genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73460096--73460217	41	3.0	42	78	11	135	27	25	22	24	2.00
73460474--73460759	27	10.6	27	78	3	191	30	10	19	39	1.85
73460752--73460815	27	2.4	27	89	0	101	25	18	20	35	1.95
73460772--73460829	27	2.1	27	83	0	71	29	25	17	27	1.97
73466951--73467020	25	2.8	25	91	0	113	21	25	21	31	1.98
73467664--73467705	20	2.2	19	83	12	50	64	7	14	14	1.48
73476360--73476416	25	2.3	26	85	11	75	36	10	14	38	1.80
73478717--73478786	25	2.8	25	86	0	95	27	24	22	25	2.00
73479009--73479232	27	8.3	27	88	0	331	23	20	20	35	1.96
73479258--73479399	27	5.3	27	82	0	158	30	9	19	40	1.83
73479364--73479573	81	2.6	81	81	0	249	36	9	23	30	1.86
73479392--73479548	27	5.8	27	90	0	215	38	9	24	28	1.86
73479274--73479587	27	11.6	27	82	2	139	33	9	22	35	1.86
73481918--73481987	25	2.8	25	78	4	79	25	21	24	28	1.99
73482188--73482350	27	6.0	27	91	0	254	22	21	21	34	1.97
73482284--73482519	27	8.8	27	79	8	153	29	13	20	36	1.91
73482353--73482519	54	3.1	54	83	3	176	32	10	18	38	1.85
73482519--73482587	27	2.6	27	80	0	84	40	10	23	26	1.86
73484942--73485025	25	3.4	24	80	9	89	26	22	21	29	1.99
73484955--73485024	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
73485228--73485360	27	5.0	27	94	0	214	24	23	19	33	1.97
73485325--73485425	27	3.8	27	77	6	91	30	12	17	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73485363--73485529	54	3.1	54	84	1	183	31	10	18	39	1.84
73485349--73485529	27	6.8	26	81	6	166	30	10	19	39	1.85
73485522--73485678	27	5.8	27	88	0	224	38	8	23	28	1.85
73485522--73485678	81	1.9	81	92	0	260	38	8	23	28	1.85
73485404--73485697	27	10.9	27	82	4	146	34	9	21	34	1.86
73488027--73488110	24	3.4	24	80	9	98	27	22	20	29	1.98
73488311--73488428	27	4.4	27	79	5	132	24	20	17	37	1.94
73488310--73488417	54	2.0	54	90	0	171	24	20	18	37	1.94
73488407--73488557	27	5.8	27	75	16	104	30	9	19	40	1.84
73488442--73488541	54	1.9	51	83	6	128	32	11	18	39	1.85
73488460--73488589	26	5.0	26	75	14	99	30	10	20	40	1.85
73488577--73488732	27	5.8	27	86	1	206	39	8	23	28	1.83
73490701--73490751	22	2.3	23	80	10	61	66	7	15	9	1.43
73490712--73490754	22	2.0	22	95	0	77	67	11	9	11	1.42
73506541--73506607	29	2.3	29	84	5	91	28	29	13	28	1.94
73506709--73506787	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
73519755--73519810	22	2.6	20	75	13	58	51	0	3	44	1.18
73520383--73520415	17	1.9	17	88	11	50	33	0	18	48	1.48
73524407--73524461	26	2.2	25	83	9	67	47	0	1	50	1.11
73524404--73524459	22	2.6	21	75	8	58	50	0	1	48	1.11
73525037--73525069	17	1.9	17	88	11	50	33	0	18	48	1.48
73528110--73529013	451	2.0	451	98	0	1745	28	19	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73536013--73536120	15	7.2	15	67	12	78	25	23	8	43	1.81
73536003--73536126	30	4.1	30	93	1	203	25	25	7	42	1.80
73540703--73540810	15	7.2	15	67	12	69	25	22	7	44	1.79
73540693--73540816	30	4.1	30	89	1	185	25	24	6	43	1.78
73541832--73541889	21	2.9	20	89	5	91	20	1	3	74	1.06
73541823--73541889	21	3.2	21	83	10	77	19	2	5	71	1.20
73542436--73542475	19	2.1	19	95	0	71	32	5	5	57	1.42
73543447--73543476	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
73549891--73549983	5	17.6	5	76	16	73	26	1	0	72	0.92
73549884--73549973	40	2.3	40	80	14	100	27	1	0	71	0.94
73549906--73549984	25	3.2	25	77	10	92	27	0	0	72	0.85
73553279--73553330	15	3.7	15	75	15	56	42	0	13	44	1.44
73553303--73553339	15	2.5	15	87	12	51	32	0	10	56	1.34
73556248--73556305	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
73557199--73557262	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
73557191--73558549	143	9.5	143	98	0	2598	41	11	2	44	1.53
73558658--73558721	3	20.7	3	73	17	51	57	3	1	37	1.24
73558660--73558718	19	3.1	19	81	18	61	57	3	1	37	1.25
73560496--73560539	22	2.0	21	86	4	61	47	0	29	22	1.51
73561431--73561463	16	2.1	16	88	5	50	30	0	0	69	0.88
73563387--73563455	29	2.3	30	82	7	88	56	4	4	34	1.39
73564903--73564952	16	3.2	15	81	10	64	76	2	2	20	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73565728--73565773	23	1.9	25	83	16	62	45	8	0	45	1.34
73566539--73566590	20	2.6	21	82	14	65	53	7	5	32	1.53
73569375--73569404	14	2.1	14	93	0	51	30	10	0	60	1.30
73569736--73569795	30	2.0	30	83	6	77	58	5	5	31	1.41
73572110--73572141	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
73573794--73573887	17	5.5	17	66	22	54	44	3	4	47	1.38
73576822--73576991	92	1.8	92	93	2	297	21	20	30	28	1.98
73576826--73576998	45	3.8	46	78	14	196	20	20	30	28	1.98
73584357--73584523	45	3.6	45	76	13	178	20	20	29	29	1.98
73584354--73584524	93	1.8	92	91	1	279	21	20	29	28	1.98
73587608--73587709	26	3.9	26	94	0	186	36	26	5	31	1.80
73593535--73593569	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
73594174--73594310	26	5.3	26	84	2	161	28	22	20	28	1.99
73594358--73594414	20	2.8	20	97	0	105	33	19	12	35	1.89
73594358--73594413	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
73594461--73594508	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
73607422--73607478	30	1.9	30	88	0	87	49	29	1	19	1.58
73610427--73610626	43	4.7	43	79	5	163	31	24	20	25	1.98
73613616--73613749	50	2.6	50	84	6	173	28	14	24	32	1.95
73614928--73614988	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
73633888--73633949	28	2.2	28	91	0	97	35	3	25	35	1.72
73638771--73638983	115	1.9	115	87	2	320	28	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73638921--73639066	40	3.7	40	80	9	181	30	23	21	24	1.99
73639247--73639515	29	9.2	29	72	13	130	47	26	1	25	1.61
73639263--73639301	14	2.8	14	84	7	53	51	30	0	17	1.46
73639285--73639451	59	2.9	58	84	7	189	46	26	1	26	1.61
73639402--73639446	21	2.1	21	87	0	63	51	24	0	24	1.49
73639319--73639505	86	2.1	88	81	10	224	47	25	1	25	1.61
73639408--73639455	14	3.4	14	79	2	51	50	29	0	20	1.49
73642646--73642708	14	4.2	14	84	15	90	36	26	7	28	1.85
73642643--73642693	18	3.1	18	83	16	74	33	27	9	29	1.89
73642643--73642707	32	2.0	32	100	0	130	33	27	9	29	1.88
73642996--73643043	15	3.3	15	76	5	53	50	2	2	45	1.25
73642987--73643050	29	2.2	29	97	0	119	46	1	1	50	1.20
73642823--73643186	195	1.9	193	92	2	613	34	10	6	49	1.62
73643192--73643256	9	7.4	9	77	10	55	50	16	0	32	1.46
73643212--73643326	34	3.3	34	86	4	176	48	16	1	33	1.56
73648436--73648470	14	2.6	14	90	4	54	37	2	14	45	1.59
73649167--73649564	43	9.3	43	79	3	381	25	18	24	31	1.98
73649184--73649564	86	4.4	86	83	1	442	26	19	24	30	1.98
73650039--73650063	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
73655348--73655410	26	2.5	23	79	20	65	25	20	22	31	1.98
73655406--73655497	24	3.8	24	79	12	82	35	19	21	22	1.96
73655366--73655507	26	5.8	25	78	12	118	32	19	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73655348--73655507	50	3.3	49	73	16	145	31	19	21	27	1.97
73660041--73660102	31	2.0	31	96	0	115	35	4	16	43	1.69
73667324--73667371	21	2.2	22	85	3	62	39	18	8	33	1.81
73669088--73669307	110	2.0	110	97	0	413	42	18	10	27	1.84
73672212--73672275	19	3.4	18	74	8	56	53	3	0	43	1.16
73672212--73672265	20	2.8	19	80	5	63	50	3	0	46	1.19
73672293--73672371	40	2.0	40	83	14	101	60	2	2	34	1.23
73673141--73673192	16	3.4	16	75	20	65	36	3	3	55	1.36
73673131--73673202	30	2.4	30	97	2	135	41	2	4	51	1.35
73673150--73673196	14	3.2	14	72	21	51	42	4	2	51	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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