genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68646395--68646473	31	2.5	31	85	0	122	27	25	17	29	1.98
68646495--68646588	42	2.2	42	94	0	161	36	22	13	27	1.92
68646721--68646882	26	6.3	26	88	2	224	28	22	20	28	1.99
68647688--68647784	27	3.6	26	86	4	113	19	21	22	36	1.95
68647805--68648164	27	13.3	27	78	4	260	30	8	20	40	1.83
68647915--68648150	81	2.9	81	87	1	305	29	7	20	42	1.80
68648116--68648272	27	5.8	27	85	0	170	38	7	22	31	1.81
68647918--68648311	54	7.3	54	79	3	220	32	7	20	38	1.81
68666120--68666223	55	1.9	55	93	0	181	25	29	21	24	1.99
68679736--68679773	16	2.4	16	91	4	60	31	10	0	57	1.32
68680707--68680748	20	2.1	20	100	0	84	40	9	30	19	1.83
68689669--68689805	41	3.4	39	79	9	141	37	22	23	16	1.94
68689733--68689992	41	6.4	41	92	0	405	33	25	23	18	1.97
68691008--68691039	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
68695573--68695628	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
68695734--68696002	9	29.4	9	77	8	177	47	13	1	37	1.51
68695733--68695949	27	7.9	27	79	10	197	46	13	1	37	1.54
68695806--68696026	113	1.9	114	84	4	295	47	12	1	38	1.50
68701943--68702009	31	2.2	31	83	0	80	19	2	17	59	1.50
68702061--68702330	43	6.4	42	92	4	384	24	29	20	25	1.99
68702574--68702742	64	2.6	64	81	3	196	34	28	8	27	1.86
68707547--68707579	10	3.3	10	100	0	66	60	27	12	0	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68708522--68708561	16	2.5	16	87	0	53	42	0	17	40	1.49
68708533--68708566	16	2.1	16	100	0	68	29	0	23	47	1.52
68709086--68709209	23	5.3	23	73	15	76	25	22	16	34	1.95
68709169--68709224	23	2.5	22	81	16	78	26	21	17	33	1.96
68709116--68709206	45	2.0	46	80	8	105	25	20	17	36	1.94
68711474--68711523	26	1.9	26	84	15	68	64	6	2	28	1.28
68715762--68715840	27	3.0	27	87	5	108	36	18	11	32	1.87
68715765--68715850	27	3.2	26	83	8	102	38	17	13	30	1.89
68718915--68718991	27	2.9	27	82	5	93	41	16	9	32	1.80
68718946--68719005	27	2.2	27	87	0	84	40	13	16	30	1.87
68719448--68719551	33	3.1	34	87	2	133	28	22	22	26	1.99
68726719--68726795	32	2.5	31	81	12	86	20	40	22	16	1.91
68736463--68736584	42	2.9	41	77	9	120	29	24	14	31	1.95
68738049--68738082	17	1.9	18	88	5	52	11	23	8	55	1.63
68739824--68739871	25	1.9	25	95	0	87	37	25	12	25	1.91
68739914--68739952	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
68740007--68740076	23	3.0	23	87	4	95	27	21	20	31	1.98
68740007--68740097	24	3.8	24	82	5	105	26	21	21	29	1.99
68740291--68740354	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
68747991--68748046	20	2.8	20	94	0	94	33	12	21	32	1.91
68748104--68748173	24	3.0	24	89	2	97	27	20	21	31	1.98
68748388--68748451	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68753009--68753147	35	4.0	35	76	9	122	30	9	18	41	1.82
68753009--68753146	70	2.0	70	80	5	154	31	9	18	41	1.82
68753082--68753157	35	2.2	35	82	0	89	34	9	18	38	1.83
68759201--68759710	255	2.0	252	91	1	831	35	12	21	30	1.90
68766012--68766036	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
68767578--68767766	99	1.9	99	95	0	342	41	23	7	26	1.82
68769663--68769723	20	3.3	20	70	29	71	31	6	0	62	1.21
68769657--68769727	35	2.0	35	100	0	142	30	5	0	63	1.17
68771738--68771777	18	2.3	19	79	16	50	65	2	0	32	1.06
68778213--68778251	16	2.4	17	79	12	55	38	5	23	33	1.77
68778464--68778535	38	1.9	37	86	8	101	45	5	0	48	1.25
68778485--68778560	38	2.1	37	80	11	86	51	3	1	43	1.28
68778920--68779005	43	2.0	43	93	0	145	30	24	11	33	1.91
68780621--68780653	16	2.1	16	100	0	66	36	18	18	27	1.94
68781672--68781709	19	2.0	19	100	0	76	31	15	21	31	1.94
68785391--68785461	29	2.4	29	77	11	81	30	15	21	32	1.94
68804780--68804817	19	2.1	19	85	9	53	39	2	10	47	1.52
68805033--68805073	20	2.0	20	95	0	73	63	9	17	9	1.51
68807714--68807778	34	2.0	34	81	6	80	29	26	18	26	1.98
68809624--68809679	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
68815110--68815161	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
68816648--68816729	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68817817--68817893	5	14.6	5	78	15	59	22	3	0	74	0.98
68817819--68817862	18	2.5	18	88	3	63	29	2	0	68	1.02
68822602--68822721	42	2.9	41	72	18	104	28	23	16	31	1.96
68825356--68825863	43	12.0	43	79	5	471	30	26	16	27	1.96
68825582--68825630	17	2.9	17	96	0	89	24	30	16	28	1.96
68826347--68826406	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
68831443--68831480	19	2.0	20	89	5	60	18	7	2	71	1.23
68838070--68838104	13	2.7	13	90	0	52	5	31	2	60	1.35
68839285--68839550	91	2.9	89	80	6	196	28	22	13	34	1.93
68844406--68844450	16	2.6	17	86	6	56	55	6	2	35	1.38
68844536--68844599	31	2.1	31	96	0	119	48	3	4	43	1.39
68845757--68845809	21	2.5	21	82	14	65	47	1	1	49	1.23
68846055--68846114	26	2.3	26	80	8	70	33	23	6	36	1.81
68846377--68846509	21	6.3	21	72	3	88	45	17	21	15	1.85
68846375--68846531	42	3.7	43	83	5	171	43	16	22	16	1.87
68853109--68853171	28	2.3	28	86	2	83	15	33	7	42	1.76
68855502--68855530	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
68859645--68859677	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
68862634--68862818	95	1.9	96	84	5	250	25	29	20	25	1.99
68869722--68869999	50	5.7	49	74	7	228	23	28	20	28	1.99
68880712--68880752	21	2.0	21	100	0	82	43	21	19	14	1.87
68884413--68884640	114	2.0	114	97	0	429	31	20	23	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68892593--68892722	51	2.6	50	84	6	156	26	20	24	29	1.99
68892594--68892737	49	2.9	50	80	8	166	26	20	23	29	1.99
68892932--68892961	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
68895007--68895040	15	2.2	15	89	5	50	55	14	0	29	1.40
68895310--68895438	42	3.0	42	83	4	143	31	27	12	29	1.93
68903265--68903330	32	2.1	32	100	0	132	31	25	27	15	1.95
68903606--68903639	16	2.1	16	100	0	68	35	29	0	35	1.58
68904336--68904442	44	2.4	44	82	0	151	31	28	15	24	1.96
68905784--68905901	43	2.8	42	76	5	121	28	23	16	31	1.96
68910218--68910299	41	2.0	41	97	0	155	32	17	15	34	1.91
68910708--68910788	32	2.5	32	84	4	101	28	3	16	51	1.61
68912187--68912224	19	2.0	19	94	0	67	47	13	10	28	1.76
68912216--68912248	14	2.3	15	94	5	59	45	18	3	33	1.65
68914443--68914473	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68914440--68914479	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
68922434--68922634	55	3.7	53	78	5	190	24	24	17	33	1.96
68922434--68922634	108	1.8	110	86	4	291	24	24	17	33	1.96
68926674--68926784	42	2.6	42	81	2	125	44	17	19	18	1.87
68926674--68926725	21	2.5	21	83	0	77	48	21	17	13	1.81
68931044--68931101	20	2.9	18	75	14	53	20	3	5	70	1.21
68933708--68933847	49	2.9	48	80	7	165	26	12	27	33	1.93
68934058--68934107	24	2.2	23	85	7	66	24	38	14	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68940413--68940534	46	2.7	46	81	12	144	31	18	25	25	1.97
68944408--68944510	28	3.7	28	88	0	143	28	33	13	24	1.93
68944727--68944761	16	2.2	16	89	0	52	11	25	22	40	1.88
68952934--68952984	24	2.1	23	80	16	59	39	3	1	54	1.30
68955195--68955224	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
68958979--68959061	43	1.9	43	92	0	139	21	19	30	28	1.98
68972086--68972167	34	2.4	34	85	4	103	25	23	24	26	2.00
68980678--68980754	25	3.2	25	65	20	72	40	10	6	42	1.65
68980684--68980760	23	3.3	23	66	20	68	44	9	5	41	1.58
68980668--68980769	48	2.1	48	100	0	204	40	10	6	42	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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