genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21724856--21724997	22	6.4	22	69	16	71	60	4	3	31	1.33
21726733--21727002	90	3.1	89	79	6	300	36	18	15	29	1.92
21726827--21727141	161	2.0	157	89	3	479	35	19	15	29	1.93
21750155--21750470	129	2.5	122	82	8	363	35	20	17	25	1.95
21750229--21750471	129	1.9	129	89	1	380	34	19	18	27	1.95
21754468--21754503	17	2.1	17	90	10	56	41	11	2	44	1.54
21755944--21756001	29	2.0	30	89	3	91	32	18	18	29	1.96
21758209--21758259	23	2.2	23	100	0	102	39	0	3	56	1.18
21765633--21765700	34	2.0	34	100	0	136	26	14	20	38	1.91
21766921--21767068	48	3.1	48	88	0	224	29	24	7	38	1.83
21772145--21772176	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
21772172--21772233	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
21773792--21773877	15	6.0	14	82	10	95	75	0	1	23	0.87
21773804--21773868	5	13.4	5	75	18	66	76	0	1	21	0.86
21773797--21773867	23	3.3	20	75	16	63	76	0	1	22	0.87
21773797--21773875	10	7.2	11	75	18	76	75	0	1	22	0.87
21773804--21773877	25	2.7	27	78	16	82	75	0	1	22	0.88
21777594--21777625	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
21777621--21777682	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
21783077--21783142	30	2.2	31	89	8	100	42	4	10	42	1.60
21796769--21796794	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
21799463--21799739	137	2.0	137	100	0	554	23	15	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21800325--21800447	62	2.0	62	100	0	246	26	17	19	35	1.94
21801818--21801867	22	2.3	21	75	3	55	42	6	8	44	1.58
21806192--21806233	11	3.9	11	84	3	50	30	2	47	19	1.62
21806847--21806921	20	3.7	20	75	8	71	25	10	10	53	1.67
21815264--21815298	4	8.8	4	87	0	52	22	5	22	48	1.72
21815598--21815640	2	21.5	2	95	0	77	53	0	46	0	1.00
21821413--21821460	22	2.2	21	85	14	62	29	2	22	45	1.64
21822651--21822797	39	3.8	38	86	2	204	32	21	12	32	1.91
21822651--21822797	77	1.9	77	85	2	206	32	21	12	32	1.91
21822625--21822798	77	2.3	77	81	4	199	33	22	13	30	1.92
21825696--21825732	19	1.9	19	89	10	58	37	0	2	59	1.12
21827610--21827666	20	2.8	20	82	10	71	35	3	0	61	1.13
21827610--21827666	10	5.6	10	74	17	55	35	3	0	61	1.13
21827618--21827666	21	2.4	21	86	3	64	32	4	0	63	1.13
21838872--21838913	21	2.0	21	86	9	59	0	23	2	73	0.94
21839125--21839211	3	30.3	3	68	21	53	63	4	1	31	1.22
21839145--21839211	19	3.5	19	72	25	52	65	4	1	28	1.21
21847048--21847086	20	2.0	20	90	10	62	30	0	0	69	0.89
21848788--21848827	19	2.0	20	85	4	55	10	20	2	67	1.31
21849880--21849919	21	1.9	21	84	0	53	27	5	0	67	1.11
21853905--21853953	26	1.9	25	95	4	89	44	16	8	30	1.76
21856659--21856728	31	2.2	32	94	2	124	37	4	14	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21857449--21857494	24	2.0	24	82	4	58	34	4	0	60	1.16
21863787--21863816	14	2.1	14	100	0	60	30	0	13	56	1.37
21865884--21865942	30	1.9	31	89	3	93	47	5	20	27	1.71
21866163--21866222	23	2.7	22	72	20	54	35	0	1	63	1.05
21866153--21866218	31	2.1	31	86	5	89	36	0	3	60	1.12
21873091--21873314	46	4.8	46	80	5	272	22	20	27	29	1.98
21873137--21873307	93	1.8	93	91	0	279	22	19	28	29	1.98
21879865--21879910	21	2.3	21	88	7	69	43	8	8	39	1.66
21879903--21879927	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21884576--21884632	3	19.3	3	77	10	55	63	3	5	28	1.33
21891451--21891500	16	3.1	17	80	8	59	42	0	0	58	0.98
21891640--21891664	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21895307--21895356	6	8.3	6	75	16	50	76	0	18	6	0.99
21919066--21919098	11	3.0	11	91	8	50	9	27	0	63	1.24
21922451--21922480	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
21922666--21922711	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
21928511--21928578	34	2.0	34	100	0	136	20	5	17	55	1.62
21944083--21944166	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
21950548--21950584	18	2.0	20	89	10	60	51	0	37	10	1.37
21950914--21950955	20	2.2	18	87	8	57	50	2	2	45	1.27
21952018--21952086	9	7.1	9	72	18	50	66	1	0	31	1.00
21952037--21952094	18	3.3	17	83	7	71	63	1	0	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21952333--21952459	65	2.0	65	90	3	202	31	3	3	62	1.27
21952390--21952451	28	2.2	28	82	8	72	29	3	3	64	1.25
21952962--21953054	31	2.9	31	75	4	78	53	2	5	38	1.36
21956226--21956320	49	1.9	49	89	4	147	44	13	13	28	1.82
21956358--21956599	120	2.0	120	92	4	400	26	30	9	33	1.88
21958629--21958684	29	2.0	28	89	3	85	21	16	26	35	1.94
21967563--21967629	31	2.1	31	83	2	80	49	4	5	40	1.48
21970046--21970073	6	4.7	6	100	0	56	17	14	0	67	1.22
21970063--21970141	24	3.5	24	67	24	62	30	5	2	62	1.30
21970057--21970140	43	2.0	43	90	0	132	28	5	2	63	1.31
21975012--21975271	46	5.6	46	85	5	310	21	23	13	41	1.89
21975008--21975300	92	3.2	92	86	3	349	22	23	13	41	1.89
21975049--21975325	46	6.0	46	89	0	338	23	23	12	40	1.89
21981708--21981920	101	2.2	96	85	7	286	30	21	15	32	1.94
21981752--21981915	51	3.2	50	86	3	247	29	22	14	32	1.94
21984553--21984707	62	2.5	62	87	2	213	30	21	23	23	1.99
21984901--21985071	46	4.1	39	80	17	182	36	15	25	22	1.93
21984943--21985110	46	3.7	46	87	1	230	40	14	24	20	1.90
21987217--21987319	51	2.0	51	100	0	206	46	13	9	30	1.75
21989729--21989769	3	13.7	3	89	0	64	0	0	63	36	0.95
21994139--21994193	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
21994530--21994623	29	3.3	28	73	15	79	54	3	8	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21994519--21994634	55	2.1	55	82	9	139	53	3	7	35	1.47
21996035--21996083	14	3.5	14	94	0	89	59	6	18	16	1.57
21995961--21996155	101	1.9	100	95	3	356	39	18	17	24	1.92
21996063--21996210	74	2.0	72	91	7	237	32	22	18	26	1.97
21996213--21996247	14	2.5	14	90	0	52	60	0	14	25	1.35
21996135--21996593	90	5.2	89	83	9	606	38	18	16	27	1.91
21996385--21996413	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
21996469--21996503	14	2.5	14	90	0	52	60	0	14	25	1.35
21996558--21996620	14	4.5	14	82	7	74	61	4	12	20	1.49
21996577--21996620	13	3.3	13	84	6	61	63	6	13	15	1.49
21996752--21996786	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
21996675--21997027	89	4.1	89	80	11	419	34	19	19	26	1.96
21996916--21996950	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
21996839--21997027	91	2.1	90	90	4	290	35	17	19	26	1.94
21997088--21997112	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
21996839--21997270	86	5.1	82	75	15	319	36	18	18	26	1.94
21997190--21998653	72	20.0	72	86	5	1968	34	18	16	30	1.93
21997190--21998647	293	5.0	293	94	1	2476	34	18	16	30	1.93
22010474--22010528	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
22010633--22010702	37	1.9	35	81	18	81	57	0	12	30	1.36
22010851--22010995	25	5.7	25	74	12	107	53	5	8	32	1.54
22010884--22010995	52	2.2	49	84	7	134	55	4	8	32	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22010861--22010983	27	4.8	27	70	21	79	56	4	7	31	1.48
22011015--22011060	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
22013151--22013199	19	2.5	19	76	3	53	40	0	2	57	1.10
22014803--22014867	17	3.7	17	75	13	69	40	1	0	58	1.07
22014806--22014863	19	3.2	19	71	14	59	34	1	0	63	1.04
22014802--22014867	18	3.8	16	75	14	69	39	1	0	59	1.07
22017557--22017585	14	2.0	15	93	6	51	82	3	0	13	0.79
22022711--22022756	15	3.1	14	84	9	56	65	2	0	32	1.05
22022714--22022793	27	2.9	27	74	17	76	60	2	2	35	1.24
22022714--22022772	16	4.1	15	80	12	61	61	3	1	33	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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