genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12032456--12032502	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
12032763--12033028	46	6.0	46	86	7	352	21	24	15	38	1.92
12032942--12033017	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
12036412--12036463	16	3.3	15	76	23	54	42	1	0	55	1.10
12042322--12042437	60	1.9	60	84	6	155	44	4	4	46	1.42
12049047--12049120	31	2.6	27	76	19	71	48	1	2	47	1.24
12051083--12051118	17	2.1	17	100	0	72	16	5	27	50	1.68
12053920--12053960	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
12059395--12060034	319	2.0	319	99	0	1255	32	24	14	29	1.94
12060293--12060317	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12061338--12061362	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12062015--12062039	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12061198--12062545	675	2.0	673	93	4	2023	34	22	15	27	1.95
12063045--12063069	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12066189--12066213	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12067242--12067266	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12068295--12068319	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12069344--12069368	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12070397--12070421	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12071449--12071473	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12072501--12072525	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12073554--12073578	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12074607--12074631	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12075661--12075685	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
12077806--12077862	30	1.9	30	96	0	105	38	0	5	56	1.22
12077800--12077875	36	2.1	35	83	11	93	40	0	5	53	1.23
12082331--12082366	16	2.2	17	95	5	65	30	5	0	63	1.17
12084986--12085021	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
12085002--12085092	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
12085256--12085290	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
12085234--12085500	120	2.2	120	93	0	453	49	4	1	43	1.34
12085374--12085410	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
12085265--12085461	61	3.3	61	71	11	188	48	5	2	43	1.37
12087940--12087974	18	1.9	18	100	0	70	60	0	28	11	1.32
12088794--12088824	15	2.1	15	100	0	62	45	6	0	48	1.28
12089040--12089093	19	2.8	18	75	10	54	35	5	0	59	1.21
12094460--12094581	50	2.5	49	81	5	142	27	22	14	35	1.94
12102145--12102178	12	2.7	13	86	4	52	41	0	0	58	0.98
12111337--12111389	27	2.0	27	82	14	65	26	3	9	60	1.45
12112873--12112897	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
12118495--12118524	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
12130144--12130208	25	2.7	23	79	9	67	67	1	0	30	1.00
12132658--12132744	40	2.2	40	87	0	120	42	20	5	31	1.76
12133364--12133447	24	3.7	23	72	19	68	50	3	0	46	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12133372--12133451	35	2.3	35	83	8	94	51	3	0	45	1.19
12133407--12133451	22	2.0	22	83	8	56	55	0	0	44	0.99
12145780--12145829	21	2.3	21	82	3	55	54	8	2	36	1.42
12145979--12146018	16	2.6	15	88	11	55	40	2	0	57	1.12
12160222--12160270	6	8.7	6	78	13	50	20	36	12	30	1.89
12160236--12160276	18	2.3	18	86	0	55	24	36	9	29	1.87
12160601--12160692	43	2.1	43	95	0	166	34	21	23	19	1.96
12167628--12167675	19	2.5	19	77	16	55	31	4	2	62	1.26
12168555--12168616	13	4.7	13	77	2	52	41	12	1	43	1.53
12171698--12172086	210	1.9	210	92	1	654	33	14	12	39	1.84
12171283--12172497	619	2.0	619	100	0	2430	34	14	13	37	1.85
12173544--12173585	22	2.0	22	85	4	59	11	9	16	61	1.55
12183793--12183821	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
12185762--12185821	13	4.5	13	74	12	59	78	0	20	1	0.84
12190374--12190402	4	7.2	4	100	0	58	24	51	0	24	1.48
12195511--12195580	23	3.0	24	83	6	90	57	5	2	34	1.37
12199489--12199522	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
12206258--12206299	16	2.6	17	85	11	61	16	0	26	57	1.40
12208645--12209328	340	2.0	340	100	0	1368	30	21	16	32	1.95
12211550--12211610	25	2.4	25	76	13	61	65	3	0	31	1.09
12220682--12220722	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
12232481--12232519	18	2.2	18	86	9	53	35	0	2	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12232479--12232523	18	2.3	20	75	21	51	35	0	2	62	1.08
12233346--12233396	11	4.6	11	77	0	57	23	11	3	60	1.47
12233533--12233572	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
12237559--12237602	19	2.3	19	88	0	61	2	31	2	63	1.19
12255371--12255395	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12264550--12264619	29	2.3	29	83	9	79	54	7	4	34	1.47
12272997--12273057	31	2.0	31	83	6	79	42	0	1	55	1.09
12275578--12275608	6	5.2	6	100	0	62	35	32	16	16	1.91
12281849--12282113	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
12282441--12282505	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
12282448--12282505	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
12289355--12289407	27	2.0	27	96	0	97	28	30	24	16	1.97
12289322--12289585	102	2.6	104	90	3	408	29	29	20	19	1.97
12289919--12289975	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12322391--12322448	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
12322660--12322691	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
12322786--12323027	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
12322786--12323035	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
12328435--12328469	18	1.9	18	88	0	52	31	14	25	28	1.95
12330201--12330226	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
12331112--12331156	23	2.0	23	82	8	56	35	0	8	55	1.31
12333028--12333060	16	2.1	16	94	0	57	21	12	9	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12337745--12337771	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
12338464--12338532	32	2.2	31	79	7	75	34	10	4	50	1.56
12338478--12338538	32	1.9	32	96	0	113	36	4	6	52	1.49
12344586--12344614	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
12344765--12344806	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
12345301--12345340	6	6.7	6	97	0	71	55	32	12	0	1.38
12346057--12346191	65	2.1	65	97	0	252	34	26	8	31	1.86
12346333--12346357	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
12352473--12352511	18	2.2	18	85	0	51	46	0	2	51	1.14
12362484--12362534	26	2.0	26	92	0	84	33	11	11	43	1.78
12376616--12376640	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12377387--12377426	21	1.9	21	94	0	71	55	10	12	22	1.67
12387248--12387289	21	1.9	22	90	9	68	30	2	7	59	1.37
12397418--12397480	17	3.6	17	73	16	58	34	1	0	63	1.04
12399077--12399126	25	2.0	25	96	0	91	44	6	20	30	1.75
12406979--12407080	50	2.0	50	94	0	177	46	25	5	22	1.74
12411374--12411648	137	2.0	138	92	2	455	48	13	13	24	1.79
12414190--12414218	8	3.6	8	100	0	58	51	0	0	48	1.00
12416080--12416140	15	4.0	15	79	10	61	65	3	0	31	1.09
12416080--12416132	23	2.3	23	80	6	63	66	1	0	32	1.03
12428767--12428796	16	1.9	15	93	6	51	86	10	3	0	0.67
12435087--12435117	16	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12436933--12437229	41	7.3	41	85	2	314	33	24	17	24	1.96
12436945--12437241	122	2.4	123	79	7	352	34	25	16	23	1.95
12437579--12437656	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
12437590--12437657	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
12438532--12438580	18	2.7	18	93	0	80	36	0	8	55	1.30
12438534--12438581	3	16.0	3	82	0	60	35	0	6	58	1.23
12438534--12438581	12	4.0	12	91	0	69	35	0	6	58	1.23
12438723--12438793	23	2.8	25	83	8	74	46	0	21	32	1.51
12438937--12439032	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
12440183--12440245	21	3.0	21	76	2	63	53	20	0	25	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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