genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13118250--13118305	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
13119624--13119648	7	3.6	7	100	0	50	44	0	12	44	1.41
13119905--13120015	38	2.8	40	72	5	100	23	19	27	29	1.98
13121319--13121394	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
13121481--13121509	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
13122731--13122771	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
13124061--13124105	15	3.0	15	76	0	54	48	13	2	35	1.54
13125307--13125362	20	2.7	21	81	8	62	0	25	5	69	1.09
13125308--13125360	24	2.2	24	80	9	63	0	24	5	69	1.09
13125372--13125408	17	2.2	17	90	0	56	18	5	0	75	0.99
13125372--13125412	13	3.2	13	89	6	57	19	4	0	75	0.98
13125407--13125459	23	2.3	23	84	12	65	37	3	1	56	1.28
13130147--13130171	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
13132985--13133026	8	5.1	8	97	2	75	38	0	23	38	1.55
13133491--13133524	17	2.1	17	88	5	52	35	0	2	61	1.11
13135367--13135419	18	2.9	19	76	17	60	50	0	0	49	1.00
13141726--13141756	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
13160530--13160567	5	7.8	5	94	5	60	2	0	13	84	0.73
13167225--13167268	22	2.0	22	83	12	56	40	0	4	54	1.21
13183644--13183684	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
13189455--13189496	22	1.9	22	95	0	75	59	2	2	35	1.23
13191042--13191083	20	2.2	20	86	4	59	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13191045--13191114	32	2.1	36	84	10	94	64	1	0	34	1.03
13191053--13191109	7	8.4	7	75	21	50	61	1	0	36	1.07
13191133--13191177	21	2.2	20	84	4	54	33	22	13	31	1.92
13194693--13194761	29	2.4	29	85	4	86	30	11	2	55	1.50
13194722--13194774	19	2.8	18	88	5	61	35	5	1	56	1.34
13194713--13194775	29	2.2	29	82	5	74	38	4	1	55	1.31
13194734--13194782	19	2.6	19	90	0	80	34	4	4	57	1.37
13194751--13194845	29	3.5	28	79	11	90	30	1	2	66	1.10
13194777--13194845	26	2.5	29	80	13	67	28	0	1	69	0.97
13194799--13194845	17	2.7	18	84	12	62	25	0	0	74	0.82
13197517--13197667	53	2.8	53	88	4	205	29	26	16	27	1.97
13204931--13205076	53	2.7	53	89	4	204	29	26	15	28	1.96
13208484--13208534	3	17.3	3	77	18	54	62	0	3	33	1.13
13208737--13208848	3	37.3	3	70	13	70	58	1	6	33	1.33
13208737--13208820	26	3.2	28	73	19	81	59	0	7	33	1.25
13209116--13209209	35	2.8	32	71	19	82	58	4	4	32	1.37
13209321--13209365	23	2.0	23	91	8	74	51	11	0	37	1.38
13209498--13209532	9	3.9	9	92	7	54	54	2	0	42	1.15
13210771--13211365	44	13.6	44	69	8	383	19	23	21	35	1.96
13210765--13211409	87	7.4	87	92	1	1024	19	23	21	35	1.96
13216974--13217113	39	3.6	39	82	0	172	39	20	25	15	1.91
13219863--13219916	25	2.2	25	82	0	63	42	3	16	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13227792--13227989	50	3.8	50	87	4	261	21	30	23	25	1.99
13227799--13227989	106	1.9	100	89	6	292	20	30	23	25	1.99
13228084--13228115	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
13228326--13228383	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
13234039--13234066	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
13238932--13238986	24	2.3	24	78	15	60	52	7	1	38	1.40
13246594--13246627	18	1.9	17	94	5	59	35	0	8	55	1.31
13250948--13250990	17	2.4	18	80	3	52	74	2	2	20	1.04
13258222--13258280	22	2.7	21	79	10	64	67	8	15	8	1.40
13262934--13263057	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
13262944--13263051	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
13267627--13267747	30	4.0	30	88	5	174	26	21	6	45	1.76
13267636--13267743	15	7.2	15	63	12	60	26	20	7	45	1.77
13272134--13272201	32	2.1	32	100	0	136	76	5	5	11	1.14
13280040--13280087	11	4.4	11	79	10	53	58	2	0	39	1.10
13280037--13280112	30	2.5	30	80	4	82	57	2	0	39	1.12
13281034--13281101	14	4.4	15	71	18	50	45	2	1	50	1.26
13281020--13281087	34	2.1	34	83	8	88	45	4	1	48	1.31
13281355--13281442	42	2.1	43	86	2	124	45	6	3	44	1.47
13286692--13286738	24	2.0	24	86	0	67	51	4	6	38	1.47
13286796--13286850	25	2.3	24	84	6	67	61	5	3	29	1.35
13289270--13289322	22	2.2	24	78	18	58	52	7	1	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13312929--13313023	46	2.1	46	97	0	181	41	22	7	29	1.81
13330226--13330279	27	1.9	29	85	7	76	50	0	5	44	1.25
13333284--13333336	27	2.0	27	96	0	97	47	24	3	24	1.68
13334641--13334749	52	2.1	52	100	0	218	40	5	14	39	1.69
13337947--13338226	46	6.6	45	84	10	290	35	14	21	28	1.93
13337985--13338095	37	3.0	37	93	0	186	38	13	19	27	1.90
13339504--13339592	46	2.0	45	91	4	144	28	25	13	32	1.94
13346831--13346938	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
13353579--13353647	34	2.0	34	97	0	129	17	21	15	44	1.86
13359967--13359993	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
13361873--13361931	30	2.0	30	89	0	91	47	11	3	37	1.57
13361906--13361971	22	3.0	22	72	14	57	46	10	0	42	1.38
13362305--13362339	6	5.8	6	100	0	70	85	0	0	14	0.59
13362658--13362712	26	2.1	26	83	6	67	45	0	1	52	1.11
13362663--13362720	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
13362664--13362721	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
13362666--13362721	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
13364035--13364073	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
13364567--13364607	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
13369101--13369158	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
13369102--13369159	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
13369104--13369159	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13370474--13370512	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
13371008--13371048	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
13378924--13378953	10	2.8	11	90	10	53	83	0	16	0	0.65
13400313--13400393	31	2.5	31	84	7	92	40	11	16	32	1.83
13404763--13404809	23	2.0	23	100	0	94	29	4	17	48	1.65
13406036--13406226	25	7.7	24	70	13	93	34	23	24	18	1.96
13406034--13406202	25	6.8	25	71	9	114	34	23	24	17	1.96
13406049--13406192	76	1.9	73	84	4	189	33	22	24	19	1.97
13406159--13406213	26	2.1	26	90	6	85	34	23	25	16	1.95
13408812--13408984	93	1.9	93	93	0	301	27	29	21	21	1.99
13408805--13408980	46	3.8	46	78	12	189	28	28	21	21	1.98
13408856--13408999	46	3.1	45	71	21	127	29	27	20	22	1.98
13411577--13411667	45	2.0	45	100	0	182	46	8	9	35	1.68
13415312--13415340	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
13420721--13420923	103	2.0	103	93	0	343	29	23	15	31	1.95
13420880--13420975	50	1.9	50	89	2	149	39	26	11	22	1.88
13421078--13421236	80	2.0	79	87	3	230	37	11	22	28	1.89
13432908--13432949	21	2.0	21	100	0	84	33	23	4	38	1.76
13440367--13440430	27	2.4	27	82	7	76	60	4	1	32	1.26
13444530--13444592	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
13453261--13453311	14	3.3	15	75	13	50	52	1	1	43	1.23
13453261--13453319	31	1.9	30	83	16	77	52	3	1	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13461503--13461594	36	2.6	34	79	14	114	42	19	6	31	1.77
13465455--13465561	45	2.4	45	90	3	162	41	18	17	22	1.91
13465440--13465567	45	2.6	49	80	14	156	41	17	18	21	1.90
13469055--13469087	17	1.9	17	88	11	50	60	0	9	30	1.27
13486938--13486975	19	2.0	19	100	0	76	52	15	15	15	1.75
13493463--13493542	21	3.7	21	76	8	81	48	1	1	48	1.17
13493515--13493559	16	2.7	17	79	6	56	46	0	0	53	1.00
13505687--13506287	297	2.0	297	98	0	1166	36	20	13	28	1.91
13506459--13506635	47	3.8	47	77	12	202	30	28	18	22	1.97
13506467--13506636	94	1.8	93	89	1	268	30	28	18	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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