genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91638891--91638934	19	2.3	19	88	7	63	65	0	0	34	0.93
91638912--91638966	26	2.2	26	90	9	87	63	3	1	30	1.22
91638866--91638966	26	3.9	24	78	13	85	65	2	0	30	1.14
91640460--91640494	10	3.5	10	92	0	52	11	34	5	48	1.63
91642329--91642387	25	2.4	25	88	0	82	22	27	15	35	1.94
91644244--91644419	43	4.0	43	73	8	149	27	23	15	32	1.95
91644249--91644439	88	2.2	87	83	3	231	26	24	16	31	1.96
91645701--91645762	25	2.6	24	82	12	74	66	0	0	33	0.92
91646465--91646497	17	1.9	17	100	0	66	27	0	0	72	0.85
91662214--91662253	21	1.9	21	84	0	53	45	12	10	32	1.75
91666512--91666624	47	2.4	47	93	0	199	46	23	13	16	1.82
91672940--91672984	23	2.0	23	82	4	56	40	8	2	48	1.47
91677713--91677799	20	4.4	19	80	12	70	37	19	32	10	1.86
91677713--91677799	40	2.2	40	89	0	129	37	19	32	10	1.86
91677723--91677801	20	4.0	20	85	9	108	40	18	30	10	1.84
91681745--91681861	40	2.8	40	76	14	112	35	28	14	22	1.93
91682485--91683197	23	31.2	23	76	8	501	38	23	5	32	1.77
91682497--91683175	46	14.8	46	78	8	566	38	23	5	32	1.77
91682614--91682670	22	2.5	23	75	13	64	42	24	1	31	1.65
91682525--91683174	91	7.1	89	74	14	466	38	24	4	32	1.77
91682519--91683208	137	5.0	136	77	8	623	38	23	4	33	1.76
91687293--91687338	7	6.9	7	95	5	78	13	0	0	86	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91687939--91687996	20	3.0	20	72	20	61	51	22	1	24	1.57
91688628--91688661	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
91688710--91688783	15	5.1	14	70	12	51	62	0	1	36	1.04
91690197--91690236	21	1.9	21	84	0	53	65	0	7	27	1.20
91692142--91692567	44	9.6	45	76	3	344	30	18	16	34	1.93
91692142--91692573	89	4.9	89	82	3	460	30	18	16	34	1.93
91701056--91701129	38	1.9	38	88	0	112	24	17	13	44	1.85
91716380--91716415	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
91718172--91718212	19	2.2	19	100	0	82	63	4	0	31	1.15
91719082--91719124	22	2.0	21	86	4	59	65	0	0	34	0.93
91723582--91723626	23	2.0	23	86	0	63	15	26	22	35	1.94
91726148--91726277	35	3.6	35	71	15	111	32	13	21	33	1.92
91730691--91730727	18	2.1	18	100	0	74	32	5	21	40	1.76
91730901--91731077	50	3.5	50	86	3	257	36	16	21	25	1.94
91731053--91731201	31	4.8	31	85	3	210	28	18	26	26	1.98
91731223--91731387	49	3.6	47	84	8	191	27	13	27	30	1.94
91731304--91731428	42	3.0	42	86	0	169	28	13	26	32	1.94
91733094--91733265	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
91733087--91733262	46	3.8	46	79	12	207	28	29	21	20	1.98
91738875--91739051	50	3.5	50	88	0	255	36	16	20	25	1.94
91739027--91739237	31	6.8	31	89	2	298	27	20	27	25	1.99
91739259--91739420	49	3.5	48	81	8	169	28	14	26	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91739351--91739463	42	2.7	43	84	4	149	29	14	25	30	1.95
91741187--91741224	20	1.9	20	94	0	67	36	5	5	52	1.47
91745115--91745224	38	2.9	38	77	8	98	30	21	15	32	1.94
91745618--91745687	29	2.4	29	92	0	113	20	15	24	40	1.91
91745648--91745866	70	3.1	71	82	3	239	23	20	23	32	1.97
91747046--91747097	23	2.4	21	75	15	52	23	5	5	65	1.36
91747365--91747676	70	4.5	70	79	4	297	23	20	22	33	1.98
91747410--91747520	35	3.2	35	67	27	90	21	18	22	36	1.95
91759719--91759790	23	3.1	23	66	4	63	34	12	8	44	1.72
91761527--91761614	42	2.1	42	93	2	151	39	10	10	39	1.73
91765991--91766089	50	2.1	47	83	11	121	52	5	3	39	1.39
91768799--91769062	130	2.0	130	100	0	528	39	11	15	33	1.84
91772112--91772158	20	2.3	20	100	0	94	4	0	21	74	0.99
91773027--91773987	224	4.2	225	84	8	1109	31	21	17	30	1.96
91773666--91773692	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
91773589--91773766	90	2.0	88	85	4	241	33	19	19	26	1.96
91773563--91773987	164	2.6	165	91	1	701	30	20	19	30	1.97
91773677--91773842	74	2.2	74	84	5	208	32	20	19	27	1.97
91773832--91773858	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
91773757--91773933	90	2.0	90	86	4	250	32	19	19	28	1.96
91773836--91773987	76	2.0	76	88	3	225	28	21	19	30	1.98
91773955--91774060	54	1.9	55	84	5	144	38	18	13	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91774040--91774073	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
91773913--91774172	139	1.9	141	92	3	445	36	20	16	26	1.94
91774144--91774319	71	2.5	70	85	3	212	34	22	14	29	1.93
91782576--91782611	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
91784273--91784326	27	2.0	28	82	10	67	59	1	5	33	1.31
91785152--91785251	51	2.0	50	86	5	139	6	4	19	71	1.24
91785152--91785251	25	4.0	25	85	8	132	6	4	19	71	1.24
91799185--91799244	30	2.0	30	90	0	93	71	6	5	16	1.25
91810675--91810742	35	1.9	35	90	0	109	39	26	17	16	1.90
91820554--91820665	57	2.0	57	96	0	206	34	8	14	41	1.77
91826480--91826656	35	5.1	35	84	5	223	28	13	22	36	1.92
91835360--91835403	23	1.9	23	100	0	88	27	4	29	38	1.76
91836840--91836974	49	2.7	49	80	3	146	22	28	16	32	1.96
91848195--91848238	20	2.2	20	87	0	61	36	25	4	34	1.76
91861335--91861378	22	2.0	23	86	8	65	40	0	0	59	0.98
91861329--91861379	22	2.3	23	80	13	61	39	0	3	56	1.18
91869236--91869299	3	21.3	3	96	0	119	1	0	31	67	1.00
91889237--91889268	14	2.3	14	94	0	55	0	25	0	75	0.81
91892623--91893029	45	9.1	44	78	5	363	34	16	18	30	1.93
91892706--91893058	134	2.6	133	82	3	395	33	15	19	30	1.93
91892660--91893058	89	4.5	88	79	4	345	34	15	19	30	1.93
91892660--91893084	45	9.5	45	75	5	317	33	15	19	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91897324--91897749	45	9.5	44	69	13	287	31	16	26	25	1.96
91897273--91897788	90	5.7	90	90	0	766	31	15	26	26	1.96
91897149--91897788	180	3.6	179	87	3	869	31	15	27	26	1.96
91899188--91899244	29	2.0	29	85	0	78	31	1	0	66	1.02
91899280--91899454	20	8.2	21	71	17	96	33	1	1	64	1.09
91899277--91899449	33	5.0	34	76	17	162	33	1	0	64	1.05
91899278--91899446	44	3.8	44	76	12	159	33	1	0	64	1.06
91899278--91899449	54	3.3	52	79	15	187	33	1	0	64	1.05
91899276--91899454	17	11.6	15	70	24	108	34	1	1	63	1.09
91899764--91899805	18	2.4	18	84	4	50	21	2	7	69	1.25
91901952--91901997	20	2.3	20	81	3	58	56	4	0	39	1.19
91901946--91902034	39	2.3	38	76	7	90	59	5	0	34	1.21
91902026--91902070	19	2.4	19	80	0	54	66	2	0	31	1.04
91902715--91902759	13	3.5	13	84	0	63	22	8	31	37	1.85
91903879--91903920	16	2.6	16	81	14	50	38	21	11	28	1.89
91911043--91911090	3	16.0	3	86	0	69	29	2	4	64	1.23
91911329--91911375	22	2.0	22	88	8	67	34	12	2	51	1.52
91911342--91911383	22	1.9	22	85	0	57	30	16	2	50	1.58
91913292--91913332	22	1.9	21	90	5	64	51	19	14	14	1.77
91913344--91913397	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
91914881--91914964	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
91915963--91916048	39	2.3	36	80	11	93	37	0	3	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91918105--91918161	30	1.9	30	88	0	87	33	5	0	61	1.18
91928907--91928941	19	1.9	17	88	11	52	65	11	2	20	1.37
91935117--91935146	7	4.1	7	95	4	51	43	0	0	56	0.99
91938612--91938676	33	2.0	33	96	0	121	36	26	12	24	1.91
91941473--91941543	35	2.0	35	86	10	101	32	7	5	54	1.50
91943339--91943372	7	4.9	7	100	0	68	44	0	41	14	1.45
91946448--91946481	18	1.9	18	88	5	52	26	0	26	47	1.53
91947302--91947350	3	16.3	3	100	0	98	0	32	0	67	0.91
91951318--91951394	37	2.1	37	92	0	127	27	24	6	41	1.79
91963273--91963308	18	2.0	18	100	0	72	11	5	33	50	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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