genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89140425--89140492	16	4.2	16	80	0	82	41	5	22	30	1.77
89146129--89146154	10	2.6	10	100	0	52	0	0	7	92	0.39
89151946--89152033	35	2.6	34	75	10	88	23	27	25	23	2.00
89155182--89155242	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
89155182--89155258	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
89163243--89163291	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
89163328--89163388	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
89163328--89163404	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
89165677--89165751	31	2.4	30	80	12	73	50	1	4	44	1.29
89165896--89165954	19	2.9	22	76	16	56	77	8	10	3	1.08
89167263--89167311	24	2.0	24	100	0	98	36	4	8	51	1.51
89169023--89169192	43	4.0	43	76	8	150	34	23	14	27	1.94
89171321--89172209	446	2.0	446	92	1	1467	32	21	14	31	1.93
89181358--89181626	148	1.8	149	84	5	377	37	2	9	49	1.51
89181547--89181605	31	1.9	30	82	3	73	32	5	6	55	1.48
89181749--89181773	12	2.1	12	100	0	50	60	0	40	0	0.97
89182224--89182258	16	2.2	16	90	10	54	20	2	5	71	1.19
89191658--89191707	15	3.4	15	86	2	66	62	12	16	10	1.55
89191658--89191716	15	4.0	15	76	10	59	59	15	15	10	1.61
89195070--89195160	45	2.0	45	95	4	166	41	10	21	25	1.86
89205386--89205423	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
89205892--89205960	29	2.3	31	75	12	81	36	1	4	57	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89210916--89210962	19	2.5	20	79	10	62	74	2	2	21	1.03
89214937--89214982	17	2.7	17	100	0	92	39	0	26	34	1.57
89214938--89214982	9	5.2	9	78	10	58	40	0	24	35	1.56
89214937--89214979	8	5.0	9	77	11	54	39	0	25	34	1.56
89245004--89245034	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
89248715--89248749	18	2.0	18	88	5	54	51	8	8	31	1.63
89249270--89249339	31	2.3	30	85	4	88	38	10	12	38	1.77
89250438--89250463	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89259041--89259093	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
89269562--89269591	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
89272363--89272410	22	2.2	22	88	7	71	35	0	2	62	1.07
89273524--89273561	20	1.9	20	100	0	76	39	13	5	42	1.66
89273600--89273680	23	3.5	23	89	3	119	37	18	13	30	1.90
89276451--89276498	21	2.3	21	96	0	87	25	18	56	0	1.42
89276800--89277126	43	7.5	43	85	5	383	28	19	22	29	1.98
89276800--89277118	132	2.5	130	84	4	396	28	18	22	30	1.97
89280070--89280282	108	2.0	108	97	0	399	30	10	15	43	1.80
89282733--89282773	20	2.0	20	95	0	73	41	14	2	41	1.59
89282815--89282905	23	4.0	23	68	13	64	34	18	12	35	1.88
89283694--89283742	21	2.3	21	85	3	62	79	0	18	2	0.83
89285733--89285763	14	2.3	13	94	5	53	41	29	6	22	1.78
89287644--89287722	14	5.6	13	74	22	63	25	6	1	67	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89289094--89289201	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
89293799--89293848	21	2.5	21	81	15	61	44	0	2	54	1.11
89295623--89295656	12	2.8	12	100	0	68	5	23	8	61	1.47
89296181--89296221	10	4.1	10	77	22	50	48	2	9	39	1.49
89296181--89296221	20	2.0	20	86	9	57	48	2	9	39	1.49
89296437--89296475	20	2.0	20	89	0	60	35	2	25	35	1.70
89296878--89296906	10	2.7	11	89	10	51	51	0	0	48	1.00
89296893--89296938	20	2.3	21	92	7	78	34	0	4	60	1.16
89296893--89296954	20	3.0	20	86	11	63	35	3	3	58	1.31
89297736--89297807	35	2.1	35	89	0	108	31	6	18	43	1.76
89301628--89301792	86	1.9	87	82	1	206	31	28	12	27	1.93
89302410--89302456	24	2.0	24	95	0	85	8	31	8	51	1.63
89305533--89305566	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
89305771--89305821	20	2.5	20	74	0	57	47	29	0	23	1.52
89305987--89306025	14	2.8	14	92	0	60	56	30	0	12	1.37
89306725--89306832	41	2.6	41	94	2	182	25	30	20	23	1.98
89306805--89306886	41	2.0	40	83	6	103	20	23	20	35	1.96
89311171--89311355	79	2.3	81	81	8	218	25	27	23	23	2.00
89311152--89311355	40	5.1	40	80	8	220	25	27	23	24	2.00
89319258--89319440	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
89319237--89319440	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
89322780--89323045	46	5.7	46	70	16	199	28	27	19	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89322787--89323095	93	3.3	93	93	0	528	28	27	20	23	1.99
89322834--89323099	47	5.7	46	76	8	288	28	27	19	24	1.99
89324079--89324664	294	2.0	294	95	0	1048	36	19	9	34	1.85
89324891--89325043	51	3.0	51	92	0	252	33	26	10	29	1.90
89325152--89325264	33	3.4	32	75	4	100	21	44	4	30	1.72
89326258--89326293	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
89327798--89327856	30	1.9	31	86	3	84	27	22	5	45	1.73
89327797--89327866	30	2.3	31	80	7	81	30	20	5	44	1.74
89328284--89328341	30	1.9	30	86	6	82	18	41	0	39	1.51
89329981--89330031	15	3.5	15	68	10	52	45	1	19	33	1.62
89329978--89330036	28	2.1	28	96	0	109	50	1	16	30	1.55
89330051--89330087	18	2.1	18	89	0	56	32	10	5	51	1.60
89334730--89334778	22	2.2	22	79	13	57	61	10	8	20	1.53
89338038--89338084	15	3.4	14	86	13	71	68	0	2	29	1.02
89338035--89338107	27	2.7	27	78	8	76	61	4	2	31	1.29
89338265--89338316	16	3.2	16	75	17	54	61	7	0	30	1.24
89338286--89338337	21	2.5	20	81	12	59	63	5	0	30	1.18
89346599--89346636	20	1.9	20	88	0	58	44	39	5	10	1.61
89353076--89353118	22	2.0	22	100	0	86	41	9	11	37	1.74
89355684--89355858	33	5.2	33	70	11	106	28	24	16	30	1.96
89355617--89355762	33	4.3	35	68	13	97	26	24	17	32	1.97
89355507--89355825	101	3.2	101	85	2	412	25	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89355573--89355869	101	3.0	100	84	4	289	28	24	15	31	1.96
89356165--89356192	6	4.7	6	100	0	56	17	14	0	67	1.22
89360631--89360688	27	2.1	27	100	0	116	37	15	6	39	1.74
89361679--89361740	27	2.3	27	88	0	88	14	22	25	37	1.92
89361870--89362006	45	3.1	45	82	7	163	25	17	10	46	1.79
89376246--89376293	22	2.2	22	100	0	96	56	0	0	43	0.99
89376452--89376476	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
89377489--89377572	34	2.4	35	82	13	93	36	1	14	47	1.52
89377600--89377754	85	1.8	83	86	5	222	40	1	18	40	1.61
89377683--89377794	35	3.4	31	73	21	88	34	1	19	43	1.62
89377844--89378348	126	4.0	126	85	2	615	39	16	16	27	1.90
89379583--89379628	23	2.0	23	100	0	92	52	17	13	17	1.75
89382092--89382238	42	3.3	42	86	8	188	28	26	14	30	1.95
89382158--89382327	47	3.6	48	84	6	195	29	27	15	28	1.96
89382350--89382467	31	3.8	31	88	4	175	25	28	18	27	1.98
89382443--89382571	50	2.5	51	88	5	190	27	23	14	34	1.94
89385181--89385223	18	2.4	18	84	0	59	41	9	25	23	1.84
89386720--89386829	54	2.1	53	94	3	195	59	4	0	35	1.24
89389838--89389882	19	2.5	19	82	13	51	28	0	4	66	1.11
89392335--89392366	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
89392336--89392366	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
89398782--89398838	24	2.4	24	79	2	71	52	3	7	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89400606--89400640	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
89401745--89401831	27	3.2	27	66	23	74	43	18	2	35	1.63
89401734--89401840	54	2.0	54	96	0	196	43	17	1	36	1.60
89402528--89402570	10	4.3	10	90	0	59	41	46	11	0	1.40
89406630--89406661	14	2.2	15	94	5	57	43	0	0	56	0.99
89415227--89415267	21	2.0	21	90	0	64	26	41	7	24	1.81
89430290--89430326	18	2.1	18	100	0	74	37	27	10	24	1.88
89433761--89433802	21	2.0	21	100	0	84	33	14	33	19	1.91
89442961--89443153	91	2.1	91	78	3	210	33	8	13	43	1.76
89443106--89443235	62	2.1	62	81	5	145	33	13	13	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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