genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83606886--83607232	40	8.7	40	90	2	538	24	28	22	24	1.99
83606886--83607228	159	2.2	160	90	0	544	24	28	23	24	2.00
83609504--83609559	25	2.2	25	100	0	112	35	28	0	35	1.58
83609456--83609606	72	2.1	72	88	0	221	29	30	6	33	1.83
83609528--83610116	47	12.5	47	97	1	1101	30	29	8	32	1.86
83609528--83610116	143	4.2	141	97	1	1101	30	29	8	32	1.86
83609528--83610116	190	3.1	188	97	1	1101	30	29	8	32	1.86
83622033--83622087	7	7.6	7	80	8	65	20	1	40	38	1.63
83630669--83630828	43	3.7	42	81	14	184	21	19	28	31	1.97
83642813--83642858	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
83644647--83644984	27	12.6	27	87	2	421	26	13	19	40	1.89
83648372--83648673	27	11.2	27	89	2	403	23	13	22	39	1.90
83652661--83652766	25	4.4	23	87	9	149	26	22	20	30	1.98
83652667--83652766	24	4.1	24	89	6	148	27	21	21	31	1.98
83652668--83652765	23	4.1	23	88	6	142	27	21	21	29	1.98
83652812--83652882	20	3.5	20	88	0	97	35	21	9	33	1.86
83654127--83654203	27	2.9	27	77	11	77	23	20	19	36	1.95
83654334--83654473	54	2.6	54	82	4	174	31	6	21	40	1.78
83654249--83654527	27	10.3	27	77	6	152	34	8	19	37	1.82
83654221--83654473	81	3.1	81	73	8	208	32	8	19	39	1.83
83654451--83654662	27	7.9	27	86	5	259	39	8	23	28	1.84
83654668--83654766	27	3.6	27	78	9	94	34	9	17	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83657519--83657562	22	2.0	22	90	0	70	47	20	9	22	1.78
83662529--83662707	49	3.7	46	81	10	180	26	19	28	25	1.99
83662341--83662707	46	7.7	47	71	14	197	29	18	26	24	1.98
83666340--83666431	42	2.2	42	90	3	141	34	20	14	30	1.92
83667427--83667503	27	2.9	27	75	11	77	23	20	18	37	1.94
83667619--83667704	27	3.2	25	74	9	73	29	6	18	45	1.75
83667736--83667827	27	3.4	27	85	5	114	39	8	25	27	1.85
83670169--83670260	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
83671255--83671318	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
83671378--83671506	57	2.3	54	82	6	143	31	7	19	41	1.79
83671349--83671532	27	6.7	27	75	6	102	30	10	19	39	1.85
83671564--83671655	27	3.4	27	86	5	132	39	7	25	28	1.83
83671554--83671680	54	2.4	54	80	4	141	36	8	23	31	1.85
83674918--83674958	16	2.5	17	84	11	59	51	24	19	4	1.66
83674929--83674963	16	2.2	16	89	0	52	54	17	20	8	1.68
83675071--83675114	17	2.5	17	85	10	54	27	13	40	18	1.88
83675184--83675290	28	3.8	28	81	6	119	29	13	28	28	1.94
83675184--83675290	56	1.9	56	84	7	146	29	13	28	28	1.94
83678193--83678253	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83682634--83682694	30	2.0	30	84	6	79	29	24	8	37	1.84
83690674--83690735	27	2.3	27	94	0	106	24	22	16	37	1.94
83722841--83722955	23	4.9	22	77	17	99	17	4	33	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83723123--83723167	22	2.0	23	91	4	74	20	17	20	42	1.90
83724234--83724360	46	2.8	46	91	0	209	23	32	9	34	1.87
83724387--83724462	22	3.3	22	67	25	59	27	28	9	34	1.88
83724380--83724671	47	6.2	47	95	0	512	26	28	11	33	1.92
83728452--83728653	54	3.8	53	84	4	237	41	20	9	28	1.84
83728665--83728834	27	6.3	27	89	0	268	30	23	7	38	1.81
83728446--83728925	27	17.9	27	80	5	204	36	22	8	32	1.84
83728678--83728890	81	2.6	81	85	0	264	33	23	7	36	1.82
83728854--83728941	27	3.3	27	87	3	115	43	21	7	27	1.80
83728944--83729240	27	11.0	27	91	0	432	33	19	21	24	1.97
83728883--83729240	54	6.6	55	86	3	417	34	19	19	26	1.96
83728883--83729241	81	4.4	82	85	3	363	34	19	19	26	1.96
83729588--83729646	22	2.7	22	81	5	66	20	25	22	32	1.98
83729763--83729815	27	2.0	26	88	3	79	18	22	20	37	1.94
83736554--83736696	6	23.3	6	73	14	105	18	16	13	50	1.78
83736554--83736675	37	3.3	37	84	0	163	18	17	13	50	1.79
83739514--83739608	27	3.4	28	86	2	120	26	11	28	33	1.91
83739539--83739621	27	3.0	27	84	5	78	30	10	25	33	1.90
83747381--83747475	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
83747406--83747489	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
83749646--83749676	16	1.9	16	100	0	62	54	19	0	25	1.44
83749803--83749841	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83753680--83753722	20	2.1	21	83	12	54	51	18	2	27	1.59
83756261--83756429	45	3.7	46	74	17	181	28	27	20	22	1.99
83756266--83756433	91	1.8	92	92	3	286	28	28	20	22	1.98
83764194--83764253	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
83765264--83765313	24	2.1	24	92	0	82	40	20	22	18	1.92
83769980--83770151	93	1.8	93	94	0	308	28	29	21	20	1.98
83769973--83770148	46	3.8	46	79	12	207	29	28	21	20	1.98
83776990--83777254	45	6.0	45	91	2	385	27	26	21	24	1.99
83778728--83778847	47	2.6	47	94	0	204	28	26	19	25	1.99
83779321--83779380	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
83784982--83785145	45	3.6	45	78	12	183	29	28	20	21	1.98
83784983--83785150	91	1.9	90	92	1	282	29	28	20	22	1.98
83787589--83787713	46	2.7	46	93	3	209	20	20	28	30	1.98
83795065--83795237	46	3.8	45	74	13	163	21	18	28	31	1.97
83795062--83795232	93	1.8	93	89	2	272	21	18	29	30	1.97
83797314--83797618	25	12.2	25	92	0	495	47	10	12	29	1.75
83804873--83804941	26	2.5	28	88	6	97	34	24	23	17	1.96
83816347--83816656	46	6.6	49	73	9	152	24	28	18	29	1.98
83830471--83830598	47	2.6	48	81	8	154	21	30	21	26	1.98
83830475--83830785	46	6.6	47	72	12	189	23	29	18	28	1.98
83835281--83835577	55	5.5	54	81	4	314	21	25	18	34	1.96
83835281--83835577	108	2.7	108	89	0	441	21	25	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83835739--83835852	45	2.5	45	97	0	210	21	26	19	33	1.97
83835657--83835852	92	2.1	91	82	8	227	21	25	18	34	1.96
83835543--83835864	47	7.0	45	78	8	263	23	25	16	34	1.95
83840394--83840432	18	2.1	19	85	4	53	17	23	2	56	1.53
83846202--83846282	27	3.0	27	82	8	85	34	22	24	18	1.96
83846304--83846542	98	2.4	98	90	1	363	33	26	20	19	1.96
83846621--83846675	27	2.1	27	93	3	94	34	23	23	18	1.96
83846903--83847383	27	18.1	27	83	3	530	25	19	18	36	1.95
83847040--83847076	19	1.9	19	88	0	56	24	27	18	29	1.98
83847367--83847706	27	12.7	28	77	10	313	32	9	19	39	1.84
83847070--83847565	54	9.2	53	75	9	276	28	15	18	37	1.92
83847070--83847571	81	6.2	82	77	10	358	28	15	18	37	1.91
83847367--83847706	81	4.2	81	84	3	434	32	9	19	39	1.84
83849848--83849904	27	2.1	27	83	6	71	36	24	21	17	1.94
83850018--83850080	32	2.0	32	100	0	126	36	25	12	25	1.91
83850149--83850230	27	3.0	27	78	8	87	40	19	19	20	1.92
83850455--83851162	27	25.9	27	84	5	818	26	20	17	35	1.95
83850527--83850596	35	2.0	35	85	0	95	25	12	18	42	1.86
83851154--83851628	27	17.7	27	77	8	432	30	9	20	39	1.85
83851154--83851522	161	2.3	161	88	0	540	30	9	20	39	1.84
83857453--83857628	46	3.8	44	80	10	192	21	19	29	29	1.98
83857449--83857620	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83863750--83864137	193	2.0	193	94	0	677	30	7	19	43	1.77
83869225--83869387	41	4.0	42	73	6	122	26	14	26	32	1.94
83875538--83875643	48	2.2	48	89	0	158	37	23	18	19	1.94
83877912--83878083	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
83877905--83878080	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
83885408--83885579	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
83885401--83885576	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
83890270--83890441	93	1.8	93	92	0	290	26	30	22	20	1.98
83890262--83890437	46	3.8	46	78	10	196	27	30	21	20	1.98
83893212--83893377	40	4.2	40	89	2	237	28	28	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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