genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  97  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31763670--31763700	5	6.2	5	96	0	53	83	0	16	0	0.64
31764559--31764588	15	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
31766810--31766851	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
31767138--31767189	3	16.7	3	88	7	77	63	0	0	36	0.95
31767402--31767441	13	3.0	13	89	7	62	52	2	5	40	1.37
31767379--31767541	9	17.6	9	68	18	50	55	2	6	35	1.38
31767434--31767544	3	36.3	3	72	8	82	57	2	6	33	1.38
31767566--31767598	14	2.2	16	89	10	52	66	0	0	33	0.92
31769465--31770286	72	11.0	74	77	10	624	33	19	16	30	1.94
31769468--31770299	149	5.6	147	80	9	842	34	19	15	30	1.93
31769783--31770273	221	2.2	222	88	2	700	32	19	16	31	1.94
31800126--31800172	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
31800211--31800267	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
31800209--31800279	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
31800220--31800274	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
31800336--31800475	23	6.1	24	83	14	181	29	19	20	30	1.97
31800336--31800454	43	2.7	45	92	5	190	30	18	19	31	1.96
31800662--31800725	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
31808232--31808279	25	2.0	24	87	4	69	33	25	16	25	1.96
31808318--31808374	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
31808316--31808386	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
31808327--31808381	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31808431--31808578	24	6.2	24	92	3	237	29	22	20	27	1.99
31808431--31808578	47	3.1	47	90	4	235	29	22	20	27	1.99
31808431--31808578	71	2.1	71	96	0	269	29	22	20	27	1.99
31808786--31808849	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
31809750--31809882	24	5.5	24	76	7	119	24	13	27	34	1.93
31812638--31812800	42	3.7	42	82	8	184	29	25	14	30	1.95
31812708--31812844	49	2.9	48	86	4	170	31	25	13	29	1.93
31812723--31812891	47	3.6	47	82	3	151	31	26	14	27	1.95
31814932--31815092	42	3.7	41	77	12	135	29	24	14	31	1.94
31815000--31815105	49	2.2	48	81	3	122	33	23	12	30	1.91
31815065--31815190	47	2.7	47	88	1	182	31	25	15	27	1.95
31815207--31815353	31	4.7	31	86	0	195	26	27	19	25	1.99
31815329--31815457	50	2.5	51	91	2	206	25	23	16	34	1.95
31819357--31819519	42	3.7	42	83	8	166	30	26	14	28	1.95
31819427--31819532	49	2.2	48	89	3	158	34	26	12	26	1.92
31819442--31819610	47	3.6	47	84	4	171	31	26	14	27	1.95
31819632--31819780	31	4.8	31	84	0	172	28	24	18	28	1.98
31819756--31819884	50	2.5	51	88	2	197	25	22	16	35	1.94
31824139--31824167	13	2.2	13	100	0	58	20	31	27	20	1.98
31824699--31824732	17	1.9	17	88	5	50	44	23	0	32	1.54
31837704--31837811	55	2.0	55	88	0	162	12	33	29	25	1.92
31844945--31844977	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31844945--31844984	18	2.2	18	86	0	53	17	5	0	77	0.94
31847588--31847638	24	2.1	24	96	0	93	33	15	27	23	1.95
31854199--31854289	45	2.0	45	97	0	173	25	26	16	31	1.96
31858876--31858927	23	2.3	23	83	9	63	21	11	3	63	1.43
31866614--31866659	22	2.1	22	95	0	83	45	4	30	19	1.70
31868261--31868288	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
31880750--31880801	27	1.9	27	84	0	68	34	21	23	21	1.97
31881540--31881735	27	7.3	27	82	4	180	25	20	17	35	1.95
31881565--31881739	27	6.5	27	86	0	251	24	20	18	36	1.95
31883262--31883298	11	3.4	11	88	0	56	2	24	16	56	1.53
31902755--31902789	17	2.1	17	94	0	61	25	11	8	54	1.64
31904275--31904307	10	3.3	10	84	16	50	9	0	3	87	0.63
31909661--31909790	19	6.7	21	80	12	68	39	16	8	36	1.79
31909661--31909718	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
31909697--31909841	19	7.9	19	89	9	239	37	14	11	37	1.82
31909697--31909841	54	2.7	54	97	1	272	37	14	11	37	1.82
31909690--31909842	73	2.1	71	89	8	238	36	15	10	37	1.81
31910173--31910309	45	3.1	45	84	4	172	26	30	13	29	1.94
31910338--31910820	175	2.8	175	90	2	771	26	21	20	31	1.97
31910301--31910764	87	5.3	86	66	17	260	27	21	19	32	1.97
31910420--31910707	88	3.3	87	66	15	223	27	20	20	32	1.97
31911921--31911963	19	2.3	19	88	4	61	9	6	0	83	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31911914--31911959	24	1.9	24	82	8	58	8	6	0	84	0.77
31911914--31911973	19	3.4	17	76	15	59	6	10	0	83	0.81
31918789--31918834	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
31918826--31918970	19	7.9	19	86	9	212	35	15	11	37	1.84
31918826--31918970	54	2.7	54	94	1	245	35	15	11	37	1.84
31918840--31918949	18	6.5	15	84	8	78	36	15	10	37	1.83
31918819--31918971	73	2.1	71	86	10	213	34	16	11	37	1.84
31921142--31921626	259	1.9	258	90	2	785	22	22	18	36	1.95
31922136--31922243	27	4.0	27	87	0	162	23	30	12	33	1.92
31932542--31932639	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
31932542--31932632	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
31932542--31932655	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
31932920--31932954	17	2.1	17	89	10	54	31	0	0	68	0.90
31942011--31942305	78	3.8	78	88	1	430	31	18	23	26	1.97
31942335--31942503	88	1.9	89	91	3	279	31	15	26	26	1.96
31942245--31942510	45	5.9	45	77	7	272	31	16	25	25	1.97
31942867--31942922	19	2.9	19	100	0	112	37	10	16	35	1.83
31942867--31942945	19	3.8	22	90	6	89	36	8	16	37	1.80
31943209--31943242	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
31946584--31946710	46	2.7	47	84	3	159	42	13	22	21	1.87
31946793--31946842	26	1.9	26	83	0	64	36	2	22	40	1.65
31954064--31954099	19	1.9	18	94	5	63	77	0	5	16	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31955770--31955812	22	2.0	22	90	9	70	81	2	0	16	0.79
31957288--31957576	3	96.0	3	70	13	150	60	2	6	31	1.33
31957287--31957343	25	2.3	24	82	11	71	61	1	1	35	1.17
31959838--31959921	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
31961535--31961661	27	4.7	27	89	1	182	18	25	22	33	1.97
31961535--31961673	54	2.6	55	89	2	201	17	24	22	35	1.96
31965636--31965719	26	3.2	26	93	0	141	33	7	23	35	1.82
31967339--31967478	27	5.2	27	86	2	174	18	24	22	35	1.96
31971422--31971482	13	4.7	13	72	13	54	39	21	6	32	1.79
31978038--31978084	19	2.5	19	77	16	53	40	10	2	46	1.50
31981676--31981722	6	8.2	6	79	15	55	80	0	14	4	0.85
31981670--31981722	17	3.2	16	82	10	63	79	0	15	5	0.91
31981676--31981722	16	2.8	17	87	9	69	80	0	14	4	0.85
31981665--31981719	27	2.0	27	82	6	67	78	0	16	5	0.93
31985229--31985436	41	5.1	41	87	4	278	38	25	21	14	1.91
31985259--31985436	81	2.2	80	92	2	293	37	26	21	14	1.92
31985564--31985613	25	2.0	25	100	0	100	44	4	8	44	1.52
31985630--31985710	21	3.6	22	74	19	87	29	1	24	44	1.62
31985636--31985726	46	2.0	46	91	4	148	30	2	24	42	1.66
31986231--31986365	71	1.9	70	83	11	175	40	9	19	30	1.83
31988418--31988458	20	2.0	20	100	0	82	24	9	14	51	1.72
31989747--31989780	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31990093--31990298	86	2.4	85	86	2	261	26	17	25	30	1.98
31990101--31990301	43	4.7	43	82	3	226	26	18	25	28	1.98
31991942--31991999	17	3.6	17	73	15	52	60	0	1	37	1.07
31992473--31992605	18	7.5	17	86	5	176	36	12	11	39	1.78
31992473--31992605	35	3.7	35	94	2	230	36	12	11	39	1.78
31996626--31996655	13	2.2	13	94	5	51	63	6	0	30	1.20
31996960--31997054	40	2.4	40	92	0	163	32	22	26	18	1.97
31996791--31997167	154	2.5	152	80	4	416	29	22	22	25	1.99
31997025--31997351	114	2.9	114	88	2	489	32	19	19	28	1.96
31997784--31997826	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325