119	35	24	13	26	1.92
79076356--79076408	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79077895--79078002	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
79078831--79078966	61	2.2	61	89	1	211	37	14	5	41	1.70
79078865--79078971	31	3.5	31	69	7	101	38	15	7	38	1.76
79106562--79106601	19	2.1	19	100	0	80	47	10	15	27	1.77
79113562--79113667	42	2.5	42	83	3	142	32	12	25	30	1.92
79113514--79113682	42	3.9	43	75	10	130	31	13	26	29	1.93
79122317--79122346	13	2.3	13	94	0	51	16	26	36	20	1.93
79130878--79130920	21	2.0	21	100	0	86	39	13	9	37	1.78
79133019--79133080	23	2.7	23	92	0	106	11	29	33	25	1.91
79137103--79137158	25	2.2	25	83	0	76	25	23	21	30	1.99
79137114--79137165	25	2.1	25	88	0	77	25	21	23	30	1.99
79139979--79140031	26	2.2	25	83	10	65	39	1	13	45	1.54
79140931--79140985	29	1.9	28	85	3	74	21	16	29	32	1.95
79149780--79149986	53	3.8	53	75	4	200	38	16	23	20	1.93
79154899--79155070	46	3.8	46	78	13	187	29	29	19	21	1.98
79157434--79157483	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
79157445--79157492	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
79160413--79160591	46	3.8	49	78	13	189	28	27	21	21	1.99
79160420--79160591	93	1.8	93	90	2	274	27	27	22	22	1.99
79165942--79166082	55	2.6	53	76	10	142	39	17	24	19	1.92
79165893--79166099	53	3.8	55	73	9	165	38	16	24	20	1.92
79173606--79173660	29	2.0	28	89	7	85	52	18	0	29	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79173701--79173777	32	2.3	33	84	6	102	44	18	5	32	1.72
79173765--79173822	22	2.5	24	86	5	75	46	18	0	34	1.50
79179430--79179482	26	2.0	26	100	0	106	37	3	15	43	1.64
79180762--79180828	29	2.3	29	75	14	66	46	1	20	31	1.60
79181348--79181445	41	2.4	41	84	3	135	18	20	27	33	1.96
79188258--79188315	30	1.9	31	92	3	100	43	3	24	29	1.70
79202168--79202225	24	2.4	23	80	8	62	55	13	12	18	1.69
79202194--79202262	6	11.3	6	78	9	68	47	15	17	18	1.82
79202205--79202277	31	2.4	31	97	0	137	49	16	16	17	1.80
79202422--79202495	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
79202654--79202718	22	3.0	22	82	8	78	32	23	24	20	1.98
79203107--79203164	27	2.1	27	80	0	62	39	18	18	22	1.92
79203144--79203527	27	14.3	27	89	1	407	26	19	19	34	1.96
79203145--79203474	134	2.5	134	90	2	493	25	21	19	33	1.97
79203173--79203473	54	5.6	54	90	0	478	25	21	19	33	1.97
79203458--79204018	54	10.4	54	79	4	373	32	8	21	37	1.84
79203180--79203473	81	3.6	80	90	4	457	25	21	19	33	1.97
79203458--79203583	27	4.7	27	82	0	126	28	7	21	42	1.79
79203485--79203597	27	4.2	27	80	0	73	29	6	23	41	1.78
79203576--79203718	27	5.3	27	87	0	187	39	7	21	30	1.81
79203548--79203706	81	2.0	81	81	2	185	38	8	22	30	1.83
79203730--79204039	27	11.6	27	82	3	322	29	9	21	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79203726--79204039	81	3.9	82	80	7	356	29	8	21	40	1.84
79210029--79210095	29	2.3	29	75	14	66	47	1	19	31	1.58
79210869--79210912	23	1.9	23	81	9	54	27	2	22	47	1.63
79214386--79214499	40	2.9	40	88	3	151	21	28	26	23	1.99
79223642--79223730	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
79223642--79223721	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
79223653--79223730	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
79226476--79226574	39	2.5	39	98	0	189	29	30	19	21	1.97
79232993--79233062	31	2.3	30	82	4	88	57	17	17	8	1.64
79233004--79233067	15	4.2	15	71	11	58	56	15	17	10	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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