Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  30  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11203653--11204005
193
1.8
193
87
0
526
25
26
15
32
1.95
11205001--11205049
20
2.5
20
80
6
55
30
2
6
61
1.32
11209817--11209860
21
2.1
21
87
4
63
50
2
0
47
1.13
11214488--11214527
20
2.0
21
85
5
55
40
15
30
15
1.87
11217165--11217200
3
11.7
3
88
5
54
66
27
0
5
1.13
11217490--11217524
15
2.3
15
90
0
52
17
37
11
34
1.85
11219333--11219378
22
2.1
22
88
8
67
32
0
2
65
1.05
11221380--11221505
64
2.0
64
96
0
234
35
3
19
42
1.67
11223935--11223963
8
3.8
8
95
4
51
41
27
6
24
1.80
11227206--11227328
65
1.9
65
83
6
160
40
6
9
43
1.64
11234380--11234471
17
5.2
17
67
8
60
39
0
1
59
1.04
11234367--11234438
26
2.7
27
75
14
69
40
0
0
59
0.97
11234373--11234468
8
10.9
9
71
15
51
38
0
1
60
1.04
11235309--11235333
8
3.1
8
100
0
50
12
0
0
88
0.53
11237935--11237974
16
2.5
16
84
11
55
12
2
2
82
0.87
11237987--11238032
21
2.2
21
88
7
67
43
0
4
52
1.21
11238118--11238144
14
1.9
14
100
0
54
44
0
0
55
0.99
11238003--11238144
37
4.0
35
77
8
144
38
0
3
57
1.21
11238103--11238144
21
1.9
23
85
9
61
45
0
0
54
0.99
11238268--11238314
20
2.4
19
83
16
60
70
0
8
21
1.14
11238377--11238415
13
2.8
14
80
11
53
61
0
2
35
1.10
11238384--11238495
36
3.2
34
77
7
93
61
2
0
34
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11238468--11238509
21
2.0
22
86
13
61
61
4
0
33
1.17
11238595--11238669
31
2.4
32
79
20
104
77
1
10
10
1.06
11238626--11238665
21
2.0
21
85
5
55
80
2
10
7
1.00
11241922--11241951
15
2.0
15
93
0
51
63
6
3
26
1.35
11245676--11245714
19
2.0
21
85
14
57
56
2
0
41
1.13
11248014--11248055
22
1.9
22
85
9
59
45
4
4
45
1.45
11249159--11249195
19
2.1
18
90
10
58
45
0
5
48
1.25
11249403--11249427
3
8.3
3
100
0
50
32
0
0
68
0.90
11258877--11258941
21
3.1
21
71
6
60
36
21
18
23
1.95
11259733--11259772
17
2.3
18
83
16
57
60
0
0
40
0.97
11261162--11261211
15
3.5
15
74
20
61
30
2
2
66
1.14
11261177--11261224
13
3.5
13
74
20
53
22
4
4
68
1.24
11261161--11261235
28
2.7
28
97
0
141
29
4
2
64
1.26
11268172--11268228
28
2.0
28
100
0
114
47
17
21
14
1.82
11271350--11271395
7
6.6
7
100
0
92
43
0
0
56
0.99
11271403--11271479
30
2.6
30
78
13
79
42
0
3
53
1.19
11274064--11274106
22
2.0
22
86
9
61
46
2
6
44
1.43
11291786--11291891
39
2.6
41
79
10
119
28
21
18
31
1.97
11291660--11292016
42
8.5
42
73
12
161
31
20
20
28
1.97
11303519--11303605
43
2.0
43
100
0
174
47
25
4
22
1.70
11320667--11320702
19
1.9
18
94
5
63
69
0
0
30
0.89
11320680--11320715
14
2.6
14
91
4
56
69
0
2
27
1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11332644--11332698
16
3.3
17
73
19
53
40
3
0
56
1.17
11344316--11344409
46
2.0
46
100
0
188
26
19
17
37
1.93
11351106--11351152
23
2.0
24
87
4
69
46
12
6
34
1.67
11353688--11353744
30
1.9
30
82
3
71
43
1
14
40
1.55
11359632--11359673
15
2.9
15
79
13
52
42
0
2
54
1.13
11361313--11361370
5
10.8
5
80
12
62
43
0
1
55
1.10
11361314--11361371
8
6.7
9
74
21
61
43
0
1
55
1.10
11361316--11361371
12
4.5
12
81
16
69
42
0
1
55
1.10
11362690--11362728
18
2.1
19
90
4
62
41
0
10
48
1.37
11362968--11363078
38
2.8
40
72
5
100
23
19
27
29
1.98
11363224--11363264
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
11366414--11366454
21
2.0
21
90
9
66
29
4
7
58
1.46
11366420--11366479
21
3.0
20
80
7
59
33
6
5
55
1.48
11369439--11369504
32
2.1
32
97
0
123
19
10
21
48
1.79
11378547--11378583
6
6.2
6
100
0
74
48
51
0
0
1.00
11389360--11389395
11
3.3
11
100
0
72
63
0
27
8
1.23
11389504--11389797
146
2.0
144
90
1
462
27
20
8
44
1.79
11390993--11391028
17
2.1
17
89
0
54
19
5
13
61
1.52
11402051--11402078
13
2.2
13
100
0
56
39
10
14
35
1.81
11407987--11408027
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
11409942--11409972
16
1.9
16
93
0
53
41
12
16
29
1.85
11413557--11413586
14
2.1
14
93
0
51
46
36
0
16
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11414210--11414342
54
2.5
54
97
0
248
30
24
18
25
1.98
11427919--11427967
15
3.3
15
72
11
55
36
14
6
42
1.70
11427916--11427976
30
2.0
30
93
0
104
34
13
6
45
1.69
11429431--11430031
131
4.6
129
79
3
562
27
19
18
34
1.95
11429431--11430025
260
2.3
263
81
4
675
28
19
18
33
1.95
11438384--11438515
65
2.0
65
100
0
264
31
31
10
26
1.90
11442565--11442707
73
2.0
74
83
8
186
42
6
2
48
1.43
11446061--11446091
14
2.1
15
94
5
55
38
0
0
61
0.96
11458818--11458972
43
3.6
43
89
0
238
29
31
25
12
1.93
11458965--11459072
38
2.8
38
90
0
153
28
27
23
20
1.99
11461920--11461983
30
2.1
30
82
8
76
60
12
4
21
1.50
11462440--11462525
26
3.3
27
75
8
88
45
1
1
52
1.16
11463380--11463448
31
2.3
31
87
7
97
42
0
7
50
1.30
11464168--11464210
17
2.5
16
82
14
50
53
4
9
32
1.53
11492402--11492510
54
2.0
54
100
0
218
50
14
14
20
1.78
11500334--11500816
232
2.1
235
94
1
839
42
14
15
26
1.86
11503323--11503353
15
2.1
15
100
0
62
12
22
6
58
1.58
11504563--11504692
68
1.9
70
83
12
171
58
6
0
33
1.30
11504595--11504702
9
11.2
9
69
12
54
59
8
0
32
1.27
11504672--11504713
19
2.2
19
86
0
57
66
2
0
30
1.04
11519507--11519548
21
2.0
21
86
9
59
16
38
0
45
1.48
11520398--11521040
322
2.0
322
90
0
1007
45
9
14
31
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11522435--11522612
91
2.0
90
97
1
338
25
19
16
38
1.92
11524554--11524598
21
2.1
21
95
0
81
28
31
13
26
1.94
11536012--11536066
23
2.5
23
94
5
96
56
12
0
30
1.37
11539637--11539671
17
2.1
17
89
10
54
11
5
14
68
1.37
11543623--11543647
6
4.2
6
100
0
50
68
0
0
32
0.90
11545093--11545119
2
13.5
2
100
0
54
0
48
0
51
1.00
11546934--11546962
14
2.0
15
93
6
51
65
0
0
34
0.93
11548567--11548597
3
10.3
3
100
0
62
0
32
0
67
0.91
11550994--11551207
107
2.0
108
97
0
403
42
9
5
42
1.60
11557702--11557746
23
2.0
22
83
12
56
60
2
4
33
1.29
11559292--11559336
22
2.0
22
83
8
56
28
8
0
62
1.25
11563436--11563466
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
11563546--11563576
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
11565192--11565250
30
1.9
31
86
10
86
47
3
18
30
1.65
11565449--11565503
29
2.0
28
82
13
69
43
0
3
52
1.18
11567226--11567322
40
2.4
40
82
0
131
31
8
21
38
1.83
11567689--11567750
21
3.0
21
83
4
83
43
16
24
16
1.87
11584101--11584125
12
2.1
12
100
0
50
76
0
24
0
0.80
11586188--11586213
13
2.0
13
100
0
52
30
7
30
30
1.85
11590320--11590353
16
2.2
16
89
5
52
38
2
0
58
1.13
11592807--11592840
15
2.2
16
94
5
61
38
17
11
32
1.86
11592913--11592965
19
2.9
18
75
20
56
64
0
3
32
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11592944--11593023
28
2.8
28
84
5
99
68
3
3
23
1.22
11592952--11593012
9
6.3
10
78
16
58
70
3
1
24
1.11
11593135--11593184
9
5.6
9
75
17
50
70
2
2
26
1.09
11593359--11593429
29
2.5
28
86
4
90
38
0
0
61
0.96
11593415--11593449
15
2.2
16
95
5
63
11
2
0
85
0.69
11594289--11594322
5
7.0
5
93
6
61
79
0
0
20
0.73
11594291--11594321
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
11594289--11594322
14
2.3
15
95
5
61
79
0
0
20
0.73
11596668--11596696
14
2.1
14
100
0
58
27
24
34
13
1.93
11612108--11612175
30
2.2
32
84
7
88
44
5
10
39
1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325