genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63349618--63349785	54	3.1	54	82	4	196	27	19	17	36	1.94
63349616--63349777	81	2.0	81	86	2	227	26	19	17	36	1.94
63349790--63350498	27	26.3	27	84	2	834	41	9	21	27	1.83
63351680--63351743	28	2.3	28	91	0	101	31	28	9	31	1.88
63351850--63351940	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
63352404--63352442	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
63353026--63353059	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
63354816--63354859	18	2.9	14	76	23	52	22	0	47	29	1.51
63354857--63355096	41	5.9	41	93	0	365	20	22	22	33	1.97
63355090--63355221	41	3.2	42	81	5	153	25	16	18	38	1.92
63354865--63355149	123	2.3	123	83	2	331	21	21	22	34	1.97
63358641--63358884	48	5.0	48	82	3	229	25	17	28	28	1.97
63358664--63358884	96	2.3	96	83	3	257	25	16	28	28	1.97
63368575--63368674	43	2.3	43	81	3	130	27	21	25	27	1.99
63369156--63369405	41	6.1	40	80	5	232	35	21	22	21	1.96
63369773--63369828	17	3.5	15	75	13	58	48	32	0	19	1.49
63369778--63369829	16	3.1	18	83	10	65	48	30	0	21	1.51
63370448--63370491	19	2.2	20	92	4	72	70	2	4	22	1.17
63370478--63370511	6	5.3	6	89	10	50	76	0	0	23	0.79
63370485--63370509	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
63370744--63370774	6	5.2	6	92	0	53	0	51	0	48	1.00
63372948--63373000	22	2.4	23	84	12	76	28	5	22	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63374753--63374899	43	3.4	41	80	9	161	24	14	30	29	1.95
63374753--63374936	43	4.3	43	79	2	147	26	17	26	29	1.98
63374753--63374936	86	2.1	86	79	5	185	26	17	26	29	1.98
63380011--63380098	45	2.0	44	88	6	133	23	21	26	28	1.99
63383209--63383392	67	2.8	64	76	8	185	28	16	31	23	1.96
63391129--63391302	45	3.9	45	83	3	203	23	21	27	27	1.99
63393138--63393261	47	2.6	47	97	0	230	28	29	20	22	1.98
63404812--63404852	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
63404872--63404939	9	7.6	9	88	0	91	26	8	20	44	1.81
63413759--63413838	40	2.0	39	87	2	115	18	16	32	32	1.93
63416262--63416375	47	2.4	48	85	5	160	31	28	14	26	1.94
63417913--63417955	16	2.8	16	85	3	61	62	2	11	23	1.40
63426803--63427021	48	4.6	48	79	2	217	24	18	28	27	1.98
63437046--63437079	17	1.9	18	94	5	61	17	29	38	14	1.90
63439994--63440179	41	4.5	41	83	0	237	21	29	14	34	1.93
63439994--63440179	82	2.3	82	87	1	266	21	29	14	34	1.93
63440645--63440685	13	3.4	13	80	19	61	34	0	14	51	1.43
63441915--63442059	41	3.5	41	84	0	182	17	21	24	36	1.95
63441998--63442126	67	1.9	67	83	0	168	19	17	24	39	1.92
63441958--63442161	108	1.9	108	80	2	239	20	18	23	38	1.93
63442070--63442150	41	2.0	41	85	0	108	16	18	25	39	1.91
63443701--63443958	68	3.9	64	75	10	195	29	16	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63453767--63453822	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
63453756--63453822	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
63453871--63454016	25	6.0	24	92	5	215	28	20	22	28	1.99
63454210--63454273	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
63457109--63457243	70	1.9	70	90	3	218	32	12	18	36	1.88
63458015--63458186	43	4.0	43	84	6	215	28	19	29	23	1.98
63459860--63459970	51	2.2	51	83	4	143	27	23	5	43	1.75
63463387--63463601	46	4.6	44	72	13	132	25	29	19	26	1.98
63472888--63473062	46	3.8	46	76	15	207	30	29	18	21	1.97
63472897--63473066	93	1.8	93	94	0	304	30	29	18	21	1.97
63473620--63473656	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
63473624--63473667	20	2.3	19	84	11	54	36	25	2	36	1.69
63476095--63476279	40	4.7	40	83	6	216	25	27	22	24	2.00
63476095--63476279	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
63484259--63484443	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
63484240--63484443	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
63488920--63489001	43	1.9	43	94	0	146	31	20	17	30	1.95
63488924--63489026	43	2.5	41	85	4	136	33	22	15	28	1.94
63495435--63495584	43	3.5	43	86	3	212	34	18	14	32	1.91
63496812--63496899	6	14.3	6	71	17	65	48	14	17	19	1.81
63496821--63496899	31	2.5	31	89	0	113	49	13	17	18	1.80
63497017--63497102	27	3.2	26	83	4	91	37	20	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63497041--63497124	27	3.1	27	80	13	75	36	25	19	19	1.94
63497688--63497964	27	10.3	27	84	2	324	24	19	20	35	1.96
63497984--63498179	79	2.4	81	82	5	220	29	8	21	40	1.82
63498053--63498179	27	4.7	27	88	0	175	29	7	22	41	1.80
63500126--63500190	6	10.7	6	78	15	71	47	15	18	18	1.82
63500140--63500219	31	2.6	31	92	4	126	48	13	17	20	1.80
63500339--63500444	27	4.0	26	81	6	104	36	18	22	21	1.95
63501026--63501257	27	8.6	27	84	0	275	23	18	21	37	1.94
63501297--63501448	27	5.7	26	83	4	126	27	9	21	42	1.83
63501296--63501473	54	3.3	54	82	3	191	28	8	20	42	1.82
63501334--63501473	27	5.2	27	86	0	192	30	7	19	42	1.79
63510395--63510427	14	2.4	14	94	0	57	36	9	12	42	1.74
63510644--63510702	6	10.2	6	80	10	61	67	3	1	27	1.16
63510666--63510704	19	2.1	19	95	0	69	66	0	5	28	1.12
63510653--63510733	24	3.3	24	77	13	76	70	2	4	22	1.19
63532816--63532856	21	2.0	21	90	0	64	31	4	4	58	1.40
63533558--63533779	123	1.8	123	83	2	293	30	17	15	36	1.91
63541599--63541661	28	2.2	28	86	8	83	79	4	7	7	1.05
63542187--63542227	16	2.4	16	88	8	55	85	2	4	7	0.81
63543587--63543686	44	2.2	45	81	10	116	28	15	26	31	1.95
63543621--63544202	44	13.2	44	66	10	112	29	17	25	27	1.97
63543943--63544220	44	6.2	44	73	12	156	30	20	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63544298--63544737	44	9.9	43	69	10	208	30	16	25	27	1.97
63544366--63544457	45	2.0	44	82	12	107	31	14	26	28	1.94
63543497--63544844	178	7.6	177	85	2	1632	29	17	25	27	1.98
63548906--63549023	43	2.8	41	72	16	105	24	17	25	32	1.97
63562304--63562420	40	3.0	40	94	1	200	22	20	29	27	1.98
63570177--63570293	40	3.0	40	94	1	200	22	20	29	27	1.98
63575513--63575596	31	2.7	31	92	1	143	28	27	16	27	1.97
63575620--63575711	42	2.2	42	92	3	150	33	19	14	32	1.92
63575859--63575932	25	3.0	25	86	5	89	28	25	24	21	1.99
63576737--63576801	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
63576832--63577101	27	9.9	27	77	4	184	31	10	18	39	1.85
63576831--63577101	108	2.5	107	78	5	276	31	10	18	39	1.85
63576915--63577110	81	2.4	81	78	9	204	29	10	20	39	1.85
63577100--63577351	27	9.3	27	86	1	290	40	8	23	27	1.84
63577100--63577351	81	3.1	81	85	2	337	40	8	23	27	1.84
63577088--63577371	81	3.5	81	81	6	218	39	9	21	29	1.84
63587939--63588122	40	4.6	40	79	8	212	25	25	23	26	2.00
63590344--63591057	43	16.8	43	88	3	912	17	31	33	17	1.93
63590344--63591057	85	8.4	86	85	4	912	17	31	33	17	1.93
63590439--63591142	42	16.6	42	84	6	169	17	31	33	17	1.93
63591476--63591551	24	3.1	25	79	7	84	22	32	35	9	1.86
63592508--63592849	182	1.9	180	87	2	497	29	27	25	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63602139--63602182	22	2.0	22	100	0	88	31	4	13	50	1.62
63603178--63603253	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
63614231--63614273	21	2.1	21	86	4	61	25	4	20	48	1.69
63617564--63617670	43	2.5	42	80	1	106	28	17	21	31	1.96
63617841--63617879	19	2.0	19	85	14	53	41	0	17	41	1.50
63627393--63627577	40	4.7	40	80	7	191	23	22	27	25	2.00
63627446--63627600	79	2.0	79	82	7	190	25	21	27	26	1.99
63630160--63630296	56	2.4	56	90	0	220	32	24	15	27	1.95
63633772--63633823	27	1.9	27	92	0	86	23	25	13	38	1.91
63633880--63634093	31	6.8	32	80	9	210	28	27	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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