genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62894949--62894994	23	2.0	23	95	0	83	36	19	8	34	1.83
62895868--62895925	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
62903538--62903595	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
62903938--62904206	47	5.7	49	78	7	263	25	20	30	23	1.99
62907580--62907643	33	1.9	34	84	9	87	31	14	12	42	1.82
62910476--62910518	22	2.0	21	86	4	59	58	2	2	37	1.24
62910508--62910547	19	2.2	18	91	8	64	47	0	0	52	1.00
62918588--62918706	46	2.5	49	83	5	145	26	22	14	36	1.92
62919946--62919978	17	1.9	18	88	11	52	45	3	3	48	1.33
62921104--62921147	9	4.9	9	91	8	72	34	0	0	65	0.93
62921104--62921147	4	9.8	5	79	20	53	34	0	0	65	0.93
62921104--62921148	14	3.4	14	82	17	60	33	0	0	66	0.92
62921104--62921157	18	2.6	21	75	22	60	35	0	0	64	0.94
62921527--62921575	22	2.2	23	88	3	73	51	2	12	34	1.51
62926196--62926274	13	6.5	13	76	16	89	45	15	1	37	1.54
62926196--62926274	36	2.2	36	93	0	131	45	15	1	37	1.54
62926232--62926275	23	1.9	23	95	0	79	45	13	2	38	1.56
62926274--62926301	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
62930560--62930747	49	3.8	49	82	2	250	30	26	17	26	1.97
62930565--62930752	100	1.9	100	93	0	322	30	26	18	25	1.98
62930991--62931054	27	2.4	27	81	0	74	37	15	7	39	1.77
62932330--62932378	26	2.0	26	84	8	66	28	0	8	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62938299--62938340	13	3.5	13	78	18	54	50	11	0	38	1.40
62938299--62938342	23	1.9	23	95	0	79	50	11	0	38	1.39
62942015--62942259	32	7.5	33	79	6	185	31	22	13	33	1.92
62942005--62942259	65	3.9	66	75	7	178	30	22	13	32	1.92
62942015--62942207	33	5.9	33	82	4	167	32	21	12	34	1.90
62942908--62942950	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
62943922--62944041	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
62945173--62945395	40	5.6	40	83	8	253	25	22	27	24	2.00
62945172--62945395	78	2.8	80	85	5	285	25	22	27	25	2.00
62945225--62945428	79	2.6	79	86	3	243	25	20	27	25	1.99
62952205--62952329	66	1.9	65	80	11	148	29	22	15	32	1.94
62952236--62952480	33	7.5	32	77	10	167	31	21	12	34	1.90
62952236--62952460	66	3.4	65	79	4	229	32	22	12	33	1.90
62953359--62953453	47	2.0	47	97	0	181	42	6	11	40	1.67
62957085--62957276	50	3.8	50	88	0	303	31	28	16	24	1.96
62957083--62957316	100	2.3	100	89	2	353	32	27	15	23	1.95
62959686--62960045	43	8.7	43	74	12	245	30	24	19	25	1.98
62959686--62960045	85	4.3	86	75	11	259	30	24	19	25	1.98
62959650--62959872	43	5.2	43	77	2	191	30	23	19	25	1.98
62959818--62959968	75	2.0	76	87	6	218	29	22	19	28	1.98
62959775--62959988	118	1.8	119	85	7	301	32	22	18	26	1.97
62959895--62960069	86	2.0	84	86	5	244	33	22	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62963421--62963486	27	2.4	27	89	0	105	40	9	27	22	1.84
62966055--62966252	50	4.0	50	76	4	193	39	17	11	31	1.85
62966058--62966252	100	2.0	100	83	4	250	38	17	11	31	1.86
62973140--62973205	27	2.4	27	97	0	123	40	12	27	19	1.87
62978136--62978179	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
62987828--62988002	40	4.4	40	83	2	210	25	29	22	22	1.99
62987857--62988006	80	1.9	80	91	2	248	26	28	23	22	1.99
62991210--62991253	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
62995017--62995117	29	3.5	28	87	1	130	31	28	12	26	1.93
62999054--62999179	9	14.0	9	72	17	84	32	2	18	46	1.62
62999072--62999158	38	2.4	37	87	9	126	34	3	17	44	1.65
62999400--62999454	15	3.7	15	78	4	67	49	0	3	47	1.19
62999393--62999456	29	2.2	29	94	0	110	50	0	3	46	1.17
62999221--62999621	195	2.1	194	93	0	687	50	4	9	34	1.58
62999735--62999765	14	2.2	14	94	0	53	32	6	22	38	1.80
62999997--63000043	24	2.0	24	95	0	85	42	0	21	36	1.53
63002442--63002478	17	2.1	19	85	10	51	48	2	8	40	1.47
63002613--63002686	15	4.9	15	79	11	80	31	44	0	24	1.54
63002612--63002686	30	2.5	30	86	2	107	30	44	0	25	1.55
63002614--63002693	7	11.0	7	81	7	88	31	42	0	26	1.56
63002939--63002977	14	2.7	15	80	11	55	41	38	0	20	1.53
63003344--63003437	40	2.3	40	83	3	109	26	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63003497--63003602	40	2.7	40	84	0	140	30	20	21	27	1.98
63005517--63005557	19	2.2	19	91	4	66	51	0	14	34	1.43
63006202--63006252	21	2.4	22	81	18	72	54	0	23	21	1.44
63013376--63013436	19	3.2	19	83	2	77	42	19	26	11	1.85
63024283--63024420	43	3.2	42	80	6	134	26	27	18	27	1.98
63025781--63026109	43	7.7	43	88	0	469	28	26	18	26	1.98
63028429--63028600	46	3.7	46	76	11	181	22	19	27	30	1.98
63028426--63028595	93	1.8	92	89	1	268	21	19	28	30	1.98
63037579--63037751	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
63037576--63037746	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
63040938--63040987	26	1.9	26	95	0	91	22	28	22	28	1.99
63044087--63044356	43	6.3	43	87	0	360	29	26	16	27	1.97
63045070--63045100	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
63051895--63051934	18	2.1	20	86	9	57	25	12	17	45	1.83
63053958--63054175	40	5.5	40	85	4	264	30	27	18	22	1.98
63057147--63057432	40	7.2	40	91	0	421	30	27	19	23	1.98
63065233--63065417	40	4.7	40	94	0	300	29	26	21	23	1.99
63067207--63067432	40	5.7	40	88	4	282	26	20	26	25	1.99
63072924--63072982	24	2.5	24	85	0	73	10	35	10	44	1.72
63072970--63073024	18	3.1	18	74	10	58	7	29	14	49	1.70
63076970--63077016	21	2.2	21	88	7	69	27	23	27	21	1.99
63078735--63078852	40	3.0	40	94	0	209	22	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63079761--63079793	16	2.0	17	88	5	50	51	3	12	33	1.54
63081571--63081633	32	2.0	32	84	6	83	34	20	20	23	1.96
63082125--63082199	27	2.8	27	89	0	114	28	14	17	40	1.89
63085194--63085289	25	3.8	26	76	8	90	30	19	26	23	1.98
63087983--63088031	24	2.0	24	84	11	64	40	6	10	42	1.63
63089008--63089034	14	1.9	14	100	0	54	51	25	14	7	1.68
63090453--63090643	83	2.4	79	79	11	224	18	13	20	47	1.82
63090858--63090884	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58
63093192--63093224	10	3.3	10	95	0	57	57	0	12	30	1.35
63095043--63095075	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
63095046--63095097	25	2.1	25	86	10	72	48	3	0	48	1.20
63095617--63095666	26	1.9	26	83	0	64	54	20	16	10	1.70
63097926--63098049	28	4.5	26	83	8	140	28	26	16	29	1.97
63097926--63098050	54	2.3	55	83	10	150	28	26	16	29	1.96
63112772--63112816	23	2.0	22	82	4	54	17	11	0	71	1.14
63113092--63113142	21	2.3	23	81	15	56	25	11	1	60	1.41
63113196--63113248	3	18.3	3	77	14	58	28	3	1	66	1.20
63113201--63113240	15	2.6	16	88	11	66	30	5	0	65	1.14
63113202--63113256	27	2.1	27	87	9	80	30	3	0	65	1.10
63113204--63113256	20	2.6	21	85	8	65	30	3	0	66	1.10
63118801--63118891	26	3.4	26	66	20	71	24	15	5	54	1.62
63118792--63118892	53	1.9	53	97	0	193	23	16	4	54	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63119307--63119394	46	1.9	46	80	0	104	32	15	26	25	1.96
63121130--63121168	20	2.0	20	94	0	69	38	25	12	23	1.90
63123013--63123084	35	2.1	34	82	12	85	22	26	9	41	1.84
63126539--63127063	143	3.7	142	84	2	676	30	17	23	29	1.97
63126870--63127322	45	9.8	45	67	12	182	31	19	20	28	1.97
63126538--63127137	143	4.2	143	82	4	642	30	18	23	28	1.97
63127010--63127195	96	1.9	96	81	4	223	30	20	22	26	1.98
63127109--63127341	44	5.2	45	75	6	204	30	21	18	30	1.96
63127104--63127445	179	1.9	179	83	2	445	31	21	17	29	1.96
63129020--63129060	14	2.8	16	78	17	52	4	17	2	75	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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