genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15443375--15443445	31	2.3	30	83	11	81	38	12	0	49	1.41
15445156--15445186	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
15457680--15457928	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
15457679--15457928	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
15458023--15458054	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
15458266--15458323	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
15460781--15460828	24	2.1	23	81	14	55	25	18	12	43	1.85
15465262--15465510	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
15465261--15465510	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
15465604--15465635	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
15465845--15465904	30	2.0	30	87	3	86	31	23	3	41	1.71
15470209--15470266	29	2.0	29	86	6	82	41	34	6	17	1.76
15470381--15470439	28	2.1	28	81	6	66	42	1	6	49	1.39
15470544--15470611	29	2.4	30	80	11	72	60	1	5	32	1.30
15479899--15479969	30	2.4	28	81	9	79	30	5	7	56	1.49
15481495--15481538	23	1.9	23	95	0	79	20	20	9	50	1.75
15483534--15483612	5	15.6	5	89	7	115	36	0	0	63	0.95
15483534--15483612	21	3.9	20	88	8	115	36	0	0	63	0.95
15484688--15484712	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
15484752--15484812	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
15486035--15486147	38	2.8	40	72	7	106	25	20	24	29	1.99
15493638--15493703	32	2.1	32	100	0	132	19	21	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15493973--15494018	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
15493980--15494024	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
15497634--15497768	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
15499329--15499359	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
15499956--15500363	46	8.9	46	94	0	683	39	13	25	21	1.90
15500695--15500727	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
15507210--15507237	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
15508755--15508810	29	1.9	29	81	0	67	46	0	1	51	1.11
15508872--15508935	29	2.2	27	76	15	65	50	7	4	37	1.52
15513738--15513819	41	2.0	41	100	0	164	19	14	26	39	1.90
15520233--15520558	49	6.8	49	87	6	456	30	26	14	28	1.95
15520198--15520521	91	3.5	92	82	12	371	30	26	14	27	1.95
15520208--15520601	140	2.8	140	89	3	571	30	26	14	28	1.96
15520388--15520601	49	4.5	47	88	2	173	29	27	16	27	1.97
15520207--15520601	91	4.2	95	81	11	356	30	26	15	28	1.96
15520634--15520713	31	2.6	31	88	4	117	28	27	16	27	1.97
15520696--15520817	50	2.4	51	93	2	210	25	22	15	36	1.93
15521875--15521909	16	2.1	18	89	10	56	37	14	2	45	1.59
15531134--15531174	14	2.8	15	82	13	50	58	2	0	39	1.11
15549508--15549532	12	2.1	12	100	0	50	44	8	32	16	1.76
15557605--15557709	47	2.2	47	89	0	165	32	28	15	23	1.95
15561955--15561992	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15567504--15567731	46	5.0	46	89	1	314	40	14	22	21	1.90
15569021--15569087	23	2.8	23	81	4	71	65	4	0	29	1.12
15569866--15569908	18	2.4	17	81	11	50	37	0	16	46	1.47
15570853--15570916	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
15573520--15573563	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
15574068--15574107	19	2.2	18	86	13	55	47	0	22	30	1.52
15576938--15576974	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
15577535--15577710	46	3.8	46	75	15	182	20	18	29	31	1.97
15577532--15577701	93	1.8	93	93	0	295	20	18	30	30	1.97
15585238--15585465	46	5.0	46	89	1	305	23	24	13	38	1.91
15587927--15587968	21	2.0	21	81	9	50	52	2	11	33	1.51
15596262--15596366	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
15597080--15597471	131	3.0	130	87	3	529	27	17	18	36	1.93
15618630--15618696	32	2.0	33	86	11	93	58	2	2	35	1.29
15624843--15624988	53	2.7	53	85	8	188	26	15	27	30	1.96
15628310--15628518	52	4.1	51	84	9	275	34	13	22	28	1.92
15628396--15628429	7	4.7	7	88	3	50	44	2	26	26	1.69
15628414--15628629	37	5.3	44	85	9	181	36	14	22	26	1.92
15628482--15628627	37	4.0	37	91	1	224	36	15	22	25	1.94
15630454--15630491	19	2.0	19	100	0	76	31	15	26	26	1.96
15649456--15649484	12	2.3	13	94	5	51	37	3	0	58	1.15
15653792--15653837	24	1.9	24	82	8	58	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15661334--15661403	35	2.0	35	100	0	140	45	17	14	22	1.84
15664300--15664339	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
15665212--15665272	20	3.0	20	69	13	52	32	0	8	59	1.27
15673541--15673599	19	3.1	19	85	7	66	67	1	0	30	1.00
15675177--15675228	25	2.1	25	88	0	77	40	15	7	36	1.76
15675332--15675400	34	2.0	34	97	0	129	30	27	4	37	1.76
15676342--15676396	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
15676458--15676525	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
15676541--15676672	25	5.6	25	74	12	100	55	3	6	35	1.40
15676534--15676655	50	2.4	50	77	5	131	55	3	5	35	1.40
15677158--15677216	18	3.3	18	77	13	77	18	8	50	22	1.73
15677152--15677207	17	3.2	17	76	14	69	16	7	53	23	1.67
15680031--15680194	51	3.2	51	91	0	274	33	12	21	32	1.91
15681882--15682004	47	2.6	47	85	2	149	29	26	15	29	1.96
15682008--15682036	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
15682035--15682212	31	5.7	31	86	2	223	26	25	18	29	1.98
15682035--15682212	93	1.9	93	87	2	259	26	25	18	29	1.98
15682230--15682366	50	2.7	50	94	0	247	29	21	14	35	1.93
15686311--15686350	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
15686299--15686365	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
15689075--15689128	27	2.0	27	81	0	63	22	24	27	25	2.00
15689432--15689566	65	2.0	67	82	12	163	57	16	0	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15691301--15691384	33	2.4	36	86	7	111	33	25	13	28	1.93
15691613--15691839	41	5.8	41	82	14	291	27	22	21	29	1.99
15691656--15691717	30	2.1	30	100	0	124	25	22	19	32	1.97
15691615--15691758	71	2.0	71	98	0	279	26	22	20	29	1.99
15693832--15693997	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
15695195--15695313	60	2.0	60	93	0	202	52	11	0	34	1.44
15695523--15695552	13	2.3	13	100	0	60	30	6	6	56	1.51
15697462--15697498	19	2.0	18	94	5	65	37	0	8	54	1.30
15697844--15697923	29	2.7	29	80	9	90	33	6	0	60	1.22
15698194--15698239	20	2.3	20	88	0	65	65	2	0	32	1.05
15698755--15698792	18	2.1	18	95	0	67	28	0	0	71	0.87
15700997--15701054	29	2.0	29	100	0	116	17	48	13	20	1.81
15701088--15701121	18	1.9	18	88	5	52	0	23	2	73	0.97
15709751--15709885	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
15730434--15730488	25	2.2	25	80	0	65	30	7	18	43	1.77
15743793--15743842	22	2.3	22	82	3	66	54	0	4	42	1.19
15743811--15743849	21	2.0	20	85	10	53	53	0	5	41	1.23
15749544--15749613	16	4.6	16	70	20	60	42	0	0	57	0.99
15749564--15749633	30	2.3	30	78	9	79	45	0	2	51	1.16
15754309--15754356	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
15754310--15754358	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
15754309--15754356	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15755232--15755299	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
15755278--15755316	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
15760205--15760247	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
15761731--15761778	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
15761732--15761780	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
15761731--15761778	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
15762480--15762519	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
15762650--15762717	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
15762696--15762734	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
15764073--15764125	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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