genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52149316--52149367	26	2.0	26	92	0	86	21	17	21	40	1.91
52155530--52155567	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
52155796--52155963	46	3.6	46	75	7	169	30	27	19	23	1.98
52155797--52155967	93	1.8	93	89	0	270	30	27	19	22	1.98
52155794--52155983	46	4.1	45	68	20	115	30	27	18	23	1.98
52159577--52159655	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
52159774--52160410	47	13.4	47	91	4	922	29	29	9	32	1.88
52159774--52160410	93	6.7	94	89	4	922	29	29	9	32	1.88
52165034--52165071	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
52165296--52165468	46	3.7	46	74	13	165	31	26	18	23	1.97
52167860--52167907	20	2.4	20	100	0	96	20	27	37	14	1.92
52168395--52168498	52	2.0	52	98	0	199	28	13	8	49	1.72
52182641--52182701	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
52189822--52190015	50	3.9	48	79	6	192	26	28	20	24	1.99
52189833--52190019	101	1.9	99	84	4	250	27	29	19	24	1.98
52190316--52190354	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
52192142--52192206	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
52192142--52192210	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
52195201--52195341	51	2.8	49	80	4	167	27	26	20	24	1.99
52195630--52195668	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
52197222--52197298	41	1.9	40	86	2	109	27	15	27	29	1.96
52198923--52198955	16	2.1	16	100	0	66	39	0	24	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52199419--52199482	32	2.0	32	87	0	92	40	15	17	26	1.89
52202396--52202427	16	2.0	16	100	0	64	50	18	18	12	1.78
52202653--52202730	29	2.7	29	90	2	122	24	17	32	25	1.97
52203788--52203821	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
52213165--52213324	38	4.2	38	86	6	198	20	21	26	31	1.98
52213165--52213329	76	2.1	78	87	4	237	20	21	26	32	1.98
52214318--52214382	33	2.0	33	93	0	112	33	20	24	21	1.97
52214416--52214504	29	3.1	29	81	1	108	23	15	31	29	1.95
52215165--52215198	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
52216584--52216683	47	2.2	46	82	8	114	45	14	10	31	1.77
52218449--52218489	11	3.7	11	93	0	64	63	7	2	26	1.33
52224505--52224682	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
52224505--52224682	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
52232404--52232587	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
52232404--52232587	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
52232457--52232620	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
52235643--52235810	40	4.6	35	83	16	127	25	22	26	25	2.00
52235642--52235778	68	2.0	70	83	11	176	24	23	27	24	2.00
52235710--52235838	40	3.3	40	91	6	196	24	21	27	26	1.99
52235710--52235871	80	2.1	75	81	7	182	25	20	27	25	1.99
52242356--52242405	20	2.5	20	96	0	91	12	26	46	16	1.81
52244415--52244459	18	2.8	16	83	16	58	75	0	17	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52249399--52249468	28	2.5	28	83	4	88	28	27	15	28	1.96
52253818--52253967	42	3.5	43	80	9	146	26	26	21	26	1.99
52260897--52260943	18	2.6	18	89	0	67	19	21	14	44	1.86
52263741--52263857	27	4.3	27	84	0	162	42	15	12	29	1.84
52277294--52277496	79	2.5	80	89	4	322	27	21	27	24	1.99
52277294--52277488	40	4.9	40	94	1	329	26	21	27	24	1.99
52285293--52285489	85	2.5	76	81	14	238	26	21	29	22	1.99
52285293--52285489	41	4.9	40	80	15	237	26	21	29	22	1.99
52294656--52294796	1	141.0	1	100	0	282	0	100	0	0	0.00
52298226--52298289	25	2.6	25	95	2	112	25	28	23	23	2.00
52309282--52309364	30	2.7	31	85	3	116	31	16	27	24	1.97
52315632--52315700	11	6.7	11	74	14	67	37	11	17	33	1.86
52315644--52315700	20	2.8	20	94	0	105	38	10	17	33	1.84
52315748--52315817	25	2.8	25	88	0	95	27	22	21	28	1.99
52316037--52316118	30	2.7	31	88	3	123	31	18	25	24	1.97
52317951--52318011	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
52318671--52318928	68	3.9	64	73	14	204	31	16	27	24	1.96
52320635--52320669	16	2.1	17	89	5	54	31	40	0	28	1.57
52321883--52321930	24	2.0	24	100	0	96	37	29	12	20	1.90
52324353--52324518	43	3.9	42	77	10	158	28	14	24	33	1.94
52325002--52325056	29	1.9	28	89	10	85	25	45	14	14	1.83
52335557--52335632	26	3.0	25	81	7	91	40	14	14	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52336686--52336764	27	2.9	27	78	0	77	22	25	13	37	1.91
52339089--52339124	17	2.1	17	100	0	72	30	11	5	52	1.59
52343391--52343438	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
52343659--52343685	10	2.7	10	100	0	54	85	7	7	0	0.75
52355358--52355599	48	5.0	48	96	0	439	35	5	27	30	1.81
52361519--52361566	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
52362702--52362760	30	2.0	30	100	0	118	37	22	3	37	1.71
52369530--52369626	42	2.3	42	78	5	106	31	20	20	26	1.97
52371726--52371814	27	3.3	27	82	3	99	40	20	12	26	1.88
52373031--52373094	27	2.4	27	89	0	101	39	21	9	29	1.85
52373590--52373675	32	2.7	32	79	0	100	25	20	19	33	1.97
52373590--52373690	32	3.2	32	75	8	89	25	21	19	32	1.97
52380546--52380817	39	7.0	39	90	0	418	24	29	25	21	1.99
52384656--52384840	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
52384709--52384863	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
52392526--52392601	37	2.1	37	95	2	136	30	14	25	30	1.95
52392860--52393042	40	4.7	40	82	9	200	24	22	27	25	2.00
52392911--52393065	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
52398003--52398312	39	8.0	39	89	0	469	23	28	24	23	2.00
52401152--52401319	27	6.3	27	84	1	185	41	21	17	20	1.91
52401159--52401316	53	2.9	54	82	4	194	40	21	17	20	1.91
52410882--52410914	16	2.0	17	88	5	50	57	0	6	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52412512--52413270	177	4.3	177	83	3	951	26	25	17	30	1.97
52412507--52413270	352	2.2	351	88	1	1145	26	25	17	30	1.97
52413263--52413939	182	3.7	182	89	0	1018	29	21	16	32	1.95
52414003--52414130	64	2.0	64	92	3	213	36	12	17	32	1.88
52415159--52415237	31	2.5	31	83	6	86	8	8	5	77	1.13
52415188--52415246	15	4.1	15	70	12	52	6	8	3	81	0.97
52415783--52415841	12	5.3	11	81	18	61	8	8	1	81	0.95
52420866--52420912	24	2.0	24	100	0	94	63	8	0	27	1.23
52429430--52429558	50	2.5	51	88	5	190	36	16	21	25	1.94
52429534--52429714	31	5.8	31	88	3	256	27	19	27	26	1.99
52429738--52429863	47	2.7	48	82	9	161	29	15	25	29	1.96
52429832--52429946	42	2.7	43	85	4	153	32	13	25	28	1.94
52434014--52434097	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
52433959--52434203	49	4.9	49	86	2	310	26	18	26	28	1.98
52445524--52445661	49	2.8	48	82	8	147	27	16	31	23	1.96
52453561--52453638	33	2.3	33	91	2	120	44	10	7	37	1.67
52454852--52454894	18	2.4	18	96	0	77	18	16	27	37	1.92
52460146--52460195	25	2.0	25	100	0	100	60	16	12	12	1.60
52460850--52460914	29	2.2	29	100	0	130	16	29	29	24	1.97
52462624--52462668	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
52466772--52466854	31	2.7	30	90	3	123	30	24	15	30	1.96
52467083--52467195	26	4.4	26	87	1	165	26	24	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52467083--52467194	52	2.2	51	95	1	197	26	25	21	26	1.99
52467245--52467311	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
52468019--52468083	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
52468114--52468500	27	14.3	27	76	4	215	32	9	20	37	1.84
52468299--52468578	54	5.2	54	76	7	201	37	8	21	32	1.84
52468368--52468500	55	2.4	54	81	3	158	32	9	21	37	1.84
52468181--52468593	191	2.2	189	83	3	501	34	9	20	35	1.85
52468287--52468578	27	10.8	27	79	5	171	37	9	20	32	1.84
52473876--52473913	20	1.9	20	88	0	58	36	15	2	44	1.61
52474882--52474906	9	2.8	9	100	0	50	28	0	12	60	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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