genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28288705--28289188	139	3.5	139	92	0	729	21	23	13	40	1.89
28293555--28293598	22	2.0	23	81	4	54	34	20	0	45	1.51
28299958--28299982	11	2.3	11	100	0	50	20	44	0	36	1.52
28306213--28306311	30	3.3	30	78	0	81	26	19	14	40	1.89
28316426--28316464	19	2.0	20	85	14	55	61	0	5	33	1.18
28318309--28318371	30	2.2	28	80	8	65	41	0	1	57	1.08
28322119--28322148	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
28322382--28322428	15	3.2	15	72	6	51	31	2	4	61	1.27
28323949--28324211	112	2.3	115	83	5	336	24	20	17	37	1.94
28326956--28327092	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
28326955--28327056	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
28331884--28332020	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
28331883--28331984	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
28336751--28336967	47	4.8	47	79	10	245	31	15	22	30	1.95
28336795--28337000	85	2.4	85	95	1	360	31	14	23	31	1.94
28336846--28336995	38	3.7	38	76	16	149	32	14	23	30	1.94
28339391--28339602	27	8.3	26	67	17	97	59	1	12	25	1.44
28339381--28339650	76	3.6	76	88	4	361	59	1	13	25	1.45
28339622--28339744	21	5.5	21	64	22	63	59	0	12	28	1.33
28339572--28339770	48	4.5	46	78	12	186	58	0	12	28	1.38
28339757--28339786	5	5.8	5	92	7	51	60	0	20	20	1.37
28339757--28339786	16	1.9	15	93	6	51	60	0	20	20	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28340164--28340264	5	18.0	5	72	18	51	54	0	13	30	1.46
28340144--28340264	30	4.0	30	73	22	87	56	0	12	30	1.42
28340168--28340249	12	6.6	12	68	22	53	54	0	13	31	1.39
28340165--28340264	28	3.3	30	75	17	100	54	1	14	31	1.47
28340378--28340414	17	2.1	18	90	5	58	56	0	13	29	1.37
28342633--28342872	89	2.7	85	77	15	238	58	13	3	24	1.51
28342633--28342872	90	2.7	86	77	12	256	58	13	3	24	1.51
28343342--28343407	27	2.4	27	94	0	114	50	31	0	18	1.47
28343599--28343701	47	2.2	47	84	6	129	25	21	9	43	1.83
28343711--28343918	112	1.8	113	84	5	287	37	15	22	24	1.93
28343710--28344030	113	2.8	113	78	5	328	38	15	22	22	1.92
28345365--28345423	31	1.9	31	92	0	100	59	20	6	13	1.57
28345686--28345734	21	2.3	21	82	0	62	4	48	18	28	1.66
28346147--28346175	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
28352715--28352759	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
28354509--28354969	46	10.0	46	84	7	485	42	13	22	21	1.88
28354513--28354969	92	5.0	92	88	1	585	42	13	22	21	1.88
28354515--28354964	229	2.0	230	85	2	609	42	13	22	21	1.88
28355249--28355281	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
28359319--28359359	14	2.9	14	85	3	55	85	2	4	7	0.81
28360594--28360724	9	14.7	9	71	12	74	36	0	15	47	1.51
28360688--28360719	16	2.0	16	93	0	55	34	0	15	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28363501--28363532	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
28365845--28365904	21	2.8	22	80	7	61	15	13	8	63	1.51
28366361--28366429	22	3.1	22	72	2	66	60	8	11	18	1.56
28369894--28369932	13	3.0	13	81	11	53	61	5	17	15	1.51
28374411--28374501	47	1.9	47	95	0	164	40	16	18	24	1.90
28379864--28379888	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
28380932--28381004	36	2.0	36	100	0	146	41	5	2	50	1.40
28382978--28383040	2	31.5	2	100	0	126	0	50	0	49	1.00
28383063--28383096	4	8.5	4	93	0	59	26	0	23	50	1.50
28384552--28384579	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
28387744--28387796	22	2.4	22	83	3	61	32	28	1	37	1.68
28389463--28389528	30	2.2	30	86	0	87	30	45	18	6	1.73
28389582--28389624	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
28390009--28390275	116	2.3	116	96	0	489	40	4	8	47	1.53
28390058--28390239	54	3.2	54	71	19	172	42	2	8	46	1.48
28393285--28393821	126	4.3	126	90	2	839	27	21	18	33	1.96
28393932--28394106	97	1.8	96	87	6	264	40	13	1	45	1.53
28398335--28398367	9	3.7	9	84	15	50	12	9	0	78	0.95
28398383--28398456	36	2.0	36	85	12	98	22	5	2	68	1.23
28398410--28398457	18	2.7	17	81	9	60	29	4	0	66	1.10
28398460--28398534	23	3.4	22	71	15	57	41	0	2	56	1.13
28398491--28398531	20	2.0	20	86	13	57	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28399294--28399380	9	9.4	9	76	7	68	54	1	1	43	1.15
28399284--28399328	18	2.5	18	89	7	65	62	0	0	37	0.96
28399295--28399381	19	4.7	18	77	9	77	54	1	1	43	1.15
28399350--28399416	33	2.0	34	86	11	95	55	0	1	43	1.09
28399482--28399554	28	2.7	27	93	4	128	71	6	9	12	1.31
28402921--28403023	30	3.4	30	94	0	179	28	26	22	23	1.99
28406170--28406239	22	3.1	23	82	10	74	58	2	0	38	1.13
28406168--28406252	22	3.9	22	75	4	66	57	2	0	40	1.11
28406245--28406287	18	2.3	19	88	4	61	81	2	2	13	0.89
28406261--28406332	35	2.1	34	82	14	87	75	2	6	15	1.14
28406334--28406397	26	2.4	28	81	7	78	45	1	3	50	1.27
28406334--28406399	27	2.5	26	82	5	78	43	1	3	51	1.26
28406426--28406470	22	2.0	23	83	12	58	55	8	0	35	1.31
28406558--28406594	18	2.2	16	90	9	56	35	0	0	64	0.94
28406848--28406943	22	4.3	22	67	16	63	54	3	0	42	1.16
28406926--28406977	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
28407012--28407053	9	4.8	9	88	5	68	78	0	11	9	0.96
28407012--28407053	18	2.4	18	96	4	77	78	0	11	9	0.96
28409386--28409595	110	1.9	110	87	2	307	44	2	5	47	1.41
28409479--28409540	30	2.2	28	82	8	72	45	0	3	51	1.17
28409488--28409556	30	2.3	30	87	0	93	43	0	2	53	1.15
28409954--28409984	13	2.4	13	94	0	53	54	0	6	38	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28418907--28418940	14	2.5	14	90	4	52	47	38	0	14	1.45
28418922--28418967	14	3.3	14	80	17	51	52	30	0	17	1.45
28420237--28420298	30	2.1	30	96	0	115	37	20	8	33	1.83
28429837--28429873	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
28443209--28443316	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
28452963--28453002	3	13.3	3	100	0	80	32	32	0	35	1.58
28455917--28455986	23	3.0	23	87	8	97	44	35	8	11	1.71
28459317--28459427	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
28460192--28460216	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
28461658--28461700	19	2.1	21	83	8	54	41	0	2	55	1.12
28474932--28475035	44	2.3	45	85	6	131	29	22	15	32	1.94
28474951--28475039	46	2.0	44	91	4	142	28	25	13	32	1.94
28476514--28476565	24	2.3	22	86	6	68	3	15	1	78	0.98
28476511--28476563	12	4.3	12	75	2	52	3	13	1	81	0.92
28478486--28478545	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
28479198--28479235	13	3.0	13	88	3	51	39	2	7	50	1.46
28479380--28479427	22	2.1	24	84	7	64	62	0	2	35	1.07
28479425--28479477	21	2.5	21	85	14	65	47	1	3	47	1.31
28479505--28479550	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
28481541--28481589	22	2.3	21	80	13	55	22	2	12	63	1.39
28482565--28482594	10	3.0	10	90	0	51	53	10	0	36	1.35
28482555--28482594	20	2.0	21	90	5	64	55	10	2	32	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28497958--28498154	26	7.8	26	69	12	99	37	19	21	21	1.94
28499234--28499293	29	2.0	30	81	15	72	20	18	0	61	1.34
28503499--28503534	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
28503649--28503783	39	3.4	38	71	8	92	27	28	20	23	1.99
28504588--28504644	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
28504587--28504642	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
28504589--28504644	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
28508942--28509002	18	3.4	18	77	8	70	31	1	1	65	1.12
28508932--28509005	36	2.0	38	86	5	107	31	4	2	62	1.28
28515134--28515167	17	2.0	17	100	0	68	41	23	0	35	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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