genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  238  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75115009--75115035	14	1.9	14	100	0	54	51	11	7	29	1.64
75115279--75115481	82	2.5	82	92	1	336	50	14	6	27	1.68
75115533--75115900	159	2.3	156	81	6	416	31	12	17	38	1.87
75120613--75120648	18	2.0	18	94	0	63	22	63	0	13	1.29
75120767--75120801	17	2.1	17	100	0	70	37	34	0	28	1.58
75123118--75123152	9	3.8	9	88	3	52	22	2	5	68	1.24
75124604--75124637	6	5.7	6	85	0	50	64	0	20	14	1.28
75125067--75125129	30	2.1	30	90	0	99	55	14	4	25	1.58
75125468--75125530	26	2.5	25	89	2	90	38	12	14	34	1.84
75130199--75130243	24	2.0	22	83	12	56	42	6	0	51	1.28
75131879--75132044	53	3.1	53	87	6	203	26	15	27	30	1.96
75133851--75133908	27	2.0	29	83	9	75	36	1	1	60	1.17
75134406--75134452	25	1.9	24	86	4	67	70	2	6	21	1.20
75142984--75143063	25	3.2	25	89	0	115	38	13	8	38	1.76
75145094--75145137	22	2.0	22	100	0	88	31	4	22	40	1.74
75147704--75147770	25	2.7	25	95	0	116	38	13	11	35	1.82
75149594--75149630	17	2.2	17	100	0	74	16	0	27	56	1.40
75149758--75150020	125	2.1	126	93	0	447	40	15	17	26	1.89
75151503--75151572	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
75151503--75151600	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
75158157--75158219	31	2.0	31	100	0	126	23	25	22	28	1.99
75158187--75158306	41	2.8	43	75	6	118	30	24	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75159592--75159955	130	2.9	128	83	10	505	55	4	4	35	1.40
75159635--75159955	119	2.6	121	85	7	423	56	4	3	35	1.37
75162214--75162264	11	4.7	10	88	9	66	39	0	33	27	1.57
75170145--75170197	28	1.9	27	84	3	70	64	0	5	30	1.17
75191150--75191199	20	2.5	20	83	3	64	52	12	10	26	1.70
75194315--75194344	15	1.9	16	93	6	53	10	0	16	73	1.09
75205287--75205335	26	1.9	25	83	4	62	30	14	12	42	1.82
75207668--75207829	81	2.0	81	92	2	272	21	10	24	43	1.84
75210081--75210144	21	2.9	22	79	6	76	40	25	18	15	1.90
75210081--75210146	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
75217297--75217339	18	2.5	17	85	11	52	6	30	4	58	1.45
75223464--75223642	31	5.8	31	90	1	279	25	25	18	29	1.98
75223618--75223744	52	2.5	51	85	6	159	26	22	16	34	1.95
75259062--75259202	55	2.6	55	79	2	149	26	29	29	14	1.96
75262831--75264713	942	2.0	939	94	0	3334	31	18	20	29	1.96
75267698--75267809	56	2.0	56	100	0	224	41	10	14	33	1.80
75272167--75272308	30	4.8	30	87	4	189	22	23	16	37	1.93
75272168--75272465	58	5.1	60	83	8	223	22	25	14	37	1.92
75272169--75272458	29	9.9	28	82	10	198	22	25	13	38	1.91
75272198--75272458	58	4.5	56	82	8	265	22	25	13	38	1.91
75272196--75272465	87	3.1	87	83	7	298	22	25	14	38	1.91
75272268--75272465	29	6.8	29	83	8	226	21	27	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75272256--75272470	58	3.7	57	88	2	288	21	26	14	37	1.92
75277004--75277082	20	4.1	19	74	9	70	37	17	29	15	1.90
75281568--75281624	29	2.0	29	100	0	114	28	24	10	36	1.88
75285885--75286044	43	3.7	42	74	12	146	29	20	23	27	1.98
75298906--75298991	45	1.9	45	85	4	120	18	29	20	31	1.97
75299084--75299194	46	2.4	45	86	4	152	23	28	18	29	1.97
75301022--75301067	24	1.9	24	86	8	67	65	10	0	23	1.24
75301909--75302426	172	3.0	172	100	0	1036	43	20	7	28	1.79
75308574--75308670	38	2.6	38	88	0	140	38	34	10	17	1.84
75308574--75308688	38	3.0	38	81	5	99	40	31	11	16	1.84
75321553--75321598	23	2.0	23	100	0	92	21	0	26	52	1.47
75325493--75325534	22	1.9	22	90	0	66	28	4	2	64	1.26
75325973--75326075	49	2.0	52	83	5	131	60	1	7	30	1.36
75335811--75335927	57	2.0	59	83	9	152	55	1	8	34	1.40
75336758--75336809	26	2.0	26	88	3	68	57	0	9	32	1.31
75348136--75348320	79	2.3	81	82	7	218	24	27	22	25	2.00
75348117--75348320	40	5.1	40	80	8	220	24	26	22	25	2.00
75352079--75352123	21	2.2	20	84	4	54	4	22	0	73	1.01
75353416--75353694	18	15.1	18	71	9	141	37	16	11	34	1.85
75353508--75353694	72	2.6	72	79	5	216	36	16	11	35	1.85
75353868--75354016	45	3.3	45	89	0	210	41	18	19	20	1.90
75355562--75355613	5	10.2	5	97	2	95	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75359035--75359069	18	1.9	18	94	0	61	40	2	28	28	1.71
75369346--75369383	12	3.2	12	84	0	58	55	0	0	44	0.99
75369830--75369869	20	2.1	19	85	4	53	60	7	0	32	1.25
75373387--75373436	15	3.3	15	75	5	55	44	12	20	24	1.85
75373675--75373773	19	4.9	19	69	21	67	39	1	4	55	1.25
75373684--75373725	18	2.4	18	84	11	52	42	0	0	57	0.99
75383641--75383683	16	2.5	17	81	11	52	20	9	32	37	1.85
75383970--75384013	21	2.1	21	83	8	54	40	0	4	54	1.21
75394215--75394257	19	2.2	20	84	12	54	72	0	9	18	1.11
75399470--75399505	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
75399991--75400035	20	2.2	20	92	0	72	33	11	13	42	1.79
75414122--75414175	26	2.0	26	86	10	74	40	3	0	55	1.17
75414530--75414890	181	2.0	181	85	0	488	24	8	23	43	1.81
75417641--75417696	27	2.1	27	93	0	94	32	17	12	37	1.88
75427182--75427341	59	2.7	59	83	1	196	40	13	19	27	1.88
75432625--75432691	31	2.2	31	88	0	98	43	8	4	43	1.56
75432926--75432985	25	2.5	24	78	10	59	48	1	6	43	1.39
75443144--75443200	30	2.0	28	86	13	80	38	14	1	45	1.55
75443514--75443627	5	22.8	5	100	0	228	59	0	0	40	0.97
75445990--75446041	26	2.0	26	100	0	104	34	7	19	38	1.80
75448662--75448740	30	2.6	31	74	20	78	35	3	10	50	1.54
75451797--75451910	57	2.0	57	98	0	219	33	25	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75454316--75454395	41	1.9	42	82	7	101	21	32	25	21	1.98
75456173--75456206	17	1.9	18	94	5	61	0	23	0	76	0.79
75456173--75456259	25	3.6	24	70	11	63	4	24	3	67	1.25
75457096--75457157	23	2.8	22	90	4	90	46	17	20	14	1.83
75461566--75461662	30	3.2	30	76	0	104	27	28	15	27	1.96
75463184--75463247	28	2.2	29	86	2	85	26	15	28	29	1.96
75466784--75466817	8	4.2	8	92	0	59	44	23	23	8	1.81
75467039--75467104	28	2.3	27	80	10	78	27	15	34	22	1.94
75467056--75467118	28	2.2	28	94	0	108	26	14	33	25	1.94
75467800--75467824	11	2.3	11	100	0	50	28	8	20	44	1.79
75469519--75469724	105	2.0	105	89	0	313	32	10	19	38	1.85
75469798--75469847	16	2.6	20	73	26	54	24	0	6	70	1.10
75469814--75469840	8	3.4	8	100	0	54	22	0	0	77	0.76
75471803--75471844	9	4.3	10	79	14	52	19	0	7	73	1.05
75471784--75471873	18	4.8	18	76	9	72	22	3	5	68	1.25
75471918--75471976	18	3.3	18	80	0	55	28	3	0	67	1.06
75471913--75471975	8	6.9	9	73	21	51	30	3	0	66	1.07
75472424--75472452	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
75480415--75480557	43	3.3	43	89	0	205	32	19	16	30	1.94
75482792--75482954	54	3.1	52	80	12	199	35	17	23	23	1.95
75489278--75489423	43	3.4	43	85	0	202	34	19	15	30	1.93
75491675--75491718	19	2.4	19	84	3	54	65	9	13	11	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75493670--75493737	29	2.2	30	79	10	75	25	13	23	38	1.91
75495485--75495787	127	2.4	127	83	3	360	36	20	17	25	1.94
75502797--75502863	30	2.3	29	77	10	73	49	1	1	47	1.19
75505055--75505113	30	2.0	30	86	0	82	30	3	10	55	1.49
75505979--75506014	14	2.5	15	86	9	56	52	2	0	44	1.15
75523157--75523253	40	2.5	40	79	3	117	38	35	13	13	1.84
75525609--75525705	40	2.5	40	79	3	117	40	34	12	13	1.82
75535807--75535979	46	3.7	46	75	13	174	21	20	27	30	1.98
75537483--75537533	25	2.0	25	96	0	93	27	9	29	33	1.89
75537487--75537533	13	3.7	13	74	5	51	29	8	31	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325