genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71901995--71902166	94	1.8	95	89	3	276	31	19	27	20	1.97
71909843--71909889	13	3.7	13	78	16	62	53	14	2	29	1.53
71909893--71909949	29	1.9	30	85	3	80	56	14	7	22	1.62
71909915--71909976	26	2.3	26	81	8	72	56	14	4	24	1.58
71909968--71910146	4	45.2	4	74	17	110	54	17	1	26	1.53
71909992--71910103	29	3.6	32	77	12	117	55	15	1	27	1.50
71909972--71910146	53	3.4	53	76	15	131	54	17	1	26	1.53
71909992--71910159	35	5.0	34	72	22	124	55	16	1	26	1.51
71915873--71915945	32	2.3	32	90	0	110	42	24	4	28	1.73
71917595--71917898	68	4.5	68	74	8	226	31	26	17	24	1.97
71917744--71917898	67	2.3	67	86	3	177	30	29	18	21	1.96
71917598--71917998	204	2.0	205	85	3	540	31	25	18	23	1.97
71921374--71921431	29	2.0	28	83	3	71	46	0	1	51	1.11
71921388--71921443	29	1.9	29	85	7	78	44	0	0	55	0.99
71925837--71925863	13	2.1	13	100	0	54	51	22	0	25	1.48
71926175--71926216	17	2.4	18	84	4	50	19	2	4	73	1.12
71929717--71929766	5	10.0	5	77	16	50	22	0	2	76	0.89
71933921--71933970	25	2.0	24	81	11	57	48	16	12	24	1.79
71941527--71941629	45	2.5	40	75	15	109	32	29	4	33	1.79
71941615--71941650	16	2.2	16	95	0	63	36	36	0	27	1.57
71942338--71942388	22	2.3	23	80	13	61	33	0	3	62	1.13
71942324--71942484	84	1.9	83	88	1	241	32	1	4	61	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71942595--71942712	9	12.5	10	68	22	60	61	0	1	35	1.12
71942557--71942710	35	4.4	36	75	13	117	61	1	2	35	1.18
71942666--71942712	10	4.5	10	78	19	51	61	0	0	38	0.96
71942578--71942688	35	3.1	35	76	12	127	60	1	3	34	1.25
71942614--71942715	26	4.0	27	73	18	85	62	0	1	35	1.06
71943409--71943464	18	3.1	18	80	14	62	57	7	1	33	1.37
71943385--71943464	18	4.7	18	70	21	57	61	7	1	30	1.31
71943454--71943497	19	2.3	20	81	14	58	59	0	0	40	0.98
71943467--71943521	21	2.8	20	83	10	60	65	0	3	30	1.10
71943694--71943720	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
71952462--71952516	27	2.0	27	100	0	110	52	7	18	21	1.69
71953939--71954004	29	2.2	29	83	5	78	50	13	12	24	1.76
71955332--71955364	16	2.0	17	94	5	59	42	0	3	54	1.15
71962276--71962595	46	7.0	46	85	2	401	41	15	23	19	1.89
71962287--71962580	138	2.1	138	89	0	444	42	14	23	19	1.88
71963934--71964015	30	2.7	29	78	10	76	37	8	12	41	1.73
71964251--71964277	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
71969472--71969523	20	2.6	20	84	6	61	28	32	0	38	1.57
71971731--71971811	37	2.2	38	93	2	137	39	1	7	51	1.38
71975885--71975916	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
71984044--71984325	141	2.0	141	100	0	564	39	9	28	23	1.85
71993174--71993211	5	7.6	5	93	0	67	81	2	0	15	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71994074--71994120	23	2.0	23	84	8	60	68	0	4	27	1.08
71995235--71995267	9	3.7	9	100	0	66	54	9	0	36	1.32
72004170--72004281	43	2.6	42	77	12	120	23	19	25	31	1.98
72004195--72004277	43	2.0	42	88	7	123	26	20	21	31	1.98
72005068--72005112	24	1.9	23	82	13	56	31	4	24	40	1.75
72010365--72010464	23	4.3	23	81	0	92	41	16	14	29	1.87
72010884--72010908	12	2.1	12	100	0	50	52	32	0	16	1.44
72012753--72012808	17	3.2	17	73	9	51	48	7	0	44	1.30
72014795--72015777	164	6.0	164	99	0	1948	32	10	12	44	1.76
72024017--72024440	48	8.8	47	77	10	331	29	16	27	27	1.97
72024017--72024445	96	4.4	95	79	7	377	28	16	27	26	1.97
72024690--72024732	19	2.3	19	96	4	79	30	9	23	37	1.86
72026636--72026721	43	2.0	43	97	0	163	22	34	12	30	1.91
72029811--72029896	44	2.0	44	97	0	163	25	13	17	43	1.86
72035070--72035344	46	5.8	47	74	11	158	25	28	17	28	1.98
72072267--72072339	36	2.0	36	91	0	119	24	8	27	39	1.84
72078507--72078568	29	2.1	29	100	0	124	37	8	24	30	1.84
72080663--72080714	21	2.5	21	100	0	104	21	42	21	15	1.89
72084417--72084454	17	2.2	17	86	9	51	26	0	10	63	1.27
72088385--72088427	21	2.0	21	100	0	86	41	9	4	44	1.57
72099534--72099568	14	2.5	14	90	0	52	54	0	0	45	0.99
72107012--72107101	43	2.1	43	83	4	110	34	23	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72107030--72107146	43	2.7	44	78	2	112	36	23	11	27	1.90
72112805--72112940	66	2.1	66	92	0	227	17	24	33	25	1.97
72113768--72113802	17	2.1	17	100	0	70	71	11	5	11	1.30
72114449--72114593	43	3.4	43	77	2	157	34	22	14	28	1.93
72116770--72116808	17	2.2	18	90	4	62	38	7	7	46	1.61
72126673--72126716	23	1.9	23	81	9	54	31	11	4	52	1.57
72136813--72136879	3	22.3	3	96	0	125	68	0	31	0	0.90
72143683--72143780	6	16.3	6	80	0	106	74	6	4	15	1.17
72143683--72143780	18	5.4	18	85	2	126	74	6	4	15	1.17
72145350--72145385	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
72153988--72154019	13	2.5	13	94	0	55	18	25	34	21	1.96
72156065--72156120	27	2.1	27	93	0	94	57	8	1	32	1.40
72162979--72163011	16	2.1	16	94	0	57	0	51	3	45	1.16
72163412--72163552	70	2.0	70	98	0	273	38	24	12	24	1.90
72166244--72166352	24	4.6	23	85	6	137	19	13	29	37	1.90
72167715--72167826	27	4.2	26	81	12	118	38	23	23	15	1.92
72167715--72167826	54	2.1	54	86	3	154	38	23	23	15	1.92
72175527--72175638	27	4.1	28	78	10	108	39	23	22	15	1.91
72177643--72177705	27	2.3	27	91	2	99	34	30	9	25	1.88
72177643--72177740	28	3.5	28	88	2	126	32	28	12	26	1.92
72185655--72185777	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
72189945--72190022	37	2.1	37	97	0	147	46	8	7	37	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72192147--72192474	46	7.0	46	88	7	462	38	14	23	22	1.92
72192147--72192474	91	3.5	92	89	5	462	38	14	23	22	1.92
72192289--72192474	101	1.8	101	88	2	284	40	15	23	20	1.91
72195904--72196029	44	2.9	43	82	6	173	23	16	28	30	1.96
72195904--72196029	43	2.9	44	83	6	177	23	16	28	30	1.96
72199773--72199864	46	2.0	46	95	0	166	30	17	23	28	1.97
72202420--72202476	28	2.0	28	100	0	114	40	14	24	21	1.90
72203778--72203904	43	2.9	43	78	6	148	23	15	27	33	1.95
72214759--72214811	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
72216293--72216357	32	2.0	32	96	0	121	36	24	6	32	1.80
72219015--72219162	39	3.8	39	82	0	161	43	21	5	29	1.75
72220750--72220779	6	5.0	6	100	0	60	33	16	16	33	1.92
72221075--72221151	27	2.9	27	86	0	100	29	16	18	35	1.93
72222504--72222585	41	2.0	41	100	0	164	34	34	14	17	1.90
72227800--72227855	27	2.0	27	82	6	67	30	10	10	48	1.72
72229275--72229356	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
72234801--72234853	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
72234859--72234914	27	2.0	27	82	6	67	30	10	10	48	1.72
72236338--72236419	26	3.2	26	92	0	146	36	26	4	31	1.78
72237035--72237104	26	2.7	26	86	2	88	31	18	10	40	1.84
72242370--72242490	46	2.6	45	85	7	147	30	17	28	23	1.97
72246945--72247096	40	3.8	40	85	5	200	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72246941--72247096	80	2.0	80	88	2	233	26	21	27	24	1.99
72254968--72255163	40	4.9	40	86	2	250	27	20	27	24	1.99
72259370--72259519	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
72259394--72259577	67	2.8	64	76	8	185	29	17	30	22	1.97
72265069--72265379	48	6.6	47	76	5	265	31	20	25	22	1.98
72265067--72265519	94	4.8	94	81	7	424	30	20	25	22	1.98
72265208--72265479	49	5.6	48	79	9	188	30	21	26	21	1.98
72270474--72270512	20	2.0	20	89	0	60	51	15	25	7	1.70
72288574--72288681	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
72290173--72290222	26	1.9	26	84	8	66	38	22	12	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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