genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65264938--65265003	33	2.0	34	85	8	91	25	24	25	24	2.00
65265868--65265900	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
65268196--65268270	26	2.9	26	76	7	80	18	16	21	44	1.87
65268375--65268438	33	1.9	33	83	0	83	20	21	25	32	1.97
65271373--65271513	42	3.3	41	75	14	131	26	21	25	26	1.99
65271373--65271529	43	3.7	43	75	10	124	28	21	23	26	1.99
65278645--65278693	27	1.9	24	84	12	62	55	18	4	22	1.60
65281573--65281663	26	3.5	26	84	1	101	18	18	24	38	1.93
65281590--65281670	26	3.1	26	89	0	126	22	16	22	39	1.92
65284103--65284270	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
65284126--65284270	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
65285996--65286163	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
65286019--65286163	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
65305053--65305131	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65305249--65305714	47	9.7	47	98	1	842	30	29	8	31	1.87
65309109--65309421	40	7.9	40	79	9	295	25	27	22	24	2.00
65309726--65309804	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
65309786--65309888	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
65311740--65311818	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65311936--65312392	47	9.7	47	98	1	839	29	29	8	31	1.87
65318606--65318770	43	3.9	43	84	5	203	29	13	24	32	1.93
65318613--65318767	85	1.8	84	84	6	215	29	13	24	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65328135--65328247	38	2.9	38	85	2	136	22	23	26	28	1.99
65328151--65328253	38	2.7	38	87	0	143	21	23	25	30	1.99
65328251--65328332	43	1.9	43	84	0	110	13	23	32	30	1.93
65331065--65331135	21	3.4	21	92	1	108	30	19	11	38	1.87
65331065--65331141	10	7.6	10	85	5	102	32	19	10	37	1.86
65331065--65331133	5	13.4	5	74	6	57	31	20	10	37	1.86
65332995--65333033	20	2.0	20	89	0	60	43	12	2	41	1.56
65339062--65339120	21	2.9	21	87	2	66	33	20	10	35	1.86
65339082--65339128	10	4.7	10	94	5	78	31	19	10	38	1.86
65340980--65341017	20	1.9	20	88	0	58	47	15	2	34	1.60
65341879--65342004	55	2.3	55	82	5	139	26	24	29	19	1.99
65347071--65347112	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
65348700--65348837	40	3.5	40	91	1	224	24	22	26	26	2.00
65365385--65365845	49	9.6	49	89	4	708	33	8	29	29	1.86
65365385--65365845	96	4.8	96	93	2	705	33	8	29	29	1.86
65365385--65365845	145	3.2	144	93	1	730	33	8	29	29	1.86
65368950--65368989	13	3.1	13	96	0	71	17	30	37	15	1.90
65371985--65372174	50	3.8	50	81	7	208	26	17	25	30	1.97
65380953--65381259	153	2.0	153	98	0	587	28	25	20	25	1.99
65384429--65384610	40	4.6	40	78	5	165	24	20	29	25	1.99
65384460--65384643	79	2.3	78	76	9	185	27	20	27	25	1.99
65390578--65390647	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65390578--65390675	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
65415629--65415757	46	2.8	46	95	0	222	18	21	30	29	1.97
65417318--65417365	24	2.0	24	91	0	78	35	22	14	27	1.93
65429055--65429083	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
65429597--65429627	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
65430009--65430185	45	4.0	45	85	3	198	23	14	26	35	1.94
65430009--65430185	90	2.0	89	83	7	225	23	14	26	35	1.94
65443595--65444188	47	12.6	47	93	1	972	29	29	8	32	1.86
65443595--65444188	143	4.2	141	94	0	972	29	29	8	32	1.86
65447276--65447424	39	3.8	39	90	0	217	24	20	26	28	1.99
65447276--65447456	78	2.3	78	85	1	238	24	21	27	26	1.99
65450208--65450310	47	2.2	47	91	3	163	32	9	30	28	1.89
65450241--65450379	69	2.0	69	100	0	278	29	11	31	27	1.92
65450280--65450332	22	2.4	22	96	0	97	26	15	33	24	1.95
65450302--65450452	47	3.2	47	87	0	212	31	9	31	27	1.88
65450208--65450425	116	1.9	116	88	1	330	30	11	31	27	1.91
65450571--65450672	37	2.8	37	95	0	177	24	18	30	26	1.98
65453452--65453522	37	1.9	37	91	2	117	22	33	21	22	1.97
65453656--65453761	48	2.2	48	91	0	167	33	27	4	34	1.78
65462806--65463731	47	19.8	47	95	0	1624	31	8	30	29	1.87
65463534--65463609	22	3.3	22	64	10	62	30	11	30	27	1.92
65463850--65463928	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65467808--65467931	39	3.2	39	82	0	149	23	20	28	28	1.99
65481871--65481912	21	2.0	21	100	0	84	38	14	23	23	1.92
65484453--65484535	31	2.7	32	81	5	98	26	16	25	31	1.97
65488339--65488364	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
65488847--65488966	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
65490418--65491016	47	12.6	47	93	2	864	33	8	29	28	1.87
65490418--65491016	96	6.3	94	92	2	864	33	8	29	28	1.87
65493336--65493413	39	2.0	39	89	2	120	25	21	28	24	1.99
65493296--65493439	40	3.6	40	80	11	136	25	22	27	25	2.00
65493349--65493439	39	2.3	39	86	7	121	24	20	28	26	1.99
65493417--65493929	40	12.9	40	91	0	776	24	20	27	27	1.99
65495197--65495316	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
65496769--65497381	96	6.4	96	90	3	856	33	9	29	27	1.88
65496769--65497381	47	12.9	47	92	3	858	33	9	29	27	1.88
65497027--65497104	22	3.3	22	65	22	59	33	10	30	25	1.89
65497218--65497339	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
65499379--65499457	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65499575--65499798	47	4.7	48	97	2	391	29	30	8	30	1.88
65506521--65506715	39	5.0	39	91	0	302	26	29	22	22	1.99
65512686--65512857	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
65512679--65512854	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.98
65517340--65517420	37	2.2	38	84	2	110	48	11	17	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65522970--65522995	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
65524512--65524648	40	3.5	39	82	8	152	23	21	27	27	1.99
65531266--65531291	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
65532788--65532863	40	1.9	40	94	0	134	30	19	23	26	1.98
65532807--65532940	40	3.3	40	78	6	119	26	20	25	28	1.99
65537693--65537754	27	2.3	27	82	0	70	24	25	20	29	1.99
65541729--65541789	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65547929--65547980	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65551520--65552041	262	2.0	262	99	0	1026	36	15	18	29	1.92
65552123--65552178	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
65552112--65552178	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
65552227--65552370	24	6.0	24	87	7	186	29	22	20	27	1.98
65552228--65552369	47	3.0	48	89	5	207	30	21	21	26	1.98
65552228--65552370	71	2.0	73	88	2	218	30	21	20	27	1.98
65557309--65557430	43	2.9	42	79	9	113	33	27	15	23	1.95
65557342--65557465	42	2.9	43	79	8	119	33	23	17	25	1.97
65570902--65571055	28	5.5	28	97	0	274	33	28	11	25	1.91
65578221--65578400	28	6.4	28	92	1	227	33	28	12	25	1.92
65580855--65581075	40	5.6	40	83	8	256	22	22	28	26	1.99
65586214--65586677	47	9.7	47	93	1	757	32	8	29	29	1.86
65586796--65586871	37	2.1	37	89	0	116	23	18	31	26	1.97
65593253--65593475	40	5.6	40	79	10	217	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65593253--65593473	80	2.8	79	84	6	279	22	21	28	27	1.99
65599280--65599455	48	3.8	48	76	11	177	26	19	25	28	1.99
65605554--65605692	43	3.2	42	82	6	163	22	17	31	28	1.96
65607864--65608041	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
65607864--65608041	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
65607885--65608040	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
65615862--65616017	27	5.7	27	80	9	163	30	28	14	26	1.95
65621663--65621715	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
65629174--65629553	47	8.1	47	94	0	625	31	9	30	28	1.88
65635597--65635661	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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