genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54123296--54123480	40	4.7	40	81	6	207	23	21	27	27	1.99
54123349--54123505	79	2.0	79	80	7	176	26	20	26	27	1.99
54134643--54134707	34	1.9	34	87	6	96	29	20	21	29	1.98
54134729--54134771	22	1.9	23	90	4	70	18	53	6	20	1.67
54135658--54136629	486	2.0	486	91	0	1588	28	28	16	26	1.97
54138169--54138291	41	3.0	41	91	1	194	24	29	24	21	1.99
54138547--54138860	27	11.7	27	76	8	194	31	9	19	39	1.84
54138549--54138866	53	5.9	53	81	7	250	31	9	19	39	1.84
54138639--54138848	80	2.6	80	87	3	262	31	8	19	40	1.81
54138690--54138860	80	2.1	81	92	2	290	30	8	21	39	1.84
54139988--54140060	27	2.7	27	93	0	119	41	17	15	26	1.89
54142707--54142747	20	2.0	20	86	9	57	39	9	4	46	1.58
54145804--54145837	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
54146905--54146976	29	2.5	29	86	0	99	20	30	19	29	1.97
54147061--54147097	19	2.0	18	89	5	56	18	37	16	27	1.92
54151363--54151475	29	3.9	29	77	5	104	25	28	14	31	1.94
54152201--54152302	51	2.0	51	94	0	177	36	13	30	19	1.91
54152997--54153029	16	2.1	16	94	0	57	15	0	30	54	1.41
54159912--54159940	14	2.1	14	100	0	58	6	27	13	51	1.66
54176848--54176988	49	2.8	49	85	2	183	26	19	24	28	1.99
54176843--54176988	51	2.9	51	84	2	197	26	19	26	28	1.99
54179060--54179123	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54179317--54179413	25	4.0	24	85	9	126	27	21	20	29	1.98
54179338--54179411	23	3.1	23	94	3	121	28	20	20	31	1.97
54179317--54179411	48	2.0	48	85	8	131	27	22	21	29	1.99
54179462--54179522	20	3.0	20	92	0	104	34	21	11	32	1.89
54188225--54188466	50	4.9	49	74	10	204	30	25	18	25	1.98
54194807--54195048	50	4.8	50	80	7	235	30	25	16	27	1.97
54194817--54195048	101	2.3	99	82	5	263	30	25	16	26	1.97
54196497--54196545	25	2.0	25	88	4	73	57	4	0	38	1.18
54197232--54197272	14	2.6	16	81	18	59	51	0	0	48	1.00
54197242--54197272	14	2.2	14	100	0	62	48	0	0	51	1.00
54203433--54203654	104	2.2	103	92	3	367	18	19	31	31	1.95
54203574--54203724	71	2.1	72	91	2	243	23	17	29	30	1.97
54211052--54211102	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
54210975--54211195	103	2.2	103	91	4	358	18	19	31	31	1.95
54211115--54211265	71	2.1	71	91	2	241	23	17	29	30	1.97
54213303--54213348	24	2.0	23	82	4	56	28	19	10	41	1.85
54213813--54213847	18	1.9	18	94	0	61	11	31	28	28	1.92
54215344--54215512	91	1.8	92	93	1	295	28	28	21	21	1.99
54215344--54215509	46	3.6	46	77	13	189	28	28	21	21	1.98
54215344--54215528	46	4.0	46	71	20	129	28	28	20	22	1.98
54231041--54231152	43	2.6	42	83	2	152	27	16	25	30	1.96
54231235--54231281	20	2.3	20	85	0	67	29	2	29	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54233421--54233458	16	2.3	17	86	4	51	26	42	2	28	1.69
54236033--54236088	26	2.2	26	100	0	112	21	23	30	25	1.99
54238067--54238101	17	2.1	17	100	0	70	25	28	5	40	1.78
54238680--54238763	5	15.2	5	74	18	69	2	23	0	73	0.94
54238677--54238765	17	5.6	16	76	18	80	2	24	0	73	0.95
54238677--54238760	28	3.0	28	83	11	111	2	23	0	73	0.94
54240486--54240559	36	2.1	36	94	0	130	33	13	21	31	1.92
54241668--54241715	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
54241662--54241705	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
54241662--54241721	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
54258974--54259204	40	5.7	40	84	8	290	26	28	21	23	1.99
54258974--54259204	83	2.9	82	85	8	314	26	28	21	23	1.99
54264262--54264298	2	18.5	2	88	0	56	56	0	43	0	0.99
54271284--54271401	43	2.8	42	81	7	141	34	11	23	29	1.91
54277317--54277380	28	2.3	28	86	5	85	31	10	23	34	1.89
54284231--54284320	29	3.1	29	90	1	137	31	28	12	27	1.93
54284526--54284568	16	2.7	16	85	0	59	9	16	18	55	1.67
54286418--54286602	40	4.6	40	82	8	232	24	23	27	24	2.00
54286422--54286602	83	2.2	80	89	3	265	24	23	27	24	2.00
54294525--54294749	40	5.6	40	86	3	317	22	23	28	25	1.99
54294525--54294749	83	2.8	80	90	4	371	22	23	28	25	1.99
54299082--54299438	27	13.3	27	85	0	466	33	21	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54299865--54299929	22	3.0	22	76	13	62	20	23	21	35	1.96
54300088--54300189	27	3.8	26	85	5	114	18	24	20	36	1.95
54300349--54300414	6	10.8	6	73	15	55	19	15	16	48	1.81
54300326--54300405	31	2.5	31	91	2	124	18	15	13	52	1.75
54302431--54302520	29	3.1	29	88	1	128	30	28	12	28	1.93
54304450--54304671	39	5.7	40	85	6	269	24	21	28	25	1.99
54304452--54304671	40	5.6	39	85	5	259	25	20	28	25	1.99
54304488--54304704	79	2.8	78	85	4	260	26	20	27	25	1.99
54309987--54310254	47	5.7	47	93	1	434	32	8	30	28	1.87
54310371--54310449	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
54311657--54311962	79	3.9	80	90	4	471	25	21	27	24	2.00
54311657--54311962	40	7.8	40	89	3	471	25	21	27	24	2.00
54314916--54315061	48	3.1	47	82	12	183	30	9	30	30	1.89
54314932--54315134	47	4.3	47	91	1	300	32	9	30	28	1.88
54320179--54320268	29	3.1	29	88	1	128	30	28	12	28	1.93
54322197--54322461	40	6.7	40	87	4	333	24	21	27	26	1.99
54324491--54324515	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
54329911--54329953	12	3.6	12	93	0	68	62	0	23	13	1.31
54329968--54330012	15	2.9	16	78	18	58	60	0	28	11	1.31
54333933--54333973	14	2.9	14	88	0	55	31	12	21	34	1.91
54339969--54340145	50	3.6	49	81	8	187	26	17	27	28	1.98
54341832--54341873	16	2.7	16	79	17	52	76	2	4	16	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54349211--54349323	43	2.7	43	80	2	131	30	15	25	29	1.95
54351500--54351533	18	1.9	17	88	5	50	29	8	20	41	1.82
54358386--54358444	29	2.1	28	90	3	91	28	13	28	28	1.94
54369261--54369346	43	2.0	43	86	0	118	32	24	15	27	1.95
54369225--54369546	112	3.1	99	75	13	310	33	24	13	28	1.93
54369295--54369501	112	1.8	112	88	2	317	33	23	14	28	1.93
54369295--54369499	56	3.7	56	88	1	286	34	23	13	28	1.93
54369487--54369641	43	3.6	43	84	1	204	28	27	17	27	1.98
54371015--54371149	26	5.3	26	86	4	181	27	23	20	28	1.99
54371199--54371264	20	3.3	20	89	8	82	34	21	10	33	1.88
54371216--54371254	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
54371199--54371273	40	1.9	38	82	15	91	36	20	9	34	1.84
54371211--54371275	20	3.3	21	91	8	95	35	20	7	36	1.81
54371216--54371272	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
54375986--54376078	34	2.7	34	80	9	93	27	21	23	26	1.99
54378499--54378707	53	3.9	53	80	4	195	23	23	16	36	1.94
54378513--54378707	55	3.6	54	80	4	205	23	23	16	36	1.94
54378685--54378807	47	2.6	47	88	0	174	25	24	16	34	1.95
54383177--54383223	23	2.0	23	95	0	85	34	23	12	29	1.92
54389186--54389210	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
54391798--54391972	46	3.8	45	76	7	163	29	29	19	21	1.97
54391805--54391977	93	1.9	93	90	0	274	28	30	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54393687--54393758	25	2.9	25	87	0	99	26	20	23	29	1.99
54393802--54393841	10	3.9	10	93	6	71	30	22	17	30	1.97
54393802--54393841	21	1.9	21	100	0	80	30	22	17	30	1.97
54396022--54396140	44	2.8	42	80	8	123	31	26	16	25	1.97
54396034--54396140	44	2.5	43	83	7	128	31	27	14	26	1.95
54396462--54396504	21	2.0	21	100	0	86	53	9	18	18	1.70
54400910--54400968	20	3.0	20	92	0	100	33	11	22	32	1.90
54401018--54401161	23	6.0	24	88	7	197	28	20	22	28	1.99
54401018--54401142	47	2.6	47	89	5	198	29	20	21	28	1.98
54401355--54401418	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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