genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  54  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19555480--19555514	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
19556266--19556295	13	2.3	13	94	0	51	56	13	6	23	1.60
19559306--19559457	71	2.1	71	93	3	261	44	2	3	50	1.32
19559367--19559407	20	2.0	20	85	0	55	53	0	0	46	1.00
19559362--19559482	18	6.8	18	69	16	65	41	1	2	54	1.23
19560988--19561031	9	4.8	9	83	13	54	77	0	13	9	0.99
19560962--19561031	30	2.4	30	81	13	76	74	1	12	11	1.14
19573162--19573212	25	2.2	22	80	16	59	41	25	11	21	1.87
19573168--19573228	25	2.4	25	100	0	122	40	29	6	22	1.79
19575873--19575899	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
19577755--19577779	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
19581028--19581056	15	1.9	15	100	0	58	31	27	20	20	1.98
19583805--19583843	17	2.2	19	86	9	55	69	0	2	28	1.02
19593761--19593828	20	3.2	20	71	18	66	36	27	5	29	1.80
19594222--19594358	51	2.7	51	80	0	175	39	6	13	40	1.70
19597243--19597379	51	2.7	51	80	0	175	39	6	13	40	1.70
19602477--19602518	21	2.0	22	86	13	61	28	16	4	50	1.66
19603344--19603430	43	2.0	43	97	0	165	39	9	11	40	1.73
19615153--19615219	27	2.5	25	79	15	71	41	4	2	50	1.37
19616510--19616593	31	2.6	32	79	9	80	48	1	0	50	1.08
19616974--19617002	11	2.7	11	94	5	51	27	0	0	72	0.85
19618266--19618290	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19618501--19618623	65	1.9	65	89	0	192	24	24	14	36	1.93
19620172--19620229	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
19620441--19620472	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
19620566--19620758	50	3.8	50	90	0	296	26	23	30	20	1.98
19627702--19627759	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
19627971--19628002	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
19628097--19628338	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
19628097--19628346	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
19637759--19637821	31	2.0	31	100	0	126	39	19	19	22	1.92
19648520--19648699	47	3.8	49	77	15	173	30	28	19	21	1.98
19648528--19648699	94	1.8	93	90	3	274	29	29	19	21	1.98
19649994--19650018	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
19650006--19650118	47	2.4	47	92	1	181	39	22	21	16	1.92
19651430--19651464	16	2.3	15	90	5	52	51	2	0	45	1.16
19670942--19671086	74	2.0	74	98	0	281	34	15	18	31	1.93
19674135--19674169	18	1.9	18	88	0	52	28	0	0	71	0.86
19674405--19674454	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19679043--19679092	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19679897--19679933	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
19686212--19686258	19	2.9	16	80	20	53	63	0	0	36	0.94
19686219--19686256	9	4.2	9	87	9	51	68	0	0	31	0.90
19686557--19686589	14	2.2	16	89	10	52	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19694867--19694905	19	2.1	19	85	4	53	41	0	2	56	1.13
19703368--19703412	11	3.9	11	80	11	54	33	0	2	64	1.06
19703473--19703503	3	10.7	3	93	6	55	67	0	32	0	0.91
19704730--19704861	62	2.2	61	93	5	223	49	4	21	25	1.68
19705166--19705480	46	6.8	46	88	0	398	40	14	23	21	1.89
19705213--19705284	21	3.2	21	64	21	56	37	11	26	25	1.89
19708432--19708476	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
19710166--19710237	21	3.2	21	66	27	58	38	11	25	25	1.88
19710165--19710525	46	7.8	46	87	1	456	42	13	24	19	1.88
19717815--19717846	11	2.6	13	80	19	50	31	0	0	68	0.90
19719983--19720163	46	4.0	46	94	0	292	38	14	24	22	1.92
19719998--19720186	46	4.2	45	90	2	146	39	15	22	21	1.91
19721328--19721407	43	1.9	41	85	10	108	16	20	32	31	1.94
19724011--19724053	18	2.4	18	80	0	50	34	18	11	34	1.87
19724143--19724245	54	1.9	54	84	4	136	33	15	13	36	1.87
19724096--19724260	18	9.2	18	74	10	122	36	14	13	35	1.85
19726334--19726467	46	2.8	49	76	14	156	30	29	19	20	1.97
19726343--19726486	46	3.1	45	68	11	112	30	28	19	21	1.98
19727814--19727924	45	2.5	44	77	5	123	43	18	18	19	1.89
19728832--19728894	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
19729253--19729299	22	2.0	24	88	8	71	34	12	6	46	1.67
19731817--19731850	15	2.3	15	100	0	68	11	8	11	67	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19746307--19746373	29	2.3	29	100	0	134	38	5	22	32	1.78
19754422--19754529	15	7.2	15	69	12	78	44	7	21	26	1.78
19754416--19754539	30	4.1	30	91	1	194	43	6	23	26	1.78
19759108--19759215	15	7.2	15	69	12	78	44	7	21	26	1.78
19759102--19759225	30	4.1	30	91	1	194	43	6	23	26	1.78
19792390--19792415	7	3.7	7	100	0	52	30	42	0	26	1.56
19797940--19798090	53	2.8	53	87	4	205	26	16	27	29	1.97
19800432--19800497	12	5.3	13	75	13	52	46	0	4	48	1.22
19800507--19800565	20	2.8	21	87	12	86	55	0	0	44	0.99
19800507--19800560	21	2.7	20	88	11	83	55	0	0	44	0.99
19800549--19800586	13	2.7	14	84	12	51	55	5	0	39	1.23
19800563--19800609	21	2.2	22	84	3	60	46	4	4	44	1.42
19800621--19800654	12	2.7	13	86	9	52	50	0	0	50	1.00
19800741--19800794	21	2.3	24	81	12	69	59	1	0	38	1.08
19800819--19800867	13	3.7	13	83	2	53	77	4	0	18	0.92
19800832--19800890	9	6.9	8	81	9	55	79	5	1	13	0.97
19800877--19800932	20	2.7	21	83	5	69	76	3	8	10	1.12
19801319--19801367	23	2.3	20	80	13	62	69	0	14	16	1.19
19814478--19814514	12	3.0	12	92	4	56	64	8	2	24	1.34
19822762--19822795	7	4.7	7	89	7	50	61	0	0	38	0.96
19826602--19826648	23	2.0	23	84	8	60	42	8	4	44	1.54
19826704--19826754	18	2.6	19	75	15	50	70	11	13	3	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19834052--19834080	15	1.9	15	100	0	58	55	3	13	27	1.55
19834607--19834646	21	1.9	21	84	0	53	55	2	0	42	1.13
19835566--19835673	45	2.5	43	83	4	119	15	9	52	22	1.71
19835587--19835673	45	1.9	45	88	0	129	14	8	52	24	1.68
19837207--19837254	15	3.4	13	76	18	51	56	0	2	41	1.11
19837213--19837254	15	2.8	15	79	13	59	57	0	2	40	1.12
19843476--19843509	17	2.0	17	88	0	50	0	11	2	85	0.71
19844212--19844246	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
19851961--19851991	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
19854802--19854862	25	2.4	25	86	0	77	19	34	14	31	1.92
19854818--19854884	25	2.7	25	88	0	98	17	31	19	31	1.95
19854818--19854899	25	3.3	25	84	1	76	18	30	19	31	1.96
19865005--19865044	21	2.0	20	85	9	55	35	25	15	25	1.94
19868992--19869018	14	1.9	14	100	0	54	29	0	18	51	1.46
19870987--19871030	17	2.7	16	82	6	52	47	0	2	50	1.13
19871117--19871173	23	2.5	23	81	10	73	49	0	8	42	1.34
19889147--19889241	41	2.3	43	83	3	122	26	4	8	61	1.43
19889129--19889202	32	2.3	31	79	6	76	22	5	8	63	1.42
19896708--19896734	6	4.5	6	100	0	54	14	66	0	18	1.25
19915696--19915726	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
19915806--19915836	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
19918577--19918609	6	5.5	6	100	0	66	33	0	66	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19925725--19925917	90	2.2	90	90	2	300	30	31	7	30	1.86
19928307--19928359	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
19947681--19947856	46	3.8	46	74	12	171	21	18	29	31	1.96
19947678--19947848	93	1.8	93	88	0	261	21	18	29	30	1.97
19948004--19948053	24	2.1	24	100	0	100	36	8	26	30	1.85
19950512--19950547	17	2.2	16	90	5	54	11	5	13	69	1.34
19957725--19957751	12	2.2	12	100	0	54	37	48	14	0	1.45
19960101--19960242	74	1.9	74	94	2	250	54	10	12	22	1.68
19963154--19963179	13	2.0	13	100	0	52	15	30	15	38	1.88
19963316--19963372	29	2.0	29	96	0	105	42	10	14	33	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325