genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95143451--95143483	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
95151697--95151857	89	1.8	87	84	5	216	30	18	22	29	1.97
95151580--95152170	220	2.7	220	90	1	943	32	18	20	27	1.97
95152111--95152405	78	3.8	78	86	1	394	32	18	23	26	1.97
95152434--95152612	45	4.0	46	86	5	251	31	14	29	24	1.95
95152435--95152604	89	1.9	89	90	2	270	29	14	30	25	1.95
95152958--95153035	19	4.4	19	85	10	85	35	12	12	38	1.82
95152966--95153037	19	3.9	19	89	8	114	36	11	15	37	1.83
95153017--95153060	23	2.0	23	86	8	65	34	9	18	38	1.82
95153324--95153360	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
95154532--95154564	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
95155723--95155780	29	2.0	29	100	0	116	31	6	27	34	1.83
95156487--95156538	27	1.9	27	84	7	70	25	13	17	44	1.85
95157713--95157744	8	4.0	8	95	0	55	71	0	3	25	1.00
95157697--95157769	37	2.0	36	86	7	103	64	0	5	30	1.16
95157728--95157782	27	2.0	27	85	7	74	61	0	7	30	1.23
95157845--95157991	36	4.3	35	77	12	119	59	2	1	36	1.20
95157847--95157991	5	28.0	5	67	16	64	59	2	1	36	1.21
95157886--95157990	22	4.5	22	73	11	68	60	1	0	36	1.14
95163964--95164038	23	3.3	22	71	17	64	36	17	25	21	1.95
95165922--95166250	130	2.5	129	83	2	381	32	19	20	28	1.96
95167242--95167287	23	2.0	23	100	0	92	52	4	4	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95169321--95169513	43	4.4	43	70	6	136	28	23	18	29	1.98
95169358--95169689	45	7.5	44	67	11	151	28	25	17	28	1.98
95169184--95169834	132	4.9	132	87	1	815	28	25	17	28	1.97
95181418--95181895	130	3.7	130	76	4	329	35	17	18	28	1.94
95181581--95181908	130	2.5	129	81	3	374	33	19	18	28	1.95
95185698--95185756	16	3.2	17	77	22	66	52	0	0	47	1.00
95185703--95185746	22	2.0	22	86	8	63	54	0	0	45	0.99
95185766--95185807	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
95185770--95185806	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
95185839--95185894	15	3.5	15	71	19	51	51	0	0	48	1.00
95188814--95188853	18	2.2	18	91	8	64	62	12	0	25	1.30
95191812--95191860	21	2.4	21	89	3	73	22	10	6	61	1.50
95192238--95192270	16	2.1	16	88	11	50	33	3	0	63	1.10
95208943--95209040	29	3.2	32	76	13	91	36	1	0	62	1.02
95209478--95209545	34	2.0	34	97	0	127	41	19	8	30	1.82
95211100--95211144	21	2.1	21	83	0	54	24	17	6	51	1.70
95212905--95213076	63	2.7	63	80	3	177	34	35	4	25	1.77
95216767--95216863	49	2.0	49	95	0	176	34	14	13	38	1.85
95227119--95227143	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95229801--95229855	21	2.6	21	80	5	58	21	18	16	43	1.88
95229860--95229920	30	2.0	30	90	6	97	36	21	19	22	1.95
95232855--95232887	16	2.1	16	88	5	50	45	0	9	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95238335--95238360	8	3.2	8	100	0	52	50	0	11	38	1.39
95238955--95239013	26	2.2	26	76	8	66	54	3	8	33	1.48
95239173--95239306	25	5.1	25	74	12	117	54	4	7	33	1.49
95239355--95239404	21	2.5	20	84	9	59	58	6	2	34	1.34
95239390--95239438	15	3.1	16	82	14	66	59	2	4	34	1.28
95239433--95239462	16	1.9	15	93	6	51	53	0	6	40	1.27
95245477--95245627	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
95252500--95252655	53	3.0	53	87	2	208	27	16	27	28	1.97
95259758--95259828	27	2.6	27	90	0	106	25	7	25	42	1.80
95260449--95260511	28	2.2	28	83	5	74	20	4	30	44	1.72
95260511--95260577	21	3.2	20	71	14	55	25	0	22	52	1.47
95260611--95260653	22	2.0	21	82	13	52	25	0	23	51	1.49
95262006--95262036	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
95262279--95262344	21	3.1	22	71	18	59	27	1	21	50	1.58
95262877--95262917	7	5.9	7	94	0	64	31	0	24	43	1.54
95262878--95262923	14	3.3	13	80	14	56	30	0	23	45	1.53
95263134--95263202	29	2.4	29	81	15	81	28	1	20	49	1.58
95263591--95263667	20	3.8	20	69	16	59	23	2	23	50	1.61
95263637--95263844	20	10.6	20	64	19	66	21	0	23	55	1.43
95263691--95263850	7	23.6	7	72	13	86	19	0	24	56	1.42
95263691--95263850	13	11.8	13	67	18	78	19	0	24	56	1.42
95263805--95263862	28	2.1	28	83	6	73	20	1	24	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95263784--95263909	20	6.2	20	68	15	71	22	1	20	55	1.52
95263919--95264024	14	7.8	13	70	4	50	24	0	23	51	1.48
95264174--95264246	7	10.7	7	75	11	62	20	0	28	50	1.48
95264174--95264246	14	5.4	14	79	9	71	20	0	28	50	1.48
95264187--95264246	27	2.2	28	88	5	88	20	0	30	50	1.49
95264174--95264245	20	3.5	20	79	7	83	20	0	27	51	1.48
95264187--95264264	27	2.9	27	81	11	72	19	0	26	53	1.45
95264305--95264375	20	3.6	20	75	17	60	22	0	22	54	1.44
95264364--95264410	7	6.9	7	82	2	60	14	0	29	55	1.40
95264479--95264513	13	2.7	13	90	0	61	22	2	28	45	1.67
95264305--95264540	13	17.3	13	65	17	54	21	0	24	53	1.51
95264813--95265016	7	29.9	7	75	14	108	25	0	23	50	1.55
95264809--95265016	27	7.4	27	72	14	136	25	0	23	50	1.55
95264813--95265016	34	6.0	35	73	12	138	25	0	23	50	1.55
95264686--95265024	20	17.2	20	67	20	139	27	1	22	48	1.60
95264842--95265035	27	7.4	27	73	13	154	24	1	23	51	1.55
95264815--95265053	27	9.1	26	73	11	134	24	1	22	51	1.56
95265673--95265734	3	22.0	3	78	18	62	1	27	1	69	1.07
95265670--95265734	11	5.8	11	80	8	60	1	27	1	69	1.07
95265673--95265732	14	3.9	14	76	19	57	1	26	1	70	1.07
95268653--95268698	15	3.0	15	83	3	56	26	8	17	47	1.76
95280336--95280454	64	1.9	63	92	1	202	36	26	16	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95286742--95286847	52	2.0	52	100	0	212	48	21	7	22	1.75
95287313--95287363	22	2.4	22	83	9	61	41	29	9	19	1.84
95288715--95288752	16	2.3	18	86	13	55	73	0	15	10	1.09
95299465--95299545	40	2.0	40	85	2	108	54	13	18	13	1.71
95300380--95300705	88	3.6	89	90	2	485	28	16	21	33	1.95
95300636--95300861	79	2.9	77	88	2	362	28	15	22	33	1.95
95301671--95301697	14	1.9	14	100	0	54	7	51	7	33	1.58
95302548--95302586	19	2.1	19	90	0	60	28	15	5	51	1.64
95303004--95303092	36	2.8	31	81	11	92	33	3	7	55	1.46
95303067--95303096	13	2.3	13	100	0	60	40	0	6	53	1.27
95303148--95303172	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
95306616--95306702	45	1.9	45	85	0	120	43	12	19	24	1.85
95319739--95319827	6	14.8	6	88	4	135	21	31	16	30	1.96
95322402--95322771	193	1.9	194	93	1	636	43	21	14	21	1.87
95323878--95323906	14	2.0	15	93	6	51	55	10	20	13	1.68
95328720--95328794	9	8.3	9	89	0	96	45	21	8	25	1.79
95328807--95328847	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
95331153--95331232	26	3.1	26	79	0	97	23	38	13	23	1.91
95335595--95335636	17	2.5	17	88	3	59	66	2	26	4	1.23
95338977--95339018	22	1.9	22	85	9	59	38	33	11	16	1.86
95340258--95340296	21	1.9	21	84	5	53	41	5	2	51	1.38
95348814--95348863	20	2.5	19	87	6	73	36	16	10	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95354686--95354728	22	2.0	22	86	9	61	37	0	9	53	1.33
95354882--95354926	23	1.9	24	81	4	56	37	2	6	53	1.40
95362162--95362197	11	3.4	11	92	3	56	50	0	2	47	1.15
95362204--95362277	31	2.4	31	80	10	82	36	6	4	52	1.47
95362529--95362598	34	2.1	34	97	0	131	17	15	31	35	1.91
95367264--95367324	20	2.9	21	81	11	72	52	19	1	26	1.55
95367264--95367325	22	3.0	21	83	9	74	53	19	1	25	1.54
95370403--95370431	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
95371256--95371414	36	4.1	36	71	15	111	62	11	5	20	1.48
95371255--95371424	82	2.1	82	100	0	340	62	12	4	20	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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