Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  322  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101443360--101443460
51
2.0
49
92
3
166
27
16
23
31
1.96
101451488--101451521
12
2.8
12
83
16
52
64
0
0
35
0.94
101452071--101452140
30
2.3
31
80
12
81
32
7
8
51
1.60
101461964--101462029
33
2.0
33
100
0
132
33
15
12
39
1.84
101462982--101463030
26
2.0
24
84
8
62
63
8
0
28
1.23
101464942--101464992
24
2.2
23
82
3
57
41
0
5
52
1.25
101465708--101465732
12
2.1
12
100
0
50
52
0
0
48
1.00
101467134--101467192
25
2.4
24
77
5
64
50
10
0
38
1.36
101467970--101468002
17
1.9
17
88
11
50
48
3
6
42
1.43
101472589--101472651
21
3.0
21
71
0
54
42
11
25
20
1.85
101472590--101472685
42
2.3
42
83
7
115
43
12
25
18
1.85
101474573--101474633
29
2.0
29
84
6
77
42
16
8
32
1.78
101474589--101474647
29
2.0
31
86
6
86
38
16
8
35
1.80
101476671--101476695
3
8.3
3
100
0
50
68
0
0
32
0.90
101479943--101479967
10
2.5
10
100
0
50
0
8
8
84
0.79
101485056--101485213
26
6.2
26
69
19
93
33
3
1
62
1.19
101485138--101485228
14
6.4
14
68
18
62
36
3
0
60
1.13
101485126--101485227
23
4.3
25
78
15
101
36
2
0
60
1.12
101485124--101485345
30
7.5
30
64
23
76
36
4
0
58
1.18
101485117--101485219
3
34.7
3
68
23
58
34
1
0
63
1.06
101485056--101485226
28
6.6
26
70
24
114
33
3
1
61
1.20
101485232--101485271
19
2.1
19
86
9
55
35
7
0
57
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101485292--101485350
29
2.0
29
83
9
75
35
1
0
62
1.05
101487148--101487172
13
1.9
13
100
0
50
64
0
4
32
1.12
101491145--101491215
21
3.3
23
80
13
87
38
25
22
14
1.92
101491145--101491231
21
4.0
23
79
10
83
39
24
21
14
1.91
101493227--101493261
14
2.6
13
86
8
52
42
2
0
54
1.15
101496612--101496751
39
3.6
39
91
0
217
37
22
26
13
1.92
101496630--101496735
21
5.3
21
69
21
93
38
23
25
12
1.90
101501015--101501065
4
12.8
4
100
0
102
25
0
23
50
1.49
101505833--101505857
5
5.0
5
100
0
50
80
0
0
20
0.72
101505839--101505903
25
2.5
26
78
9
71
66
1
3
29
1.16
101509908--101509958
25
2.0
25
92
0
84
3
35
3
56
1.36
101512029--101512064
11
3.2
11
92
4
54
55
33
11
0
1.35
101512242--101512283
22
1.9
22
95
0
75
28
4
30
35
1.78
101512576--101512618
18
2.2
20
92
8
72
51
4
11
32
1.59
101520955--101521005
16
3.2
16
80
0
66
21
15
17
45
1.86
101521166--101521222
19
2.9
18
80
19
62
56
1
7
35
1.37
101524907--101525146
80
3.0
80
95
0
408
35
12
17
34
1.87
101532549--101532614
33
2.0
33
93
0
114
18
12
18
51
1.76
101536136--101536215
31
2.5
32
97
2
153
26
17
15
41
1.88
101536549--101536588
19
2.0
20
90
4
64
47
20
15
17
1.83
101540096--101540170
38
2.0
38
97
0
141
42
32
6
18
1.76
101541459--101541722
47
5.7
46
76
10
207
23
29
18
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101541468--101541722
140
1.8
140
86
3
370
24
29
18
27
1.98
101543644--101543691
24
2.0
24
100
0
96
33
25
4
37
1.75
101548423--101548684
46
5.6
47
77
10
227
24
29
17
28
1.97
101548423--101548677
47
5.5
47
76
11
195
23
29
18
28
1.98
101548461--101548682
94
2.4
92
83
8
254
23
29
18
28
1.98
101548423--101548677
140
1.8
140
86
5
372
23
29
18
28
1.98
101549021--101549078
30
1.9
30
89
0
89
27
24
13
34
1.93
101563437--101564968
772
2.0
772
93
0
2609
28
19
20
31
1.97
101571852--101571989
39
3.5
39
81
3
143
43
23
4
28
1.73
101573927--101573965
12
3.2
12
85
7
60
20
5
0
74
1.01
101579656--101579770
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
101579656--101579789
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
101582462--101582537
24
3.4
22
78
10
64
21
3
2
72
1.13
101582483--101582545
9
7.2
9
74
18
53
26
1
1
69
1.06
101582476--101582539
24
2.8
24
77
13
71
25
1
3
70
1.11
101589527--101589616
45
2.0
45
95
0
162
42
14
3
40
1.62
101590175--101590216
6
7.0
6
97
0
57
40
0
9
50
1.35
101595986--101596036
24
2.1
24
85
0
66
49
11
11
27
1.74
101598275--101598339
19
3.1
21
86
6
62
36
20
9
33
1.84
101598292--101598389
19
5.2
19
87
7
146
35
16
10
37
1.82
101598303--101598389
36
2.3
37
88
7
131
36
14
11
36
1.83
101610569--101610607
19
2.0
20
95
5
71
53
10
25
10
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101620126--101620159
17
2.0
17
88
0
50
26
0
14
58
1.36
101620850--101620879
15
2.0
15
93
0
51
63
6
10
20
1.47
101620905--101620959
14
3.9
14
80
7
67
45
1
16
36
1.58
101620903--101621005
28
3.7
27
75
12
91
44
0
20
33
1.58
101620903--101621006
21
5.0
20
72
11
75
45
0
20
33
1.58
101626615--101626644
6
5.0
6
91
0
51
16
13
0
70
1.18
101626560--101626689
69
1.9
70
83
4
174
26
19
5
49
1.69
101631172--101631365
47
4.1
47
87
2
264
33
10
28
26
1.90
101631247--101631319
22
3.2
22
63
30
53
30
13
31
24
1.94
101631246--101631321
23
3.2
25
65
24
72
31
13
31
23
1.93
101631323--101631469
48
3.0
48
92
3
233
35
8
26
29
1.87
101631616--101631724
37
2.9
37
95
0
191
22
19
31
26
1.98
101648690--101648774
43
2.0
43
97
0
161
51
11
1
35
1.46
101658435--101658482
25
1.9
25
83
8
62
45
2
4
47
1.33
101660026--101660052
14
1.9
14
100
0
54
48
14
14
22
1.81
101676267--101676331
32
2.0
32
100
0
130
38
24
6
30
1.80
101685559--101685686
67
1.9
67
91
3
213
25
14
19
41
1.88
101685869--101685925
28
2.0
28
93
0
78
43
10
22
22
1.84
101688633--101688675
21
2.0
21
86
4
59
55
4
0
39
1.20
101689732--101689783
26
2.1
26
89
7
81
21
19
15
44
1.87
101690586--101690776
50
3.9
50
82
5
219
28
12
12
47
1.76
101690586--101690776
98
1.9
100
84
6
255
28
12
12
47
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101700110--101700171
24
2.5
25
82
15
67
72
8
1
17
1.17
101700142--101700189
17
2.8
17
75
15
53
66
8
4
20
1.35
101700154--101700186
16
2.0
17
94
5
59
66
0
6
27
1.15
101701069--101701148
31
2.6
32
82
7
85
47
10
12
30
1.74
101701015--101701204
91
2.1
90
82
2
229
49
12
13
25
1.76
101702050--101702098
17
2.8
17
90
3
71
24
2
2
71
1.07
101704962--101705053
42
2.2
42
100
0
184
30
23
36
8
1.85
101707860--101707932
30
2.4
30
82
8
87
42
2
6
47
1.44
101708969--101709009
21
2.0
21
85
4
57
48
4
9
36
1.58
101711084--101711175
44
2.1
45
97
2
177
25
29
21
23
1.99
101711885--101711997
20
5.6
20
72
17
81
53
5
1
39
1.34
101711893--101711946
19
2.9
18
75
20
58
50
5
1
42
1.36
101711958--101711995
19
2.0
20
89
5
60
57
2
2
36
1.26
101724818--101724885
26
2.7
25
75
22
70
66
4
1
27
1.20
101724918--101724962
23
2.0
22
82
4
54
28
4
0
66
1.11
101725651--101725675
12
2.1
12
100
0
50
32
0
0
68
0.90
101725786--101725818
13
2.4
14
90
10
50
42
3
0
54
1.15
101725867--101725905
15
2.5
15
87
4
51
56
2
0
41
1.13
101727693--101727722
6
5.0
6
100
0
60
66
0
33
0
0.92
101728249--101728274
10
2.6
10
100
0
52
30
0
0
69
0.89
101740957--101741001
16
2.8
17
86
6
58
37
2
0
60
1.09
101748235--101748278
19
2.3
19
80
7
54
47
2
0
50
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101749254--101749312
28
2.1
28
87
9
84
61
0
1
37
1.07
101749268--101749331
28
2.3
26
80
17
67
60
0
1
37
1.06
101749695--101749743
23
2.1
23
81
7
55
36
10
14
38
1.80
101749917--101749955
19
2.0
20
95
5
71
51
2
0
46
1.14
101751409--101751435
14
1.9
14
100
0
54
59
7
0
33
1.25
101760102--101760152
21
2.4
21
86
0
75
27
7
33
31
1.85
101764029--101764096
34
2.0
34
97
0
127
42
14
14
27
1.85
101770162--101770190
15
1.9
15
100
0
58
72
0
0
27
0.85
101774406--101774555
67
2.2
67
81
8
171
32
17
28
21
1.96
101774430--101774613
67
2.8
64
77
8
194
29
17
29
22
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325