genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83895925--83896013	30	3.0	30	78	14	94	57	14	16	11	1.65
83895936--83896013	15	5.2	15	78	9	79	56	14	16	12	1.68
83898950--83899120	46	3.7	46	73	16	163	29	28	21	21	1.98
83898955--83899125	93	1.8	93	89	0	270	28	29	20	21	1.98
83912247--83912296	20	2.5	20	87	6	66	24	18	24	34	1.96
83913706--83913744	17	2.4	16	86	4	51	64	5	10	20	1.44
83925011--83925101	30	3.1	30	98	1	175	35	23	16	25	1.95
83935422--83935463	18	2.5	17	81	11	50	30	7	40	21	1.80
83937161--83937193	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
83953047--83953161	29	4.0	28	79	10	117	25	14	30	29	1.95
83966862--83967120	50	5.1	50	74	3	153	32	26	16	25	1.96
83966905--83967120	50	4.3	50	74	3	164	31	26	15	25	1.96
83973761--83973821	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83978065--83978172	38	2.8	39	81	5	105	22	21	29	26	1.99
83978076--83978204	40	3.3	40	83	6	174	23	20	27	28	1.99
83978091--83978250	38	4.1	39	79	10	121	25	20	27	26	1.99
83978076--83978240	78	2.1	77	81	10	185	24	20	27	27	1.99
83985853--83986034	40	4.6	40	80	8	178	24	20	26	28	1.99
83985853--83986031	79	2.3	81	81	12	203	24	20	27	27	1.99
83988808--83988837	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
83989098--83989284	50	3.7	50	75	1	176	28	24	18	28	1.98
83994678--83994876	40	5.0	41	80	8	198	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83996328--83996370	22	1.9	23	90	4	70	20	0	53	25	1.46
83999810--83999888	40	2.0	40	82	5	97	34	18	22	24	1.97
84000571--84000614	16	2.8	16	86	3	54	43	31	2	22	1.66
84000573--84000641	24	2.9	23	74	6	66	43	33	1	21	1.62
84000634--84000696	14	4.5	14	80	7	74	36	42	0	20	1.52
84000720--84000773	22	2.5	22	88	8	76	50	24	0	25	1.50
84001228--84001356	42	3.1	42	85	2	125	21	2	31	44	1.65
84001277--84001350	21	3.5	21	80	7	87	21	2	32	43	1.67
84001299--84001361	14	4.4	15	69	16	53	17	1	36	44	1.59
84001282--84001366	42	2.0	42	81	2	100	21	4	30	43	1.73
84001611--84001852	84	2.9	84	80	4	222	33	13	22	30	1.93
84001702--84001886	84	2.2	84	89	1	273	32	13	20	33	1.91
84004761--84004794	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
84005223--84005252	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
84005254--84005335	9	9.1	9	77	5	76	43	20	2	32	1.65
84005236--84005326	45	2.0	45	89	0	137	46	18	2	32	1.62
84007121--84007146	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
84010471--84010499	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
84018841--84018880	6	6.3	6	83	11	53	15	5	0	80	0.88
84026234--84026456	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
84049513--84049902	47	8.4	47	93	2	628	32	8	29	29	1.87
84050021--84050098	36	2.1	37	90	2	122	25	19	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84051959--84052061	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
84052043--84052116	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
84052431--84052644	39	5.5	39	87	6	267	24	22	27	25	2.00
84056195--84056268	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
84056186--84056530	47	7.4	47	93	1	570	32	8	30	28	1.87
84056649--84056727	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
84064627--84064910	108	2.6	108	84	4	365	34	23	14	27	1.93
84064627--84064926	56	5.4	56	82	6	344	35	23	13	28	1.92
84064872--84065097	43	5.3	43	81	0	209	32	25	13	27	1.94
84064872--84065059	86	2.2	86	83	0	232	32	25	13	27	1.94
84070323--84070477	42	3.7	43	76	7	156	25	16	25	32	1.96
84072008--84072049	18	2.2	20	87	8	61	78	0	9	11	0.96
84075798--84076103	46	6.5	47	72	15	188	30	19	26	23	1.98
84075837--84076107	47	5.8	48	75	14	199	30	19	26	22	1.98
84082244--84082274	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84082241--84082280	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84082513--84082710	108	1.8	110	86	4	294	23	25	16	34	1.95
84082466--84082721	55	4.8	54	78	9	235	21	25	17	35	1.95
84084226--84084276	18	2.9	17	91	5	59	27	21	11	39	1.88
84084234--84084276	18	2.4	18	100	0	86	32	23	11	32	1.90
84084911--84084963	27	2.0	27	88	7	81	30	22	26	20	1.98
84088357--84088650	50	5.9	50	74	5	238	28	19	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84089936--84090102	46	3.6	46	72	13	162	20	17	29	31	1.96
84097753--84097985	50	4.6	50	73	3	225	27	17	24	30	1.97
84097754--84097985	101	2.3	99	82	5	261	27	17	23	31	1.97
84098196--84098227	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
84101110--84101285	39	4.5	39	85	5	196	26	20	28	25	1.99
84101063--84101285	78	2.8	78	81	9	222	25	21	28	25	1.99
84101143--84101318	78	2.3	79	83	4	205	26	21	28	23	1.99
84108619--84108842	40	5.7	39	81	8	222	25	21	28	25	1.99
84108699--84108875	78	2.3	79	83	3	205	25	22	28	23	1.99
84110374--84110573	98	2.0	98	100	0	400	31	14	30	24	1.94
84111014--84111300	27	10.6	27	81	0	340	39	19	8	32	1.82
84111284--84111342	27	2.2	27	90	0	91	37	20	11	30	1.89
84111014--84111361	81	4.3	81	78	7	224	37	19	9	32	1.85
84111322--84111408	27	3.2	27	75	0	84	35	26	8	29	1.85
84111393--84112316	27	34.3	27	88	0	1215	35	20	19	25	1.96
84112664--84112722	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
84112881--84112945	27	2.4	27	84	5	87	16	23	24	35	1.95
84113088--84113175	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
84113088--84113166	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
84115120--84115298	27	6.6	27	82	0	223	38	19	10	31	1.86
84115120--84115406	27	10.6	27	75	7	174	37	21	10	30	1.87
84115391--84116676	27	47.3	27	82	5	1428	35	19	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84115832--84115870	18	2.2	18	90	0	60	35	20	20	23	1.96
84116050--84116122	37	2.0	37	94	0	128	43	17	21	16	1.87
84116023--84116149	64	2.0	64	85	0	173	39	17	22	21	1.92
84115996--84116176	91	2.0	91	83	2	229	37	17	23	21	1.94
84115969--84116283	118	2.8	118	81	7	339	36	18	22	22	1.95
84116194--84116374	90	2.0	91	84	3	240	37	17	22	23	1.94
84117249--84117306	27	2.1	27	84	6	73	18	24	22	34	1.96
84117459--84117521	31	2.0	31	84	6	83	19	20	14	46	1.84
84123420--84123649	69	3.3	69	87	2	302	22	20	26	30	1.98
84123420--84123684	23	11.5	23	80	4	266	23	20	24	31	1.98
84140825--84140884	30	2.0	30	90	0	93	31	25	6	36	1.82
84142005--84142048	6	6.7	6	85	15	52	13	2	2	81	0.88
84142006--84142050	20	2.2	21	92	4	74	15	2	2	80	0.92
84142005--84142041	14	2.8	13	92	8	65	13	0	2	83	0.74
84143862--84144106	49	4.9	49	77	4	249	28	26	18	26	1.98
84144353--84144406	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
84149734--84149996	45	5.6	47	74	13	172	28	18	29	23	1.98
84154856--84154885	14	2.1	14	93	0	51	56	16	0	26	1.40
84161255--84161396	67	2.1	67	85	5	185	30	22	28	18	1.97
84168606--84168669	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
84168685--84168736	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
84175707--84175804	28	3.5	28	87	2	142	35	23	11	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84175707--84175834	29	4.5	29	84	4	154	33	25	11	29	1.91
84175706--84175834	57	2.3	57	83	2	170	33	25	11	29	1.91
84184276--84184372	28	3.5	28	80	8	117	34	28	9	27	1.88
84186354--84186614	40	6.7	40	85	7	322	26	27	21	24	1.99
84186354--84186614	79	3.3	80	83	8	331	26	27	21	24	1.99
84194183--84194444	40	6.6	39	86	5	289	26	27	21	24	2.00
84196930--84197004	37	2.0	37	94	0	132	17	25	12	45	1.82
84197759--84197788	14	2.1	15	93	6	53	30	6	20	43	1.77
84200078--84200107	13	2.3	13	94	0	51	3	6	3	86	0.77
84201135--84201182	22	2.2	22	84	0	60	45	16	4	33	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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