genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80353397--80353640	120	2.0	119	85	3	330	25	23	14	36	1.93
80359059--80359108	23	2.2	22	89	6	82	48	10	24	18	1.78
80379001--80379025	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
80392482--80392579	37	2.6	37	96	0	178	26	31	17	24	1.97
80392723--80393444	48	15.0	48	93	0	1192	31	26	6	35	1.81
80400261--80400347	45	1.9	45	92	0	147	40	13	24	21	1.90
80400261--80400377	45	2.6	44	82	5	119	43	11	23	21	1.85
80401374--80401422	25	2.0	24	84	11	64	69	0	14	16	1.19
80402718--80402854	40	3.5	40	89	3	206	23	22	28	25	1.99
80410686--80410942	40	6.5	40	92	3	405	24	22	27	25	2.00
80414884--80414955	34	2.1	34	97	0	135	40	12	16	30	1.86
80417048--80417194	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
80417094--80417274	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
80417091--80417274	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
80444899--80445007	39	2.8	39	85	2	148	39	11	16	33	1.84
80446699--80446919	47	4.7	47	98	0	424	30	9	30	29	1.88
80447037--80447114	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
80448978--80449123	43	3.4	43	99	0	283	22	15	36	26	1.93
80449105--80449178	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
80449491--80449844	40	8.9	40	84	3	369	24	22	27	25	1.99
80452578--80452892	47	6.7	47	97	2	580	31	8	30	29	1.88
80452579--80452892	93	3.3	93	96	3	567	31	8	29	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80452578--80452892	140	2.2	141	97	1	587	31	8	30	29	1.88
80453010--80453088	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
80455967--80456147	91	2.0	90	90	3	283	40	22	4	31	1.75
80456085--80456401	69	4.6	69	77	7	329	38	22	5	33	1.78
80456013--80456395	206	1.9	206	94	0	676	38	22	5	32	1.78
80456009--80456401	23	17.2	23	72	9	293	39	22	5	32	1.77
80459985--80460139	40	3.9	40	83	3	168	24	21	14	39	1.91
80474037--80474254	111	2.0	110	78	2	231	30	12	20	35	1.90
80477586--80477755	41	4.2	41	88	6	233	36	25	17	20	1.94
80477586--80477755	79	2.1	80	86	5	236	36	25	17	20	1.94
80477776--80477882	54	2.0	54	83	3	135	49	31	0	18	1.48
80485047--80485178	49	2.7	49	80	6	151	21	25	23	30	1.99
80485005--80485179	49	3.6	49	73	11	146	22	26	21	28	1.99
80485237--80485362	46	2.8	45	84	8	166	23	29	19	27	1.98
80490353--80490626	48	5.8	48	76	7	206	25	24	21	28	1.99
80490485--80490626	49	2.9	49	82	2	169	23	24	23	28	1.99
80499909--80500084	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80499906--80500077	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80503553--80503750	91	2.2	92	83	0	254	45	18	19	16	1.85
80504227--80504266	10	4.0	10	81	12	55	57	2	0	40	1.12
80504232--80504272	20	2.0	20	95	0	73	56	2	0	41	1.13
80504302--80504342	11	3.9	10	84	12	55	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80511080--80511107	14	2.0	14	100	0	56	64	14	0	21	1.29
80511405--80511443	14	2.7	14	84	4	51	64	2	0	33	1.08
80517140--80517179	21	1.9	21	84	0	53	20	15	2	62	1.43
80517617--80517680	33	1.9	33	96	0	119	34	18	7	39	1.80
80528272--80528515	50	5.0	50	85	6	277	27	26	18	27	1.98
80539096--80539123	14	2.0	14	100	0	56	28	21	0	50	1.49
80548123--80548164	22	1.9	22	85	0	57	50	9	4	35	1.56
80553907--80553948	22	1.9	22	90	0	66	50	11	4	33	1.60
80555801--80556033	49	4.7	50	79	2	254	25	18	27	28	1.98
80555801--80556083	150	1.9	150	85	2	399	26	18	27	28	1.98
80559974--80560008	17	1.9	19	88	11	56	54	5	14	25	1.62
80561053--80561226	49	3.5	49	79	4	215	24	16	28	29	1.97
80561045--80561226	99	1.8	99	92	0	310	24	17	29	29	1.97
80565170--80565722	274	2.0	274	99	0	1097	42	7	20	29	1.80
80565922--80565996	22	3.4	22	84	1	87	26	21	18	33	1.96
80568247--80568574	27	12.0	27	81	9	351	29	25	12	32	1.93
80581499--80581671	46	3.7	46	74	13	174	23	20	26	29	1.99
80588307--80588497	27	7.1	27	78	8	176	40	20	8	29	1.83
80588307--80588497	54	3.5	53	81	7	215	40	20	8	29	1.83
80588316--80588497	81	2.2	81	81	5	217	41	19	8	30	1.81
80588451--80588530	26	3.0	26	88	3	106	40	13	13	32	1.84
80588902--80588953	27	1.9	27	84	7	70	21	15	19	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80592819--80592927	43	2.6	42	76	4	112	26	20	24	28	1.99
80597886--80597922	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
80598854--80598956	37	2.8	37	92	0	170	25	31	19	24	1.98
80599096--80599385	48	6.0	48	93	0	463	31	26	5	35	1.81
80609700--80609770	34	2.1	35	84	7	92	25	21	23	29	1.99
80621276--80621336	30	2.0	30	84	6	79	29	24	8	37	1.84
80623925--80623950	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
80624831--80624897	14	4.7	14	87	3	98	38	16	5	38	1.73
80629217--80629276	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
80632022--80632054	16	2.1	16	88	11	50	48	6	42	3	1.43
80650090--80650150	29	2.1	28	90	3	95	31	14	24	29	1.95
80650097--80650213	29	4.0	29	80	0	117	33	13	24	28	1.93
80656624--80656764	56	2.5	55	79	6	133	20	16	31	31	1.95
80661485--80661624	39	3.6	40	86	2	135	24	28	22	25	1.99
80661515--80661651	39	3.5	37	84	9	152	24	29	21	24	1.99
80661483--80661705	78	2.8	77	78	9	220	24	28	21	25	1.99
80661636--80661713	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
80669372--80669596	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
80669339--80669596	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
80669528--80669605	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
80673464--80673494	7	4.4	7	91	0	53	29	0	51	19	1.47
80675490--80675664	40	4.3	40	86	4	210	30	16	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80675489--80675664	80	2.2	80	85	3	237	30	16	24	28	1.96
80680018--80680070	18	3.1	17	84	10	63	77	0	5	16	0.96
80680031--80680070	6	6.8	6	82	5	55	80	0	2	17	0.83
80687509--80687591	42	2.0	43	83	7	107	34	24	16	24	1.95
80687496--80687599	43	2.4	44	78	9	117	33	22	17	26	1.96
80690132--80690166	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
80690884--80690938	27	2.1	26	82	3	65	16	18	21	43	1.88
80691219--80691306	29	3.0	29	83	3	97	28	30	14	26	1.95
80691253--80691313	29	2.1	28	91	8	97	27	27	16	27	1.97
80691524--80691567	16	2.8	16	78	0	52	4	18	25	52	1.64
80692763--80692794	16	2.0	16	93	0	55	3	0	40	56	1.15
80699031--80699059	14	2.0	15	93	6	51	3	13	0	82	0.79
80700206--80700317	27	4.2	26	79	7	89	16	25	22	35	1.95
80707286--80707397	27	4.2	26	76	12	109	17	24	20	37	1.94
80710806--80711037	49	4.7	48	77	5	221	29	25	18	26	1.98
80726999--80727128	50	2.6	49	89	3	181	30	27	16	25	1.97
80747682--80747998	48	6.6	48	83	2	325	28	15	29	27	1.96
80747684--80747998	144	2.2	144	83	3	393	28	15	28	27	1.96
80754821--80754887	34	2.0	34	96	0	125	38	7	26	26	1.83
80755345--80755659	48	6.6	47	80	7	330	25	17	30	26	1.97
80755345--80755659	144	2.2	144	85	3	420	25	17	30	26	1.97
80765894--80765932	20	2.0	20	94	0	69	38	20	12	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80771603--80771751	40	3.7	40	90	3	221	23	22	28	25	2.00
80786934--80787149	40	5.5	39	91	4	310	23	21	28	27	1.99
80786934--80787149	79	2.7	79	91	2	328	23	21	28	27	1.99
80794892--80795094	40	5.2	40	91	5	317	22	22	28	26	1.99
80803797--80803832	19	1.9	18	88	5	54	22	25	41	11	1.86
80804543--80804708	43	3.8	42	75	15	149	31	25	19	22	1.98
80813662--80813705	18	2.6	17	80	20	56	34	4	25	36	1.76
80821229--80821289	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
80822525--80822635	40	2.8	40	84	4	125	31	18	20	29	1.96
80822523--80822653	40	3.2	40	80	5	122	31	16	22	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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