genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89646138--89646220	34	2.4	34	95	2	148	40	13	1	44	1.51
89649471--89649510	18	2.1	18	86	9	53	52	0	0	47	1.00
89649967--89650001	18	1.9	18	88	11	54	45	2	5	45	1.41
89655873--89655925	26	2.0	26	96	0	97	52	9	13	24	1.69
89657946--89658066	38	3.2	37	82	4	136	13	18	27	41	1.87
89658049--89658089	22	1.9	22	90	5	66	17	14	24	43	1.86
89660360--89660421	26	2.2	29	78	13	69	37	3	16	43	1.64
89668555--89668581	11	2.5	11	100	0	54	48	14	7	29	1.71
89693517--89693567	24	2.1	24	100	0	102	43	0	11	45	1.40
89694575--89694651	31	2.5	31	82	2	93	41	11	10	36	1.76
89695177--89695225	25	2.0	24	92	4	80	55	2	0	42	1.11
89695509--89695535	6	4.5	6	100	0	54	29	0	70	0	0.88
89695581--89695606	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
89695694--89695755	10	6.2	10	71	14	56	33	0	1	64	1.03
89695608--89695751	48	3.0	47	69	17	116	31	2	3	61	1.27
89702772--89703021	105	2.4	106	81	5	265	26	18	29	25	1.98
89719047--89719086	15	2.7	15	92	0	62	17	15	10	57	1.64
89722312--89722345	17	2.0	17	100	0	68	35	5	23	35	1.79
89725218--89725251	16	2.2	16	89	5	52	50	14	8	26	1.72
89727807--89727836	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
89729088--89729263	88	2.0	88	98	0	343	37	2	36	23	1.68
89731304--89731344	16	2.7	15	85	10	57	41	7	0	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89743305--89743349	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
89744012--89744108	27	3.6	26	75	8	79	24	23	14	37	1.92
89746881--89747098	48	4.6	47	78	11	189	27	17	30	24	1.97
89746923--89747099	48	3.6	50	82	8	199	27	18	31	23	1.97
89746736--89747099	94	3.8	98	76	12	266	29	17	28	24	1.97
89751639--89751698	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
89751530--89751671	67	2.1	67	81	5	158	18	26	22	32	1.97
89755939--89755991	23	2.3	23	100	0	106	33	3	24	37	1.74
89760635--89760679	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
89760715--89760810	28	3.3	27	70	24	77	26	19	28	26	1.99
89760769--89760821	28	1.9	27	88	3	79	28	20	26	24	1.99
89760700--89760844	61	2.4	61	82	8	161	26	19	26	27	1.99
89762511--89762558	18	2.7	18	93	0	78	27	31	20	20	1.98
89768659--89768930	46	5.8	48	74	10	215	28	18	29	24	1.98
89768662--89769024	46	7.7	48	72	12	195	27	17	29	25	1.97
89768843--89769024	96	1.9	98	82	7	237	26	17	30	26	1.97
89771178--89771336	35	4.5	35	80	0	183	30	8	18	42	1.81
89784612--89784646	17	1.9	19	88	11	56	42	8	0	48	1.33
89784824--89784867	17	2.6	17	89	3	63	34	6	0	59	1.24
89784849--89784900	19	2.7	19	75	18	54	32	1	5	59	1.32
89789526--89789555	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
89791115--89791149	18	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89791122--89791167	18	2.8	17	83	9	51	45	0	0	54	0.99
89791134--89791190	26	2.2	25	81	3	69	40	0	3	56	1.17
89791038--89791343	120	2.6	119	93	2	517	41	1	4	52	1.31
89791237--89791271	17	2.1	17	100	0	70	34	0	0	65	0.93
89791262--89791319	13	4.3	13	79	16	64	41	1	0	56	1.09
89791344--89791381	15	2.4	17	82	13	53	44	0	2	52	1.14
89791524--89791614	45	2.0	44	85	2	119	35	28	5	30	1.80
89791593--89791646	16	3.4	16	81	0	72	31	33	1	33	1.69
89792160--89792223	28	2.2	30	83	5	78	65	1	1	31	1.11
89792149--89792233	9	9.3	9	71	16	59	65	2	1	30	1.12
89792272--89792342	31	2.2	32	83	11	85	64	1	5	28	1.24
89792569--89792611	19	2.2	20	91	8	70	23	4	0	72	1.04
89792579--89792637	9	6.6	9	75	14	59	23	3	1	71	1.11
89792601--89792667	26	2.5	26	80	9	64	35	1	1	61	1.15
89796587--89796809	110	2.0	110	100	0	446	42	20	6	31	1.77
89799774--89799811	18	2.1	18	90	0	58	50	2	34	13	1.55
89802303--89802342	6	6.7	6	85	0	53	20	47	10	22	1.79
89802350--89802428	6	13.2	6	72	15	56	21	31	0	46	1.51
89814968--89815025	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
89820748--89820831	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
89821356--89821390	18	1.9	18	94	0	61	28	14	22	34	1.93
89821666--89821706	19	2.1	20	86	4	57	26	29	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89822823--89822922	50	2.1	49	80	16	111	35	20	3	42	1.67
89826366--89826447	23	3.7	22	76	16	89	37	18	19	24	1.94
89835016--89835079	31	2.1	31	93	0	110	39	10	18	31	1.86
89835731--89835771	18	2.2	20	82	8	50	24	2	4	68	1.22
89837382--89837444	21	3.0	21	90	4	92	23	26	23	25	2.00
89838488--89838782	163	1.8	163	86	5	427	40	12	18	27	1.88
89840079--89840141	6	10.3	6	86	3	81	14	15	3	66	1.37
89842429--89842998	48	11.8	48	80	0	593	26	28	17	28	1.97
89842429--89842998	96	5.9	96	88	0	800	26	28	17	28	1.97
89848957--89849001	18	2.5	18	92	0	72	28	26	13	31	1.94
89852267--89852379	56	2.0	56	96	0	208	38	15	14	31	1.87
89855728--89855755	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
89855739--89855791	19	2.8	19	81	16	58	64	5	1	28	1.27
89863005--89863036	5	6.2	5	92	7	55	75	0	3	21	0.95
89865623--89865778	79	2.0	79	96	0	285	44	22	9	23	1.82
89868557--89868688	39	3.4	39	92	0	210	22	27	20	29	1.99
89882425--89882465	3	13.7	3	94	0	73	0	36	0	63	0.95
89883258--89883305	20	2.4	19	80	10	60	47	6	2	43	1.40
89883608--89883747	57	2.4	55	81	12	140	47	4	1	46	1.31
89883728--89883797	12	5.8	12	72	12	63	55	0	1	42	1.08
89887805--89887899	31	3.1	31	100	0	190	32	9	18	38	1.83
89888076--89888153	36	2.2	36	90	0	120	14	8	25	51	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89889037--89889079	15	2.6	16	78	14	52	48	16	18	16	1.81
89889046--89889076	15	2.1	15	100	0	62	48	12	19	19	1.81
89895864--89895897	17	2.0	17	88	0	50	14	17	26	41	1.88
89902148--89902187	15	2.7	15	80	0	53	27	12	2	57	1.48
89907353--89907410	24	2.3	24	94	5	98	8	15	8	67	1.41
89907338--89907423	32	2.7	31	77	15	88	15	12	6	65	1.46
89907538--89907567	14	2.2	14	94	5	53	20	0	6	73	1.05
89909026--89909175	42	3.5	42	78	5	158	32	14	22	30	1.94
89919477--89919510	16	2.1	16	94	0	59	38	14	23	23	1.92
89931646--89931700	23	2.5	21	80	11	65	32	16	5	45	1.70
89931864--89932024	43	3.8	43	76	12	136	34	22	14	28	1.93
89941291--89941337	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
89941293--89941334	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
89947853--89947966	27	4.2	27	84	5	158	31	21	14	31	1.94
89947853--89947966	54	2.1	54	90	1	174	31	21	14	31	1.94
89947959--89948003	23	2.0	23	95	0	81	24	24	24	26	2.00
89951543--89951574	15	2.1	15	94	0	55	31	9	6	53	1.58
89951695--89951845	42	3.6	42	78	7	162	31	15	23	29	1.96
89956939--89957110	43	4.0	43	73	13	122	22	15	26	36	1.94
89956953--89957090	42	3.2	43	74	11	122	23	15	25	34	1.95
89969242--89969266	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
89978230--89978363	64	2.1	65	87	5	193	47	5	17	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89979091--89979360	134	2.0	134	99	0	531	40	11	12	35	1.79
89981304--89981491	48	3.9	48	87	1	252	28	32	15	23	1.95
89981307--89981494	96	2.0	96	89	2	288	28	33	15	22	1.95
89983481--89983570	27	3.3	27	82	0	108	32	27	14	25	1.95
89983503--89983637	66	2.0	67	82	4	166	34	25	12	27	1.92
89983588--89983664	27	2.8	28	84	2	102	31	19	12	36	1.90
89983482--89983655	94	1.9	93	80	3	206	32	26	12	29	1.92
89989747--89989793	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
89990064--89990411	46	7.7	46	88	5	498	22	24	14	38	1.92
89990325--89990400	38	2.0	38	97	0	143	23	27	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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