genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30317159--30317404	86	2.8	85	81	6	296	34	22	21	20	1.96
30317069--30317620	43	12.8	41	67	12	216	34	22	22	20	1.96
30317066--30317620	216	2.6	216	85	3	701	34	22	21	20	1.97
30317253--30317524	129	2.1	129	90	2	420	33	22	22	21	1.97
30317202--30317659	43	10.6	44	68	16	233	34	22	23	19	1.97
30317375--30317659	87	3.3	86	92	2	428	33	23	23	20	1.97
30319492--30319552	3	20.0	3	86	9	88	29	3	0	67	1.07
30319646--30319676	16	1.9	16	93	0	53	19	3	3	74	1.10
30325078--30325114	18	2.1	19	85	10	51	10	32	43	13	1.79
30325194--30325275	31	2.6	31	94	0	137	24	30	35	9	1.88
30327598--30327631	17	1.9	18	88	5	52	35	0	0	64	0.94
30327738--30327769	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
30328368--30328427	25	2.4	25	80	0	66	45	1	3	50	1.28
30330116--30330303	91	2.1	90	85	6	254	31	15	22	29	1.95
30331916--30331962	22	2.1	22	92	0	76	27	10	17	44	1.81
30332208--30332295	46	1.9	46	83	4	115	21	20	19	38	1.93
30332255--30332341	45	1.9	45	84	9	115	26	19	18	35	1.95
30338215--30338242	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
30338271--30338480	114	1.8	113	82	5	271	32	20	23	23	1.98
30338271--30338523	114	2.2	113	79	7	269	32	20	24	23	1.98
30339190--30339264	28	2.7	29	79	12	84	17	1	36	45	1.57
30339193--30339331	7	19.6	7	72	11	70	17	1	38	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30339200--30339331	14	9.3	14	77	8	88	17	1	38	42	1.59
30339523--30339575	21	2.6	21	90	3	81	24	0	33	41	1.55
30339542--30339609	28	2.4	28	85	11	86	27	0	30	41	1.56
30341356--30341405	22	2.3	22	86	6	66	10	38	22	30	1.86
30342667--30343319	105	6.2	105	95	1	1081	34	5	4	55	1.43
30348989--30349050	21	3.0	21	85	0	79	27	16	51	4	1.64
30354547--30354771	49	4.5	49	83	3	297	29	27	17	24	1.98
30355005--30355058	27	2.0	27	88	0	81	38	12	7	40	1.72
30357229--30357273	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
30357338--30357376	20	2.0	19	85	5	51	38	15	2	43	1.60
30367331--30367375	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
30370149--30370254	6	17.3	6	75	14	101	49	15	16	18	1.80
30370163--30370251	31	2.9	31	89	0	133	48	15	17	17	1.82
30370681--30371308	27	23.3	27	84	5	652	25	18	18	37	1.93
30370656--30371308	81	8.1	81	84	4	732	25	18	18	37	1.94
30370685--30371308	54	11.6	54	87	2	765	25	18	18	37	1.93
30371330--30371389	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
30374383--30374412	15	1.9	16	93	6	53	60	0	20	20	1.37
30382309--30382344	17	2.1	18	89	5	56	47	0	2	50	1.15
30382311--30382353	17	2.5	17	84	3	50	46	0	6	46	1.30
30385224--30385257	9	3.8	9	96	0	59	55	2	0	41	1.15
30386486--30386614	52	2.5	50	84	2	168	25	15	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30386486--30386711	51	4.4	51	79	3	172	26	16	26	30	1.97
30386587--30386765	51	3.5	51	83	4	166	26	17	27	27	1.98
30389889--30390001	33	3.5	33	90	4	167	36	12	24	26	1.91
30389994--30390141	31	4.8	31	90	0	197	27	18	26	27	1.98
30390231--30390295	27	2.4	27	92	0	103	36	15	27	20	1.92
30390284--30390408	56	2.2	56	94	2	216	31	13	28	26	1.94
30394194--30394309	53	2.2	53	89	4	173	28	17	26	27	1.97
30401105--30401205	53	1.9	53	93	0	175	26	17	27	27	1.98
30406034--30406134	53	1.9	53	91	0	166	27	17	26	27	1.98
30409365--30409424	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
30411297--30411434	60	2.3	61	81	2	145	33	13	19	33	1.91
30424147--30424211	31	2.1	31	100	0	130	12	16	15	55	1.69
30427976--30428124	47	3.2	46	75	20	141	18	26	19	35	1.95
30427977--30428069	25	3.8	24	84	11	127	20	24	19	35	1.96
30428051--30428089	19	2.1	19	85	9	53	23	30	17	28	1.97
30429009--30429036	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
30429316--30429370	24	2.2	26	93	6	96	14	12	20	52	1.73
30430959--30431038	2	44.0	2	70	26	54	43	0	3	52	1.19
30431047--30431141	40	2.3	40	89	1	145	63	8	28	0	1.24
30432284--30432392	38	2.8	39	72	10	89	22	20	28	29	1.98
30451709--30451760	27	1.9	27	88	7	79	32	1	1	63	1.16
30451693--30451767	36	2.1	36	82	9	91	33	2	2	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30457910--30458004	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
30459694--30459733	12	3.3	12	78	0	53	60	17	12	10	1.59
30459685--30459733	24	2.0	24	100	0	98	55	20	12	12	1.68
30460026--30460053	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
30461007--30461099	25	3.8	24	83	11	118	35	19	24	20	1.96
30464384--30464478	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
30464488--30464523	2	19.5	2	83	16	51	55	0	0	44	0.99
30471280--30471406	45	2.8	45	83	3	159	27	14	26	30	1.95
30471368--30471967	143	4.2	143	82	3	687	31	19	21	28	1.97
30471369--30471967	286	2.1	286	84	4	764	31	19	21	28	1.97
30471794--30471924	44	2.9	45	69	6	122	27	17	25	29	1.97
30471854--30472104	95	2.6	95	71	5	220	32	16	22	28	1.96
30472300--30472333	14	2.4	14	90	5	50	52	41	2	2	1.31
30472651--30472743	45	2.1	45	97	0	177	24	11	7	55	1.61
30473436--30473511	3	25.7	3	82	2	91	34	3	0	61	1.14
30475147--30475171	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
30478109--30478162	27	2.0	27	85	0	72	33	20	31	14	1.93
30478228--30478278	18	2.8	18	67	8	50	43	17	25	13	1.86
30487402--30487436	12	2.9	12	95	0	61	37	25	28	8	1.85
30488759--30488812	20	2.8	20	81	13	67	55	11	1	31	1.45
30488828--30488867	20	2.0	20	90	0	62	45	0	0	55	0.99
30490880--30490975	40	2.4	40	85	0	129	23	37	20	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30493566--30493614	24	2.0	25	88	4	73	63	2	4	30	1.24
30493721--30493788	34	2.0	34	97	2	129	42	14	5	36	1.70
30504431--30504466	17	2.1	18	89	5	56	19	0	5	75	1.00
30506453--30506491	21	1.9	21	84	5	53	35	23	10	30	1.88
30511697--30511754	25	2.3	25	82	5	64	37	22	15	24	1.93
30511737--30511873	25	5.5	25	72	11	102	39	21	14	24	1.91
30511722--30511873	50	3.0	49	81	7	173	38	21	15	25	1.92
30514427--30514462	16	2.2	16	95	0	63	58	0	0	41	0.98
30514485--30514527	23	2.0	21	82	17	52	39	11	6	41	1.68
30517029--30517069	16	2.4	17	77	22	50	48	0	7	43	1.30
30517953--30517995	2	22.0	2	95	4	79	51	0	48	0	1.00
30520305--30520337	17	2.0	17	88	5	50	48	3	6	42	1.43
30527589--30527645	22	2.8	19	80	14	69	66	3	0	29	1.08
30527765--30527811	15	3.1	15	77	19	53	61	0	8	29	1.25
30528260--30528298	21	1.9	20	89	5	60	33	0	0	66	0.92
30528390--30528426	10	3.8	10	83	16	51	29	0	0	70	0.88
30528390--30528426	19	1.9	19	89	10	58	29	0	0	70	0.88
30530459--30530558	21	4.8	21	87	0	119	45	18	21	16	1.86
30530527--30530575	21	2.3	21	85	0	62	51	18	20	10	1.75
30534654--30534876	3	72.3	3	65	21	63	30	5	3	60	1.38
30535359--30535392	18	1.9	18	88	5	52	23	11	11	52	1.70
30535407--30535461	17	3.2	18	84	7	78	30	12	9	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30547172--30547518	77	4.7	73	86	7	477	29	16	22	31	1.96
30547537--30547572	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
30547476--30547709	88	2.7	88	79	4	213	28	17	20	34	1.95
30549576--30549798	3	72.3	3	64	21	54	29	5	4	60	1.40
30550273--30550306	18	1.9	18	88	5	52	23	11	11	52	1.70
30550322--30550376	17	3.2	18	84	7	78	30	12	9	47	1.73
30552211--30552240	15	2.0	15	93	0	51	16	6	30	46	1.73
30566940--30567299	125	2.8	125	84	5	447	35	17	19	27	1.94
30568468--30568553	42	2.0	42	100	0	172	52	6	4	36	1.49
30568985--30569020	18	2.0	18	94	0	63	38	2	27	30	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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